ISCldi2

  • Family IS1595
  • Group ISPna2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CYZX01000015 ND Clostridium disporicum
Clostridium disporicum 2789STDY5834856
DNA section
IS Length : 1812 bp

Ends


IR Length : 24/28

IRL : GGCTTTGTTTTAATAAACTGTTGAAATTTGATTAACCTCTATAAATATGG
IRR : GGCTTTGTTTTAAAATCATGTTGAAATTAGTATAACATAAAAGGATGTCC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
ACTACTTCTTAAAATAAATTTAAATATAGC8

DNA sequence

GGCTTTGTTTTAATAAACTGTTGAAATTTGATTAACCTCTATAAATATGGTTATTATATATTATATAACTACTATTTAGGAGGTTTTTTTATGCCAAGAG
TTAATAATGTTATTAAACAAGTTTCACAATTAAATACACATGAGCAAGGTAAGGTATTTGAATTTTTGAAGACTGTATTGATGTCAAATGGATTTACTAA
CTCTATAGATAAAGAAATCGCTGAAAATAGATTTAATAAGGGGAAGTGCTGTCCTTTTTGTAATCATGACAAAATATCTAAGTATGGAAAATATCATGGT
AAAAATGGAGTTAAACAAAGGTATAAATGCCAAAATCCAGAGTGTAAAAAAACTTTCAATGACTTTTATAAATCACCAGTTTCAAGTAGTAAAAAGGGAT
TAGATAAATGGTTACTATATGCCCAATGTATGGTAAACGGCAACACTATTAGGCAATGTGCCGAAATTGTTGAGATTAATATTGCAACAGCTTTCTTTTG
GAGACATAAAATTATAGACGCTATTAGAAAATTTATTGGCTACGGCTCTCTTGAGGGTGTTATTGAACTCGATGAGACATACTTTGCCCTTAGCTATAAA
GGGAATCATAGCAAAAGTTCTAATTTTACTATGCCAAGGGAGTCAAGAAAACGTGGCAAAGAAATAAATACAAGAGGTATATCAAAGGAATTTGCCTGTG
TTTTATGTGGTGTGGATAGATTAGGTAATATCTATACAGGATTAATATGCAATGGTAGACCTAAATATAGCGATATAGACAGAGCTTTATCAGAAGTTGT
TGAGGAGAATTCTATATTATGTACAGATAAACATAGGAGTTATATCCCCTTTGCTACTCAACATAATTTTGAGTTACATCAAATTAGAGGTGGAAGAAAA
GCTGTGGATATTTATAATATTCAAAGAGTTAATGCCTTTCATAGTAGCCTAAAAAGATGGATAAAGAAATTTAATGGTGTTTCAACCAAGTTCCTAACAA
ACTACCTATTTTGGTATAAATGGACCCAATTATTTAAAACAGAAATGGAAAGGAATAAACCTAAAAAGTTCTTTATTCATGCTAATTCAACACATTCTAT
ATCTTTAATAAAGGATTTTAAGATTAGAAGACCAATATATGTATAAAAGGTAAAATTTGTTTTAATTTTACTATTTTTAGTGTACAATAAATGTAATGAT
TTCTGAACAAATGTATTATATTGTTTATTAAATGAAATAAGGAGGCTTTTATGAAGAAAGTTATATGGTCAATAATTTTAACTATATTGCTAATTGGGTT
AGTAGGTTGTCAAATAAAAACAGAAGATAATACACACAAAGATAGTTTAAGTGTTGAAATAATTGCTACTAATGATGCTAACTCTTATAAGGGAATGCCA
ATAACATTAAAACCTAAAGCTATAGGAGAATATGATAAGGAAATCCAATATCATTGGATACTGAAAAGTGATGATGATGTTGAAGGGTTTATTGTTCCAG
AGAAGGGTCCTCAAAAGGAAATAATTAATTCAGGTGAACCAGTTGAACTTGGTTTATTTAAAGAAGTTTCTTGGGTTGAGGGAACAGTTATAGAATTTAA
AGTTGAATTGCAAATAGAAGATAAAGAAACATCTAAGATTATTGCAACTAATAAAATTACAATTGAAAATAATCAAGGTACTTATAGTATAAAACAATAA
CATTATTTTATATATTTATTGAACAATTTTAATATATTGCAATCCAAAAAGGATGTCCAGATGGACATCCTTTTATGTTATACTAATTTCAACATGATTT
TAAAACAAAGCC
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1056 bp351 aa911146+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MPRVNNVIKQVSQLNTHEQGKVFEFLKTVLMSNGFTNSIDKEIAENRFNKGKCCPFCNHDKISKYGKYHGKNGVKQRYKCQNPECKKTFNDFYKSPVSSS
KKGLDKWLLYAQCMVNGNTIRQCAEIVEINIATAFFWRHKIIDAIRKFIGYGSLEGVIELDETYFALSYKGNHSKSSNFTMPRESRKRGKEINTRGISKE
FACVLCGVDRLGNIYTGLICNGRPKYSDIDRALSEVVEENSILCTDKHRSYIPFATQHNFELHQIRGGRKAVDIYNIQRVNAFHSSLKRWIKKFNGVSTK
FLTNYLFWYKWTQLFKTEMERNKPKKFFIHANSTHSISLIKDFKIRRPIYV

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
450 bp149 aa12511700+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MKKVIWSIILTILLIGLVGCQIKTEDNTHKDSLSVEIIATNDANSYKGMPITLKPKAIGEYDKEIQYHWILKSDDDVEGFIVPEKGPQKEIINSGEPVEL
GLFKEVSWVEGTVIEFKVELQIEDKETSKIIATNKITIENNQGTYSIKQ

 

Blast result :
Comments
ISCldi2 is 66% (transposase) aa similar to ISBth19
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Pathogen Informatics. WTSI, Wellcome Trust Sanger Institute, CB10 1SA, United Kingdom (2015) Direct GenBank submission.