ISTusp1

  • Family IS1595
  • Group ISPna2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AEXQ01000045 ND Turicibacter sp.
Turicibacter sp. HGF1
DNA section
IS Length : 1720 bp

Ends


IR Length : 25/29

IRL : CGCTGTGTTTTAGAGAAGTGTTGATATTTTACACAGAAATTGCATAACGC
IRR : GGCTCTGTTTTAGAAAAGTGTTGATAATTAAAGTAAAAAAGAGAGGAAAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
NNTTTTNNNN0

DNA sequence

CGCTGTGTTTTAGAGAAGTGTTGATATTTTACACAGAAATTGCATAACGCACTCCTTAATTATTCATTATAATAGTAATAGAACAAATGTTTGAGGAGTT
GGATTCATGCCAAAGTCACTAATTTTAACACTTTTACATAGGGTAGCACCAAGTGATTTACCAGAAATCTTGGTTGAAGTTGAAAAAGGAATCTTTAAAT
CTGATTTATCTAAACTTCAAAATGAGATTCAAGAAACCAGATATTCATCGGGGCAGTATAAATGTCCTTTTTGTGGTGATGACCATATCGTAAAAAATGG
TAAGGTTAAAGGAAACCAACGCTATCTTTGTCGTAATTGTCGTAAATCGTTCAGCCAACAAACTCAAACACCAACTGCTTATTCAAAGAAAAAAGCAAAG
GTATGGATTGATTATATTGAATGCATGATTAAGGGATATAGCTTACGTCGTTGTGCTTGGGAATGCGGAATTAACCTCGCCACAGCCTTCTTCTGGCGAC
ATAAAATTTTAGATGCACTCAGTTCATTTATGGGGACAGGTGAAGTAGATGGATTAGTTGAAGCAGACGAATGTTATCTTCGATATAGCTATAAAGGAAA
TCACTCTAAAAGTAAACGATTTAAAATGCCACGAGAGGCTCGTAAACGTGGTGGAGAATCTGTAGGTAAACGTGGACTTTCAAGTGAGCAAGTATGTGTT
GGAACGGCATTAGATAGAACAGGAAATATTTTAATTGGTATGATAGGAACGGGACGAGCGAAATATGATAATCTAAAACGTTTCTTTGAAGGTCATATCG
CTCCTTATTCTATTTTGTGTACCGATAGTGCACATGGATATGGGAAATTAGCTAAGCAACTGGATTTAGAACATAAAGCAATTCCGTCGGGAAAACACAT
GAAAGGTATCTATCATATCCAACACATTAATGCATTTCACAGTAATTTTAAAGCTTTCTTACAAAAGTTTAGAGGAGTTTCAACTAAACATTTAAACAGT
TATTTAAAATGGTTCAAATGGATTGAGCTTTTTAAAGACGAAAAAGAACTTCTGAAAATTCAGAAAGTTTATGTACAATCACAAGCAAGTTACTCCTTAA
TATCTAATGAAATGATTAGAACGAAGAGTCCTTCATTTATATGACAAATATGTTGATATTAATTTTTTATGTGAAAAGAACAGATTTTTAAAAATGTGAT
ACAATTATATTAGAAGTTACATCTAATTTTAAAGAGGTGATAATATGGCAAAACATGACTTTGGAATTATGCAAAATGAGCCTATGAATAACGAACGATT
CGATGTATATGAACCTGAGAAATACCATTGCATTGAGATTCACGATGATTTTATTGAAGACATTCTAATGGATTTAGAAAATGTACCTTGTTATTGGCAT
ACACTTCAAGTTCCAGCTAAGGGTCTTGCATACTGTGGTATTACATTGATACCTCCTCAGTCAATAGAATTGTTCATACAAATTTTATCCTCACAAAATC
AATCAGAATATAATGATTTAATTTCTTTAGCTAATCAAGCAAAACAAGATAATAAGTATATTATTCATTTTGGAATCTAATGGTTTATTAAATAGGGATA
ATCCGCTTAATTATTACAGCTACCGTGCTACCAAGTAACACAAAAAAGAGAGGAAATATTATTAAATCCAATTTCCTCTCTTTTTTACTTTAATTATCAA
CACTTTTCTAAAACAGAGCC
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1038 bp345 aa1071144+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MPKSLILTLLHRVAPSDLPEILVEVEKGIFKSDLSKLQNEIQETRYSSGQYKCPFCGDDHIVKNGKVKGNQRYLCRNCRKSFSQQTQTPTAYSKKKAKVW
IDYIECMIKGYSLRRCAWECGINLATAFFWRHKILDALSSFMGTGEVDGLVEADECYLRYSYKGNHSKSKRFKMPREARKRGGESVGKRGLSSEQVCVGT
ALDRTGNILIGMIGTGRAKYDNLKRFFEGHIAPYSILCTDSAHGYGKLAKQLDLEHKAIPSGKHMKGIYHIQHINAFHSNFKAFLQKFRGVSTKHLNSYL
KWFKWIELFKDEKELLKIQKVYVQSQASYSLISNEMIRTKSPSFI

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
336 bp111 aa12451580+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MAKHDFGIMQNEPMNNERFDVYEPEKYHCIEIHDDFIEDILMDLENVPCYWHTLQVPAKGLAYCGITLIPPQSIELFIQILSSQNQSEYNDLISLANQAK
QDNKYIIHFGI

 

Blast result :
Comments
ISTusp1 is 68% (transposase) aa similar to ISSsu9.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Harkins,D.M., Madupu,R., Durkin,A.S., Torralba,M., Methe,B., Sutton,G.G. and Nelson,K.E. (2011) Direct GenBank submission.