ISCni2
- Family ISNCY
- Group ISFsi2
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| CP002347 | ND | Calditerrivibrio nitroreducens | Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 |
DNA section
IS Length : 1467 bp
Ends
IR Length : 17/19
IRL : CTGGCATCACCCCATTTTTATGATTTAATATTGAATTTTCAATAAGTTAT
IRR : CTGCCGTCACCCCATTTTTTGCACCCCTAAGCCACAAGTAAACTTTTCTT
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TCAAACATCTT | TTCTGCTT | CCCTTGCAAAAA | 8 |
| ATGAAAAAATG | TTTAGAAAT | CTCTTGACAAG | 9 |
| TGAATTATTTT | TATACATTC | CTCTTGTTTTT | 9 |
| TGGCGTAACTT | TTAATAAAT | ATCTTGACAGA | 9 |
| CAAGTGGTT | AATCAAAAAAA | TTATTGCAA | 11 |
| GGATTGAAAG | TAGATTAAA | TCTATTGCATT | 9 |
| GATAAAAAAAT | TGAAAAAAT | TAGTTGACTAT | 9 |
| TTTTAATTG | AAAAAAATATT | TTCTTGATT | 11 |
| CAGTTTCTCTC | TTATTCTTT | GGATTGCTTTA | 9 |
DNA sequence
CTGGCATCACCCCATTTTTATGATTTAATATTGAATTTTCAATAAGTTATACTTGTAAAAGCCTCCAGAATGTTGTATGATGATTTTACACAAAAAAGCA
ACAATAACAACAAACTGGAGGCAGTTTATGATATATGAAATTGCAGAAAATGTGAAGAGAAAAATTTTAATCCTAACACAAAACCTTAATGATTACATTA
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Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1314 bp | 437 aa | 128 | 1441 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MIYEIAENVKRKILILTQNLNDYITRPQQKYMIEMVSGVFATKSLNLTSIAGYLNERCGVKHSLKRLQRNTFNYSTLLDISNAYNIDYAYNETKSDDRLI
ISIDGGDLTHDYGIGFELIGKVHDGSSNKVGYGYPLNHAVCYSPKSKRMFSLYIDVYSYKSSNFKSENAKTIEMLEKIGIRFKDKGLFVFDRGYDRGEIL
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IEESYKFMKQQFGIEKCLVRRFESLRTLLGMVSFCWNVLSQIESDVMISKLLEDMAKREKYDNEDKKVCEFKYYRISDGIERVLRSYNGKIFHHRDKKYD
CDYVMYFKIGYYLKFPEERKKIFGMGKMKRKKSLLVA
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Blast result :
Comments
ISCni2 is 75% aa similar to ISFsi3.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Pitluck,S., Sikorski,J., Zeytun,A., Lapidus,A., Nolan,M., Lucas,S., Hammon,N., Deshpande,S., Cheng,J.F., Tapia,R., Han,C., Goodwin,L., Liolios,K., Pagani,I., Ivanova,N., Mavromatis,K., Pati,A., Chen,A., Palaniappan,K., Hauser,L., Chang,Y.J., Jeffries,C.D., Detter,J.C., Brambilla,E., Djao,O.D., Rohde,M., Spring,S., Goker,M., Woyke,T., Bristow,J., Eisen,J.A., Markowitz,V., Hugenholtz,P., Kyrpides,N.C., Klenk,H.P. and Land,M. (2011) Stand Genomic Sci 4 (1), 54-62.
2] Pitluck,S., Sikorski,J., Zeytun,A., Lapidus,A., Nolan,M., Lucas,S., Hammon,N., Deshpande,S., Cheng,J.F., Tapia,R., Han,C., Goodwin,L., Liolios,K., Pagani,I., Ivanova,N., Mavromatis,K., Pati,A., Chen,A., Palaniappan,K., Hauser,L., Chang,Y.J., Jeffries,C.D., Detter,J.C., Brambilla,E., Djao,O.D., Rohde,M., Spring,S., Goker,M., Woyke,T., Bristow,J., Eisen,J.A., Markowitz,V., Hugenholtz,P., Kyrpides,N.C., Klenk,H.P. and Land,M. (2011) Stand Genomic Sci 4 (1), 54-62.