ISHahy14

  • Family ISNCY
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP002304 ND Halanaerobium hydrogeniformans
Halanaerobium hydrogeniformans
DNA section
IS Length : 1739 bp

Ends


IR Length : 11/16

IRL : TAGTCGTTTGTATAATGTCTAAGGCCCGAAATAACAGGGCTCATGACATA
IRR : TAGGTATTTGCAAAATAGGCAAAGAAAATAGTGAAAAACTGTAATAGTAG

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
ATCTTAATCAGTTCAATTGAATTAAGCATTTTGGCTCCTTTGTAATATAATAATATCTTATTTAAACCTACTTCCGTTATTATTCTGCATATTCTTCT12
GTCTAGATAAATATTTCTACTCACTGATCGTCCTCCTTAATATATAATAAATTGTAGATAAAAAGCTGCTCAATTTATGGATAAATAAGAATAGCT14

DNA sequence

TAGTCGTTTGTATAATGTCTAAGGCCCGAAATAACAGGGCTCATGACATAAATTTTTGGTGACTTCCTCCTTAAAATATGGTATAATATAGTTAGAAATA
CTAAAAATACCACAAATCAAAAGGAGGAAATCATAATGTCTTTTAATTCTAAAAAGCAATTGTCTTTCGGTGATCTTTATGAACAGGCCAAAGATTGGGC
TCAAAATGATAAACCTCAATTCCTTGAAATGCTCGACCAATATCTTGATTTATCTGAATTTATTCCTGACGGTTTCTACAATGCTTACTACAAATATTTT
GGTAGAAATAGAATTTACAGACTGGAATCAATGCTTTCTGCATTTATACTGCAAAAAATACTGGGTATTCCAACTCTTGTCCTTCTAATTAATATCTTAA
CTTTAAGCAGTGATTTAAAAGAATTCTGTGGTTTTAACTCTGTACCTGATATCTCTCAGTTTTCTCGTTTTAAGACAAAATTTGAAGATCATTTAGAAGA
CTTTTTCTATCACCTTGTTGATGTTACTGAACCTCTCTGCAGAAAAATTGATCCTTTAATGGCTGATCTTTTTATCTATGATACAACTGGTTTTGAACCC
TATGTGATTGAAAACAATCCTAAATACATAAATAATATTATTCGCAGACTTAAAAATATCTACAAAAATGATAAAAATGTTAATATTTATGGTTTTGCGT
ATCAGTCTATGCCTTCTTCTGCTCAAGTTAATAATGAGATAAAACAACTCTATATTAACGGCCATTTTTGTTATGTCTACAAAGCTGGTATTGTCACTAA
TGGTCTTGGAATTATCCGTCACATTTCTTTTTTTGATGATCAATTTAAAGATAATCACCCTGAAATACCTATTGAGAAAAAGACTGATTCACCTGATGAA
GATAAATCTATTGGTGATTCAACTTCTTTAAAACCAGTTTTAGAAGATTATTTTAAACTTCACAGTAATCATCAATATTCAACTTTTATCGCTGATTCAG
CCTTTGACAGTTATCAAACTTATCCTTTTTTACTGAAAGATTTTGGTTTTGATAAAGCAGTCATACCACTTAATTTTAGAAACACTAAATCAAGTTTACC
ACAGCCAGAATACAATGAAAACGGCTGGCCTTTATGTCCTAAAGACTCTTCCTTACCAATGAAACCTAATGGTTGGTGTCGCGGTAAAAACCGCAGTCCC
AGATTTAAGTTTGTCTGTCCTAAAATTAATCATAAGGGTGGTAAAAGAAACTGCTACTGTGAGAACCCCTGTACTGACTCCAGTTACAGTAGAGTTATTT
ATACCTATCCTGACCAGGATTTAAGAACTTACCCTGGTATCATCAGAGATACAGATGATTGGATAAACCTCTACAGAAAACGAGGAGTAGTTGAACAGAC
AATTAACTATTTTAAAGATGCCATGGTTACTGGTAATTTAAAGACTCAGAACCTAAAAAGTGTTAAATCAGATGTTTTTCTAGCCGGAATCACTCAACTT
TTAACATTAATTCTAGCTGATAAAATGGATAAACCAGAAAATATTAGATCTTTAAGATCACTAATTGCTTAGAATTCAAATCTTTTAATATCTTTTTTAA
AACCTGTATTCATAGGTTTATTTTGTCATGTCTAATTTTATTAGAACATTTTCTTATTCAATTTTTAAATTCTTAAAATTGAATTCAACCTACTATTACA
GTTTTTCACTATTTTCTTTGCCTATTTTGCAAATACCTA
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1437 bp478 aa1361572+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MSFNSKKQLSFGDLYEQAKDWAQNDKPQFLEMLDQYLDLSEFIPDGFYNAYYKYFGRNRIYRLESMLSAFILQKILGIPTLVLLINILTLSSDLKEFCGF
NSVPDISQFSRFKTKFEDHLEDFFYHLVDVTEPLCRKIDPLMADLFIYDTTGFEPYVIENNPKYINNIIRRLKNIYKNDKNVNIYGFAYQSMPSSAQVNN
EIKQLYINGHFCYVYKAGIVTNGLGIIRHISFFDDQFKDNHPEIPIEKKTDSPDEDKSIGDSTSLKPVLEDYFKLHSNHQYSTFIADSAFDSYQTYPFLL
KDFGFDKAVIPLNFRNTKSSLPQPEYNENGWPLCPKDSSLPMKPNGWCRGKNRSPRFKFVCPKINHKGGKRNCYCENPCTDSSYSRVIYTYPDQDLRTYP
GIIRDTDDWINLYRKRGVVEQTINYFKDAMVTGNLKTQNLKSVKSDVFLAGITQLLTLILADKMDKPENIRSLRSLIA

 

Blast result :
Comments
ISHahy14 is 65% aa similar to ISCb1.
References
1] Bassett K. (2018) Direct Submission.
2] Brown S.D., Begemann M.B., Mormile M.R., Wall J.D., Han C.S., Goodwin L.A., Pitluck S., Land M.L., Hauser L.J. and Elias D.A. (2011) J. Bacteriol. 193, 3682-3683