ISMbov5

  • Family IS1634
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s) ISMbov4
Accession numberTranspositionOriginHost
CP002513 ND Mycoplasma bovis
Mycoplasma bovis Hubei-1
DNA section
IS Length : 2418 bp

Ends


IR Length : 21/26

IRL : CATCATAAAAAAATTTAATTTTATTTATTTTTCTATCCAAATTTTGTGTT
IRR : CATCATAAAAACATTTTTTTACATTTTCTAAACTTGTATAAGTACTAGAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
AAAATGCTGCTAATGTAAAACAAGTTTTT0

DNA sequence

CATCATAAAAAAATTTAATTTTATTTATTTTTCTATCCAAATTTTGTGTTATAATATAGTTATAATGCTATATATTTAGGAGAATTTTAAAATGGCAATT
CCAGTTGAAATAAGACAAGTTGAAAGACCTAAAAACACAGTTGTAAAGAACTACTTTGGAAAATTTAAAGTTGTAAAAAGAACCAGCAAGTATGTGAATG
GAAAAGCAATTCCAAAAGATTTGGCAATTGTTGGCGAAATAGTAGATTACAAATTTGTTCCTTTTGAAACACCTGTCCCAGTTGGTACAAGATCTAAGAA
AAATCAAGAAAAAACTGATATAAAAGACTATGGTAACATAGCAATTTTTACAAAAAATAGCAATGATATTTTGGAAAAATTACTAACACATTTTGATTCA
TCAACAGCTTACAAATTATATGTAATTGCTATTCTTAGATGTGCTTATCCAAAAGCCGTTAATCGTGATTTAAAGTTTTACTATGAAACTTCATTTATGT
CTGAATTATTTAAAAAGGTTGGTTTATCTGAATCATTATTACCTGACTTCTTTGAAAAAACTGGTAGAGCATATTCAAATATACACAACTTCATGTTAGA
CAGAATAAATGAGTTCAAAGGTAGAGTACAAATTATTGATGGCACACTTAAATCTTATAATTCAGATGAAGCAACTTTTTCTCAATGATCAAGAAAAGGC
AAGGTTAAAGATAGCGAAAATTTTACCTTACTTTACACTTGTGACTTATATACCAAAGAGCCAATTTATCACAGACCATACCAAGGAAATATGCTGGATT
CGACTATTTTTGAGGACTTTTTGGAAAATGTGCCTAGCACTGGGGAAATATTAATTGCTGATAAAGGCTTTAGAACTAAAGCAATTACAGAGCTTTTAGA
ACAGAATAAAAATGTTAAGTATCTTTTGCCATTAAAGAGAAATACAACATTAATTAGAGCAGAAAAACTTGATGAAAACTTGGCTCCTGTAAAAATTAAA
GATAAGCAATTACTAGGATCTAAAAAGCAAATAGATGGAAAGTTTTTTTATCTATTTAAAGACTTAGAAATAGCTGGCAAAGAAAGTGTTGGAAACTATC
AAAAACATCTAAAAAGAAATACATTTAACATTGATGAATTCAATAAAAATAATCAATTTTTTGGTGTCATTGTTTTTGAATCCAATGTTGACCTTTCATT
AGAGGATGTATACACACTATATGATCAAAGATGAGAAATTGAAGAAATGTTTAACTTTTACAAAAATATTTTGGAACTATCAAAAACAAGAGTTCATTCA
GAAATGAAAGTTTACACAACAGAGTTTATAAACTACTTGTCGCTAATAATTGCTACAAAAGTTAAGAACAATTTAATAAAACTAAATCTTCATCAAAACT
ACTCATTCAGACAGATTATAGAATATTTGAGAAGTTACAAAGTTGAAGTAATAAATGATACAGAATGAAAAAAACGCAAGGTGTTGAAATATGTTCAAGA
CCTTGCGGAATTGTTAGAAATATAGCATTACACTAAAACTTTCTTACTACAACTAAGATAAATTTAGACATTTAAAATTGGATAAAATAAATATAGATAG
CTTATGTAAAAGAGCTTTTTAAATAATAAATGTAGAGCCAATTTTAATTAGTGTTTTTGGGGAAAAGTTTATGGAAATGAAATCATTTATAGGTTATATA
AAAGAATTTACTAATAATTCAGATGAAAACTGACCTGTTGCTAATTTTTATATTTTAAAGACAAGGAAAACTATTAAAATTAGTGGAAATATCAGCAGAA
TGCTAGATAAGAGTTTATATAAAATTGAAGTAAGTGAAATTGATGACAATTCAGAATCAGCAAATAATATTAAGACTTATAAATGTAATTTTTATCAATC
ATTAACTGTTATTGACAATCAAACTTTTTTTGAATATTTGAAATCTGATGCATTTAATAAAGTTGCTGATGATGATTTTATTAATATATTAAAATCATAT
TATGAATCAGATGATATCTTAAAAGAAATACTTGCAAATAAAGAAAAATTTCTAGCCATTAAGCGTGTACAAAAGTGTATTTTAGAAAGCATTTTTAATA
AACTTAACATTACTGCTTTGCAAATAGAATTTAATGTTAATGGCCTTGATTTAGATGTACTAGTTAAATTAACAGAACTATATAATGGCTCGTTTGATCA
AATAATAAAAGCAATTAAGAATGATTTATTTGAAATTAATTTTCAACATGAAATAACTAATTTAGAATCTATAGATAAAATCTTTTTGCACTTTAATAAT
GATGCAAATAATGTTGTAAGAATTGCTTATTATTTGCATTATTATTGCAACCAAATTCTAAATAATAAATCTAGTACTTATACAAGTTTAGAAAATGTAA
AAAAATGTTTTTATGATG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1434 bp477 aa921525+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MAIPVEIRQVERPKNTVVKNYFGKFKVVKRTSKYVNGKAIPKDLAIVGEIVDYKFVPFETPVPVGTRSKKNQEKTDIKDYGNIAIFTKNSNDILEKLLTH
FDSSTAYKLYVIAILRCAYPKAVNRDLKFYYETSFMSELFKKVGLSESLLPDFFEKTGRAYSNIHNFMLDRINEFKGRVQIIDGTLKSYNSDEATFSQWS
RKGKVKDSENFTLLYTCDLYTKEPIYHRPYQGNMLDSTIFEDFLENVPSTGEILIADKGFRTKAITELLEQNKNVKYLLPLKRNTTLIRAEKLDENLAPV
KIKDKQLLGSKKQIDGKFFYLFKDLEIAGKESVGNYQKHLKRNTFNIDEFNKNNQFFGVIVFESNVDLSLEDVYTLYDQRWEIEEMFNFYKNILELSKTR
VHSEMKVYTTEFINYLSLIIATKVKNNLIKLNLHQNYSFRQIIEYLRSYKVEVINDTEWKKRKVLKYVQDLAELLEI

 

Blast result :
Comments
ISMbov5 is 53% aa similar to ISMmy1.
In Mycoplasma bovis strain HB0801-P115 (Accession number : CP007589), this IS is named ISMbov4.
References
1] ISfinder submission (2018)
2] Li,Y., Zheng,H., Liu,Y., Jiang,Y., Xin,J., Chen,W. and Song,Z. (2011) PLoS ONE 6 (6), E20999.