ISHco2
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
FNDF01000001 | ND | Halanaerobium congolense | Halanaerobium congolense 101314 |
DNA section
IS Length : 1727 bp
Ends
IR Length : 14/19
IRL : CGTTACGTCAAATCTAATAGTTTTTTTAAAAATATTAATAGTTATCATAA
IRR : GATAACGTCAAATAAAATATGATAGTTACCATAAAATGTAAGTAAATAGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTCCTCCTCAAATTTTCAC | NNNNN | 0 |
DNA sequence
CGTTACGTCAAATCTAATAGTTTTTTTAAAAATATTAATAGTTATCATAATTGTCAGGTTAGGAATCTGTATAAAATGCAGGAATCCCTCCCCCTGAGCT
CGTAAATAGTAATTAAGAGAACCACAACTTACTACACCCAGAAAGGAAGGGATCCTAAGTTATGTTTTCTCGAAATTTACCTAATTTCCTGCTTAAACCT
CTTATGAATTTTGTTCTTTTGGTCTATCTCTTTTTCTCCAGGCTCTTTCACGTTGATTTTGAACCTAAAGAAAAACTTGATGACAGCTATACTAAATTTA
ACAGTTTTGATGATCCACTACCTGATATTGAACCCAATTACCCTGATTATAAGGAGCTTCTGGCTGAAGCTAAAGAAAACGGTGAACCGATTAAAGCTGT
TAATCGTCGTAAACCTCTAACTGTAGATGTTGAAGAGTGCTCTAAATGTGGGGCACCCAAAGAATATCTTTACAGCTATGGTCATGACCCAGATGGTTAC
CAGAAGTTCCAGTGCAAAGTCTGTGATCATCAATGGGCTCCTGAAAAGCCTGAGCAACCTAAAAATCATCCTACCTATCGCTGTCCCTTTTGCGGCTATG
CTCTCTCTAAAGAGAAAGAACGTAAGAATTTTACCAAGTATAAGTGCCGCAATGATAACTGTTCTAAATGGAAAAACGAACACAAAAGATATCGCTATAG
AGCTTATGATTTTGATGTTGAAAACCTTGAAGTTTCAAGACCTGATAAAGAACCTGTTAATCTTGACCATTCCCAGTATGGGCAATTCATAATCTCCAAA
GCTATGGACTTTTATGTCGGTCTTGGCCTTTCTTTAAGGCAGACTAAAAGGGCGCTTAAACTTGCATATAATGTTTCACCTTCAGCTCAGACTATCCAGA
ACTGGACTGTCTCTTTAGCTCACAGACTGGGTCCTAAAATCAAGGATCTTGATCTGCCTTTATCTGGCATTGTGGCTGTTGACGAAACATATATCAAAAT
CAAAGGCAGCTGGCATTATCTCTTTACTGCCATTGATGGTAAAAATGGCTGTGTCATTGCTCAGCATCTCTCAAAACATCGAGATGCTAAAGGTGCAATC
ACCATCCTCAAAAGGATTATTGACCAATATCAGGGTCAGGATTTTGTCCTAGTTTCTGATATGGCACCAATCTATAGAGCTGCTGTCCATGCTGCAAAGG
CCTTTTTGAAGACCGATGTAGATCACAGACAGGTTAAAGGAATTTTTACTGATGATGATAATTCAGATGAGGTTTACAGGCCCTATAAAAACATCATTGA
GCGTTTCTTTGGCACCTATAAAGCTCATTACAAGCGTCATAAAAGCTTTAGTTCCTTTGATGGTGCTCTTGCTCATGTAACTTTATATCAGCTTTATTTT
AACTATATAAAACCACATAGCTCCTTTGATAACAAACCACCACTGATAGTAGAGGACTCAAGAGGTCAGCCCATTGAATCCTGGGCTCAACTTATCAGGT
GGATCAACAAAACTGATAAGTAACTGAATATCTTTACTGACTAACTTTTTAGAAAATCAAGTTTAACTCTTTTAAAGTTCTACATTTATCTAATTCCATT
TTTTAACACTATTTACATCTTAAAACTTTTGACATTCTGAATATTTTTATTATAATTAAAATTAGTGGTGATCTATTACTATTTACTTACATTTTATGGT
AACTATCATATTTTATTTGACGTTATC
CGTAAATAGTAATTAAGAGAACCACAACTTACTACACCCAGAAAGGAAGGGATCCTAAGTTATGTTTTCTCGAAATTTACCTAATTTCCTGCTTAAACCT
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AACTATCATATTTTATTTGACGTTATC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1362 bp | 453 aa | 162 | 1523 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MFSRNLPNFLLKPLMNFVLLVYLFFSRLFHVDFEPKEKLDDSYTKFNSFDDPLPDIEPNYPDYKELLAEAKENGEPIKAVNRRKPLTVDVEECSKCGAPK
EYLYSYGHDPDGYQKFQCKVCDHQWAPEKPEQPKNHPTYRCPFCGYALSKEKERKNFTKYKCRNDNCSKWKNEHKRYRYRAYDFDVENLEVSRPDKEPVN
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QHLSKHRDAKGAITILKRIIDQYQGQDFVLVSDMAPIYRAAVHAAKAFLKTDVDHRQVKGIFTDDDNSDEVYRPYKNIIERFFGTYKAHYKRHKSFSSFD
GALAHVTLYQLYFNYIKPHSSFDNKPPLIVEDSRGQPIESWAQLIRWINKTDK
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GALAHVTLYQLYFNYIKPHSSFDNKPPLIVEDSRGQPIESWAQLIRWINKTDK
Blast result :
Comments
ISHco2 is 43% aa similar to ISTps1.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Varghese,N. and Submissions,S. (2016) Direct GenBank submission.
2] Varghese,N. and Submissions,S. (2016) Direct GenBank submission.