ISHco2

  • Family IS6
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
FNDF01000001 ND Halanaerobium congolense
Halanaerobium congolense 101314
DNA section
IS Length : 1727 bp

Ends


IR Length : 14/19

IRL : CGTTACGTCAAATCTAATAGTTTTTTTAAAAATATTAATAGTTATCATAA
IRR : GATAACGTCAAATAAAATATGATAGTTACCATAAAATGTAAGTAAATAGT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTTCCTCCTCAAATTTTCACNNNNN0

DNA sequence

CGTTACGTCAAATCTAATAGTTTTTTTAAAAATATTAATAGTTATCATAATTGTCAGGTTAGGAATCTGTATAAAATGCAGGAATCCCTCCCCCTGAGCT
CGTAAATAGTAATTAAGAGAACCACAACTTACTACACCCAGAAAGGAAGGGATCCTAAGTTATGTTTTCTCGAAATTTACCTAATTTCCTGCTTAAACCT
CTTATGAATTTTGTTCTTTTGGTCTATCTCTTTTTCTCCAGGCTCTTTCACGTTGATTTTGAACCTAAAGAAAAACTTGATGACAGCTATACTAAATTTA
ACAGTTTTGATGATCCACTACCTGATATTGAACCCAATTACCCTGATTATAAGGAGCTTCTGGCTGAAGCTAAAGAAAACGGTGAACCGATTAAAGCTGT
TAATCGTCGTAAACCTCTAACTGTAGATGTTGAAGAGTGCTCTAAATGTGGGGCACCCAAAGAATATCTTTACAGCTATGGTCATGACCCAGATGGTTAC
CAGAAGTTCCAGTGCAAAGTCTGTGATCATCAATGGGCTCCTGAAAAGCCTGAGCAACCTAAAAATCATCCTACCTATCGCTGTCCCTTTTGCGGCTATG
CTCTCTCTAAAGAGAAAGAACGTAAGAATTTTACCAAGTATAAGTGCCGCAATGATAACTGTTCTAAATGGAAAAACGAACACAAAAGATATCGCTATAG
AGCTTATGATTTTGATGTTGAAAACCTTGAAGTTTCAAGACCTGATAAAGAACCTGTTAATCTTGACCATTCCCAGTATGGGCAATTCATAATCTCCAAA
GCTATGGACTTTTATGTCGGTCTTGGCCTTTCTTTAAGGCAGACTAAAAGGGCGCTTAAACTTGCATATAATGTTTCACCTTCAGCTCAGACTATCCAGA
ACTGGACTGTCTCTTTAGCTCACAGACTGGGTCCTAAAATCAAGGATCTTGATCTGCCTTTATCTGGCATTGTGGCTGTTGACGAAACATATATCAAAAT
CAAAGGCAGCTGGCATTATCTCTTTACTGCCATTGATGGTAAAAATGGCTGTGTCATTGCTCAGCATCTCTCAAAACATCGAGATGCTAAAGGTGCAATC
ACCATCCTCAAAAGGATTATTGACCAATATCAGGGTCAGGATTTTGTCCTAGTTTCTGATATGGCACCAATCTATAGAGCTGCTGTCCATGCTGCAAAGG
CCTTTTTGAAGACCGATGTAGATCACAGACAGGTTAAAGGAATTTTTACTGATGATGATAATTCAGATGAGGTTTACAGGCCCTATAAAAACATCATTGA
GCGTTTCTTTGGCACCTATAAAGCTCATTACAAGCGTCATAAAAGCTTTAGTTCCTTTGATGGTGCTCTTGCTCATGTAACTTTATATCAGCTTTATTTT
AACTATATAAAACCACATAGCTCCTTTGATAACAAACCACCACTGATAGTAGAGGACTCAAGAGGTCAGCCCATTGAATCCTGGGCTCAACTTATCAGGT
GGATCAACAAAACTGATAAGTAACTGAATATCTTTACTGACTAACTTTTTAGAAAATCAAGTTTAACTCTTTTAAAGTTCTACATTTATCTAATTCCATT
TTTTAACACTATTTACATCTTAAAACTTTTGACATTCTGAATATTTTTATTATAATTAAAATTAGTGGTGATCTATTACTATTTACTTACATTTTATGGT
AACTATCATATTTTATTTGACGTTATC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1362 bp453 aa1621523+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MFSRNLPNFLLKPLMNFVLLVYLFFSRLFHVDFEPKEKLDDSYTKFNSFDDPLPDIEPNYPDYKELLAEAKENGEPIKAVNRRKPLTVDVEECSKCGAPK
EYLYSYGHDPDGYQKFQCKVCDHQWAPEKPEQPKNHPTYRCPFCGYALSKEKERKNFTKYKCRNDNCSKWKNEHKRYRYRAYDFDVENLEVSRPDKEPVN
LDHSQYGQFIISKAMDFYVGLGLSLRQTKRALKLAYNVSPSAQTIQNWTVSLAHRLGPKIKDLDLPLSGIVAVDETYIKIKGSWHYLFTAIDGKNGCVIA
QHLSKHRDAKGAITILKRIIDQYQGQDFVLVSDMAPIYRAAVHAAKAFLKTDVDHRQVKGIFTDDDNSDEVYRPYKNIIERFFGTYKAHYKRHKSFSSFD
GALAHVTLYQLYFNYIKPHSSFDNKPPLIVEDSRGQPIESWAQLIRWINKTDK

 

Blast result :
Comments
ISHco2 is 43% aa similar to ISTps1.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Varghese,N. and Submissions,S. (2016) Direct GenBank submission.