ISHahy12
- Family IS21
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP002304 | ND | Halanaerobium hydrogeniformans | Halanaerobium hydrogeniformans |
DNA section
IS Length : 2517 bp
Ends
IR Length : 35/50
IRL : TGTATATGATAATCTAAAAGTGACCCAGGATAATAATTTAAAATTGACCC
IRR : TGTTTTTGTCAAGTGAAATTTGACCCTTTTATTAATTGAAAATTGACCCG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GCTCCACCTGTAGA | CACAAT | ACAATAACTTCTTGACC | 6 |
DNA sequence
TGTATATGATAATCTAAAAGTGACCCAGGATAATAATTTAAAATTGACCCGTTTAAATAGATAATATAAACTGTCCATAATAAAATAAAAATTATGGGCA
GGTGAAAAAGGTGATAAAATTGAATGAAAAAGCCGATATTCTAATTAAACATTTTGTCGAGGGTCAATCAATTAGAAAAATAGCTAGAGAGTCAGAATTT
TCAAGAAATACTATCCGCAAATATATCCGAGATCATGAAGAAAAACTTCAGAATCTGGATAAAGCAAAATCCAGAGATGAAATATTAACCTTAATTGAAT
CTCTAGTAGAAACTCCTGAGTATGACAGCTCTAACCGTAATAAATATAAAATGAATGAAGCTATCAAAAAAGATATTGATTACTGCATTAAAGAAAACAA
AAAACGGCGAGCAACAGGTATGCGTAAGCTGCAGCGTAAAAAGATTGATATTCATGAATATCTGCTCGGTAAAGGTCATGATATTAGTTACTCAACAGTC
TGCAACTACATCAGAAACACCTATGAAAATGCAGCCAAAGAAGCATATATAAAACAGCTCTATCATGAAGGAGAATCCCTTCAGTTCGACTATGGTGAAG
CCAATTTAGAAATTGCAGGTAAAAACAAAACCCTTAATATGGCTCTATTCACAACTGGTTTTGGTTTTCATCACTATGGTAAATTTTATGCTAATAAAAA
GATGACTTCATTTTTAGATGCTCATGTTAAAGCATTTAAGAACTTCAATGGAGTATATCATGAAGTAGTTTATGATAATTTAAAACAGGCTGTAAAAAGA
TTCGTTGGTCCTTCTGAAAAAGAAGCTACTGAGGATCTAGTTAAGCTTTCCCTCTACTATGGCTTTAAATACCGCTTTTGTAACGCATATCGCGGGAACG
AAAAAGGCAAAGTTGAGAAAGGCGTTGATTTCGTCAGGCGGCGGATCTTCTCCCAGAAAACAAGTTTTGAATCCATAGAAGAAGCAAATGAGTATCTTGC
TGCAGGACTAAAAAGGCTTAACTCAATGAAAAAAGCTGAATTAGATAACAGATCACCATATGAGCTCTGGCAGCAGGAAATACCATATCTACTGCCTTTA
AAACCTCCATATGAGGCCTGCAGAGAAAAAGAATGTAGAGTCAATAAATACAGCTTTGTAACCTTTGAGCAGAATAAATATTCTGTACCTGATCATCTTG
TTGGAAGATTTGTTAACAGCAGAATTTACTCAGATTATATAAAAATATACTACAACGATGAGCTGGTAGCAAAGCATCAGAGAATATATGAAGTTCATAA
ATGCAGTATTGAAATAGAACATTATCTTCTAACTCTAAAAAGAAAGCCTGGTGCATTGAAAAAATCCCTAGCTTTTCATCAAATGGCACCAGACCTCAAA
GAGATATATAAATTATACTACGATAATTATACCAGAAAAACTAAAGAATTCATAGAGCTTTTAGAACTGGTAAGTGAGAAAGGTCTGGATGAAATTAAGG
GTGCTATAGAAACTCTTTCTAAAAACAAAAAGTCAATGGTAACAACTGCTAATATCAAAGTGTTAGTTCAAAAGGAGAATACTCCTGATTTTACAATTTC
CAGTGAAATAAATGAGAATTCTCTGGAACTATTAAAAAAATGGGATACTATGTTTAGTCTCCAAAATCATCAGGAGGTGATCCAGTAATGAATAAAGAAA
TAATACTGGAAACTAAAAATTACATCAAAGAACTAAAGATTGCTGGTATTAGAAACGACTTAAATCAAAAACTGGCTGAAGCTTATCGCAACAATACACC
TTACGAAGAACTATTAAGAGATCTATTTCGAGATGCATATGATATGCGTAAAGAAAATGGCCGTAAAAATAGGATTAAAAATGCTAAATTCCCATACAAA
AAATATTTGGATACCCTAATTGTAGACTATCTACCTGAGAGTGCTCAAGCTAAGTTTAAAGAGTTAAAGTCGCTTAAATTTATTGAAGAAAATAGAAACA
TAATTTTCTCAGGAAATCCTGGGACTGGAAAAAGTCATTTGTCTATAGGCCTTGGTATCAAGGCCTGTAACGAGGGCTATAAAGTCTTCTTTGCCACAGT
ACCACAGTTTATCAACCAATTGAAAGAAACCCAGAGCGAAAGAAGATTAACTAATTTTGAATCTAAATTCCAAAAATATGACTTAATAATTTTAGATGAA
TTGGGCTACATCTCTTTTGACCAGAAAGGAAGCGAACTTTTATTCTCCTTTCTTTCACTAAGAGCAGAACGCAAATCTACTATCATAACTTCCAATCTCT
CATTTGAGAGGTGGAATGAGGTGTTTAATGATCCAGCATTAACTGCAGCTATGGTAGATAGATTGACCCACAAATCATATGTAATTAATATGAATGGTAA
TTCTTACCGAATGAAAGAAACTGAAGAGTGGCTGGGTCAATAAAATTAATATTATTTTTTGCTTACCCGGGTCAATTTTCAATTAATAAAAGGGTCAAAT
TTCACTTGACAAAAACA
GGTGAAAAAGGTGATAAAATTGAATGAAAAAGCCGATATTCTAATTAAACATTTTGTCGAGGGTCAATCAATTAGAAAAATAGCTAGAGAGTCAGAATTT
TCAAGAAATACTATCCGCAAATATATCCGAGATCATGAAGAAAAACTTCAGAATCTGGATAAAGCAAAATCCAGAGATGAAATATTAACCTTAATTGAAT
CTCTAGTAGAAACTCCTGAGTATGACAGCTCTAACCGTAATAAATATAAAATGAATGAAGCTATCAAAAAAGATATTGATTACTGCATTAAAGAAAACAA
AAAACGGCGAGCAACAGGTATGCGTAAGCTGCAGCGTAAAAAGATTGATATTCATGAATATCTGCTCGGTAAAGGTCATGATATTAGTTACTCAACAGTC
TGCAACTACATCAGAAACACCTATGAAAATGCAGCCAAAGAAGCATATATAAAACAGCTCTATCATGAAGGAGAATCCCTTCAGTTCGACTATGGTGAAG
CCAATTTAGAAATTGCAGGTAAAAACAAAACCCTTAATATGGCTCTATTCACAACTGGTTTTGGTTTTCATCACTATGGTAAATTTTATGCTAATAAAAA
GATGACTTCATTTTTAGATGCTCATGTTAAAGCATTTAAGAACTTCAATGGAGTATATCATGAAGTAGTTTATGATAATTTAAAACAGGCTGTAAAAAGA
TTCGTTGGTCCTTCTGAAAAAGAAGCTACTGAGGATCTAGTTAAGCTTTCCCTCTACTATGGCTTTAAATACCGCTTTTGTAACGCATATCGCGGGAACG
AAAAAGGCAAAGTTGAGAAAGGCGTTGATTTCGTCAGGCGGCGGATCTTCTCCCAGAAAACAAGTTTTGAATCCATAGAAGAAGCAAATGAGTATCTTGC
TGCAGGACTAAAAAGGCTTAACTCAATGAAAAAAGCTGAATTAGATAACAGATCACCATATGAGCTCTGGCAGCAGGAAATACCATATCTACTGCCTTTA
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ATGCAGTATTGAAATAGAACATTATCTTCTAACTCTAAAAAGAAAGCCTGGTGCATTGAAAAAATCCCTAGCTTTTCATCAAATGGCACCAGACCTCAAA
GAGATATATAAATTATACTACGATAATTATACCAGAAAAACTAAAGAATTCATAGAGCTTTTAGAACTGGTAAGTGAGAAAGGTCTGGATGAAATTAAGG
GTGCTATAGAAACTCTTTCTAAAAACAAAAAGTCAATGGTAACAACTGCTAATATCAAAGTGTTAGTTCAAAAGGAGAATACTCCTGATTTTACAATTTC
CAGTGAAATAAATGAGAATTCTCTGGAACTATTAAAAAAATGGGATACTATGTTTAGTCTCCAAAATCATCAGGAGGTGATCCAGTAATGAATAAAGAAA
TAATACTGGAAACTAAAAATTACATCAAAGAACTAAAGATTGCTGGTATTAGAAACGACTTAAATCAAAAACTGGCTGAAGCTTATCGCAACAATACACC
TTACGAAGAACTATTAAGAGATCTATTTCGAGATGCATATGATATGCGTAAAGAAAATGGCCGTAAAAATAGGATTAAAAATGCTAAATTCCCATACAAA
AAATATTTGGATACCCTAATTGTAGACTATCTACCTGAGAGTGCTCAAGCTAAGTTTAAAGAGTTAAAGTCGCTTAAATTTATTGAAGAAAATAGAAACA
TAATTTTCTCAGGAAATCCTGGGACTGGAAAAAGTCATTTGTCTATAGGCCTTGGTATCAAGGCCTGTAACGAGGGCTATAAAGTCTTCTTTGCCACAGT
ACCACAGTTTATCAACCAATTGAAAGAAACCCAGAGCGAAAGAAGATTAACTAATTTTGAATCTAAATTCCAAAAATATGACTTAATAATTTTAGATGAA
TTGGGCTACATCTCTTTTGACCAGAAAGGAAGCGAACTTTTATTCTCCTTTCTTTCACTAAGAGCAGAACGCAAATCTACTATCATAACTTCCAATCTCT
CATTTGAGAGGTGGAATGAGGTGTTTAATGATCCAGCATTAACTGCAGCTATGGTAGATAGATTGACCCACAAATCATATGTAATTAATATGAATGGTAA
TTCTTACCGAATGAAAGAAACTGAAGAGTGGCTGGGTCAATAAAATTAATATTATTTTTTGCTTACCCGGGTCAATTTTCAATTAATAAAAGGGTCAAAT
TTCACTTGACAAAAACA
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1578 bp | 525 aa | 111 | 1688 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MIKLNEKADILIKHFVEGQSIRKIARESEFSRNTIRKYIRDHEEKLQNLDKAKSRDEILTLIESLVETPEYDSSNRNKYKMNEAIKKDIDYCIKENKKRR
ATGMRKLQRKKIDIHEYLLGKGHDISYSTVCNYIRNTYENAAKEAYIKQLYHEGESLQFDYGEANLEIAGKNKTLNMALFTTGFGFHHYGKFYANKKMTS
FLDAHVKAFKNFNGVYHEVVYDNLKQAVKRFVGPSEKEATEDLVKLSLYYGFKYRFCNAYRGNEKGKVEKGVDFVRRRIFSQKTSFESIEEANEYLAAGL
KRLNSMKKAELDNRSPYELWQQEIPYLLPLKPPYEACREKECRVNKYSFVTFEQNKYSVPDHLVGRFVNSRIYSDYIKIYYNDELVAKHQRIYEVHKCSI
EIEHYLLTLKRKPGALKKSLAFHQMAPDLKEIYKLYYDNYTRKTKEFIELLELVSEKGLDEIKGAIETLSKNKKSMVTTANIKVLVQKENTPDFTISSEI
NENSLELLKKWDTMFSLQNHQEVIQ
ATGMRKLQRKKIDIHEYLLGKGHDISYSTVCNYIRNTYENAAKEAYIKQLYHEGESLQFDYGEANLEIAGKNKTLNMALFTTGFGFHHYGKFYANKKMTS
FLDAHVKAFKNFNGVYHEVVYDNLKQAVKRFVGPSEKEATEDLVKLSLYYGFKYRFCNAYRGNEKGKVEKGVDFVRRRIFSQKTSFESIEEANEYLAAGL
KRLNSMKKAELDNRSPYELWQQEIPYLLPLKPPYEACREKECRVNKYSFVTFEQNKYSVPDHLVGRFVNSRIYSDYIKIYYNDELVAKHQRIYEVHKCSI
EIEHYLLTLKRKPGALKKSLAFHQMAPDLKEIYKLYYDNYTRKTKEFIELLELVSEKGLDEIKGAIETLSKNKKSMVTTANIKVLVQKENTPDFTISSEI
NENSLELLKKWDTMFSLQNHQEVIQ
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
756 bp | 251 aa | 1688 | 2443 | + | No |
AG : IS21 helper
ORF sequence :
MNKEIILETKNYIKELKIAGIRNDLNQKLAEAYRNNTPYEELLRDLFRDAYDMRKENGRKNRIKNAKFPYKKYLDTLIVDYLPESAQAKFKELKSLKFIE
ENRNIIFSGNPGTGKSHLSIGLGIKACNEGYKVFFATVPQFINQLKETQSERRLTNFESKFQKYDLIILDELGYISFDQKGSELLFSFLSLRAERKSTII
TSNLSFERWNEVFNDPALTAAMVDRLTHKSYVINMNGNSYRMKETEEWLGQ
ENRNIIFSGNPGTGKSHLSIGLGIKACNEGYKVFFATVPQFINQLKETQSERRLTNFESKFQKYDLIILDELGYISFDQKGSELLFSFLSLRAERKSTII
TSNLSFERWNEVFNDPALTAAMVDRLTHKSYVINMNGNSYRMKETEEWLGQ
Blast result :
Comments
ISHahy12 is 56% aa similar to ISSau9.
References
1] Bassett K. (2018) Direct Submission.
2] Brown S.D., Begemann M.B., Mormile M.R., Wall J.D., Han C.S., Goodwin L.A., Pitluck S., Land M.L., Hauser L.J. and Elias D.A. (2011) J. Bacteriol. 193, 3682-3683
2] Brown S.D., Begemann M.B., Mormile M.R., Wall J.D., Han C.S., Goodwin L.A., Pitluck S., Land M.L., Hauser L.J. and Elias D.A. (2011) J. Bacteriol. 193, 3682-3683