ISHahy14
- Family ISNCY
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP002304 | ND | Halanaerobium hydrogeniformans | Halanaerobium hydrogeniformans |
DNA section
IS Length : 1739 bp
Ends
IR Length : 11/16
IRL : TAGTCGTTTGTATAATGTCTAAGGCCCGAAATAACAGGGCTCATGACATA
IRR : TAGGTATTTGCAAAATAGGCAAAGAAAATAGTGAAAAACTGTAATAGTAG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATCTTAATCAGTTCAATTGAATTAAGCATTTTGGCTCCTTTGT | AATATAATAATA | TCTTATTTAAACCTACTTCCGTTATTATTCTGCATATTCTTCT | 12 |
GTCTAGATAAATATTTCTACTCACTGATCGTCCTCCTTAAT | ATATAATAAATTGT | AGATAAAAAGCTGCTCAATTTATGGATAAATAAGAATAGCT | 14 |
DNA sequence
TAGTCGTTTGTATAATGTCTAAGGCCCGAAATAACAGGGCTCATGACATAAATTTTTGGTGACTTCCTCCTTAAAATATGGTATAATATAGTTAGAAATA
CTAAAAATACCACAAATCAAAAGGAGGAAATCATAATGTCTTTTAATTCTAAAAAGCAATTGTCTTTCGGTGATCTTTATGAACAGGCCAAAGATTGGGC
TCAAAATGATAAACCTCAATTCCTTGAAATGCTCGACCAATATCTTGATTTATCTGAATTTATTCCTGACGGTTTCTACAATGCTTACTACAAATATTTT
GGTAGAAATAGAATTTACAGACTGGAATCAATGCTTTCTGCATTTATACTGCAAAAAATACTGGGTATTCCAACTCTTGTCCTTCTAATTAATATCTTAA
CTTTAAGCAGTGATTTAAAAGAATTCTGTGGTTTTAACTCTGTACCTGATATCTCTCAGTTTTCTCGTTTTAAGACAAAATTTGAAGATCATTTAGAAGA
CTTTTTCTATCACCTTGTTGATGTTACTGAACCTCTCTGCAGAAAAATTGATCCTTTAATGGCTGATCTTTTTATCTATGATACAACTGGTTTTGAACCC
TATGTGATTGAAAACAATCCTAAATACATAAATAATATTATTCGCAGACTTAAAAATATCTACAAAAATGATAAAAATGTTAATATTTATGGTTTTGCGT
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TGGTCTTGGAATTATCCGTCACATTTCTTTTTTTGATGATCAATTTAAAGATAATCACCCTGAAATACCTATTGAGAAAAAGACTGATTCACCTGATGAA
GATAAATCTATTGGTGATTCAACTTCTTTAAAACCAGTTTTAGAAGATTATTTTAAACTTCACAGTAATCATCAATATTCAACTTTTATCGCTGATTCAG
CCTTTGACAGTTATCAAACTTATCCTTTTTTACTGAAAGATTTTGGTTTTGATAAAGCAGTCATACCACTTAATTTTAGAAACACTAAATCAAGTTTACC
ACAGCCAGAATACAATGAAAACGGCTGGCCTTTATGTCCTAAAGACTCTTCCTTACCAATGAAACCTAATGGTTGGTGTCGCGGTAAAAACCGCAGTCCC
AGATTTAAGTTTGTCTGTCCTAAAATTAATCATAAGGGTGGTAAAAGAAACTGCTACTGTGAGAACCCCTGTACTGACTCCAGTTACAGTAGAGTTATTT
ATACCTATCCTGACCAGGATTTAAGAACTTACCCTGGTATCATCAGAGATACAGATGATTGGATAAACCTCTACAGAAAACGAGGAGTAGTTGAACAGAC
AATTAACTATTTTAAAGATGCCATGGTTACTGGTAATTTAAAGACTCAGAACCTAAAAAGTGTTAAATCAGATGTTTTTCTAGCCGGAATCACTCAACTT
TTAACATTAATTCTAGCTGATAAAATGGATAAACCAGAAAATATTAGATCTTTAAGATCACTAATTGCTTAGAATTCAAATCTTTTAATATCTTTTTTAA
AACCTGTATTCATAGGTTTATTTTGTCATGTCTAATTTTATTAGAACATTTTCTTATTCAATTTTTAAATTCTTAAAATTGAATTCAACCTACTATTACA
GTTTTTCACTATTTTCTTTGCCTATTTTGCAAATACCTA
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CCTTTGACAGTTATCAAACTTATCCTTTTTTACTGAAAGATTTTGGTTTTGATAAAGCAGTCATACCACTTAATTTTAGAAACACTAAATCAAGTTTACC
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TTAACATTAATTCTAGCTGATAAAATGGATAAACCAGAAAATATTAGATCTTTAAGATCACTAATTGCTTAGAATTCAAATCTTTTAATATCTTTTTTAA
AACCTGTATTCATAGGTTTATTTTGTCATGTCTAATTTTATTAGAACATTTTCTTATTCAATTTTTAAATTCTTAAAATTGAATTCAACCTACTATTACA
GTTTTTCACTATTTTCTTTGCCTATTTTGCAAATACCTA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1437 bp | 478 aa | 136 | 1572 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSFNSKKQLSFGDLYEQAKDWAQNDKPQFLEMLDQYLDLSEFIPDGFYNAYYKYFGRNRIYRLESMLSAFILQKILGIPTLVLLINILTLSSDLKEFCGF
NSVPDISQFSRFKTKFEDHLEDFFYHLVDVTEPLCRKIDPLMADLFIYDTTGFEPYVIENNPKYINNIIRRLKNIYKNDKNVNIYGFAYQSMPSSAQVNN
EIKQLYINGHFCYVYKAGIVTNGLGIIRHISFFDDQFKDNHPEIPIEKKTDSPDEDKSIGDSTSLKPVLEDYFKLHSNHQYSTFIADSAFDSYQTYPFLL
KDFGFDKAVIPLNFRNTKSSLPQPEYNENGWPLCPKDSSLPMKPNGWCRGKNRSPRFKFVCPKINHKGGKRNCYCENPCTDSSYSRVIYTYPDQDLRTYP
GIIRDTDDWINLYRKRGVVEQTINYFKDAMVTGNLKTQNLKSVKSDVFLAGITQLLTLILADKMDKPENIRSLRSLIA
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GIIRDTDDWINLYRKRGVVEQTINYFKDAMVTGNLKTQNLKSVKSDVFLAGITQLLTLILADKMDKPENIRSLRSLIA
Blast result :
Comments
ISHahy14 is 65% aa similar to ISCb1.
References
1] Bassett K. (2018) Direct Submission.
2] Brown S.D., Begemann M.B., Mormile M.R., Wall J.D., Han C.S., Goodwin L.A., Pitluck S., Land M.L., Hauser L.J. and Elias D.A. (2011) J. Bacteriol. 193, 3682-3683
2] Brown S.D., Begemann M.B., Mormile M.R., Wall J.D., Han C.S., Goodwin L.A., Pitluck S., Land M.L., Hauser L.J. and Elias D.A. (2011) J. Bacteriol. 193, 3682-3683