ISMbov2

  • Family IS1634
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform ISMmy1Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AJ536157 ND Mycoplasma bovis
Mycoplasma bovis isolate 2610
DNA section
IS Length : 1671 bp

Ends


IR Length : 30

IRL : TTAAAAAATTCCCAATTTTGGACACTATATAATTTTAATAATTTACTAAA
IRR : TTAAAAAATTCCCAATTTTGGACACTATATTTTTAAAATAGACTTCAATT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length

DNA sequence

TTAAAAAATTCCCAATTTTGGACACTATATAATTTTAATAATTTACTAAAAAATTCTTATTTTTGTCCATTAAATACATTAAATTATCTAAATAATTAAA
TTTTCTTAAATTTAGAGCTAAAAAAGCTCTATTTTTTGTTCAATTTCATTAAAGAAAAGTTTAAAAAATTAAAAATAGGTGGTAAAATAAATATACATGT
ATAGTGTTTAACACATAAAAAAGGAGATATAAAAATGGCCATTCCTAAAGACATATTAAAAATTCCAAGACCATCTAGTACCAGAGTAAAAGCAACCTCA
AAAGAAGGTATTTATAATGTTATACAAAGAACATCAATAAGAAAAAATGAAAAAATTATTCCTGTTGAAAAAGGAGTGATTGGAAAGATTATTAATGGTG
TTTTTCAAAGCATAGAAAAGCAAACATATGAAGTAGATATTAAATCATATGGTTTATTTGCGCTAAATGAAAAATTAAACAATCATATCTTTAGAGAACT
TTTAAATTTTTATGATTTTGAAGATGCTAGAAAATTATATGTTATAGCCTCTTTAAGAACTATGTTTTCAGATATTAAAAACGAACATTTAAAACATGAG
TATGATACAAATTTTATTTCTGAAATATACCCAAAATGTGCACTATCACCAAACACTATCTCAAGTTTTTTAGAGAAAATAGGTAAATCTAGTTCGAAGA
TGGAAGACTTTATGAATAAAAGATTAGAAGAGTTTTCAAACCACTCAATAGTTATTGATGGTATGTTGAAAAACAATACATCAGAAACTAACATTTTCTC
TGAAATGTCTAGAAAGTCTAGAACTAAAGGCGCTCAAAACTTAAACCTTATTTATGCTTATGATATTAATGCACAAGAACCTGTTGCAAGTTCTGTTTAC
CCAGGAAATATGCTAGATTACACTGCTTTTAGAGACTTTTTAAGAACTTATAAGATTAAAAATGGATTCTTAATTCTTGATAGAGGATTTGATGATAAAG
AATGTAAAAACTTAATGAGAGAAAAAAATATTAAATATTTAATGCCTATAAAAATAAATCATACTTTTAAAAAATTTAATTTAAAATCTGGATTTAATTT
CACTTTTACCTATGATGACGACACGATAAGAGCAAAGAAAATTATCATCAACAACAAATATTATCTTTGTTATAAATCAACCCTAACTGAAATGGTAGAA
AAGAAAAATTTCATAAGTCGTGCACACAAAAAAGGTGCGTATGATGAAATTAAATTACTAGAAAGAGAAAATCTTTTTGGATTAATAATTTTTGAGTGTA
ATTATGATTTGGACTTAAAAGATATTTATGTCGCATATAAAAAGAGATGAGAAATTGAATTGCTTTTTAAACAGTTTAAAAATGTGCTTGAACAAAACGA
AGCAAATGTTCAAGGAAACTATAGATTATTAGCAACTGAATTTATTAACTTTTTATCTTCAATTATGCTTTGCAGAATAAAAAACCACCTCTTAAATAGT
GGCGTTCTTGACAATAGAACAATTAGTGAAACTTTTAGATATTTATCGAAAATAATCAAGAAGAGAAAGTCTAGAAAAAGAGAAGAATGAGATGATGTTG
AAACATTAAAATATATTAAAGAATTGAAGTCTATTTTAAAAATATAGTGTCCAAAATTGGGAATTTTTTAA
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1413 bp470 aa2351647+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MAIPKDILKIPRPSSTRVKATSKEGIYNVIQRTSIRKNEKIIPVEKGVIGKIINGVFQSIEKQTYEVDIKSYGLFALNEKLNNHIFRELLNFYDFEDARK
LYVIASLRTMFSDIKNEHLKHEYDTNFISEIYPKCALSPNTISSFLEKIGKSSSKMEDFMNKRLEEFSNHSIVIDGMLKNNTSETNIFSEMSRKSRTKGA
QNLNLIYAYDINAQEPVASSVYPGNMLDYTAFRDFLRTYKIKNGFLILDRGFDDKECKNLMREKNIKYLMPIKINHTFKKFNLKSGFNFTFTYDDDTIRA
KKIIINNKYYLCYKSTLTEMVEKKNFISRAHKKGAYDEIKLLERENLFGLIIFECNYDLDLKDIYVAYKKRWEIELLFKQFKNVLEQNEANVQGNYRLLA
TEFINFLSSIMLCRIKNHLLNSGVLDNRTISETFRYLSKIIKKRKSRKREEWDDVETLKYIKELKSILKI

 

Blast result :
Comments
ISMbov2 is 98% aa identical and 99% aa similar to ISMmy1.
References
1] Vilei,E.M. (2003) Direct submission GenBank.