ISMae11
- Family IS200/IS605
- Group IS1341
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| AP009552 | ND | Microcystis aeruginosa | Microcystis aeruginosa NIES-843 |
DNA section
IS Length : 1467 bp
Ends
Left end : CTAAAATGTCGGATGAATGCCCCCGCTAAATTTTTCGACAAGACATCAACCTTTGCGGGGGATGAAATCCGACCAAGATATTAACTGCGAAGCACTATTT II struct. : Yes
Right end : ACATTGAGAATCTAAGCTGTCTCGTTGAACAAGGAATTTCCGATAGTGATCTGGAAAGAATCTCCCGTCACAGCGTAGCTTGACGGTGGGAGTATGTCAA II struct. : Yes
Insertion site
| Left flank | LE cleavage site | Right flank | RE cleavage site |
|---|---|---|---|
| TGGGATGAGAACATAT | TTCC | ATTGATCTCCCCG | TCAA |
DNA sequence
CTAAAATGTCGGATGAATGCCCCCGCTAAATTTTTCGACAAGACATCAACCTTTGCGGGGGATGAAATCCGACCAAGATATTAACTGCGAAGCACTATTT
TAATTCTACCATTTGTAGGTAAACTGTGTTATACTTAATTTAGCCAAAGGTCGAGGATGTTAGATGCTAGTCGTAGAAGCAAAGCTAAAAAACGGAACAC
CAGAGCAATATCACCAGCTTGATGAAGCTATCAAAACTTCTCAGTTTGTGCGTAACTCTTGTGTTCGTTATTGGCGGTTCAATCAAGGGACAACCCGTAA
TGATCTCCAAAAACTTTGTGCTGTACTAGCTAACAATAAAGAGACCCCTTGGGTTAATAAATTAAACTCTCAAGCTCGTCAATCGGCTGCTGATAGAGCC
TGGCAATCAATTAATAGGTTTTACCAGAATTGTCATGCCAAGATACCAGGGGAAAAGGGTTTTCCCCGATTTAAAAAACCTAGTCGTTCGGTTGAATACA
AACTAACGGGCTACAAACTATCTGAGGATCGACGTAAAATCAGATTTACTGACGGTTTTAAAGCAGGAGAATTTGATTTATGGTGTAGTCAAAAAACCTT
AGTTTATTATTCAGATCAACAGATTAAACGGGTAAGAGTTGTTAGACGTGCCGATGGTTATTATTGTCAGTTTTTGATTGACGTAGAACGGCAAGAATAC
CATGAACCAACGGGACAAATAACAGGAATTGACTTAGGTTTAAAGGAATTTTATACCGATGCCCAAGGTAATACTGTAGAGAATCCACGTTATTTAAGAA
AGTCAGAAAAACGACTGAAAAAAGCACAAAGGAGATTATCAAAACGATTTCGCAAAGGAAAGAAACAGTCTAACAACTATCACAAGCAACGGATAAAAGT
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TTTATCGGATTGTTTGTATTGCTGTTCCTCCCCATTTTACTAGCCAAGATTGTTCAGTTTGTGGGACGAGAGTTCAAAAAACCTTAAGCACTAGAACTCA
TCAATGTCCTAATTGTCAAACAGTCTTAGATAGGGATCATAATGCAGCAATAAATATTCTTAAAAAAGGGTTGAAATATTTGGGAAATCATCTCAACGGT
ACTGTTGGGCAAACAGAAACCGACCCAAACGCCTTGGGAGAGTCCGGCCTCTGGATTCTTAATGGAGACATTGAGAATCTAAGCTGTCTCGTTGAACAAG
GAATTTCCGATAGTGATCTGGAAAGAATCTCCCGTCACAGCGTAGCTTGACGGTGGGAGTATGTCAA
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AGCTAGGCTTCATCTTAAGGTATCAAGACAACGTAAAGACAAAGCAATTAAAGACGCTTTGGCGTTAGTCCAGTCTAATGATCTGGTAGTCTATGAAGCT
TTAAAGGTAAGAAACTTAGTCAAAAACCGTAAGCTTGCCAAGTCGATTTCTGATGCTTCTTGGTATCAATTCACCGAATGGTTGAATTATTTTGCCAAGA
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GAATTTCCGATAGTGATCTGGAAAGAATCTCCCGTCACAGCGTAGCTTGACGGTGGGAGTATGTCAA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1287 bp | 428 aa | 164 | 1450 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MLVVEAKLKNGTPEQYHQLDEAIKTSQFVRNSCVRYWRFNQGTTRNDLQKLCAVLANNKETPWVNKLNSQARQSAADRAWQSINRFYQNCHAKIPGEKGF
PRFKKPSRSVEYKLTGYKLSEDRRKIRFTDGFKAGEFDLWCSQKTLVYYSDQQIKRVRVVRRADGYYCQFLIDVERQEYHEPTGQITGIDLGLKEFYTDA
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GDIENLSCLVEQGISDSDLERISRHSVA
Blast result :Comments : 69% aa similar to ISAsp18.
Comments
References
1] ISfinder submission (2018)
2] Kaneko,T., Nakajima,N., Okamoto,S., Suzuki,I., Tanabe,Y., Tamaoki,M., Nakamura,Y., Kasai,F., Watanabe,A., Kawashima,K., Kishida,Y., Ono,A., Shimizu,Y., Takahashi,C., Minami,C., Fujishiro,T., Kohara,M., Katoh,M., Nakazaki,N., Nakayama,S., Yamada,M., Tabata,S. and Watanabe,M.M. (2007) DNA Res. 14 (6), 247-256.
2] Kaneko,T., Nakajima,N., Okamoto,S., Suzuki,I., Tanabe,Y., Tamaoki,M., Nakamura,Y., Kasai,F., Watanabe,A., Kawashima,K., Kishida,Y., Ono,A., Shimizu,Y., Takahashi,C., Minami,C., Fujishiro,T., Kohara,M., Katoh,M., Nakazaki,N., Nakayama,S., Yamada,M., Tabata,S. and Watanabe,M.M. (2007) DNA Res. 14 (6), 247-256.