ISTet2
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| AEYS01000011 | ND | Thermoanaerobacter ethanolicus | Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 Thermoanaerobacter ethanolicus JW 200 |
DNA section
IS Length : 1761 bp
Ends
IR Length : 15/23
IRL : TGTAACGTCAAATTAAAGCCTTAAATTCGCATATCTATAGTCTCTAAAAC
IRR : GGTAGCGTCAAGTAAGAACATGAGGATTCCCTAAAAAATAGAAATTGTAG
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| ATACCTCCCCTC | GTTGTATG | AAAAAATTGTGT | 8 |
| TGACCTCCTCGA | GATTTTCA | TCCCCCTTTGTG | 8 |
| GTACCTCCTGTT | TATTTTGA | TAATTCGAGGTA | 8 |
| GTACCTCCTGTT | TATTTTGA | TAATTCGAGGTA | 8 |
| TCACCTCCCCCT | TAAACGAA | TTTCTATGCTGA | 8 |
| GTACCTCCTGTT | TATTTTGA | TAATTCGAGGTA | 8 |
| TCGCCTCCCTCT | ATTATCTT | TTATTTTCTCTT | 8 |
| TTACCTCCTTTC | CTAGATTC | ATAATATGTGAA | 8 |
DNA sequence
TGTAACGTCAAATTAAAGCCTTAAATTCGCATATCTATAGTCTCTAAAACATTGGAATAAAAATTTTTTCGAGAAAAAGGAGGATTCCCTCCCCTTGGTG
TCGTAGGTAGTAGTTGTAGCAAAAACAAACACCATCAACCCAAAGGAGGGAATCCTAATTTATGTTTCGACAACTACTACCCGTTTTCTTTCTTACTCAT
TTATTAAATTTTTTGCTTAAAATTTCTCTATTCGCTCTCAAACACTTTAAAGTAGATATTCAGCCGCCTGTTGACCTCCAACCTTCAGGCTACAAAGTTT
TGTCACCTTTAGAGGATCCTTTACCCCTTGTTGAAAAAGTTGTTGAGAAAAAAGATTACAAGAAAATCCTTGCCGAGGCTGAAGCTCAAGGTAAGCCTAT
CTCTCATGTTAGACGTATTAAACCCCTTTGTGTTGATGTTGATAAGTGCCCTGTTTGCGGTGCCCCTCCTGATTATTTGTACAGTTTTGGTAAAGACCCT
GACGGCTTTCAAAAACTACAGTGTAAAGTGTGTAAACATCAATGGGCTCCTGGTAAACCTGCTCCTAAAAAGTCTCGCCCTACTTACCGCTGCCCTTTCT
GCAGGTCTGCCCTTATTCAGGATAAAACTAGAAAGAATTTTACTGTGTTTAAGTGTCGCAATGATAATTGCCCTAAGTGGCTTAACCACCGTAAAAGATA
TCGCTTCAGAGCTTTTGATGTTGATTTTGATGAACTCTCTTCTTCTCCAAATGCTACCCCTGTTAACCTCGCAAAAAGCCATTTTAGCCCATTCTTGATA
GCACAAACTGTTAATTTATACGTAGGTCTCGGTCTTTCTTTAAGGCAAACTGTCTCTGTACTACAGCATATATGGCAAGTTCAAGTCTCTCATCAGACTA
TACAAAACTGGGTGGTTTCCTTGGCCTCTAAACTCGCTCCGCTTGTTAAGTCTATCAACCTCCCTTTGTCAGGCCTTGTTGTTATTGATGAGACTTACAT
AAAGGTCAAAGGTAAGTGGCATTACCTTTTTACTGCCTGTGATGGCTTGAGAGGTTTTATTATCTCACAGCACCTTTCTCCTCATAGGGATGCTTTAGCT
GCTTTGACAATCCTTAAAGAGGTCATTGACCGTTATAGCAACCACGAATTCATTTTAGTCACAGATAAAGCGCCTATTTATGATGTGGCAGTCCATTTCG
CTTCGGTTTTCTTTGGGGCCGATATCCGTCACCGACCTGTGTTGGGAATCTCTCCTCCACCCGGTGGTGACAGTCATACTTACAGACCGTATAAAAACCG
TTTAGAACGCTTATTTGGCTCTTACAAGGCTCATTACAAGCGCCATAAGTCTTTTAGTTCTTTTGAAGGTGCTGTCGCTCATGCATTGCTATATCAGCTG
TACTACAATCACTTGAAACCTCATGAGGCTTCCGATGGCAAAGTACTTGCACCCCTTAAAGATAAACATGGCCACCAAGTGGATAATTGGGCTAAACTGA
TTCAATGGTTTGTTGAGCTTAATTAAACTCTATAATCTTGACAACTTTTATGTGGTAAGTTAGACTGTATTTGAAATAGTCTAGCTTACCATAGGGTAAT
GTTTGCCTTCTTTGCCCATAAAAGCTTAGATTTTATTTACTTATAGTTTTTTCCTAGGTGTCATTTTAAGTTATTGATTTAATAATCACTAATTTCTTTG
CTAACTACTACCTACAATTTCTATTTTTTAGGGAATCCTCATGTTCTTACTTGACGCTACC
TCGTAGGTAGTAGTTGTAGCAAAAACAAACACCATCAACCCAAAGGAGGGAATCCTAATTTATGTTTCGACAACTACTACCCGTTTTCTTTCTTACTCAT
TTATTAAATTTTTTGCTTAAAATTTCTCTATTCGCTCTCAAACACTTTAAAGTAGATATTCAGCCGCCTGTTGACCTCCAACCTTCAGGCTACAAAGTTT
TGTCACCTTTAGAGGATCCTTTACCCCTTGTTGAAAAAGTTGTTGAGAAAAAAGATTACAAGAAAATCCTTGCCGAGGCTGAAGCTCAAGGTAAGCCTAT
CTCTCATGTTAGACGTATTAAACCCCTTTGTGTTGATGTTGATAAGTGCCCTGTTTGCGGTGCCCCTCCTGATTATTTGTACAGTTTTGGTAAAGACCCT
GACGGCTTTCAAAAACTACAGTGTAAAGTGTGTAAACATCAATGGGCTCCTGGTAAACCTGCTCCTAAAAAGTCTCGCCCTACTTACCGCTGCCCTTTCT
GCAGGTCTGCCCTTATTCAGGATAAAACTAGAAAGAATTTTACTGTGTTTAAGTGTCGCAATGATAATTGCCCTAAGTGGCTTAACCACCGTAAAAGATA
TCGCTTCAGAGCTTTTGATGTTGATTTTGATGAACTCTCTTCTTCTCCAAATGCTACCCCTGTTAACCTCGCAAAAAGCCATTTTAGCCCATTCTTGATA
GCACAAACTGTTAATTTATACGTAGGTCTCGGTCTTTCTTTAAGGCAAACTGTCTCTGTACTACAGCATATATGGCAAGTTCAAGTCTCTCATCAGACTA
TACAAAACTGGGTGGTTTCCTTGGCCTCTAAACTCGCTCCGCTTGTTAAGTCTATCAACCTCCCTTTGTCAGGCCTTGTTGTTATTGATGAGACTTACAT
AAAGGTCAAAGGTAAGTGGCATTACCTTTTTACTGCCTGTGATGGCTTGAGAGGTTTTATTATCTCACAGCACCTTTCTCCTCATAGGGATGCTTTAGCT
GCTTTGACAATCCTTAAAGAGGTCATTGACCGTTATAGCAACCACGAATTCATTTTAGTCACAGATAAAGCGCCTATTTATGATGTGGCAGTCCATTTCG
CTTCGGTTTTCTTTGGGGCCGATATCCGTCACCGACCTGTGTTGGGAATCTCTCCTCCACCCGGTGGTGACAGTCATACTTACAGACCGTATAAAAACCG
TTTAGAACGCTTATTTGGCTCTTACAAGGCTCATTACAAGCGCCATAAGTCTTTTAGTTCTTTTGAAGGTGCTGTCGCTCATGCATTGCTATATCAGCTG
TACTACAATCACTTGAAACCTCATGAGGCTTCCGATGGCAAAGTACTTGCACCCCTTAAAGATAAACATGGCCACCAAGTGGATAATTGGGCTAAACTGA
TTCAATGGTTTGTTGAGCTTAATTAAACTCTATAATCTTGACAACTTTTATGTGGTAAGTTAGACTGTATTTGAAATAGTCTAGCTTACCATAGGGTAAT
GTTTGCCTTCTTTGCCCATAAAAGCTTAGATTTTATTTACTTATAGTTTTTTCCTAGGTGTCATTTTAAGTTATTGATTTAATAATCACTAATTTCTTTG
CTAACTACTACCTACAATTTCTATTTTTTAGGGAATCCTCATGTTCTTACTTGACGCTACC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1365 bp | 454 aa | 162 | 1526 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MFRQLLPVFFLTHLLNFLLKISLFALKHFKVDIQPPVDLQPSGYKVLSPLEDPLPLVEKVVEKKDYKKILAEAEAQGKPISHVRRIKPLCVDVDKCPVCG
APPDYLYSFGKDPDGFQKLQCKVCKHQWAPGKPAPKKSRPTYRCPFCRSALIQDKTRKNFTVFKCRNDNCPKWLNHRKRYRFRAFDVDFDELSSSPNATP
VNLAKSHFSPFLIAQTVNLYVGLGLSLRQTVSVLQHIWQVQVSHQTIQNWVVSLASKLAPLVKSINLPLSGLVVIDETYIKVKGKWHYLFTACDGLRGFI
ISQHLSPHRDALAALTILKEVIDRYSNHEFILVTDKAPIYDVAVHFASVFFGADIRHRPVLGISPPPGGDSHTYRPYKNRLERLFGSYKAHYKRHKSFSS
FEGAVAHALLYQLYYNHLKPHEASDGKVLAPLKDKHGHQVDNWAKLIQWFVELN
APPDYLYSFGKDPDGFQKLQCKVCKHQWAPGKPAPKKSRPTYRCPFCRSALIQDKTRKNFTVFKCRNDNCPKWLNHRKRYRFRAFDVDFDELSSSPNATP
VNLAKSHFSPFLIAQTVNLYVGLGLSLRQTVSVLQHIWQVQVSHQTIQNWVVSLASKLAPLVKSINLPLSGLVVIDETYIKVKGKWHYLFTACDGLRGFI
ISQHLSPHRDALAALTILKEVIDRYSNHEFILVTDKAPIYDVAVHFASVFFGADIRHRPVLGISPPPGGDSHTYRPYKNRLERLFGSYKAHYKRHKSFSS
FEGAVAHALLYQLYYNHLKPHEASDGKVLAPLKDKHGHQVDNWAKLIQWFVELN
Blast result :
Comments
ISTet2 is 69% aa similar to ISHco2.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Lucas,S., Copeland,A., Lapidus,A., Cheng,J.-F., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Land,M.L., Hauser,L., Hemme,C. and Woyke,T.J. (2011) Direct GenBank submission.
2] Lucas,S., Copeland,A., Lapidus,A., Cheng,J.-F., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Land,M.L., Hauser,L., Hemme,C. and Woyke,T.J. (2011) Direct GenBank submission.