ISFw10

  • Family IS5
  • Group IS427
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AWHF01000039 ND Francisella sp.
Francisella sp. W12-1067
DNA section
IS Length : 849 bp

Ends


IR Length : 16

IRL : GGTTCCATGAACAAAATTTTTGCATAAAGAAGTTAAGTGTATTTAAATAG
IRR : GGTTCCATGAACAAAAAATTATCTTAGCCAAATAAATGTGCTTGCTAATG

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TAAACCAATATATTTATCCATG2

DNA sequence

GGTTCCATGAACAAAATTTTTGCATAAAGAAGTTAAGTGTATTTAAATAGTTTTGCGAAACAAGAAACACACTTAACATAAATGAAATATTATATATCAG
AGTCAAATTGGTCAACTATTTTAATTTTTCTTAAGGCCCAAAAGGGTTTACATATCAAAGACACTCAAAAGCTTAGAATATTTGTAGAAGCAGTATTCTA
TATTCTAAAAACAGGTGCTCAATGGGGCTATCTTCATAAGGATTATGGCAATAGTAGAGCTATCCATAAACGCTATAAATACTGGGCAGATAAGGGTATT
TGGTGTGACTTAATGACTTATGTTTCTGATGTTGACTCTGAACAGTTTATGATTGATTCATTATCTGTAAAAGCACATGCTTGTGCTAGTGGTTATGAGA
TAAACGGTAATGAAATTCATGCACTTGGGAGAAGTGTTGGTGGATTTACAACTAAAATTCATACTGTAACAGACGCATTGGGTAATCCTGTTGGATTTAT
GCTATCAGCTGGTAATGTTCACGACATTATTCCTTCTCAAGATCTATTAAAAGGTATAAGAGGTGCTCAAATATTGGCAGATAAGGCTTATTTTTCTGAG
GACAATCTAAGGTTTCTAACAAAAAATGGTAATACAGCCATTATTCCTGCTAAAGAAAATTATACTAAAAATCACCATATTGATTGGCATATATACAAAG
ATAGGCATCTAATTGAAAACTTTTTCTCTAAAATTAAGCATTTTAGAAGGGTTTTTTCTAGATTTGATAAAACTTGCTCCGCTTTTCTAGGGTTTGTGGC
ATTAGCAAGCACATTTATTTGGCTAAGATAATTTTTTGTTCATGGAACC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
750 bp249 aa82831+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MKYYISESNWSTILIFLKAQKGLHIKDTQKLRIFVEAVFYILKTGAQWGYLHKDYGNSRAIHKRYKYWADKGIWCDLMTYVSDVDSEQFMIDSLSVKAHA
CASGYEINGNEIHALGRSVGGFTTKIHTVTDALGNPVGFMLSAGNVHDIIPSQDLLKGIRGAQILADKAYFSEDNLRFLTKNGNTAIIPAKENYTKNHHI
DWHIYKDRHLIENFFSKIKHFRRVFSRFDKTCSAFLGFVALASTFIWLR

 

Blast result :
Comments
ISFw10 is 69% aa similar to ISFtu2.
References
1] ISfinder soumission (2018)
2] Rydzewski,K., Schulz,T., Brzuszkiewicz,E., Holland,G., Luck,C., Fleischer,J., Grunow,R. and Heuner,K. (2014) BMC Microbiol. 14 (1), 169.