ISHce1

  • Family IS1595
  • Group ISPna2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP003481 ND Helicobacter cetorum
Helicobacter cetorum MIT 99-5656
DNA section
IS Length : 4494 bp

Ends


IR Length : 27/33

IRL : GGCTCTGTTAAAACAAAGTATTGATTTATTCTTGTTATTTTGCTATACTA
IRR : GGCTCTGCTTAAACAAACCATTGATTTAATGTTTTAGTTTTATTATCAAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TAGTGTATTGTATTTTTTTTTTTTTTGAAAAAGAGCTT8

DNA sequence

GGCTCTGTTAAAACAAAGTATTGATTTATTCTTGTTATTTTGCTATACTATTTCTATAAAACCCCTTTCAAATAAGGACTTTAAAATGCCTAATCATACA
AATGAATTAAAGATTATCAAACAGCTCTTTAATAACTTAACAAAAACTGATAAAAAGGCTTTTTTAAAGACTATTAAAGATAAAGAAAAATCTATAACTA
AAACACCTATTCAAAAAGAAATCAAAGAGTGTCCACATTGTAAGTCTAATCAATTTGTAAAAAATGGCAAAAAAGATAATAAACAAAGATTTATGTGTAA
AGATTGCAAAAAGACTTTTACACTAACTAATAACACTATTCTTTTTAGCACCAAGACAGATATTAAGGTTTGGAAAAAATTCGTTCGTTGTATGATAGAA
AAATATTCGCTTAAAAAGACAGCTGAAATTTGTAAGATTAGCTTACCTACCGCTTTTGCTTGGCGGCATAAAATACTAGATGCTTTACAGAATATACAAA
ACGAAGTAGAGCTAAATGGCGTAGTAGAGGCTGATGAGACCTACTTCCCCCTTTCTTTTAAAGGTCATCATAAAAATTTTAAGCTGCCACGCTTATCTAA
ACATAGAGACACACAAGCATTAAAGCGTGGATTATCTAAAGAGCAAGCTTGTGTAACAAGTGGAGTGAATTTAAATGGCAAATCTATTGCTAAAGTTTCT
GATTTAGGTAAGCCTAAAATCAAAGACTTAATAAAAGTCTTAAGTAATAAAGTTTCTAGAGATAGTATTTTTGTAACCGATAGTTTTAGAGCTTATTTAA
AACTAGCAAATAACATGGAGTTAAGCCATATTAGAATACCAAAGAAAAAACATAAACTAGGTTCTTTTAATATCCAAACTATCAATAGCTATCATAGTCA
TTTAAAGGATATGATTAAGCATAAAATTAAAGGTGTAGCGACTAAATACTTGGATAATTATCTTGTTTATCATAACTTTGTGAATTTTGCTAAAGAGAGC
TATAAGGAAGTGATTTTGTTTGAGTATATACAAAATAATGAGTGTGTTAGTTTGAGTTTAGAGATTTCTCATAGAGAATGTTTGGGGTTAGTGGGATAAT
TTGCAAAAACTTTAATGTTAAAAGTAGCGAGTGTATTTAGTGGGATTGGGGCGTTTGAATACGCTCTAAAGCGTTTAGAAATAGAACATGAAATTTTATT
TGCTTGTGATAATGGCAATATTGATTTAAATATAGATTATGATTTAGAATTACAAAAGATTAAAAGCTTATCAAACATAAAAGAAAAAAGAAATTACACA
GATAATCTCATCAAACAACATAGCAAAAAACAAAATTTTGTAAAGCAATCCTATTTAGCTAACTATATAATCAAAGAGGATTTTTTTTTCAAGATATTAA
ATTATTTGATGGGATAGATTTTAGAGATAAAGTGGATATTTTAGTAGGTGGAAGTCCGTGTCAAAGTTTTTCTGCTATTGGTAGAAAACTAGGCTTAGAA
GACACTAGAGGCACTTTATTTTATGATTATATTAGAGTGTTAAATGAAATTCAGCCTAATGTTTTTATTTTTGAAAACGTTTATGGAATGCTTAGACACG
ATAAGGGAAAAACCTTTGAAGTGGTGCAAAATGCCTTTAAAAGTTTAGGCTACTTCTACAAATATGAGATTTTAGATGCGAGAAATTATGGTATTCCTCA
AGGGCGTAGGCGTTTGTTCTTGGTAGGCTTCAAAGAACAAAAAAACGCACTTAAATTTGCATTCCCTAGTCCTAAACAACTCACTATCACTATGCAAGAC
TTATTGCAAGACAATATTAAAGAGGGCAATTTGTTAAGCAAAAACGCTATTTTAGATATTAAAAATTCTAAGGGAGGGGAATTAGTAGATGAAAAATACT
TTCTAAGCGAAAAACTTCTTAAATACTGCCTAAGCCCTGGCTCAAAAAATTTCTACCACGCCGATGCTAAAATTGACTTGCCTATTGCACGAGCCTTGCT
TTCTACTATGGGAAACCATCATCGCTCAAGCGTGAATAATTATGTTACCACTAATAATAGGGTGCGTTCTTTAAGTGTGAGAGAAGCCCATAGACTTATG
GGCTTTGATGATAATTATCGCATTGTAGTCTCTAAAGCCCAAGGCTATAAACAAGCGGGCAATTCTATTGTGGTAGATGTCTTAATGGCATTGATTAAAG
AAATTATTAAGGCAATTAAATGAAAGTAGCGAGTTTATTTAGTGGGATTGGGGGTTTTGATTTGGGCTTTATCCAAAATGGCTTTGAAATTGTATGGGCG
AATGATTTTGATAAATACGCTGTAAAAACTTATAAGGCTAATATCAGTCAAAATATTGTCTTAGGCGATATATTGAATGAAAAAGATAATATTGGTAAGC
ACGATATTTTAATTGGCGGTTTTCCTTGTCAGCCTTTTTCAACCTTAGGGGCTTTAAAAGGATTTGATGATAAAAGAGGGACTTTATTTTTCACTATTTG
TGAAATCATAGAAAAACATAAGCCAAAAATGGTGGTTTTAGAAAACGTTAAAAATTTAATCAACCACAATAAAGGCGAAACATTTAAACGCATTCTTTTT
GAATTAGATAGGCTTAATTACCAAGTTAATTACGAGATTTTAAACACCTTAGACTTTGGCTTACCACAACAGCGTAACCGAGTATTTATAGTGGCTTTAA
AAAAAGAGTGTTTCACTTCTTTAAACTTTGTTTTCCCTAAAAAAAGCCCTTGTAAAATCAGTGCGTTAAATTTATTAGATGAAGAAGTAGAATTAAAATA
CTTTATTTCTACAAAAATGATTAAAACGATTTTAGGAAAAGGAACAAAAGGCTATATTGTAGAGCCTAGCATAGATACACCTATTGCTAAAACTTTAACC
GCTACCATGCATAAATGCCATAGAGCGAGCCAAGATAATTACTACACTGACTTAAAGAATTACGAACGCTATAAAGATAGCAACTATTCCTTTATAAGGC
GCTTAACCCCTAATGAGGCTAGAAAATTACAAGGCTTTCCTAATGGTTTTAAGCAAGTGGTTTCTAATACGCAATTTTATAAGCAATTGGGAAATGCAGT
CAGCGTGAATGTGAGCTTTGCTTTAGCTAAATCTATTAAAAAGCATTGTGAATTATTTTTAAAAAAGGATTAAAATGCCTCATTCTAAGAAAAAAGCAAA
AATTTATAGAGTGGATAATTTTAAAGACATTCAAGAAATAATGATGGATAAATCCCCATCTTTACTTGATTATATGCATAAGTATAAAAATAGTGAATAT
GTTCTTTATTACAAAATGTTAAGCCATTCAGATTTGCCTACTTTTGCTAAGGCAGTGAGTAAAAACCATTTGGATAAAAATTTACTTTATTATTTAAGCA
CAGAACAAATGCAAAGTATAGAAAAAAAAGAAGAAAGGAATTTTGAAGTCGCTAAGCAATCCAATATTAGCTTATCCAAACGATTTTGGAAAGATCTAAA
TATGGCAGACCCTAGAGTTAGCATAAAAGATAGCTCTATTTCAAAAAATATTAACGATTACGCTAAGGTGTATTTGGTTAATAATACTTTAAAAGATTTT
AATTATAAGCTTACTTTAGAAATTTTTAAAAAACTAAATAAAATTTTTGATTCTAAGAAATTCAACGCTAATACTATGGAAATTAAAATCCTTAATCATC
AAGCTTTTACCCCACTAGAACTCCATCAAGCTGTGCATGGAATAGGGACTTCAAAGGATAGAGAGTTTGTTAAATTAAGACATAATATGTTTAGAAACGA
TTTGTTGTATTTTTTAATAGAAAAAACTAATAGTGATAAGAATTTATTTATCATGCCTTTTAGAAACCCATTATTTTTTAGTCTTTTGGGCATCACCAAT
TCTAGTTATCAAGCCTATATGGATAAAAGACTTAAAATAGAAAATAATCAAGCCGTTAAAAATGCTACTTTTTTTGAAAAAGAGAGTATGCAACGCCAAC
ACCAAAACAAATGGCGAAAAAATTTGGCTTTAGAAATGATGAATTATGCCACAACAGATAGGGCTGTAGTTTGTCCTTTAACTTGGATTGAAGCAGATTT
TGATGACATAGGGACTTTATTTAAAGCCTCGCACATTAAAGGCTATAGCGAGTGTAAAGAAAATGAAAAATACGATATCAATAATGGCTTATTGCTCGTG
GCTAATGCAGACGCTTTATTTGATAAGCATTTAATCACCATTGATGAGAATAAGCAATTAAAATTTTCTTATCTCTTAAATAACAACCACCAACTTAAAT
CAAAACTGCATTTGAATAATGATATTTTGAAAGAGATATTAAATGAAAATAGAATGGCGTATTTAAAACACCATAGAGCTGTTTTTGAGAAAGAAGAGCA
AAAAAGAAAGACTAAGAAAAGTGATTTTAATTTAACAATGTTTTTTTGATAATAAAACTAAAACATTAAATCAATGGTTTGTTTAAGCAGAGCC
Protein section
ORF number : 5

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1014 bp337 aa861099+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MPNHTNELKIIKQLFNNLTKTDKKAFLKTIKDKEKSITKTPIQKEIKECPHCKSNQFVKNGKKDNKQRFMCKDCKKTFTLTNNTILFSTKTDIKVWKKFV
RCMIEKYSLKKTAEICKISLPTAFAWRHKILDALQNIQNEVELNGVVEADETYFPLSFKGHHKNFKLPRLSKHRDTQALKRGLSKEQACVTSGVNLNGKS
IAKVSDLGKPKIKDLIKVLSNKVSRDSIFVTDSFRAYLKLANNMELSHIRIPKKKHKLGSFNIQTINSYHSHLKDMIKHKIKGVATKYLDNYLVYHNFVN
FAKESYKEVILFEYIQNNECVSLSLEISHRECLGLVG

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
303 bp100 aa11151417+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : DNA-cytosine methyltransferaseDescription :

ORF sequence :

MLKVASVFSGIGAFEYALKRLEIEHEILFACDNGNIDLNIDYDLELQKIKSLSNIKEKRNYTDNLIKQHSKKQNFVKQSYLANYIIKEDFFFKILNYLMG

 

Blast result :
ORF 3
LengthBeginEndStrandFusion ORF
792 bp263 aa14322223+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : DNA-cytosine methyltransferaseDescription :

ORF sequence :

MDILVGGSPCQSFSAIGRKLGLEDTRGTLFYDYIRVLNEIQPNVFIFENVYGMLRHDKGKTFEVVQNAFKSLGYFYKYEILDARNYGIPQGRRRLFLVGF
KEQKNALKFAFPSPKQLTITMQDLLQDNIKEGNLLSKNAILDIKNSKGGELVDEKYFLSEKLLKYCLSPGSKNFYHADAKIDLPIARALLSTMGNHHRSS
VNNYVTTNNRVRSLSVREAHRLMGFDDNYRIVVSKAQGYKQAGNSIVVDVLMALIKEIIKAIK

 

Blast result :
ORF 4
LengthBeginEndStrandFusion ORF
954 bp317 aa22203173+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : DNA-cytosine methyltransferaseDescription :

ORF sequence :

MKVASLFSGIGGFDLGFIQNGFEIVWANDFDKYAVKTYKANISQNIVLGDILNEKDNIGKHDILIGGFPCQPFSTLGALKGFDDKRGTLFFTICEIIEKH
KPKMVVLENVKNLINHNKGETFKRILFELDRLNYQVNYEILNTLDFGLPQQRNRVFIVALKKECFTSLNFVFPKKSPCKISALNLLDEEVELKYFISTKM
IKTILGKGTKGYIVEPSIDTPIAKTLTATMHKCHRASQDNYYTDLKNYERYKDSNYSFIRRLTPNEARKLQGFPNGFKQVVSNTQFYKQLGNAVSVNVSF
ALAKSIKKHCELFLKKD

 

Blast result :
ORF 5
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1275 bp424 aa31754449+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MPHSKKKAKIYRVDNFKDIQEIMMDKSPSLLDYMHKYKNSEYVLYYKMLSHSDLPTFAKAVSKNHLDKNLLYYLSTEQMQSIEKKEERNFEVAKQSNISL
SKRFWKDLNMADPRVSIKDSSISKNINDYAKVYLVNNTLKDFNYKLTLEIFKKLNKIFDSKKFNANTMEIKILNHQAFTPLELHQAVHGIGTSKDREFVK
LRHNMFRNDLLYFLIEKTNSDKNLFIMPFRNPLFFSLLGITNSSYQAYMDKRLKIENNQAVKNATFFEKESMQRQHQNKWRKNLALEMMNYATTDRAVVC
PLTWIEADFDDIGTLFKASHIKGYSECKENEKYDINNGLLLVANADALFDKHLITIDENKQLKFSYLLNNNHQLKSKLHLNNDILKEILNENRMAYLKHH
RAVFEKEEQKRKTKKSDFNLTMFF

 

Blast result :
Comments
ISHce1 is 90% (transposase) aa similar to ISHp1.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Kersulyte,D., Rossi,M. and Berg,D.E. (2013) PLoS ONE 8 (12), E83177.