ISFw2
- Family IS5
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AWHF01000021 | ND | Francisella sp. | Francisella sp. W12-1067 Francisella sp. MA067296 |
DNA section
IS Length : 1169 bp
Ends
IR Length : 16/20
IRL : GGGCGTGTTGAAAACTAGCCATATATAGAATAATATTTGTTAAAATATAG
IRR : GGGGCTGTTGAAAGCTTACCCAATTTGTGTGTTTAAAGCTTAATTCTTTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AGTTTCGCAC | TTTAT | GTAAAATTTA | 4 |
DNA sequence
GGGCGTGTTGAAAACTAGCCATATATAGAATAATATTTGTTAAAATATAGTTATATTAATTTTCATATGCTTATCTGATGAATCAACTAGAGATGATAAG
TCTTAATGACTTAGTACCGAGAAATCATATATATCGTAAGTTTGTATCGATTTGGAATTTTAAAAATGTTGCTAAGAAATTAAAAAAGTTTGAAAAAGAT
AACCCTTATAAAGGTTATGGAATGCTACGTTTATTTAAATGTTTGCTATTACAATTTATGGAAGATCTTAGCGATAGAGAATTAGAGAAATATCTACAAG
AAAATAACGCAGCAAAATGGTTTTGTGAATTTACATTATTAGAAAAAACTCCCGATCATAGTGTATTTTGTAAATTTAGAAAGAATATAGGTACTCGTTT
TATATCGGAAATTTTTAATGATTTAAGAAAGCAATTAAAACAACAAGGATTTATCAATGAAGTCTTTAGTTTTGTTGATGCTAGTCACTTAATAGCTAAA
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TAGGCTGTAAAGGTAAAGATAAATTTTGGTATGGTTATAAGAAACATACTAGTGTAGATATGCAGAGTGGACTGATTAATAAAGTAGCTGTGACACCTGC
CAACGTTACAGATGCAAAGGGTATAAAATATGTTTGCCCTGATGGTGGTGCGATTTATGCTGATAAGGGATACTGTACAAAATATGCTAACAAAACTGCC
AGGGATAACTGTTGTGACCTTAAAGCCATAAAGAAGAATAATATGCTTGGTAAAAATCATGATCAAGACAGTTGGTTTAGTGCTATACGTTCACCTTATG
AAAGAGTGTTTGCTCATCAGGATAAACGTGTTAGATATAGAGGAGTTTCAAAAAATCACTTTGCTGAACTGATGAAATCTATTTGCTTCAATCTTAAGCG
ACTTGTAGTGCTTGACCCACTCAATTTGTGCTTGAACTAGGATAAGTGTATCCAAATATCAGAAATATTAATAAAACATAAAGAAAAACTTTAGAATAGT
GGCCTAAGATGCACAGCGTTAAAGAATTAAGCTTTAAACACACAAATTGGGTAAGCTTTCAACAGCCCC
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GGCCTAAGATGCACAGCGTTAAAGAATTAAGCTTTAAACACACAAATTGGGTAAGCTTTCAACAGCCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
963 bp | 320 aa | 78 | 1040 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNQLEMISLNDLVPRNHIYRKFVSIWNFKNVAKKLKKFEKDNPYKGYGMLRLFKCLLLQFMEDLSDRELEKYLQENNAAKWFCEFTLLEKTPDHSVFCKF
RKNIGTRFISEIFNDLRKQLKQQGFINEVFSFVDASHLIAKANLWKERDKAIKEKYEKLNNEILPKVAIDKQARIGCKGKDKFWYGYKKHTSVDMQSGLI
NKVAVTPANVTDAKGIKYVCPDGGAIYADKGYCTKYANKTARDNCCDLKAIKKNNMLGKNHDQDSWFSAIRSPYERVFAHQDKRVRYRGVSKNHFAELMK
SICFNLKRLVVLDPLNLCLN
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SICFNLKRLVVLDPLNLCLN
Blast result :
Comments
ISFw2 is 46% aa similar to ISAtu2.
References
1] Klaus Heuner (2014) Direct submission.
2] Rydzewski,K., Schulz,T., Brzuszkiewicz,E., Holland,G., Luck,C., Fleischer,J., Grunow,R. and Heuner,K. (2014) BMC Microbiol. 14 (1), 169.
3] Kuske,C.R., Challacombe,J.F., Siddaramapa,S. and Petersen,J. (2016) Direct GenBank submission.
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3] Kuske,C.R., Challacombe,J.F., Siddaramapa,S. and Petersen,J. (2016) Direct GenBank submission.