TnBth3

  • Family Tn3
  • Group
MGE type TransposonRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP003766 ND Bacillus thuringiensis
Bacillus thuringiensis HD-789 pBTHD789-3
DNA section
IS Length : 7428 bp

Ends


IR Length : 59

IRL : GGCCTCACCATACCATTTCGGGAAAATTGTACGTTTAGACACAATTTAGA
IRR : GGCCTCACCATACCATTTCGGGAAAATTGTACGTTTAGACACAATTTAGA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TCCATCCTTAAGTTGATGGGCATGTATAAGTTCTTGAACTAAATAACATTAC0

DNA sequence

GGCCTCACCATACCATTTCGGGAAAATTGTACGTTTAGACACAATTTAGACACATTTTAACCCTGCAAAAAAATCCTTCATGTAAAACAATTACAAAATT
CTACATGAAGAATGGAAGTACTCTATAGTTTCCAATGTACTTTATATTGCATTCTCTTTTAGCAAAAAAGGTACATATCGTTCTAATTAACATACAAACT
TTAAAATTTTTCAACAGAATTTATTATCTTTTTTACTTGTTTGTATATATCTCCTCCATATTTTGTAGCATTAATGCAAGTAACTTGTGGAAGTTTAGAA
GAAACTTCTTTTAGTTCTAAAATATCATTATCAATGAATACAATTTTTTGTAATTTAATATGAAACAACCTAGCAATCTTTTTAATTGAAGTTGATTTGT
TGTTAGAACTTAATTGTGGTAATACGAAGTATTTTTCTATTCCAAGTTGCTTTAGCTTGGCTAATCCCTTAGTATAGTCAGTTTTACTAGCAATAGACTG
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TCTAAATCCCATACTACACATTGAATGTTTTTTTGGTTTTTAATAAATTAATTGTTGTATGTATGTCATCTGAATAATTTAAATCGATTTCATCTGCTAA
TTCTTTTAAATCATGATGAAGGATATGACGTTTTTCATCATCTGTTCCCTCACTAAAATCATGCACATCATTTGTAACAAAATATATTTGATCGTAATCA
CATTGATTGTTATTGTTAAATTTATTTGAGAAATGTTCATACATACTAAAGAAAATCACAGCATCCCCCATACTGTTTTTGTGTCCAAAGGGTTTCTTTT
TTTGTAATCCAAACTCAATCACCATGGTTTTTAATTGTGGATTTGTTAACTTTATTGGTGTTACTTTGTTTTTTATCAAGTGCTCAATATCTTTACATAG
AGATGGGTTTTGGATATTTGTATTTAAATGTATTTGAGATTCGATCTTTTCTAATGACTGGTGATACGAATTATCGGTAGGTTCATAAAAGTATTTAATA
AACGATTTAGCTTGATCCAATGTCTCTTTTGTAGTTGTGAGCTTTTGCTGTAGGATACTTGTATAGTGACGATTCCATTCTAGTAAGACTTGTTCTGGAG
CAAATAAAATAATTTTATTCGCAGCTATTAATTCCTCCATTTTTCGAAAAGTCTGAACTCCTTGTTCGCTTCCATTTAAAAAATTCAACCAAATATTCGT
ATCTAAAATGAATGCAGTTGGTTTATCCCATATATATTTCATTTCATTCTCCTTTTTAAAATACACCAACGCTTGTTCTCCATGAATAAGCGCTGGTGTA
CTTTTTGTAAATTAGAAACGGCAAAAGGAATTGTATAAAATCGCTACTTGTTAAGGATGAAAAACATTAACATTAGTTTATTTTAGAATATTATAGAGAT
TTAGCTATGTGGAGATTGTACAGATTTTAATGTAGTTAAAAAAGGATACATATAATCTATGAGATGAATGATACAATCAAAATAATACTCAAAACTTTTC
AATGGAAATAAACTCATATTTCGTACAGAATCAGTGAAGTTACTTTGATGAAATTCACGATGTTTTTTTAAATCCTTGAGTGAAGAGGTTTCTATATTTT
TCTCCGTAAGCATTGTTTGAAATATGCTTAAATGATTAGGTTGTATTAAGTCTTGTAGGTGTATCATTTGAGCATCAATAAGTGAATGGATATCAAAAAA
ATCCTGCGATCTTGCTCGTTTAAATTTTTCTGGTGTATCCCCTATATGAGGTGAATGTGCTAGAATTCCTATCATTTTTTTACATAATAAAATAAAAGGA
GAAGGAGCTTCCAATGTATAGTTATGGATTTTATATTCCTGTTTTTCTATAATTGGTCCTTCCCATTTAAAGTCAATCTCAAAAAATTTCTTTTTATTTG
GTAACATTATAATGCTATCTTTGCATCGAGCCTCTTTTTGTTCCTTGGTACTACCAGGGTGATTACATATTTCTTCATATTCATGTAAATCCATGAGCTG
AAAAGTATATTTATAAAGAATTTCTTTAGGGTCGAATAAATTTTCAGATGAAAATTTATTATGTAAATTTAGACTTCTAATCTCTAATCTTGAGTTTAAT
ACTTTATACTTTTCTTTTGAAAAAGCCTCATCAAAATTTTTCTCCAATTCAGTTTCTAATCTCACATATTCATGAGGTAATATGGGGGATTCTAAAGATA
AATCTAAATCTACAGAAACTCTATTATGAACATTATAAACTAAGTTCAAAACACTTCCCCCAGTTAATACCGTTTTATCTACAAAAATATCACTAGATAA
AAGGGCACATAAAGACAAGTTTTGAAAGTGTTGAATCTGTTTTTGTATGTTTATTTTATTTTTAACGCGGGATTTTGGGTGTTGTTCATCCTTATCTATT
TGATTGAGCCCATGTGTATAAATAAACATCGGAGATTTTTGATTGTTCATTTTTAGACTCCTACTATAAATTTTTTAATGCATCAATCAGGTGTTAAAAA
TTTATCTTTTATACAAAGGACTCTATTATATTGCTACATTTTTCACACTAGCAAGTGCCGCTTGAGATCCTAACGCAAGTCCCACTGGCCATGTTTTGTG
TACAACAATTTCAGATCCTTCTGTGCGAACCGTTTTTCTAGTGACAAACATATTATCCCCTACATTTTCTGGAATAATCCCATGTAAGGCATCTGTTCCT
AATGATGCAAACCAAATATTTGTAGTTGATTTATCTTTTATACAATGTGTTGGTTGAAAATCATTGATATAAATCTTCCAGCCATCAAAAGAAGATTTTC
CATCTATTACTGGTGGAATTTGATCTCTATTATAATAAGCTTTTCTAATCTGTTCATAACCTGATTGATTGGTGAAAATAACGCCAGATTCGCCTTCTTT
CACACGAATTTGACCCTTAGCACGATCTAAATCCTCTAATTTTAAGGTATTACCATTTAGATCTGTGACGTTACTTGGTTTGATAAGTTGTGTAAACCCG
AGAAAACCATTGGATCCAGATTCTAATTGCTCACTAAATTTATATAATAACTGACGTGTAGCTAAATGCTCTTCGAGTTTAACCAAATCATTTGTATACG
AATAGATATCTTGTCCTTTATATGCAACTAAAAAACTAGTAGCTAATTCACTCATAGGGAATGTGATTGGCTCATCTGGGATTGTTGTATTGTCTGGGAT
TGGATCTCCAAACCCAATAATAGATGCTGGGGTCAATTCAGGTGTTCGTACATATCTTAGACTATCTCCTTCAACATGATGAAATGGGAATACTTCTAGG
TGTTGCAAGCGTTTTGGACTATTTTCTAATAAGCCTTTTGTTAATTCTAAAATAGATAAAAATTGTGCTTGTGCATTTAAAGCCATATTCTATCTCTCCT
TTATACATAATAAATGTAATACTAGTTTTCACCTTATGCTAGAGAACATTAAAATATGTAAAATTTAATCGCTTCTCTAGTTGATAAACTTTTTATAATG
AAAGGAGTAATCAGCAAAAGGTTAGGTTCTTTTTTTGTGTACAGAAAATTGTATATTTCTGTACACTTTATTTTTTAGTAAAAAACACTACAATTTTTCC
TATTATCGTGTCCATAAACAGTGTACAATTATGTATGTTCAGATATCTATCTAAAATTAAATTATTGAACAGGGAGAGACTATAAATTGAAAATTGGTTA
TGTTCGTGTATCAACTGTAGATCAAAATTTGGATTTACAAATAGATGCTTTAAAGGCGTATGGATGTGATGAAATATTTGAAGATAAGTTGAGTGGCATC
GCCGGAAAAAGGCCCGGCCTTGAAAAAGCTCTTCAATATGTGAGACCTGGTGATTCTCTTGTAGTCTGGCGACTTGATCGTTTGGGAAGAACGATGCATC
ATCTTATCCAAATTGTAAATGAATTAAATGAACAGGGTGTTAGTTTCTATAGTGTACAAGAAAATATCACGATGGATCGCTCTAGCGCTACAGGACAATT
GATGTTTCACTTATTTGCTTCTTTTGCAGAATTTGAAAGAAACCTCATTCGTGAACGGACAGAAGCGGGAAGAATTGCTGCAAGGGCTCGGGGACGTTTT
GGTGGAAGACCTGAAAAGTTAGGAGAAAAAGAACAACAAATGATACAAACACTCGTGTCTAAGAAAACCCCAATCAAAGATATTGCGCAAATATTAAAAA
TTTCTCGTACAACGGTGTATCGTTATTTACAAAAGTAGGAGGATGTTCAGATGGCGACGAGAGAAGTTCTGACTCAAACGCAACGAGAATACTTTTATAA
ATTATCAGACCAGGTGAGTGAACGAGAGCGGATACGATACTATACATTATCTGAAGAAGATATACAAATCATCCGTCAACAACGTGGAGCAACGAATCAA
TTAGGTTTTGCGTTTCAACTGGCGTATTTACGATTCCCTGGGCGCCCATTCGCTTCTGGAGAAAAAATACCCGATTTCCTTGTATCATTGCTTGCAAAAA
GATTAGGAATCGTTCCTGCAGCTATACATAATTATGCGAAAATTCGCGATACAACAAGGAGAGAACACATCAGCAAAATTCGAAAACATTTTGGATTCCG
TTCTTTTACCTTACGAGAATATCGAGAATTAGCAAATTGGCTTCTTCCAACTGCTATGGGAACCGAGAAAGGTCTAGTCTTAGTTGATCTTTTGATACAA
GAAATGCGAAAAAGAAAAATCATTCTTCCTGCCATGTATGCCGTAGAACATTTAGTTTGGGCGGTATGTGAACGTGCAGAAAGGCGAACGTTTAAAAAAT
TAACAAAAGCGTTATCTCCACAACAACTTTTACAATTAGACCAGCTATTAACAAAGTCTGCAGATAAACATATTACGAATTTATCCTGGTTACGAAAACC
ACCTGGGACGGTTTCTCTTAAAAATTTTCATAAAATATTAGATCGCGTTCAATTTATTCAAAGGCTCGCATTACCATTAGAAAACGGACAAGAGATTCAC
CAAAATAGATTACTACAATTAGCTAGGGAAGGCTCTCGATATTCCACCCAACATTTGTCTCGATTCCATTCCATGAAACGGTATGCAACTTTAATGGCAT
TTTTAATTCATATTTATGCTTTTTTAATCGACCAAGGTTTATATGTAAATGAAAAATTACTTGGGCGCATGTTTAAAAGAGGAGAAAAAATACATAACGA
TTCGTTTCAAAATGACGGAAAATTAATTAATGAGAAAATCCGTTTATTTGCAAAGCTTGGGAAAGTTTTAATTGAAGCAAAAGAAAGGGAACAAGATCCT
TTTGTATCTTTACAAGCTGTTATACCATGGGACCAATTTGTTTATTCGGTAGAACAAGCGGAAGCGTTGGCGAGGCCTGCAGAATTCGATTATTTAGAAT
TACTGGATACCTATTATGGACAATTTCGCAAGTTTGCCCCCCGACTTTTACAGATTTATACGTTTCAATCTTCTGGTATCACCCAAACATTATGTGAAGC
ACTTGAAATCTTAAAGGAACTGAATACATCTAAAAAAAGAAAAGTTCCTGAATTTGCTCCCATGGATTTTATAAAATCAAAATGGTTGAAACATGTTTTA
AAAGAAGATGGCATTGACCGTCATTACTATGAATTTAGTGTATGGACAGAATTATGTAATCACCTTCGTTCGGGAGATATATGGGTACCAGGAAGCAAAC
AATACAAAAACTTTGATGAGTACTTATTACCAGTACAAACCTGGGAAGAAATCAAAAGAAAACAACAAATTCCATTGTCTATTGCTACAAATGTAGATGA
ATATTTACAAAATCGATGCGGATTGATGCAAGAACAATTAACAATGGTAAATCAACTCATTCGAAACCAAGAATTATCGGATGTTTCTGTTTATGGCGGT
CACATCCAAATTCCATCTTTAAAAAAGGATGTTCCAGACGATGTGGCGGATATTACAAGGGCTATTTATGATGTATTACCACGTATTAAATTAACAGAAC
TATTAGTAGAAGTAGACTCTTGGACCCGTTTTAGTCAACAGTTTGTACATCTTCATACAAAAACAGGGCCAAAAGATGAAACTGCATTATTTGCGGCGAT
TTTAGCCGAGGGGATTAATCTTGGATTAAGTAAAATGGCTGATGCATGTCCTACTGTTACCTATACACAACTTGCTTGGATAGTAGATTGGTATATCAGT
GATGAAAATTATACAAAAGCTCTGGGAGTCTTATCAAATTTTCAACGGCAAAATAGGCATGCTGCCCATTGGGGCAATGGAACCACTTCTTCTTCAGATG
GACAATATTTTAGGTCAAGTGGTGCTTCTAGTCCATTAGCTCAAGTGAATGCCAAACATGGAAGAGATCCTGGCCTAAACTTCTATACTCATATTTCAGA
CCAATACGATCCTTTTTATGCTCAAGTCATTAGTTCTTCTGAGGAAGCGCCTCATATTATAGACGGATTATTATACCATGAAGCCGATACTAGAATTGAA
GAACATTATACGGATGCTGCTGGATTTGTAGATCATGTATTTGCTATGTGTCATATGTTAGGGTTTCGATTCTCTCCGAGAATTAAAAGTATAGATAAGA
CGAAAATTTATACAATCGACAAGCCTACCTATTATCCAGAGCTAAACTTTATGATTGGCGGCACCATACAAATGAAACATATACGAGACAACTGGGATGC
ATTATTGAGATTAATCAGTTCTGTGCAAAATGGAACGGTTACTGCATCGCTTATTTTAAAAAAGTTAGCATCTTATCCACGGCAAAATAGTTTAGCGGTA
GCATTACGAGAAATTGGACGTATAGAAAGAACATTATATACATTAGAATGGCTGCAAGACCCTGCACTGAGAAGGCGAGTTCAAGTCGGACTCAATAAAG
GAGAAGCGAAACATTCGCTTGCACGAGCCGTGTGTTTTCATCGATTAGGAGAAATACGTGATCGTTCTTATGAAGATCAATTGCATCGAGTGAATGGTCT
GCAGTTATTAATTTCTGTAATTGTCATTTGGAATACAGTGTATATCGAAAAGGCGATTGAATTATTACGATCTCAAGGAATGGAAATTCCAGAAGAATAT
GTGCAACACATTTCTCCATTAGGTTGGGAACATATTGCATTAACAGGTGATTATATCTGGAATGTACAGAAAAAAACATCGATTCATCATTTAAGACCTT
TGCGAACAAAATATGTAAGAAATAGATACTAACACCCATTACCGATTCCCTATGTAAATACGGAATCGGTAAAATGTGTCTAAATTGTGTCTAAACGTAC
AATTTTCCCGAAATGGTATGGTGAGGCC
Protein section
ORF number : 6

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
339 bp112 aa539201-No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MQTIQSLHNLGIIQSIASKTDYTKGLAKLKQLGIEKYFVLPQLSSNNKSTSIKKIARLFHIKLQKIVFIDNDILELKEVSSKLPQVTCINATKYGGDIYK
QVKKIINSVEKF

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
753 bp250 aa1366614-No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MYFKKENEMKYIWDKPTAFILDTNIWLNFLNGSEQGVQTFRKMEELIAANKIILFAPEQVLLEWNRHYTSILQQKLTTTKETLDQAKSFIKYFYEPTDNS
YHQSLEKIESQIHLNTNIQNPSLCKDIEHLIKNKVTPIKLTNPQLKTMVIEFGLQKKKPFGHKNSMGDAVIFFSMYEHFSNKFNNNNQCDYDQIYFVTND
VHDFSEGTDDEKRHILHHDLKELADEIDLNYSDDIHTTINLLKTKKTFNV

 

Blast result :
ORF 3
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1050 bp349 aa25501501-No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MNNQKSPMFIYTHGLNQIDKDEQHPKSRVKNKINIQKQIQHFQNLSLCALLSSDIFVDKTVLTGGSVLNLVYNVHNRVSVDLDLSLESPILPHEYVRLET
ELEKNFDEAFSKEKYKVLNSRLEIRSLNLHNKFSSENLFDPKEILYKYTFQLMDLHEYEEICNHPGSTKEQKEARCKDSIIMLPNKKKFFEIDFKWEGPI
IEKQEYKIHNYTLEAPSPFILLCKKMIGILAHSPHIGDTPEKFKRARSQDFFDIHSLIDAQMIHLQDLIQPNHLSIFQTMLTEKNIETSSLKDLKKHREF
HQSNFTDSVRNMSLFPLKSFEYYFDCIIHLIDYMYPFLTTLKSVQSPHS

 

Blast result :
ORF 4
LengthBeginEndStrandFusion ORF
861 bp286 aa34862626-No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MALNAQAQFLSILELTKGLLENSPKRLQHLEVFPFHHVEGDSLRYVRTPELTPASIIGFGDPIPDNTTIPDEPITFPMSELATSFLVAYKGQDIYSYTND
LVKLEEHLATRQLLYKFSEQLESGSNGFLGFTQLIKPSNVTDLNGNTLKLEDLDRAKGQIRVKEGESGVIFTNQSGYEQIRKAYYNRDQIPPVIDGKSSF
DGWKIYINDFQPTHCIKDKSTTNIWFASLGTDALHGIIPENVGDNMFVTRKTVRTEGSEIVVHKTWPVGLALGSQAALASVKNVAI

 

Blast result :
ORF 5
LengthBeginEndStrandFusion ORF
552 bp183 aa37874338+No
ORF function : Accessory Gene
AG : Tn3 resolvase

ORF sequence :

MKIGYVRVSTVDQNLDLQIDALKAYGCDEIFEDKLSGIAGKRPGLEKALQYVRPGDSLVVWRLDRLGRTMHHLIQIVNELNEQGVSFYSVQENITMDRSS
ATGQLMFHLFASFAEFERNLIRERTEAGRIAARARGRFGGRPEKLGEKEQQMIQTLVSKKTPIKDIAQILKISRTTVYRYLQK

 

Blast result :
ORF 6
LengthBeginEndStrandFusion ORF
2982 bp993 aa43517332+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MATREVLTQTQREYFYKLSDQVSERERIRYYTLSEEDIQIIRQQRGATNQLGFAFQLAYLRFPGRPFASGEKIPDFLVSLLAKRLGIVPAAIHNYAKIRD
TTRREHISKIRKHFGFRSFTLREYRELANWLLPTAMGTEKGLVLVDLLIQEMRKRKIILPAMYAVEHLVWAVCERAERRTFKKLTKALSPQQLLQLDQLL
TKSADKHITNLSWLRKPPGTVSLKNFHKILDRVQFIQRLALPLENGQEIHQNRLLQLAREGSRYSTQHLSRFHSMKRYATLMAFLIHIYAFLIDQGLYVN
EKLLGRMFKRGEKIHNDSFQNDGKLINEKIRLFAKLGKVLIEAKEREQDPFVSLQAVIPWDQFVYSVEQAEALARPAEFDYLELLDTYYGQFRKFAPRLL
QIYTFQSSGITQTLCEALEILKELNTSKKRKVPEFAPMDFIKSKWLKHVLKEDGIDRHYYEFSVWTELCNHLRSGDIWVPGSKQYKNFDEYLLPVQTWEE
IKRKQQIPLSIATNVDEYLQNRCGLMQEQLTMVNQLIRNQELSDVSVYGGHIQIPSLKKDVPDDVADITRAIYDVLPRIKLTELLVEVDSWTRFSQQFVH
LHTKTGPKDETALFAAILAEGINLGLSKMADACPTVTYTQLAWIVDWYISDENYTKALGVLSNFQRQNRHAAHWGNGTTSSSDGQYFRSSGASSPLAQVN
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EIRDRSYEDQLHRVNGLQLLISVIVIWNTVYIEKAIELLRSQGMEIPEEYVQHISPLGWEHIALTGDYIWNVQKKTSIHHLRPLRTKYVRNRY

 

Blast result :
Comments
TnBth3 is 66% aa similar to TnAcsp1.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Doggett,N.A., Stubben,C.J., Chertkov,O., Bruce,D.C., Detter,J.C., Johnson,S.L. and Han,C.S. (2013) Genome Announc 1 (6), e01023-13.