ISFtu4
- Family IS982
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Francisella tularensis | Francisella tularensis subspecies tularensis SchuS4 |
DNA section
IS Length : 963 bp
Ends
IR Length : 11
IRL : ACCTCAGTTCGGAATTAAAAGTATTGTAAATTGAAGGTTTGAGAGTGTTT
IRR : ACCTCCGTTCGACAATTATTTCATAGACAAACTCTTAGAATTATTGATTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
ACCTCAGTTCGGAATTAAAAGTATTGTAAATTGAAGGTTTGAGAGTGTTTTTAGGTTAAAATAAGCGAAATATCCCTAAATTCTGACAATAATGATAAAT
CAACTTATTTCAACCTCTTGTCGTATAGACGACTTTTGTATTATTTATCATAAAGAATTACAAAGCAAGTCAATTGATCACCAAAAGAAAAAAGTTGGTT
TTAAACCAAGTTTATCTTTAAGTAAAATAATGACTATTTTGATCATGTATCAAGCAGTTAGATATAAAGATTTTAAAACTTACTATGTTGAGTTTATAAA
GATTTATTGGAAGCATTATTTTCCTAAAGCTCCATCTTATAATCGTTTTGTATAGCTAATAGATATAGCAATGTTACCCTTAATAGCATTTATATCAAGT
AATCATGCCAACCATACAGATTTATATTTTATAGATGCTACTAAACCACCTGTTTGTCATAATCTAAGAGAATCTAGACATAAAGTATTTAAGGGTTTAG
CAGCTAAAGGTAAGCTGGTTCTTTAGCTTTAAACTTGATCTATTAACTAACGATGTTGGTGAAATTGTTAGTATCAATATCAGTCCAGGAAATAAGGATG
ATAGGAGCTTCTTAACAAAATTGTGTAAGGGACTTAAAGGATTAGTATTTGGTGATAGAGGTTATATCTCTAAAGATAAAGCACAACTACTTGAGCAACA
AGGCTTAAAGCTTATAACCACTTTAAAAAAATATAAAAAAAGTTCCTAAGACTAGGTTTGAAAAGGCTATGTTAGCTAAGAGATCTATTATTGAGACTAT
TTTTGACTATCTCAAAAATAATGTAACTTTGTGGCACACAAGACATAGATCCATAAATAATCCTTTTACTCATCTTATGGCTGCTTTAGCTCAGTTTATT
ATTAACCCAATTAAAATCAATAATTCTAAGAGTTTGTCTATGAAATAATTGTCGAACGGAGGT
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ATTAACCCAATTAAAATCAATAATTCTAAGAGTTTGTCTATGAAATAATTGTCGAACGGAGGT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
854 bp | 284 aa | 92 | 945 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MINQLISTSCRIDDFCIIYHKELQSKSIDHQKKKVGFKPSLSLSKIMTILIMYQAVRYKDFKTYYVEFIKIYWKHYFPKAPSYNRFVLIDIAMLPLIAFI
SSNHANHTDLYFIDATKPPVCHNLRESRHKVFKGLAAKGSWFFSFKLDLLTNDVGEIVSINISPGNKDDRSFLTKLCKGLKGLVFGDRGYISKDKAQLLE
QQGLKLITTLKKNIKKVPKTRFEKAMLAKRSIIETIFDYLKNNVTLWHTRHRSINNPFTHLMAALAQFIINPIKINNSKSLSMK
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QQGLKLITTLKKNIKKVPKTRFEKAMLAKRSIIETIFDYLKNNVTLWHTRHRSINNPFTHLMAALAQFIINPIKINNSKSLSMK
Blast result :
Comments
ORF contains a stop codon and two frameshifts
ISFtu4 is 57% aa similar to IS195.
ISFtu4 is 57% aa similar to IS195.
References