ISFw10
- Family IS5
- Group IS427
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AWHF01000039 | ND | Francisella sp. | Francisella sp. W12-1067 |
DNA section
IS Length : 849 bp
Ends
IR Length : 16
IRL : GGTTCCATGAACAAAATTTTTGCATAAAGAAGTTAAGTGTATTTAAATAG
IRR : GGTTCCATGAACAAAAAATTATCTTAGCCAAATAAATGTGCTTGCTAATG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TAAACCAATA | TA | TTTATCCATG | 2 |
DNA sequence
GGTTCCATGAACAAAATTTTTGCATAAAGAAGTTAAGTGTATTTAAATAGTTTTGCGAAACAAGAAACACACTTAACATAAATGAAATATTATATATCAG
AGTCAAATTGGTCAACTATTTTAATTTTTCTTAAGGCCCAAAAGGGTTTACATATCAAAGACACTCAAAAGCTTAGAATATTTGTAGAAGCAGTATTCTA
TATTCTAAAAACAGGTGCTCAATGGGGCTATCTTCATAAGGATTATGGCAATAGTAGAGCTATCCATAAACGCTATAAATACTGGGCAGATAAGGGTATT
TGGTGTGACTTAATGACTTATGTTTCTGATGTTGACTCTGAACAGTTTATGATTGATTCATTATCTGTAAAAGCACATGCTTGTGCTAGTGGTTATGAGA
TAAACGGTAATGAAATTCATGCACTTGGGAGAAGTGTTGGTGGATTTACAACTAAAATTCATACTGTAACAGACGCATTGGGTAATCCTGTTGGATTTAT
GCTATCAGCTGGTAATGTTCACGACATTATTCCTTCTCAAGATCTATTAAAAGGTATAAGAGGTGCTCAAATATTGGCAGATAAGGCTTATTTTTCTGAG
GACAATCTAAGGTTTCTAACAAAAAATGGTAATACAGCCATTATTCCTGCTAAAGAAAATTATACTAAAAATCACCATATTGATTGGCATATATACAAAG
ATAGGCATCTAATTGAAAACTTTTTCTCTAAAATTAAGCATTTTAGAAGGGTTTTTTCTAGATTTGATAAAACTTGCTCCGCTTTTCTAGGGTTTGTGGC
ATTAGCAAGCACATTTATTTGGCTAAGATAATTTTTTGTTCATGGAACC
AGTCAAATTGGTCAACTATTTTAATTTTTCTTAAGGCCCAAAAGGGTTTACATATCAAAGACACTCAAAAGCTTAGAATATTTGTAGAAGCAGTATTCTA
TATTCTAAAAACAGGTGCTCAATGGGGCTATCTTCATAAGGATTATGGCAATAGTAGAGCTATCCATAAACGCTATAAATACTGGGCAGATAAGGGTATT
TGGTGTGACTTAATGACTTATGTTTCTGATGTTGACTCTGAACAGTTTATGATTGATTCATTATCTGTAAAAGCACATGCTTGTGCTAGTGGTTATGAGA
TAAACGGTAATGAAATTCATGCACTTGGGAGAAGTGTTGGTGGATTTACAACTAAAATTCATACTGTAACAGACGCATTGGGTAATCCTGTTGGATTTAT
GCTATCAGCTGGTAATGTTCACGACATTATTCCTTCTCAAGATCTATTAAAAGGTATAAGAGGTGCTCAAATATTGGCAGATAAGGCTTATTTTTCTGAG
GACAATCTAAGGTTTCTAACAAAAAATGGTAATACAGCCATTATTCCTGCTAAAGAAAATTATACTAAAAATCACCATATTGATTGGCATATATACAAAG
ATAGGCATCTAATTGAAAACTTTTTCTCTAAAATTAAGCATTTTAGAAGGGTTTTTTCTAGATTTGATAAAACTTGCTCCGCTTTTCTAGGGTTTGTGGC
ATTAGCAAGCACATTTATTTGGCTAAGATAATTTTTTGTTCATGGAACC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
750 bp | 249 aa | 82 | 831 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKYYISESNWSTILIFLKAQKGLHIKDTQKLRIFVEAVFYILKTGAQWGYLHKDYGNSRAIHKRYKYWADKGIWCDLMTYVSDVDSEQFMIDSLSVKAHA
CASGYEINGNEIHALGRSVGGFTTKIHTVTDALGNPVGFMLSAGNVHDIIPSQDLLKGIRGAQILADKAYFSEDNLRFLTKNGNTAIIPAKENYTKNHHI
DWHIYKDRHLIENFFSKIKHFRRVFSRFDKTCSAFLGFVALASTFIWLR
CASGYEINGNEIHALGRSVGGFTTKIHTVTDALGNPVGFMLSAGNVHDIIPSQDLLKGIRGAQILADKAYFSEDNLRFLTKNGNTAIIPAKENYTKNHHI
DWHIYKDRHLIENFFSKIKHFRRVFSRFDKTCSAFLGFVALASTFIWLR
Blast result :
Comments
ISFw10 is 69% aa similar to ISFtu2.
References
1] ISfinder soumission (2018)
2] Rydzewski,K., Schulz,T., Brzuszkiewicz,E., Holland,G., Luck,C., Fleischer,J., Grunow,R. and Heuner,K. (2014) BMC Microbiol. 14 (1), 169.
2] Rydzewski,K., Schulz,T., Brzuszkiewicz,E., Holland,G., Luck,C., Fleischer,J., Grunow,R. and Heuner,K. (2014) BMC Microbiol. 14 (1), 169.