ISCldi2
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CYZX01000015 | ND | Clostridium disporicum | Clostridium disporicum 2789STDY5834856 |
DNA section
IS Length : 1812 bp
Ends
IR Length : 24/28
IRL : GGCTTTGTTTTAATAAACTGTTGAAATTTGATTAACCTCTATAAATATGG
IRR : GGCTTTGTTTTAAAATCATGTTGAAATTAGTATAACATAAAAGGATGTCC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ACTACTTCTTAA | AATAAATT | TAAATATAGC | 8 |
DNA sequence
GGCTTTGTTTTAATAAACTGTTGAAATTTGATTAACCTCTATAAATATGGTTATTATATATTATATAACTACTATTTAGGAGGTTTTTTTATGCCAAGAG
TTAATAATGTTATTAAACAAGTTTCACAATTAAATACACATGAGCAAGGTAAGGTATTTGAATTTTTGAAGACTGTATTGATGTCAAATGGATTTACTAA
CTCTATAGATAAAGAAATCGCTGAAAATAGATTTAATAAGGGGAAGTGCTGTCCTTTTTGTAATCATGACAAAATATCTAAGTATGGAAAATATCATGGT
AAAAATGGAGTTAAACAAAGGTATAAATGCCAAAATCCAGAGTGTAAAAAAACTTTCAATGACTTTTATAAATCACCAGTTTCAAGTAGTAAAAAGGGAT
TAGATAAATGGTTACTATATGCCCAATGTATGGTAAACGGCAACACTATTAGGCAATGTGCCGAAATTGTTGAGATTAATATTGCAACAGCTTTCTTTTG
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GGGAATCATAGCAAAAGTTCTAATTTTACTATGCCAAGGGAGTCAAGAAAACGTGGCAAAGAAATAAATACAAGAGGTATATCAAAGGAATTTGCCTGTG
TTTTATGTGGTGTGGATAGATTAGGTAATATCTATACAGGATTAATATGCAATGGTAGACCTAAATATAGCGATATAGACAGAGCTTTATCAGAAGTTGT
TGAGGAGAATTCTATATTATGTACAGATAAACATAGGAGTTATATCCCCTTTGCTACTCAACATAATTTTGAGTTACATCAAATTAGAGGTGGAAGAAAA
GCTGTGGATATTTATAATATTCAAAGAGTTAATGCCTTTCATAGTAGCCTAAAAAGATGGATAAAGAAATTTAATGGTGTTTCAACCAAGTTCCTAACAA
ACTACCTATTTTGGTATAAATGGACCCAATTATTTAAAACAGAAATGGAAAGGAATAAACCTAAAAAGTTCTTTATTCATGCTAATTCAACACATTCTAT
ATCTTTAATAAAGGATTTTAAGATTAGAAGACCAATATATGTATAAAAGGTAAAATTTGTTTTAATTTTACTATTTTTAGTGTACAATAAATGTAATGAT
TTCTGAACAAATGTATTATATTGTTTATTAAATGAAATAAGGAGGCTTTTATGAAGAAAGTTATATGGTCAATAATTTTAACTATATTGCTAATTGGGTT
AGTAGGTTGTCAAATAAAAACAGAAGATAATACACACAAAGATAGTTTAAGTGTTGAAATAATTGCTACTAATGATGCTAACTCTTATAAGGGAATGCCA
ATAACATTAAAACCTAAAGCTATAGGAGAATATGATAAGGAAATCCAATATCATTGGATACTGAAAAGTGATGATGATGTTGAAGGGTTTATTGTTCCAG
AGAAGGGTCCTCAAAAGGAAATAATTAATTCAGGTGAACCAGTTGAACTTGGTTTATTTAAAGAAGTTTCTTGGGTTGAGGGAACAGTTATAGAATTTAA
AGTTGAATTGCAAATAGAAGATAAAGAAACATCTAAGATTATTGCAACTAATAAAATTACAATTGAAAATAATCAAGGTACTTATAGTATAAAACAATAA
CATTATTTTATATATTTATTGAACAATTTTAATATATTGCAATCCAAAAAGGATGTCCAGATGGACATCCTTTTATGTTATACTAATTTCAACATGATTT
TAAAACAAAGCC
TTAATAATGTTATTAAACAAGTTTCACAATTAAATACACATGAGCAAGGTAAGGTATTTGAATTTTTGAAGACTGTATTGATGTCAAATGGATTTACTAA
CTCTATAGATAAAGAAATCGCTGAAAATAGATTTAATAAGGGGAAGTGCTGTCCTTTTTGTAATCATGACAAAATATCTAAGTATGGAAAATATCATGGT
AAAAATGGAGTTAAACAAAGGTATAAATGCCAAAATCCAGAGTGTAAAAAAACTTTCAATGACTTTTATAAATCACCAGTTTCAAGTAGTAAAAAGGGAT
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TTTTATGTGGTGTGGATAGATTAGGTAATATCTATACAGGATTAATATGCAATGGTAGACCTAAATATAGCGATATAGACAGAGCTTTATCAGAAGTTGT
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ATCTTTAATAAAGGATTTTAAGATTAGAAGACCAATATATGTATAAAAGGTAAAATTTGTTTTAATTTTACTATTTTTAGTGTACAATAAATGTAATGAT
TTCTGAACAAATGTATTATATTGTTTATTAAATGAAATAAGGAGGCTTTTATGAAGAAAGTTATATGGTCAATAATTTTAACTATATTGCTAATTGGGTT
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AGAAGGGTCCTCAAAAGGAAATAATTAATTCAGGTGAACCAGTTGAACTTGGTTTATTTAAAGAAGTTTCTTGGGTTGAGGGAACAGTTATAGAATTTAA
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CATTATTTTATATATTTATTGAACAATTTTAATATATTGCAATCCAAAAAGGATGTCCAGATGGACATCCTTTTATGTTATACTAATTTCAACATGATTT
TAAAACAAAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1056 bp | 351 aa | 91 | 1146 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPRVNNVIKQVSQLNTHEQGKVFEFLKTVLMSNGFTNSIDKEIAENRFNKGKCCPFCNHDKISKYGKYHGKNGVKQRYKCQNPECKKTFNDFYKSPVSSS
KKGLDKWLLYAQCMVNGNTIRQCAEIVEINIATAFFWRHKIIDAIRKFIGYGSLEGVIELDETYFALSYKGNHSKSSNFTMPRESRKRGKEINTRGISKE
FACVLCGVDRLGNIYTGLICNGRPKYSDIDRALSEVVEENSILCTDKHRSYIPFATQHNFELHQIRGGRKAVDIYNIQRVNAFHSSLKRWIKKFNGVSTK
FLTNYLFWYKWTQLFKTEMERNKPKKFFIHANSTHSISLIKDFKIRRPIYV
KKGLDKWLLYAQCMVNGNTIRQCAEIVEINIATAFFWRHKIIDAIRKFIGYGSLEGVIELDETYFALSYKGNHSKSSNFTMPRESRKRGKEINTRGISKE
FACVLCGVDRLGNIYTGLICNGRPKYSDIDRALSEVVEENSILCTDKHRSYIPFATQHNFELHQIRGGRKAVDIYNIQRVNAFHSSLKRWIKKFNGVSTK
FLTNYLFWYKWTQLFKTEMERNKPKKFFIHANSTHSISLIKDFKIRRPIYV
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
450 bp | 149 aa | 1251 | 1700 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MKKVIWSIILTILLIGLVGCQIKTEDNTHKDSLSVEIIATNDANSYKGMPITLKPKAIGEYDKEIQYHWILKSDDDVEGFIVPEKGPQKEIINSGEPVEL
GLFKEVSWVEGTVIEFKVELQIEDKETSKIIATNKITIENNQGTYSIKQ
GLFKEVSWVEGTVIEFKVELQIEDKETSKIIATNKITIENNQGTYSIKQ
Blast result :
Comments
ISCldi2 is 66% (transposase) aa similar to ISBth19
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Pathogen Informatics. WTSI, Wellcome Trust Sanger Institute, CB10 1SA, United Kingdom (2015) Direct GenBank submission.
2] Pathogen Informatics. WTSI, Wellcome Trust Sanger Institute, CB10 1SA, United Kingdom (2015) Direct GenBank submission.