ISClba2
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
MGOY01000046 | ND | Clostridiales bacterium | Clostridiales bacterium GWF2_38_85 |
DNA section
IS Length : 2281 bp
Ends
IR Length : 21/25
IRL : AGCTCTGTTAGATATAATTGTTGTTAATTGAACATTTGTTCGGTTTGTAG
IRR : AGCTATGTTAGACAATATTGTTGTTTTTATGATATGAAAAATAGTGCTCT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GCAATTATTT | TAATAAAT | AAAAATTAAA | 8 |
DNA sequence
AGCTCTGTTAGATATAATTGTTGTTAATTGAACATTTGTTCGGTTTGTAGTATAATTGTACCACTATCATCGTCAGGAGTGGTATTATGCCAACAATAAC
AGCAATTAAGACAGATATAGCCTCGTTAGCCGAGCATGACCTACATGATTTGTTCAATTACATTGGTGAAATCATGGCAATAAGCACATTGACCCGTAAT
TTGCCGAAAGATTGTAGAGAATCAAGGTTTGCAAGTGGCCCTGTATGTCCATACTGTAAGGCTGAAAGTATTATAAAACATGGCAAGCTTAATGGTCGTC
AACGCTTTAGGTGCAAGAACTGTGGCAAAACCTTTAATGATTTTTCGTTATCTGCTCTTGCAAATTCAAAACTGCCTTTAGTTAAATGGCTTGAATATGC
CAAGTGTATCCTCCTCGGCTACTCAATAAGAAAGAGTGCATCCATAGTAGGTGTTGGAGTAAAGACTTCATTCTTTATGAGGCACAAAATACTTGATGCA
ATAAGAATATATATGGGTATCGGTGATGTGTCTGGGGTTGTAGAGATGGATGAAACCTTTGTTGCAGAAAGCTTTAAGGGAAACCAGCGGAAAAGCGGTT
TTACTATGCCACGAAAATCTCGCAAAAGGGGCAAGGAAGTAAGCAAACGTGGTATCAGTAATGAACAAGTTTGCATCGCCACTGCGATTGATAGAAACAA
CAATATTATTATGGAAATGGTTTGCAAAAGCAGGATACGTTCTAAAGACCTTGAACGTTTATACGGAGAACACCTGGTCGATGGCTCTATCATATGCACG
GACTCTCACAAAAGCTATATACAGTTTTCAAAAAATCAGAATATTGAGCATATTCAAATTAAGAGGGGACACCATAAAAACGGCATATACCATATTTCAC
ACATCAATAGCTTGCATAGCTTGTTTAAAGGCTGGTTAAGACCGTTTAACGGAGTTTCAACGAAATACCTTGCAAACTATATTCATTGGTTCAAATGGCT
TCAGAATTTTAAAGCTGATAAGGAAACTGTGAAAGCAAAGAATATAATCGTCCATAGTGCAACAAGATTTATAGACTGCAAAATCAAGCAATATCAAAAA
CGTGAGCCTATATTTGTATGATTTTCATAAACTTGACATGGACATCTATACGAGATAGTATTAGAACAACAAATATTCGTATTTGTTGGATATTATGAAG
TGCTAATATTTTATATTAAGCAAGGTGGTTAACATGGCAAATTTAAGAAATGAGATAACAGAAGCAATTGGAATTACATGTCCTAATATCATACCTCATA
TTGAGTACAGACTGCTGGACTCTACAAAGGAAAGTGGATATACAAGACATTTAATAGAGTATGATTCTTACGAAGACAAAGTCATTGCTTTTCTTTTGCT
TCCGGATATACTTGACAAAAATCCCGCAATTCTTATCAATCATCAACACAATGGTGAACGTCATTTAGGAAAGAGCGAAGTTTGCGGTTTAACTGGAAAT
CCCTTGCAAGCTTTCGGTCCTGAACTGGCGAAAAAGGGATTTGTTGTGTTGGCTCCTGATTCGATATGCTTTGAAGAAAGACGCAAAAATGCACATGGAA
CGGAACCCCTTTCAGACGATGGCAACTTTTTACAGCATTATAATGAAATGTGCTATCGTATCATAAAAGGCGATTGCTTGATGAAAAAAGTGCTTAATGA
TGCTATAAATGGGATTACTTTACTTTCTGGGTTTACTTATGTCGATAACAAAAATATTGGCACACTTGGACATTCATATGGCGGGAATACTGTTTTATTT
CTTTCTGCGGTTGATGAACGAATAGCTTTTAGCTGTGCAAGCGGCAGCGCTTGTACTTATGAAAATCGAATGTTAAACTATGTAGGGATTGAAATGGCGA
GTGTAATTCCGAACTTCCATAGCAAATATGATATATTCAATTTGGTATCATGTATTGCACCAAGACGGCTACTTATTGTTTCTGCGGAAGATGATAAATA
TTCAAGAGATGCGACTTATATCGTTGAAAAAGCCAGCCCGGCTTATGCAGAGCTTAATGCTTTAAACCACCTATACCACAAGAGATATCGAGGTGGTCAT
GGATTGACGAAAGAAAGATTCGATTTTATTATTGATTGGCTCAATTCAAATGCAAAACATTGTATAGTATAAGCATAATTAGACGTTGTTTTACTTCGGT
ATGTTTATTTATGGTGCTAATACAATTATGAAGAGCACTATTTTTCATATCATAAAAACAACAATATTGTCTAACATAGCT
AGCAATTAAGACAGATATAGCCTCGTTAGCCGAGCATGACCTACATGATTTGTTCAATTACATTGGTGAAATCATGGCAATAAGCACATTGACCCGTAAT
TTGCCGAAAGATTGTAGAGAATCAAGGTTTGCAAGTGGCCCTGTATGTCCATACTGTAAGGCTGAAAGTATTATAAAACATGGCAAGCTTAATGGTCGTC
AACGCTTTAGGTGCAAGAACTGTGGCAAAACCTTTAATGATTTTTCGTTATCTGCTCTTGCAAATTCAAAACTGCCTTTAGTTAAATGGCTTGAATATGC
CAAGTGTATCCTCCTCGGCTACTCAATAAGAAAGAGTGCATCCATAGTAGGTGTTGGAGTAAAGACTTCATTCTTTATGAGGCACAAAATACTTGATGCA
ATAAGAATATATATGGGTATCGGTGATGTGTCTGGGGTTGTAGAGATGGATGAAACCTTTGTTGCAGAAAGCTTTAAGGGAAACCAGCGGAAAAGCGGTT
TTACTATGCCACGAAAATCTCGCAAAAGGGGCAAGGAAGTAAGCAAACGTGGTATCAGTAATGAACAAGTTTGCATCGCCACTGCGATTGATAGAAACAA
CAATATTATTATGGAAATGGTTTGCAAAAGCAGGATACGTTCTAAAGACCTTGAACGTTTATACGGAGAACACCTGGTCGATGGCTCTATCATATGCACG
GACTCTCACAAAAGCTATATACAGTTTTCAAAAAATCAGAATATTGAGCATATTCAAATTAAGAGGGGACACCATAAAAACGGCATATACCATATTTCAC
ACATCAATAGCTTGCATAGCTTGTTTAAAGGCTGGTTAAGACCGTTTAACGGAGTTTCAACGAAATACCTTGCAAACTATATTCATTGGTTCAAATGGCT
TCAGAATTTTAAAGCTGATAAGGAAACTGTGAAAGCAAAGAATATAATCGTCCATAGTGCAACAAGATTTATAGACTGCAAAATCAAGCAATATCAAAAA
CGTGAGCCTATATTTGTATGATTTTCATAAACTTGACATGGACATCTATACGAGATAGTATTAGAACAACAAATATTCGTATTTGTTGGATATTATGAAG
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TCCGGATATACTTGACAAAAATCCCGCAATTCTTATCAATCATCAACACAATGGTGAACGTCATTTAGGAAAGAGCGAAGTTTGCGGTTTAACTGGAAAT
CCCTTGCAAGCTTTCGGTCCTGAACTGGCGAAAAAGGGATTTGTTGTGTTGGCTCCTGATTCGATATGCTTTGAAGAAAGACGCAAAAATGCACATGGAA
CGGAACCCCTTTCAGACGATGGCAACTTTTTACAGCATTATAATGAAATGTGCTATCGTATCATAAAAGGCGATTGCTTGATGAAAAAAGTGCTTAATGA
TGCTATAAATGGGATTACTTTACTTTCTGGGTTTACTTATGTCGATAACAAAAATATTGGCACACTTGGACATTCATATGGCGGGAATACTGTTTTATTT
CTTTCTGCGGTTGATGAACGAATAGCTTTTAGCTGTGCAAGCGGCAGCGCTTGTACTTATGAAAATCGAATGTTAAACTATGTAGGGATTGAAATGGCGA
GTGTAATTCCGAACTTCCATAGCAAATATGATATATTCAATTTGGTATCATGTATTGCACCAAGACGGCTACTTATTGTTTCTGCGGAAGATGATAAATA
TTCAAGAGATGCGACTTATATCGTTGAAAAAGCCAGCCCGGCTTATGCAGAGCTTAATGCTTTAAACCACCTATACCACAAGAGATATCGAGGTGGTCAT
GGATTGACGAAAGAAAGATTCGATTTTATTATTGATTGGCTCAATTCAAATGCAAAACATTGTATAGTATAAGCATAATTAGACGTTGTTTTACTTCGGT
ATGTTTATTTATGGTGCTAATACAATTATGAAGAGCACTATTTTTCATATCATAAAAACAACAATATTGTCTAACATAGCT
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1035 bp | 344 aa | 87 | 1121 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPTITAIKTDIASLAEHDLHDLFNYIGEIMAISTLTRNLPKDCRESRFASGPVCPYCKAESIIKHGKLNGRQRFRCKNCGKTFNDFSLSALANSKLPLVK
WLEYAKCILLGYSIRKSASIVGVGVKTSFFMRHKILDAIRIYMGIGDVSGVVEMDETFVAESFKGNQRKSGFTMPRKSRKRGKEVSKRGISNEQVCIATA
IDRNNNIIMEMVCKSRIRSKDLERLYGEHLVDGSIICTDSHKSYIQFSKNQNIEHIQIKRGHHKNGIYHISHINSLHSLFKGWLRPFNGVSTKYLANYIH
WFKWLQNFKADKETVKAKNIIVHSATRFIDCKIKQYQKREPIFV
WLEYAKCILLGYSIRKSASIVGVGVKTSFFMRHKILDAIRIYMGIGDVSGVVEMDETFVAESFKGNQRKSGFTMPRKSRKRGKEVSKRGISNEQVCIATA
IDRNNNIIMEMVCKSRIRSKDLERLYGEHLVDGSIICTDSHKSYIQFSKNQNIEHIQIKRGHHKNGIYHISHINSLHSLFKGWLRPFNGVSTKYLANYIH
WFKWLQNFKADKETVKAKNIIVHSATRFIDCKIKQYQKREPIFV
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
939 bp | 312 aa | 1234 | 2172 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MANLRNEITEAIGITCPNIIPHIEYRLLDSTKESGYTRHLIEYDSYEDKVIAFLLLPDILDKNPAILINHQHNGERHLGKSEVCGLTGNPLQAFGPELAK
KGFVVLAPDSICFEERRKNAHGTEPLSDDGNFLQHYNEMCYRIIKGDCLMKKVLNDAINGITLLSGFTYVDNKNIGTLGHSYGGNTVLFLSAVDERIAFS
CASGSACTYENRMLNYVGIEMASVIPNFHSKYDIFNLVSCIAPRRLLIVSAEDDKYSRDATYIVEKASPAYAELNALNHLYHKRYRGGHGLTKERFDFII
DWLNSNAKHCIV
KGFVVLAPDSICFEERRKNAHGTEPLSDDGNFLQHYNEMCYRIIKGDCLMKKVLNDAINGITLLSGFTYVDNKNIGTLGHSYGGNTVLFLSAVDERIAFS
CASGSACTYENRMLNYVGIEMASVIPNFHSKYDIFNLVSCIAPRRLLIVSAEDDKYSRDATYIVEKASPAYAELNALNHLYHKRYRGGHGLTKERFDFII
DWLNSNAKHCIV
Blast result :
Comments
ISClba2 is 70% (transposase) aa similar to ISSsu9.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Anantharaman,K., Brown,C.T., Hug,L.A., Sharon,I., Castelle,C.J., Probst,A.J., Thomas,B.C., Singh,A., Wilkins,M.J., Karaoz,U., Brodie,E.L., Williams,K.H., Hubbard,S.S. and Banfield,J.F. (2016) Nat Commun 7, 13219.
2] Anantharaman,K., Brown,C.T., Hug,L.A., Sharon,I., Castelle,C.J., Probst,A.J., Thomas,B.C., Singh,A., Wilkins,M.J., Karaoz,U., Brodie,E.L., Williams,K.H., Hubbard,S.S. and Banfield,J.F. (2016) Nat Commun 7, 13219.