ISPsa1

  • Family IS982
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AF184152 ND Piscirickettsia salmonis
Piscirickettsia salmonis LF-89
DNA section
IS Length : 1282 bp

Ends


IR Length : 9/18

IRL : GTCGCTACCTCGGTAGGTATTTTGCACATCCAATGATGCAAAATCGCCGA
IRR : CTGCGAGCCATGGAGTGCTAAGCACGGGGTGAGTAGGCCGAGGTAGGTTC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
AAGCAATAAACGTAAGCTGCTAGCCAC7

DNA sequence

GTCGCTACCTCGGTAGGTATTTTGCACATCCAATGATGCAAAATCGCCGAGCAAAACGCGACGACTATAAACCCTCGGCTGTCCGCGTCACACAGCGTTA
CGTGCCTTGAAGCGGCACACTCCACTACTGTGCTCTCACATGACTCTACGGTTCGTATAGATTTTTAGACACTCGTTACGCTTGCTACAGACCTAACGGC
CTTTCGCAACTCCGCTCTGCTAAAAACCCGAACCTACCTCGGCCTACTCACCCCGTGCTTAGCACTCCATGGCTCGCAGCGATGGACTTAACATTGATTT
CTCTCTTTTGTGTAATAGATGATTTCTGCCAAGAGTTATTACCTCAATGGAATGCTATTTTGCTAGAAGATACGAATAAAAAACGTAATAAGCCTTCACA
AATGTCAACAAGTGAAATAATGACAATTATGATTTATTTTCACAAATCTAATTACCGAAATTTTAAGATGTATTATCTTCATGTAATAAAAGGTAGCATG
GTAAAATACTTTCCAAACAGCGTTAGCTACAACAGATTCGTTGAACTCATGCCGAGCATCTTATTGCCTCTGTGTTTTTTCATTGCGGCCCAAGGTAAAA
CAGCAACAGGGATTTATTTTGTTGATTCGACAATACTCCGTGTTTGTCATGAAAAACGTGCGTCTCAAAATAGAGCTTTCAAGGGATTAGCTAAAAAATC
TAAGTCAACGATGGGGTGGTACTACGGCTTTAAGCTCCACATTATTGTGAATGATATGGGAGAGTTAATGGCCTTTAAAATGAGTAAAGCTACTACAGAT
GACCGTGTCGTATTACCTAAAATGGCCGAGAACTTAACAGGTAAAATTATTGGTGATAAAGGCTATATTTCACAAAAATTATTTGATCAATTGTATGAAA
AAGGACTTCAACTTATCACAAAGATTCGTAAAAACATGAAAAATAAGCTGGTTTTAATGATTGATAAAATTCTATTAAAAAAAAGGGGGATTATAGCGTA
AGCGTCGCTACCTCGGTAGGTATTTTGCACATCCAATGATGCAAAATCGCCGAGCAAAACGCGACGACTATAAACCCTCGGCTGTCCGCGTCACACAGCG
TTACGTGCCTTGAAGCGGCACACTCCACTACTGTGCTCTCACATGACTCTACGGTTCGTATAGATTTTTAGACACTCGTTACGCTTGCTACAGACCTAAC
GGCCTTTCGCAACTCCGCTCTGCTAAAAACCCGAACCTACCTCGGCCTACTCACCCCGTGCTTAGCACTCCATGGCTCGCAG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
720 bp239 aa2821001+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MDLTLISLFCVIDDFCQELLPQWNAILLEDTNKKRNKPSQMSTSEIMTIMIYFHKSNYRNFKMYYLHVIKGSMVKYFPNSVSYNRFVELMPSILLPLCFF
IAAQGKTATGIYFVDSTILRVCHEKRASQNRAFKGLAKKSKSTMGWYYGFKLHIIVNDMGELMAFKMSKATTDDRVVLPKMAENLTGKIIGDKGYISQKL
FDQLYEKGLQLITKIRKNMKNKLVLMIDKILLKKRGIIA

 

Blast result :
Comments
ISPsa1 is 66% aa similar to ISPlu6.
References
1] Kuzyk,M.A. and Kay,W.W. (2000) GenBank direct submission