ISMbov6

  • Family IS30
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP002513 ND Mycoplasma bovis
Mycoplasma bovis Hubei-1
DNA section
IS Length : 1415 bp

Ends


IR Length : 29/34

IRL : CCTATTTTGCTTGATTGTAAGTTCAAGTGCAACACCAATTAAGGTAAAAT
IRR : CCTATTTTCCATAAATGAAAGTTCAAGTGCAACATATGTGCTTGGCTTTT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
GGCTTAAATACAAACCTTAGGCTTAAATACAA0

DNA sequence

CCTATTTTGCTTGATTGTAAGTTCAAGTGCAACACCAATTAAGGTAAAATTTAATTGTGGAGCACTTGAATTTTTAAACAAAAAAAGTTCCACACTTGGC
AGTAGGAAACTTTCATATGAATTATACTAAAAATTATAATCATCTAACATATGATGAACGTGCATTTATTGAAATTCAAATAAAATCTGGGTATTCTATT
AGATCTATAGCTAGACAGTTAAACAGAAGTCCATCCACAGTAAGTCGCGAATTAAAACGCAACACTGCTTTTAGCGGTTCATATCAATGTAAAATAGCAG
AGCAGAAAGCATTAAATAGGCATTCGCACAAATACTTGTTTAAATTTACGAGTAATTTTGAATATGCTGAATTTGAAAAATTTTTCTTAGAAAAATTCGA
TAAAAGATTTTACGGAATTGTTGCAACAGCTCGATACATTAAGCAAACTTTTCCAAATATTGCGTCTCCGTCGATAAGGACTATATTTAATTGGATTAAG
ACAAGAAAATGAAAATTGAAACCTAGAGACAGATTGAGAATTTTTTATAAAAAAGGCGGAAAAAGAACTGCATCAGTTGTCTCAAGATTAATTGGAGATT
CTCACTATGTATATCCAATATGGGCAAGACCAAAATATATTGATTTAAGAGAAGAATATGGTCATTGAGAAAGTGACTTAATTATAGGCAAAAGATCGAA
TGGATATGATAATGTATTAACACTTGTTGAAAGGCAAACCAGAATGGGGTTTGCAGTTAAAATTAAATCAAAATCAGCTTTTTTGGTAATTTCAAAGCTT
AAAAAAATAATCCAGGATCATAATTTAATTGTCAAATCTATAACAATTGATAACGGGATAGAATTCGAAAGAATGGGTTTATTAGGAAAATGACTAAATA
TTAAAATATTTAGAGCTGAACCGTATGCTTCATTTCAAAGGGGAACAAACGAAAATTGAAACGGAATGATTAGAAGAATGTTTCATAAAGGTTTTGATTT
TAATTCTATCTCTCAAGTTCAACTGGATGATGTTGTAAATCAAATAAATGAAATGCCACGTAAAATTTTGAATTGGCAAAAACCAATTGAACTATTTAAG
TTAGCTAATGACTATGGTGTCGTTTTAAATTAAAACATGTGAATTTAATTGACTGCATTCATAAAAAAATGAATGGTTATTTTTTGCATTTTATTTAGTT
ATTTTATCCCCCTAACCCCCTTAATTACAAATAAGGGGGTATAACAAAACATTATTTAGGGTTTACGCAGATGTTCCATCTGATTTTTTTAACCCCCTGC
CCCTTGATTTCAAACAAGGGGTAGATGTGGCATACGCCACATATTATGCAAAAATGCTATAATAAAAAAGCCAAGCACATATGTTGCACTTGAACTTTCA
TTTATGGAAAATAGG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1017 bp338 aa1171133+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MNYTKNYNHLTYDERAFIEIQIKSGYSIRSIARQLNRSPSTVSRELKRNTAFSGSYQCKIAEQKALNRHSHKYLFKFTSNFEYAEFEKFFLEKFDKRFYG
IVATARYIKQTFPNIASPSIRTIFNWIKTRKWKLKPRDRLRIFYKKGGKRTASVVSRLIGDSHYVYPIWARPKYIDLREEYGHWESDLIIGKRSNGYDNV
LTLVERQTRMGFAVKIKSKSAFLVISKLKKIIQDHNLIVKSITIDNGIEFERMGLLGKWLNIKIFRAEPYASFQRGTNENWNGMIRRMFHKGFDFNSISQ
VQLDDVVNQINEMPRKILNWQKPIELFKLANDYGVVLN

 

Blast result :
Comments
ISMbov6 is 61% aa similar to IS1630.
References
1] ISfinder submission (2018)
2] Li,Y., Zheng,H., Liu,Y., Jiang,Y., Xin,J., Chen,W. and Song,Z. (2011) PLoS ONE 6 (6), E20999.