ISTusp1
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AEXQ01000045 | ND | Turicibacter sp. | Turicibacter sp. HGF1 |
DNA section
IS Length : 1720 bp
Ends
IR Length : 25/29
IRL : CGCTGTGTTTTAGAGAAGTGTTGATATTTTACACAGAAATTGCATAACGC
IRR : GGCTCTGTTTTAGAAAAGTGTTGATAATTAAAGTAAAAAAGAGAGGAAAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
NNTTTT | NNNN | 0 |
DNA sequence
CGCTGTGTTTTAGAGAAGTGTTGATATTTTACACAGAAATTGCATAACGCACTCCTTAATTATTCATTATAATAGTAATAGAACAAATGTTTGAGGAGTT
GGATTCATGCCAAAGTCACTAATTTTAACACTTTTACATAGGGTAGCACCAAGTGATTTACCAGAAATCTTGGTTGAAGTTGAAAAAGGAATCTTTAAAT
CTGATTTATCTAAACTTCAAAATGAGATTCAAGAAACCAGATATTCATCGGGGCAGTATAAATGTCCTTTTTGTGGTGATGACCATATCGTAAAAAATGG
TAAGGTTAAAGGAAACCAACGCTATCTTTGTCGTAATTGTCGTAAATCGTTCAGCCAACAAACTCAAACACCAACTGCTTATTCAAAGAAAAAAGCAAAG
GTATGGATTGATTATATTGAATGCATGATTAAGGGATATAGCTTACGTCGTTGTGCTTGGGAATGCGGAATTAACCTCGCCACAGCCTTCTTCTGGCGAC
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TCACTCTAAAAGTAAACGATTTAAAATGCCACGAGAGGCTCGTAAACGTGGTGGAGAATCTGTAGGTAAACGTGGACTTTCAAGTGAGCAAGTATGTGTT
GGAACGGCATTAGATAGAACAGGAAATATTTTAATTGGTATGATAGGAACGGGACGAGCGAAATATGATAATCTAAAACGTTTCTTTGAAGGTCATATCG
CTCCTTATTCTATTTTGTGTACCGATAGTGCACATGGATATGGGAAATTAGCTAAGCAACTGGATTTAGAACATAAAGCAATTCCGTCGGGAAAACACAT
GAAAGGTATCTATCATATCCAACACATTAATGCATTTCACAGTAATTTTAAAGCTTTCTTACAAAAGTTTAGAGGAGTTTCAACTAAACATTTAAACAGT
TATTTAAAATGGTTCAAATGGATTGAGCTTTTTAAAGACGAAAAAGAACTTCTGAAAATTCAGAAAGTTTATGTACAATCACAAGCAAGTTACTCCTTAA
TATCTAATGAAATGATTAGAACGAAGAGTCCTTCATTTATATGACAAATATGTTGATATTAATTTTTTATGTGAAAAGAACAGATTTTTAAAAATGTGAT
ACAATTATATTAGAAGTTACATCTAATTTTAAAGAGGTGATAATATGGCAAAACATGACTTTGGAATTATGCAAAATGAGCCTATGAATAACGAACGATT
CGATGTATATGAACCTGAGAAATACCATTGCATTGAGATTCACGATGATTTTATTGAAGACATTCTAATGGATTTAGAAAATGTACCTTGTTATTGGCAT
ACACTTCAAGTTCCAGCTAAGGGTCTTGCATACTGTGGTATTACATTGATACCTCCTCAGTCAATAGAATTGTTCATACAAATTTTATCCTCACAAAATC
AATCAGAATATAATGATTTAATTTCTTTAGCTAATCAAGCAAAACAAGATAATAAGTATATTATTCATTTTGGAATCTAATGGTTTATTAAATAGGGATA
ATCCGCTTAATTATTACAGCTACCGTGCTACCAAGTAACACAAAAAAGAGAGGAAATATTATTAAATCCAATTTCCTCTCTTTTTTACTTTAATTATCAA
CACTTTTCTAAAACAGAGCC
GGATTCATGCCAAAGTCACTAATTTTAACACTTTTACATAGGGTAGCACCAAGTGATTTACCAGAAATCTTGGTTGAAGTTGAAAAAGGAATCTTTAAAT
CTGATTTATCTAAACTTCAAAATGAGATTCAAGAAACCAGATATTCATCGGGGCAGTATAAATGTCCTTTTTGTGGTGATGACCATATCGTAAAAAATGG
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ACACTTCAAGTTCCAGCTAAGGGTCTTGCATACTGTGGTATTACATTGATACCTCCTCAGTCAATAGAATTGTTCATACAAATTTTATCCTCACAAAATC
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ATCCGCTTAATTATTACAGCTACCGTGCTACCAAGTAACACAAAAAAGAGAGGAAATATTATTAAATCCAATTTCCTCTCTTTTTTACTTTAATTATCAA
CACTTTTCTAAAACAGAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1038 bp | 345 aa | 107 | 1144 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPKSLILTLLHRVAPSDLPEILVEVEKGIFKSDLSKLQNEIQETRYSSGQYKCPFCGDDHIVKNGKVKGNQRYLCRNCRKSFSQQTQTPTAYSKKKAKVW
IDYIECMIKGYSLRRCAWECGINLATAFFWRHKILDALSSFMGTGEVDGLVEADECYLRYSYKGNHSKSKRFKMPREARKRGGESVGKRGLSSEQVCVGT
ALDRTGNILIGMIGTGRAKYDNLKRFFEGHIAPYSILCTDSAHGYGKLAKQLDLEHKAIPSGKHMKGIYHIQHINAFHSNFKAFLQKFRGVSTKHLNSYL
KWFKWIELFKDEKELLKIQKVYVQSQASYSLISNEMIRTKSPSFI
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ALDRTGNILIGMIGTGRAKYDNLKRFFEGHIAPYSILCTDSAHGYGKLAKQLDLEHKAIPSGKHMKGIYHIQHINAFHSNFKAFLQKFRGVSTKHLNSYL
KWFKWIELFKDEKELLKIQKVYVQSQASYSLISNEMIRTKSPSFI
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
336 bp | 111 aa | 1245 | 1580 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MAKHDFGIMQNEPMNNERFDVYEPEKYHCIEIHDDFIEDILMDLENVPCYWHTLQVPAKGLAYCGITLIPPQSIELFIQILSSQNQSEYNDLISLANQAK
QDNKYIIHFGI
QDNKYIIHFGI
Blast result :
Comments
ISTusp1 is 68% (transposase) aa similar to ISSsu9.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Harkins,D.M., Madupu,R., Durkin,A.S., Torralba,M., Methe,B., Sutton,G.G. and Nelson,K.E. (2011) Direct GenBank submission.
2] Harkins,D.M., Madupu,R., Durkin,A.S., Torralba,M., Methe,B., Sutton,G.G. and Nelson,K.E. (2011) Direct GenBank submission.