ISHce1
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP003481 | ND | Helicobacter cetorum | Helicobacter cetorum MIT 99-5656 |
DNA section
IS Length : 4494 bp
Ends
IR Length : 27/33
IRL : GGCTCTGTTAAAACAAAGTATTGATTTATTCTTGTTATTTTGCTATACTA
IRR : GGCTCTGCTTAAACAAACCATTGATTTAATGTTTTAGTTTTATTATCAAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TAGTGTATTGTATTTTT | TTTTTTTT | TGAAAAAGAGCTT | 8 |
DNA sequence
GGCTCTGTTAAAACAAAGTATTGATTTATTCTTGTTATTTTGCTATACTATTTCTATAAAACCCCTTTCAAATAAGGACTTTAAAATGCCTAATCATACA
AATGAATTAAAGATTATCAAACAGCTCTTTAATAACTTAACAAAAACTGATAAAAAGGCTTTTTTAAAGACTATTAAAGATAAAGAAAAATCTATAACTA
AAACACCTATTCAAAAAGAAATCAAAGAGTGTCCACATTGTAAGTCTAATCAATTTGTAAAAAATGGCAAAAAAGATAATAAACAAAGATTTATGTGTAA
AGATTGCAAAAAGACTTTTACACTAACTAATAACACTATTCTTTTTAGCACCAAGACAGATATTAAGGTTTGGAAAAAATTCGTTCGTTGTATGATAGAA
AAATATTCGCTTAAAAAGACAGCTGAAATTTGTAAGATTAGCTTACCTACCGCTTTTGCTTGGCGGCATAAAATACTAGATGCTTTACAGAATATACAAA
ACGAAGTAGAGCTAAATGGCGTAGTAGAGGCTGATGAGACCTACTTCCCCCTTTCTTTTAAAGGTCATCATAAAAATTTTAAGCTGCCACGCTTATCTAA
ACATAGAGACACACAAGCATTAAAGCGTGGATTATCTAAAGAGCAAGCTTGTGTAACAAGTGGAGTGAATTTAAATGGCAAATCTATTGCTAAAGTTTCT
GATTTAGGTAAGCCTAAAATCAAAGACTTAATAAAAGTCTTAAGTAATAAAGTTTCTAGAGATAGTATTTTTGTAACCGATAGTTTTAGAGCTTATTTAA
AACTAGCAAATAACATGGAGTTAAGCCATATTAGAATACCAAAGAAAAAACATAAACTAGGTTCTTTTAATATCCAAACTATCAATAGCTATCATAGTCA
TTTAAAGGATATGATTAAGCATAAAATTAAAGGTGTAGCGACTAAATACTTGGATAATTATCTTGTTTATCATAACTTTGTGAATTTTGCTAAAGAGAGC
TATAAGGAAGTGATTTTGTTTGAGTATATACAAAATAATGAGTGTGTTAGTTTGAGTTTAGAGATTTCTCATAGAGAATGTTTGGGGTTAGTGGGATAAT
TTGCAAAAACTTTAATGTTAAAAGTAGCGAGTGTATTTAGTGGGATTGGGGCGTTTGAATACGCTCTAAAGCGTTTAGAAATAGAACATGAAATTTTATT
TGCTTGTGATAATGGCAATATTGATTTAAATATAGATTATGATTTAGAATTACAAAAGATTAAAAGCTTATCAAACATAAAAGAAAAAAGAAATTACACA
GATAATCTCATCAAACAACATAGCAAAAAACAAAATTTTGTAAAGCAATCCTATTTAGCTAACTATATAATCAAAGAGGATTTTTTTTTCAAGATATTAA
ATTATTTGATGGGATAGATTTTAGAGATAAAGTGGATATTTTAGTAGGTGGAAGTCCGTGTCAAAGTTTTTCTGCTATTGGTAGAAAACTAGGCTTAGAA
GACACTAGAGGCACTTTATTTTATGATTATATTAGAGTGTTAAATGAAATTCAGCCTAATGTTTTTATTTTTGAAAACGTTTATGGAATGCTTAGACACG
ATAAGGGAAAAACCTTTGAAGTGGTGCAAAATGCCTTTAAAAGTTTAGGCTACTTCTACAAATATGAGATTTTAGATGCGAGAAATTATGGTATTCCTCA
AGGGCGTAGGCGTTTGTTCTTGGTAGGCTTCAAAGAACAAAAAAACGCACTTAAATTTGCATTCCCTAGTCCTAAACAACTCACTATCACTATGCAAGAC
TTATTGCAAGACAATATTAAAGAGGGCAATTTGTTAAGCAAAAACGCTATTTTAGATATTAAAAATTCTAAGGGAGGGGAATTAGTAGATGAAAAATACT
TTCTAAGCGAAAAACTTCTTAAATACTGCCTAAGCCCTGGCTCAAAAAATTTCTACCACGCCGATGCTAAAATTGACTTGCCTATTGCACGAGCCTTGCT
TTCTACTATGGGAAACCATCATCGCTCAAGCGTGAATAATTATGTTACCACTAATAATAGGGTGCGTTCTTTAAGTGTGAGAGAAGCCCATAGACTTATG
GGCTTTGATGATAATTATCGCATTGTAGTCTCTAAAGCCCAAGGCTATAAACAAGCGGGCAATTCTATTGTGGTAGATGTCTTAATGGCATTGATTAAAG
AAATTATTAAGGCAATTAAATGAAAGTAGCGAGTTTATTTAGTGGGATTGGGGGTTTTGATTTGGGCTTTATCCAAAATGGCTTTGAAATTGTATGGGCG
AATGATTTTGATAAATACGCTGTAAAAACTTATAAGGCTAATATCAGTCAAAATATTGTCTTAGGCGATATATTGAATGAAAAAGATAATATTGGTAAGC
ACGATATTTTAATTGGCGGTTTTCCTTGTCAGCCTTTTTCAACCTTAGGGGCTTTAAAAGGATTTGATGATAAAAGAGGGACTTTATTTTTCACTATTTG
TGAAATCATAGAAAAACATAAGCCAAAAATGGTGGTTTTAGAAAACGTTAAAAATTTAATCAACCACAATAAAGGCGAAACATTTAAACGCATTCTTTTT
GAATTAGATAGGCTTAATTACCAAGTTAATTACGAGATTTTAAACACCTTAGACTTTGGCTTACCACAACAGCGTAACCGAGTATTTATAGTGGCTTTAA
AAAAAGAGTGTTTCACTTCTTTAAACTTTGTTTTCCCTAAAAAAAGCCCTTGTAAAATCAGTGCGTTAAATTTATTAGATGAAGAAGTAGAATTAAAATA
CTTTATTTCTACAAAAATGATTAAAACGATTTTAGGAAAAGGAACAAAAGGCTATATTGTAGAGCCTAGCATAGATACACCTATTGCTAAAACTTTAACC
GCTACCATGCATAAATGCCATAGAGCGAGCCAAGATAATTACTACACTGACTTAAAGAATTACGAACGCTATAAAGATAGCAACTATTCCTTTATAAGGC
GCTTAACCCCTAATGAGGCTAGAAAATTACAAGGCTTTCCTAATGGTTTTAAGCAAGTGGTTTCTAATACGCAATTTTATAAGCAATTGGGAAATGCAGT
CAGCGTGAATGTGAGCTTTGCTTTAGCTAAATCTATTAAAAAGCATTGTGAATTATTTTTAAAAAAGGATTAAAATGCCTCATTCTAAGAAAAAAGCAAA
AATTTATAGAGTGGATAATTTTAAAGACATTCAAGAAATAATGATGGATAAATCCCCATCTTTACTTGATTATATGCATAAGTATAAAAATAGTGAATAT
GTTCTTTATTACAAAATGTTAAGCCATTCAGATTTGCCTACTTTTGCTAAGGCAGTGAGTAAAAACCATTTGGATAAAAATTTACTTTATTATTTAAGCA
CAGAACAAATGCAAAGTATAGAAAAAAAAGAAGAAAGGAATTTTGAAGTCGCTAAGCAATCCAATATTAGCTTATCCAAACGATTTTGGAAAGATCTAAA
TATGGCAGACCCTAGAGTTAGCATAAAAGATAGCTCTATTTCAAAAAATATTAACGATTACGCTAAGGTGTATTTGGTTAATAATACTTTAAAAGATTTT
AATTATAAGCTTACTTTAGAAATTTTTAAAAAACTAAATAAAATTTTTGATTCTAAGAAATTCAACGCTAATACTATGGAAATTAAAATCCTTAATCATC
AAGCTTTTACCCCACTAGAACTCCATCAAGCTGTGCATGGAATAGGGACTTCAAAGGATAGAGAGTTTGTTAAATTAAGACATAATATGTTTAGAAACGA
TTTGTTGTATTTTTTAATAGAAAAAACTAATAGTGATAAGAATTTATTTATCATGCCTTTTAGAAACCCATTATTTTTTAGTCTTTTGGGCATCACCAAT
TCTAGTTATCAAGCCTATATGGATAAAAGACTTAAAATAGAAAATAATCAAGCCGTTAAAAATGCTACTTTTTTTGAAAAAGAGAGTATGCAACGCCAAC
ACCAAAACAAATGGCGAAAAAATTTGGCTTTAGAAATGATGAATTATGCCACAACAGATAGGGCTGTAGTTTGTCCTTTAACTTGGATTGAAGCAGATTT
TGATGACATAGGGACTTTATTTAAAGCCTCGCACATTAAAGGCTATAGCGAGTGTAAAGAAAATGAAAAATACGATATCAATAATGGCTTATTGCTCGTG
GCTAATGCAGACGCTTTATTTGATAAGCATTTAATCACCATTGATGAGAATAAGCAATTAAAATTTTCTTATCTCTTAAATAACAACCACCAACTTAAAT
CAAAACTGCATTTGAATAATGATATTTTGAAAGAGATATTAAATGAAAATAGAATGGCGTATTTAAAACACCATAGAGCTGTTTTTGAGAAAGAAGAGCA
AAAAAGAAAGACTAAGAAAAGTGATTTTAATTTAACAATGTTTTTTTGATAATAAAACTAAAACATTAAATCAATGGTTTGTTTAAGCAGAGCC
AATGAATTAAAGATTATCAAACAGCTCTTTAATAACTTAACAAAAACTGATAAAAAGGCTTTTTTAAAGACTATTAAAGATAAAGAAAAATCTATAACTA
AAACACCTATTCAAAAAGAAATCAAAGAGTGTCCACATTGTAAGTCTAATCAATTTGTAAAAAATGGCAAAAAAGATAATAAACAAAGATTTATGTGTAA
AGATTGCAAAAAGACTTTTACACTAACTAATAACACTATTCTTTTTAGCACCAAGACAGATATTAAGGTTTGGAAAAAATTCGTTCGTTGTATGATAGAA
AAATATTCGCTTAAAAAGACAGCTGAAATTTGTAAGATTAGCTTACCTACCGCTTTTGCTTGGCGGCATAAAATACTAGATGCTTTACAGAATATACAAA
ACGAAGTAGAGCTAAATGGCGTAGTAGAGGCTGATGAGACCTACTTCCCCCTTTCTTTTAAAGGTCATCATAAAAATTTTAAGCTGCCACGCTTATCTAA
ACATAGAGACACACAAGCATTAAAGCGTGGATTATCTAAAGAGCAAGCTTGTGTAACAAGTGGAGTGAATTTAAATGGCAAATCTATTGCTAAAGTTTCT
GATTTAGGTAAGCCTAAAATCAAAGACTTAATAAAAGTCTTAAGTAATAAAGTTTCTAGAGATAGTATTTTTGTAACCGATAGTTTTAGAGCTTATTTAA
AACTAGCAAATAACATGGAGTTAAGCCATATTAGAATACCAAAGAAAAAACATAAACTAGGTTCTTTTAATATCCAAACTATCAATAGCTATCATAGTCA
TTTAAAGGATATGATTAAGCATAAAATTAAAGGTGTAGCGACTAAATACTTGGATAATTATCTTGTTTATCATAACTTTGTGAATTTTGCTAAAGAGAGC
TATAAGGAAGTGATTTTGTTTGAGTATATACAAAATAATGAGTGTGTTAGTTTGAGTTTAGAGATTTCTCATAGAGAATGTTTGGGGTTAGTGGGATAAT
TTGCAAAAACTTTAATGTTAAAAGTAGCGAGTGTATTTAGTGGGATTGGGGCGTTTGAATACGCTCTAAAGCGTTTAGAAATAGAACATGAAATTTTATT
TGCTTGTGATAATGGCAATATTGATTTAAATATAGATTATGATTTAGAATTACAAAAGATTAAAAGCTTATCAAACATAAAAGAAAAAAGAAATTACACA
GATAATCTCATCAAACAACATAGCAAAAAACAAAATTTTGTAAAGCAATCCTATTTAGCTAACTATATAATCAAAGAGGATTTTTTTTTCAAGATATTAA
ATTATTTGATGGGATAGATTTTAGAGATAAAGTGGATATTTTAGTAGGTGGAAGTCCGTGTCAAAGTTTTTCTGCTATTGGTAGAAAACTAGGCTTAGAA
GACACTAGAGGCACTTTATTTTATGATTATATTAGAGTGTTAAATGAAATTCAGCCTAATGTTTTTATTTTTGAAAACGTTTATGGAATGCTTAGACACG
ATAAGGGAAAAACCTTTGAAGTGGTGCAAAATGCCTTTAAAAGTTTAGGCTACTTCTACAAATATGAGATTTTAGATGCGAGAAATTATGGTATTCCTCA
AGGGCGTAGGCGTTTGTTCTTGGTAGGCTTCAAAGAACAAAAAAACGCACTTAAATTTGCATTCCCTAGTCCTAAACAACTCACTATCACTATGCAAGAC
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TTCTAAGCGAAAAACTTCTTAAATACTGCCTAAGCCCTGGCTCAAAAAATTTCTACCACGCCGATGCTAAAATTGACTTGCCTATTGCACGAGCCTTGCT
TTCTACTATGGGAAACCATCATCGCTCAAGCGTGAATAATTATGTTACCACTAATAATAGGGTGCGTTCTTTAAGTGTGAGAGAAGCCCATAGACTTATG
GGCTTTGATGATAATTATCGCATTGTAGTCTCTAAAGCCCAAGGCTATAAACAAGCGGGCAATTCTATTGTGGTAGATGTCTTAATGGCATTGATTAAAG
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AATGATTTTGATAAATACGCTGTAAAAACTTATAAGGCTAATATCAGTCAAAATATTGTCTTAGGCGATATATTGAATGAAAAAGATAATATTGGTAAGC
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TGAAATCATAGAAAAACATAAGCCAAAAATGGTGGTTTTAGAAAACGTTAAAAATTTAATCAACCACAATAAAGGCGAAACATTTAAACGCATTCTTTTT
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AAAAAGAGTGTTTCACTTCTTTAAACTTTGTTTTCCCTAAAAAAAGCCCTTGTAAAATCAGTGCGTTAAATTTATTAGATGAAGAAGTAGAATTAAAATA
CTTTATTTCTACAAAAATGATTAAAACGATTTTAGGAAAAGGAACAAAAGGCTATATTGTAGAGCCTAGCATAGATACACCTATTGCTAAAACTTTAACC
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GCTTAACCCCTAATGAGGCTAGAAAATTACAAGGCTTTCCTAATGGTTTTAAGCAAGTGGTTTCTAATACGCAATTTTATAAGCAATTGGGAAATGCAGT
CAGCGTGAATGTGAGCTTTGCTTTAGCTAAATCTATTAAAAAGCATTGTGAATTATTTTTAAAAAAGGATTAAAATGCCTCATTCTAAGAAAAAAGCAAA
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TATGGCAGACCCTAGAGTTAGCATAAAAGATAGCTCTATTTCAAAAAATATTAACGATTACGCTAAGGTGTATTTGGTTAATAATACTTTAAAAGATTTT
AATTATAAGCTTACTTTAGAAATTTTTAAAAAACTAAATAAAATTTTTGATTCTAAGAAATTCAACGCTAATACTATGGAAATTAAAATCCTTAATCATC
AAGCTTTTACCCCACTAGAACTCCATCAAGCTGTGCATGGAATAGGGACTTCAAAGGATAGAGAGTTTGTTAAATTAAGACATAATATGTTTAGAAACGA
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GCTAATGCAGACGCTTTATTTGATAAGCATTTAATCACCATTGATGAGAATAAGCAATTAAAATTTTCTTATCTCTTAAATAACAACCACCAACTTAAAT
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AAAAAGAAAGACTAAGAAAAGTGATTTTAATTTAACAATGTTTTTTTGATAATAAAACTAAAACATTAAATCAATGGTTTGTTTAAGCAGAGCC
Protein section
ORF number : 5
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1014 bp | 337 aa | 86 | 1099 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPNHTNELKIIKQLFNNLTKTDKKAFLKTIKDKEKSITKTPIQKEIKECPHCKSNQFVKNGKKDNKQRFMCKDCKKTFTLTNNTILFSTKTDIKVWKKFV
RCMIEKYSLKKTAEICKISLPTAFAWRHKILDALQNIQNEVELNGVVEADETYFPLSFKGHHKNFKLPRLSKHRDTQALKRGLSKEQACVTSGVNLNGKS
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RCMIEKYSLKKTAEICKISLPTAFAWRHKILDALQNIQNEVELNGVVEADETYFPLSFKGHHKNFKLPRLSKHRDTQALKRGLSKEQACVTSGVNLNGKS
IAKVSDLGKPKIKDLIKVLSNKVSRDSIFVTDSFRAYLKLANNMELSHIRIPKKKHKLGSFNIQTINSYHSHLKDMIKHKIKGVATKYLDNYLVYHNFVN
FAKESYKEVILFEYIQNNECVSLSLEISHRECLGLVG
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
303 bp | 100 aa | 1115 | 1417 | + | No |
Annotation : DNA-cytosine methyltransferaseDescription :
ORF sequence :
MLKVASVFSGIGAFEYALKRLEIEHEILFACDNGNIDLNIDYDLELQKIKSLSNIKEKRNYTDNLIKQHSKKQNFVKQSYLANYIIKEDFFFKILNYLMG
Blast result :ORF 3
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
792 bp | 263 aa | 1432 | 2223 | + | No |
Annotation : DNA-cytosine methyltransferaseDescription :
ORF sequence :
MDILVGGSPCQSFSAIGRKLGLEDTRGTLFYDYIRVLNEIQPNVFIFENVYGMLRHDKGKTFEVVQNAFKSLGYFYKYEILDARNYGIPQGRRRLFLVGF
KEQKNALKFAFPSPKQLTITMQDLLQDNIKEGNLLSKNAILDIKNSKGGELVDEKYFLSEKLLKYCLSPGSKNFYHADAKIDLPIARALLSTMGNHHRSS
VNNYVTTNNRVRSLSVREAHRLMGFDDNYRIVVSKAQGYKQAGNSIVVDVLMALIKEIIKAIK
KEQKNALKFAFPSPKQLTITMQDLLQDNIKEGNLLSKNAILDIKNSKGGELVDEKYFLSEKLLKYCLSPGSKNFYHADAKIDLPIARALLSTMGNHHRSS
VNNYVTTNNRVRSLSVREAHRLMGFDDNYRIVVSKAQGYKQAGNSIVVDVLMALIKEIIKAIK
Blast result :ORF 4
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
954 bp | 317 aa | 2220 | 3173 | + | No |
Annotation : DNA-cytosine methyltransferaseDescription :
ORF sequence :
MKVASLFSGIGGFDLGFIQNGFEIVWANDFDKYAVKTYKANISQNIVLGDILNEKDNIGKHDILIGGFPCQPFSTLGALKGFDDKRGTLFFTICEIIEKH
KPKMVVLENVKNLINHNKGETFKRILFELDRLNYQVNYEILNTLDFGLPQQRNRVFIVALKKECFTSLNFVFPKKSPCKISALNLLDEEVELKYFISTKM
IKTILGKGTKGYIVEPSIDTPIAKTLTATMHKCHRASQDNYYTDLKNYERYKDSNYSFIRRLTPNEARKLQGFPNGFKQVVSNTQFYKQLGNAVSVNVSF
ALAKSIKKHCELFLKKD
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IKTILGKGTKGYIVEPSIDTPIAKTLTATMHKCHRASQDNYYTDLKNYERYKDSNYSFIRRLTPNEARKLQGFPNGFKQVVSNTQFYKQLGNAVSVNVSF
ALAKSIKKHCELFLKKD
Blast result :ORF 5
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1275 bp | 424 aa | 3175 | 4449 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MPHSKKKAKIYRVDNFKDIQEIMMDKSPSLLDYMHKYKNSEYVLYYKMLSHSDLPTFAKAVSKNHLDKNLLYYLSTEQMQSIEKKEERNFEVAKQSNISL
SKRFWKDLNMADPRVSIKDSSISKNINDYAKVYLVNNTLKDFNYKLTLEIFKKLNKIFDSKKFNANTMEIKILNHQAFTPLELHQAVHGIGTSKDREFVK
LRHNMFRNDLLYFLIEKTNSDKNLFIMPFRNPLFFSLLGITNSSYQAYMDKRLKIENNQAVKNATFFEKESMQRQHQNKWRKNLALEMMNYATTDRAVVC
PLTWIEADFDDIGTLFKASHIKGYSECKENEKYDINNGLLLVANADALFDKHLITIDENKQLKFSYLLNNNHQLKSKLHLNNDILKEILNENRMAYLKHH
RAVFEKEEQKRKTKKSDFNLTMFF
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PLTWIEADFDDIGTLFKASHIKGYSECKENEKYDINNGLLLVANADALFDKHLITIDENKQLKFSYLLNNNHQLKSKLHLNNDILKEILNENRMAYLKHH
RAVFEKEEQKRKTKKSDFNLTMFF
Blast result :
Comments
ISHce1 is 90% (transposase) aa similar to ISHp1.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Kersulyte,D., Rossi,M. and Berg,D.E. (2013) PLoS ONE 8 (12), E83177.
2] Kersulyte,D., Rossi,M. and Berg,D.E. (2013) PLoS ONE 8 (12), E83177.