ISTki1
- Family IS30
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP009170 | ND | Thermoanaerobacter kivui | Thermoanaerobacter sp. X514 Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 Thermoanaerobacter wiegelii Rt8.B1 Thermoanaerobacter kivui Thermoanaerobacter kivui strain DSM 2030 Thermoanaerobacter sp. X513 |
DNA section
IS Length : 1341 bp
Ends
IR Length : 23/35
IRL : GTTAGTTGTATAATTAAATGCAACAGATAAAAAAATAGAAACCATAGTGA
IRR : ATAAATTGCAATATTAAATGCAACACCTAATGAAAATCATGTAGATATAG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATAATCCAGA | AAAAGTATTTTATC(G/-) | TGGATTATTT | 14 |
AAAAAATTTC | (-/a)GTTAAATTATTTCG | CAAAAATAAA | 14 |
DNA sequence
GTTAGTTGTATAATTAAATGCAACAGATAAAAAAATAGAAACCATAGTGAAAATCGTGTATGATATAGGTGTCAACTAAACATCATACAAGGAGGATTTT
CACTATGGTTCATAATAATTGTACCACAAAAAAGCGTTCTTTTAAACATTTAAGTAGCTATGAACGAGGAGAAATCTATGCATTACTCAAGGAAGGAAGG
AGCATTCGGTATATTGCTAAAAAACTTAATCGATCTCCAAGTACTATAAGCCGTGAAATTAAACGTGGAACTACTACACAACTTAGAAGTGATTTGTCTT
CTTATACAAGCTATTTTCCTGAAACTGGTCAGGCTGTCTACGAAAAAAATCGTTCAAATTGTGGAGCTAAATTTAAAGCAGCTAAAGCAGAAGATTTTTT
GAAATATGCTGAAAATAAAATATTAAATGAAAAATGGTCACCAGACGCAGTTGTAGGTTATTGTAAGAAGGACCCAAGTTGGAATAATAAAACCATTGTT
TGTACTAAAACACTCTACAACTATATAGATAGAGGATTATTAAAAGTTAAAAACATTGATTTACCTTTAAAACTACGCTTAAAACCAAGGAAGAAACAAA
ACCGTAAAAATAAACGTATTATGGGTAAAAGTATTGATTTTAGGCCTAAAGAAGTTGAAAGCCGCGAAGTTTTTGGACATTGGGAAATAGATACGTTAAT
TGGCAAGAAGTCTAATGACAAGGTCCTTTTAACATTAATAGAGCGTAAGACTCGCCATGAAATAATATTACTATTGGATACAAAAGACAGTAAATCTGTT
AAAGATGCACTATCAAAATTAAAAGATATGTTTGGTGACAATTTAAGCAAGGTCTTTAAAACAATAACATCTGATAATGGTACAGAGTTTAGTGATTTAG
AAAGTGCTCTTTTAGAATATGGCGTAGAAGTATATTATACACATCCATATTCATCTTGGGAAAGAGGTACAAATGAACGACATAATGGTCTTATACGACG
TTTTATCCCTAAAGGAAAAAGTATTAGAGATTTATCTATAGATACGATAAAGAGAGTAGAAAATTGGCTTAATAACCTTCCACGAAAATTGTTAAATTAT
AAAACACCTAAAGAATGCTTTTATGAGGAACTGGCAAAAATTTGTTAAGCCCATCTCTTATAAAGTATAGAGCTCGTTCGTGATTTGTCAAGGGGCAGGC
TTCGCCTGACTTAAACCCTTGACAAATCACGACCTTCGCTCAATTTGTTAACTAAGATGGGCTTAAGGTTATATATGATTTGTTCCAAATCCTATATCTA
CATGATTTTCATTAGGTGTTGCATTTAATATTGCAATTTAT
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TTTTATCCCTAAAGGAAAAAGTATTAGAGATTTATCTATAGATACGATAAAGAGAGTAGAAAATTGGCTTAATAACCTTCCACGAAAATTGTTAAATTAT
AAAACACCTAAAGAATGCTTTTATGAGGAACTGGCAAAAATTTGTTAAGCCCATCTCTTATAAAGTATAGAGCTCGTTCGTGATTTGTCAAGGGGCAGGC
TTCGCCTGACTTAAACCCTTGACAAATCACGACCTTCGCTCAATTTGTTAACTAAGATGGGCTTAAGGTTATATATGATTTGTTCCAAATCCTATATCTA
CATGATTTTCATTAGGTGTTGCATTTAATATTGCAATTTAT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1044 bp | 347 aa | 105 | 1148 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MVHNNCTTKKRSFKHLSSYERGEIYALLKEGRSIRYIAKKLNRSPSTISREIKRGTTTQLRSDLSSYTSYFPETGQAVYEKNRSNCGAKFKAAKAEDFLK
YAENKILNEKWSPDAVVGYCKKDPSWNNKTIVCTKTLYNYIDRGLLKVKNIDLPLKLRLKPRKKQNRKNKRIMGKSIDFRPKEVESREVFGHWEIDTLIG
KKSNDKVLLTLIERKTRHEIILLLDTKDSKSVKDALSKLKDMFGDNLSKVFKTITSDNGTEFSDLESALLEYGVEVYYTHPYSSWERGTNERHNGLIRRF
IPKGKSIRDLSIDTIKRVENWLNNLPRKLLNYKTPKECFYEELAKIC
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Blast result :
Comments
ISTki1 is 85% aa similar to ISCth3.
References
1] Chandler M. (2017) Direct submission to ISfinder