ISPsa1
- Family IS982
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AF184152 | ND | Piscirickettsia salmonis | Piscirickettsia salmonis LF-89 |
DNA section
IS Length : 1282 bp
Ends
IR Length : 9/18
IRL : GTCGCTACCTCGGTAGGTATTTTGCACATCCAATGATGCAAAATCGCCGA
IRR : CTGCGAGCCATGGAGTGCTAAGCACGGGGTGAGTAGGCCGAGGTAGGTTC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAGCAATAAA | CGTAAGC | TGCTAGCCAC | 7 |
DNA sequence
GTCGCTACCTCGGTAGGTATTTTGCACATCCAATGATGCAAAATCGCCGAGCAAAACGCGACGACTATAAACCCTCGGCTGTCCGCGTCACACAGCGTTA
CGTGCCTTGAAGCGGCACACTCCACTACTGTGCTCTCACATGACTCTACGGTTCGTATAGATTTTTAGACACTCGTTACGCTTGCTACAGACCTAACGGC
CTTTCGCAACTCCGCTCTGCTAAAAACCCGAACCTACCTCGGCCTACTCACCCCGTGCTTAGCACTCCATGGCTCGCAGCGATGGACTTAACATTGATTT
CTCTCTTTTGTGTAATAGATGATTTCTGCCAAGAGTTATTACCTCAATGGAATGCTATTTTGCTAGAAGATACGAATAAAAAACGTAATAAGCCTTCACA
AATGTCAACAAGTGAAATAATGACAATTATGATTTATTTTCACAAATCTAATTACCGAAATTTTAAGATGTATTATCTTCATGTAATAAAAGGTAGCATG
GTAAAATACTTTCCAAACAGCGTTAGCTACAACAGATTCGTTGAACTCATGCCGAGCATCTTATTGCCTCTGTGTTTTTTCATTGCGGCCCAAGGTAAAA
CAGCAACAGGGATTTATTTTGTTGATTCGACAATACTCCGTGTTTGTCATGAAAAACGTGCGTCTCAAAATAGAGCTTTCAAGGGATTAGCTAAAAAATC
TAAGTCAACGATGGGGTGGTACTACGGCTTTAAGCTCCACATTATTGTGAATGATATGGGAGAGTTAATGGCCTTTAAAATGAGTAAAGCTACTACAGAT
GACCGTGTCGTATTACCTAAAATGGCCGAGAACTTAACAGGTAAAATTATTGGTGATAAAGGCTATATTTCACAAAAATTATTTGATCAATTGTATGAAA
AAGGACTTCAACTTATCACAAAGATTCGTAAAAACATGAAAAATAAGCTGGTTTTAATGATTGATAAAATTCTATTAAAAAAAAGGGGGATTATAGCGTA
AGCGTCGCTACCTCGGTAGGTATTTTGCACATCCAATGATGCAAAATCGCCGAGCAAAACGCGACGACTATAAACCCTCGGCTGTCCGCGTCACACAGCG
TTACGTGCCTTGAAGCGGCACACTCCACTACTGTGCTCTCACATGACTCTACGGTTCGTATAGATTTTTAGACACTCGTTACGCTTGCTACAGACCTAAC
GGCCTTTCGCAACTCCGCTCTGCTAAAAACCCGAACCTACCTCGGCCTACTCACCCCGTGCTTAGCACTCCATGGCTCGCAG
CGTGCCTTGAAGCGGCACACTCCACTACTGTGCTCTCACATGACTCTACGGTTCGTATAGATTTTTAGACACTCGTTACGCTTGCTACAGACCTAACGGC
CTTTCGCAACTCCGCTCTGCTAAAAACCCGAACCTACCTCGGCCTACTCACCCCGTGCTTAGCACTCCATGGCTCGCAGCGATGGACTTAACATTGATTT
CTCTCTTTTGTGTAATAGATGATTTCTGCCAAGAGTTATTACCTCAATGGAATGCTATTTTGCTAGAAGATACGAATAAAAAACGTAATAAGCCTTCACA
AATGTCAACAAGTGAAATAATGACAATTATGATTTATTTTCACAAATCTAATTACCGAAATTTTAAGATGTATTATCTTCATGTAATAAAAGGTAGCATG
GTAAAATACTTTCCAAACAGCGTTAGCTACAACAGATTCGTTGAACTCATGCCGAGCATCTTATTGCCTCTGTGTTTTTTCATTGCGGCCCAAGGTAAAA
CAGCAACAGGGATTTATTTTGTTGATTCGACAATACTCCGTGTTTGTCATGAAAAACGTGCGTCTCAAAATAGAGCTTTCAAGGGATTAGCTAAAAAATC
TAAGTCAACGATGGGGTGGTACTACGGCTTTAAGCTCCACATTATTGTGAATGATATGGGAGAGTTAATGGCCTTTAAAATGAGTAAAGCTACTACAGAT
GACCGTGTCGTATTACCTAAAATGGCCGAGAACTTAACAGGTAAAATTATTGGTGATAAAGGCTATATTTCACAAAAATTATTTGATCAATTGTATGAAA
AAGGACTTCAACTTATCACAAAGATTCGTAAAAACATGAAAAATAAGCTGGTTTTAATGATTGATAAAATTCTATTAAAAAAAAGGGGGATTATAGCGTA
AGCGTCGCTACCTCGGTAGGTATTTTGCACATCCAATGATGCAAAATCGCCGAGCAAAACGCGACGACTATAAACCCTCGGCTGTCCGCGTCACACAGCG
TTACGTGCCTTGAAGCGGCACACTCCACTACTGTGCTCTCACATGACTCTACGGTTCGTATAGATTTTTAGACACTCGTTACGCTTGCTACAGACCTAAC
GGCCTTTCGCAACTCCGCTCTGCTAAAAACCCGAACCTACCTCGGCCTACTCACCCCGTGCTTAGCACTCCATGGCTCGCAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
720 bp | 239 aa | 282 | 1001 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MDLTLISLFCVIDDFCQELLPQWNAILLEDTNKKRNKPSQMSTSEIMTIMIYFHKSNYRNFKMYYLHVIKGSMVKYFPNSVSYNRFVELMPSILLPLCFF
IAAQGKTATGIYFVDSTILRVCHEKRASQNRAFKGLAKKSKSTMGWYYGFKLHIIVNDMGELMAFKMSKATTDDRVVLPKMAENLTGKIIGDKGYISQKL
FDQLYEKGLQLITKIRKNMKNKLVLMIDKILLKKRGIIA
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FDQLYEKGLQLITKIRKNMKNKLVLMIDKILLKKRGIIA
Blast result :
Comments
ISPsa1 is 66% aa similar to ISPlu6.
References
1] Kuzyk,M.A. and Kay,W.W. (2000) GenBank direct submission