ISFtu4

  • Family IS982
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
ND Francisella tularensis
Francisella tularensis subspecies tularensis SchuS4
DNA section
IS Length : 963 bp

Ends


IR Length : 11

IRL : ACCTCAGTTCGGAATTAAAAGTATTGTAAATTGAAGGTTTGAGAGTGTTT
IRR : ACCTCCGTTCGACAATTATTTCATAGACAAACTCTTAGAATTATTGATTT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length

DNA sequence

ACCTCAGTTCGGAATTAAAAGTATTGTAAATTGAAGGTTTGAGAGTGTTTTTAGGTTAAAATAAGCGAAATATCCCTAAATTCTGACAATAATGATAAAT
CAACTTATTTCAACCTCTTGTCGTATAGACGACTTTTGTATTATTTATCATAAAGAATTACAAAGCAAGTCAATTGATCACCAAAAGAAAAAAGTTGGTT
TTAAACCAAGTTTATCTTTAAGTAAAATAATGACTATTTTGATCATGTATCAAGCAGTTAGATATAAAGATTTTAAAACTTACTATGTTGAGTTTATAAA
GATTTATTGGAAGCATTATTTTCCTAAAGCTCCATCTTATAATCGTTTTGTATAGCTAATAGATATAGCAATGTTACCCTTAATAGCATTTATATCAAGT
AATCATGCCAACCATACAGATTTATATTTTATAGATGCTACTAAACCACCTGTTTGTCATAATCTAAGAGAATCTAGACATAAAGTATTTAAGGGTTTAG
CAGCTAAAGGTAAGCTGGTTCTTTAGCTTTAAACTTGATCTATTAACTAACGATGTTGGTGAAATTGTTAGTATCAATATCAGTCCAGGAAATAAGGATG
ATAGGAGCTTCTTAACAAAATTGTGTAAGGGACTTAAAGGATTAGTATTTGGTGATAGAGGTTATATCTCTAAAGATAAAGCACAACTACTTGAGCAACA
AGGCTTAAAGCTTATAACCACTTTAAAAAAATATAAAAAAAGTTCCTAAGACTAGGTTTGAAAAGGCTATGTTAGCTAAGAGATCTATTATTGAGACTAT
TTTTGACTATCTCAAAAATAATGTAACTTTGTGGCACACAAGACATAGATCCATAAATAATCCTTTTACTCATCTTATGGCTGCTTTAGCTCAGTTTATT
ATTAACCCAATTAAAATCAATAATTCTAAGAGTTTGTCTATGAAATAATTGTCGAACGGAGGT
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
854 bp284 aa92945+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MINQLISTSCRIDDFCIIYHKELQSKSIDHQKKKVGFKPSLSLSKIMTILIMYQAVRYKDFKTYYVEFIKIYWKHYFPKAPSYNRFVLIDIAMLPLIAFI
SSNHANHTDLYFIDATKPPVCHNLRESRHKVFKGLAAKGSWFFSFKLDLLTNDVGEIVSINISPGNKDDRSFLTKLCKGLKGLVFGDRGYISKDKAQLLE
QQGLKLITTLKKNIKKVPKTRFEKAMLAKRSIIETIFDYLKNNVTLWHTRHRSINNPFTHLMAALAQFIINPIKINNSKSLSMK

 

Blast result :
Comments
ORF contains a stop codon and two frameshifts
ISFtu4 is 57% aa similar to IS195.
References