ISIMb1
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| M32345 | Y | Moraxella bovis | Moraxella bovis EPP63 |
DNA section
IS Length : 968 bp
Ends
Left end : ACCGCTGAAGGTGTCTCTAATGTAGCTCATGACGTGGCAAATAATGGCGTAGAAAATGCCAAAAATACCGCCGAAGCTGCCGCAAGCGTGGTCTCTGATG
Right end : ACCAAACTAGTTTGGTAAAGGAGTTATCTCAACCTAGCTTGCGGGTTTTGCTCCCAGGATACCAAGCGAGTTTTCCCCAATATTATTGCACAATGCATGA
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|
DNA sequence
ACCGCTGAAGGTGTCTCTAATGTAGCTCATGACGTGGCAAATAATGGCGTAGAAAATGCCAAAAATACCGCCGAAGCTGCCGCAAGCGTGGTCTCTGATG
CCGCTACCGCCACCGCCGATGCCGTGACAGGGGCTGCCAGCAGTGCCACTGATACCGTAACAGGCAACACCGCCACCGCCGAACAGCAAGCCCCCGAAGA
CCAAAAGTACTAATCCACCATCACCAAAGCCCCGAACATGTTCGGGGCTTTTTTGATAAAAATAAATTTACACCCAGCGAATCTGATGTTCGCCATGGAT
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CCGCTACCGCCACCGCCGATGCCGTGACAGGGGCTGCCAGCAGTGCCACTGATACCGTAACAGGCAACACCGCCACCGCCGAACAGCAAGCCCCCGAAGA
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CTGTGATGATCACCCGTTTCACATCATCTTATGCCAGTTTATCAACATTGACAAAAATCGTCACATACAACACATTAATACCATGTCAGTGTTCATTTGT
GTCCAAAATCAGCCAAGATGACAAACTTTGGCAACAATTTTTGACAGGTAAAAATTTTGTCCATGTCAAAAATTGACATCTCTGCTAAAATGTCAGTCCA
ACCTGCCAAAAAATGTCGAAAAATCCAAAACTGACAAAAATTGTCACCCAAAATTACCCGCCAGACATCAAATTTTAAAAATTTTTTGGTAAAAAAGAAA
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AAAAACAGCCCAAATCCGCTAAAAAGTTGGCACAGACAATGCAACAGTATGAGTGTAAGGTTAGCAAATATGTTTAAAATTGCTAATCAGTTAACTTAAA
CAAACTGGGCAATATCGCCCTTATGAACTAAGGAGTTCATTATGAACGCTCAAAAAGGTTTCACCCTTATCGAATTGATGATTGTTATCGCCATTATTGG
TATCCTAGCTGCAATCGCTCTACCTGCTTACCAAGACTATATCTCTAAGTCTCAAACTACTCGTGTAGTTGGCGAACTAGCTGCTGGTAAAACTGCTGTG
GATGCTGCTTTGTTTGAGGGTAAAACTCCCAAACTAGGTAAAGCTGCTAACGACACTGAAGAAGACATCGGCCTTACCACTACTGGCGGTACCGCTCGTT
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TGGTGCTGTCATTACTCAATCTCGTGATGCGGAAGGTGTATGGACCTGCACCATTAACGGTTCTGCCGCTCCAGGTTGGAAATCTAAGTTCGTACCTACT
GGTTGTAAAGAGTAATCATCTGATTGCAAATCACAACAACACCACTCCCTTGGAGTGGTGTTTTTTAACATAAAGACATAATATTTACAATAAATATACA
AAAATAAGAAAACACTTGTCTATTTTTTATCTAAAATAATCAATCACAATTATCATCCATTTCTTTTTATTCTTGTTTTAAAAAATACTTAAGTTATGCT
AAATAATTTTAATAAATTTGTCGCCTCGTCGGTATCAATGGTGTATTTGGCTGTATTAAGTTGGGCGACGGCTTACGCTTATGGTTGGGGTCAAGCAGCA
TATCATGGCTACCCATGGTGGCATGTGGTGCAAGGTGGTAGCATGATTGCCAGAAGTTTGGCTTATGTCTGTGTGGTATCCATGGTTTTTGTTATTGGCT
ATTTGATCGGATATCAGGCGTTTAAGTTTATTAAGAGATTTTTTGGGCTACTACATGTCTCTTGGGGTGCATCTCATTTGGGGTTTGTCAAAATTTTTAT
TTTATTGGTGATTGTATCAACACCCATCATGTTGCTGCTGTATTTTTATGTTGGTATTTTGTCGTCATACCGTCTGATGGGATGTGTGCTTTCTATTTTA
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CTTTTATTTTTGTGTATGTGGTCGTTTCTGCGTTTTCGATAGGGTATTTGCGTTCAGCCTTTTTTACAGGTTATGATATTATTGAAGTAGAGAATCGCCC
TTATTATATCTTGGTGGCAAACGGTGATGAAGAGTTTATCTTGGGTGAGAACATCAAGCATAACAGTCATTTTATCTTTTTTAATCGAAAAACCTTAAAT
CATTACACCATACACATCACACCATCTCCTTACCTACCCTATAAAAACCAACTATCAGCACAAATATACCACCAAGAATAAGCAATATTTGACAATTTGT
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TGCAGCTAGGATACCAATAAATGTTATTCATGAATGCGTTTGTCAAAAGGGCGATTTTGGCGAATAACGGCATAGCTGATGGTGAGTAATTTGCGCATGA
TGGCGATGATAATTTGTTTTTTGGTTTTGCCTTTTTGTTCCATGCGTTTGACGAACTTTTGAAAAGCGGGATATCGACCAAAGCTGACTATGACAGCGGG
CATAAAAAGGGCTGAACGTAGTTCTTTTTGTCCACTAAATCCAATGGAAGACTGCTTGTGAATACTAATGCCTGATTGATGATGACGAGGGGCAAGCCCA
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AAAGCACCAAACTAGTTTGGTAAAGGAGTTATCTCAACCTAGCTTGCGGGTTTTGCTCCCAGGATACCAAGCGAGTTTTCCCCAATATTATTGCACAATG
CATGA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 bp | 322 aa | 0 | 0 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MSKTYIGIDIAKNTFDACFIAHNTWQNCTFTNNQQGFMELTLWIQAHHYNTSTLHLIIEATGTYWEKLAHWAISHHHKVSIVNPLYIHAYAKSLGIRTKT
DKQDAILLARYGAKENPPLWQPKSDNEIKLTALLKQREHHKRQLIKERTRQEALSIYVKSYTDDNIRHWSDSITQLDHQIWQLINCTPELNHRASLLATI
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DKQDAILLARYGAKENPPLWQPKSDNEIKLTALLKQREHHKRQLIKERTRQEALSIYVKSYTDDNIRHWSDSITQLDHQIWQLINCTPELNHRASLLATI
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KLLTISYAVIRQNRPFDKRIHE
Blast result :
Comments
Moraxella lacunata and Moraxella bovis are human and bovine ocular pathogens, respectively. They use a site-specific DNA inversion of a chromosomal segment to alter the expression of their 4 pilin genes, whose products mediate adherence of the bacterium to corneal tissue. Piv proteins are site-specific recombinases governing the inversion system. The Piv proteins from M. lacunata (PivML) and M. bovis (PivMB) are 98 % identical. The acronym "ISI" used here stands for IS-like Inversion system (J. Mahillon).
References
1] Fulks, K.A., Marrs, C.F., Stevens, S.P., and Green, M.R. (1990) J. Bacteriol. 172, 310-316.
2] Lenich, A.G., and Glasgow, A.C. (1994) J. Bacteriol. 176, 4160-4164.
2] Lenich, A.G., and Glasgow, A.C. (1994) J. Bacteriol. 176, 4160-4164.