ISfinder Mirror Site

ISCaje6

Family IS1595
Group ISPna2

MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)

Accession number	Transposition	Origin	Host
AUUG01000021	ND	Campylobacter jejuni	Campylobacter jejuni 10186

DNA section

IS Length : 1744 bp

Ends

IR Length : 23/28

IRL : GGCTCTGTTAGACAATAATGTTGATATGTGCATATAATTTACAAATAGTG
IRR : GGCTCTGTTAGATTAAATTGTTGATTTGATACATAATAAAGGTTGTCCAA

Insertion site

Left flank	Direct repeat	Right flank	DR Length
TTTTTAATGATA		AATAATTAAAATTA	0

DNA sequence

GGCTCTGTTAGACAATAATGTTGATATGTGCATATAATTTACAAATAGTGTTATAATATAGATAATAGCACTATTGGAGGTAATATTTATGGCAACTATT
TCAAATATAAAGTCAGATATAACATCACTTAGCGAATATCAATTAAGAGAATTATTTAACTATATAGGCGAAATGCTAACCCTTGGTTCATCTAATGGAA
GTCTTAATAAAGAGTTTAGAGAATCAAGATTTAGTAAAGGTCAATGTTGTCCTCATTGTGAATCTACTTCTGTAGTAAAGAACGGTAAACTAAAAGGTAA
GCAACGTTATTTATGTCACTCATGCAAAAAGTCCTTTAACGATTTAACTAAATCTGCATTATCTTGCACTAAGTTACCTTTACAAACATGGATTGAGTAT
GTTAAAGGCATGATTATAGGATTTTCTATAAGAAAGAATGCTGAGAATGTAGGTGTCTGTGTTAAAACATCATTTTATATGAGGCATAAAGTTCTTGATT
GTATAAGAGCATTTATGGGTGTTGGGGATGTAGATGGCATAGTAGAAATGGACGAAACGTTCGTTGCCGAATCTTTTAAGGGAAATCATAAAAAGAGTGG
GTTTAAAATGCCGAGACCTGCTCGAAAAAGAGGTAAACAAATTAAGAAACGTGGTATAAGCAATGAACAGATTTGTATAGCAACAGCAATAGATAGGAAT
GGAAATATAATATTAGAACCCTTATGCAAAGGAAGGGTTACTTATAATGCACTTGAAAGGCTTTATGAAGGGCGTATAGATTCTACCTCAATAATCTGTA
CAGATAGTCATAAATCATATATACAATTTGCTAAAGACCTTCAATTAGACCATAAGAGGATAGCAAGAGGGCATTATAAAAATGATATATACCACATAAA
TCATGTTAATTCATTACATAGCAATCTCAAGATTTGGATGTATAGATTTAAAGGGGTGTCTACTAAGTTCTTAAACAACTATATGAGCTGGTATAAATGG
CTACAAAGTTTTAGTAGTGATAAAGAGGTTATAAAGACAAAGAATATGCTTATCCATAGTATAATACCTTTTGTTGACACAAAGATTAAAGGATATAAGG
AAAGAGAAACTAATATTATATAATGTTAATGTAAAAAATTGATAATTTATATTAATTTATGTAAAATATTATATAGAGTTATTATTGTTTATAACTTGTA
TAAAAAGGGGGCATGTATACATGAAAAAAATTATTATATTGTTTTGTTGTCTTTTATCAGTATTTTCATTAGTGGCTTGTAACAAAGGAAGTGTATCTAA
TGATATTTTAATTGAAGTTAGCAAATCTACTAAATTTTCTAAAGACGAAATAGAAAATGCTATCCAAAATGTAAAGAGTAATTTTAGTTTTCCAGGGGCT
ACCTTAACAAAGATATGGTATGATGAGGAAAAGTCTAATTATTTAATTGATAGTTACTTAGAAAATGGACGTGGATTAACAAATGGAGTTAAAGAAGAGA
ATGTTATTATTCTATTATCAAATTTTGATGTCGATGGTTCTGGTGATAATCCAGTCTTAAACCCAAATACAACATATTCAGATTATCAATGGATATTAAT
AAGAGATAGTAAAAATAATGTTTGGAAAATTGATGATTTTGGATATTAAAAATTAAATTTATTATAATATAATAAGTAAATAAAGGTTGTCTTATTGGAC
AACCTTTATTATGTATCAAATCAACAATTTAATCTAACAGAGCC

Protein section

ORF number : 2

ORF 1

Length		Begin	End	Strand	Fusion ORF
1035 bp	344 aa	89	1123	+	No

ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MATISNIKSDITSLSEYQLRELFNYIGEMLTLGSSNGSLNKEFRESRFSKGQCCPHCESTSVVKNGKLKGKQRYLCHSCKKSFNDLTKSALSCTKLPLQT
WIEYVKGMIIGFSIRKNAENVGVCVKTSFYMRHKVLDCIRAFMGVGDVDGIVEMDETFVAESFKGNHKKSGFKMPRPARKRGKQIKKRGISNEQICIATA
IDRNGNIILEPLCKGRVTYNALERLYEGRIDSTSIICTDSHKSYIQFAKDLQLDHKRIARGHYKNDIYHINHVNSLHSNLKIWMYRFKGVSTKFLNNYMS
WYKWLQSFSSDKEVIKTKNMLIHSIIPFVDTKIKGYKERETNII

Blast result :

ORF 2

Length		Begin	End	Strand	Fusion ORF
429 bp	142 aa	1221	1649	+	No

ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MKKIIILFCCLLSVFSLVACNKGSVSNDILIEVSKSTKFSKDEIENAIQNVKSNFSFPGATLTKIWYDEEKSNYLIDSYLENGRGLTNGVKEENVIILLS
NFDVDGSGDNPVLNPNTTYSDYQWILIRDSKNNVWKIDDFGY

Blast result :

Comments

ISCaje6 is 79% (transposase) aa similar to ISClba2.

References

1] ISfinder annotation (2017)
2] Harrison,J.W., Dung,T.T., Siddiqui,F., Korbrisate,S., Bukhari,H., Tra,M.P., Hoang,N.V., Carrique-Mas,J., Bryant,J., Campbell,J.I., Studholme,D.J., Wren,B.W., Baker,S., Titball,R.W. and Champion,O.L. (2014) Emerging Infect. Dis. 20 (6), 1026-1029.