ISCco3
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AIMJ01000022 | ND | Campylobacter coli | Campylobacter coli 90-3 |
DNA section
IS Length : 3285 bp
Ends
IR Length : 25
IRL : GGCTCTGTTAAAATATTTCATTGATTTTTAAGCTTTAACTTGTTATAATT
IRR : GGCTCTGTTAAAATATTTCATTGATAACAAATCTAAAAACATTCCAAAAG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATTTTAGAGTAAAA | ATATAAAA | ATAATTAACCC | 8 |
DNA sequence
GGCTCTGTTAAAATATTTCATTGATTTTTAAGCTTTAACTTGTTATAATTGTCCTTATAAAACATCGATATATAGGGGCTTACAATGAAACAAGAACTAG
AAATCATCAAGCAACTTTTCAACTCACTCTCTGATACTGATAAAAAGACTTTAATAAAATCATTAAAAAGTGGCAATAAATCTAAAACAGCACCTAAATT
TTCTATAATCAAAGAGATAAAAGAATGCCCACATTGCAAATCTAGCAAATTCGTTAAAAATGGCACTAGTAGAGGCACTAGACGATTTTTATGCAGAGAG
TGTGGCAAGAGTTTTACTACAACAAACAACACTATATTTGCAAATGGCAAGAAAGATTTATCCGTTTGGCAGAAGTATATTCACTGTATGATTGAGAAAT
ATCCATTAAGAAAGACCGCTGAAATTTGCGGAGTATCTTTGCCTACCGCCTTTGCTTGGAGGCATAAAATTCTAGACACCTTACAAGAGATGCAAGAACA
AGTTAAACTTGACGGCGTAGTTGAAGCTGACGAAACCTTTGTGCCACTAAGTTTTAAAGGTCATCACAAGTCTTTTAACTTACCGCGTCTAGCCAAACAT
AGGGGCGAGCCTGCTACTAGGCGTGGTTTAAGTAAAGAGCAGGTCTGTGTAACTTGTTGCGTGAATTTAGATGGCTTATCTATCTCAAAGATTTCAAATT
TAGGTAAGCCAAAACTTAAAGACTTAGAAAAGGTTTTAAGTGGTAAAATCAATCAAGATAGTGTATTTGTAACTGATAGTTTTAGAGCCTATTTAAAACT
CTCAAACGATATGGAGCTAAACCATATAAGAATACCACGTAACAAATATTCTAATGGAGCTTTCAATATCCAGGTAATCAACTCTTATCACTCAAGATTA
AAAGCAATGCTAACTTATAACTTCAAAGGCGTATCAACTAAATATCTCAATAACTATCTTGTCTATCATAACTTTGTGAATTTTGCGAAAGATAGTAGAA
GCGATAAAGAGAGAATATTGTTAAACCATATCATCAGCACGGATTGTATAAGCAAATCAATAGATATTGCTAATAGACCAGCAATACCAGTGGCGGCGTA
ACAATGAGAGAGTTTAAATTTATAGATTTATTCGCTGGTATTGGTGGCTTTAGGCTCGCCTTAGAGAGTTTAGGGGCGAAATGTGTTTTTAGTGCTGAAA
TTGACCCACACGCTATACAAACATATAAGGAAAATTTTAACGATGACCCTACGTGTGATATAACTAAACTTGACCCAAAAAGGATACCTGATTTTGATAT
TTTATGTGCTGGTTTTCCTTGTCAGGCATTTTCAATTTCAGGGAAACAAAAAGGCTTTTCGGACACAACAAGGGGGACTTTATTCTTTGATATATGCAGG
ATTTTAAAAGAGAAACAGCCTACTGCTTTTATACTTGAAAACGTCCAAAACCTAGAAAAACACGATAAGGGCAATACTTTATTTGTGATGATAAATAGCC
TAAATGATTTAGGATATTCGGTAACTTATAAGGTTTTAAACGCCAAAGATTTTGGAGTGCCACAAAATAGAGAGCGTATAATAATTATAGGAAACAAAGA
GCATAAGGTGTTTAGCTTTAAAAAACTATATAAAACTCCAGTGATTTCAATGTATGATATGCTTGATAAAGACGGAGATTTTGAATATCTTCAAGCCCAT
GAATACACTCTACTTGAACCAAAATTTATTAAAACACAAGCCAAATCGGGACTAATATTTACAGGTTATAGAAACAAGACAATAAGAACCAATGGCACTA
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CAGATATTTTATTCTAGTAGATGGTAGAGTAAGAAAACTTACAATCAATGAATGTTATAGGTTTATGGGTTTTCCTGATAATTTTAAAAAAGTTGGTTCA
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AAGAGAGTGGTTGGCTTACAAGAAGTTTAGAACAAGCACACCCATTCACACTAGATTTCCCAGGTAAAATTCAATCTAGTAGGTTAAAAGATGCTTTTTT
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GAGATAATTAATCCGATAACTTCTGAAAATAAACTAGATATTAAAGATGTTATGGCTATTTTAGAAAAGCACTTTTATTATAAATACAATAGTCGTGGTG
CTTCCATATTGCCAGTTGTAGCACTTTATAGCGTATATGAATGTATGATAATGGAATTAAAAAGGTTTGAAAATAAAAAGCTTCTTGAAATATCATCACA
TTATTCAAGTGATAAAAATAGTGGCAATGCTGGAGATATTGTTGTTTTAAATTCAGATAATAGCTTATATGAAGTAGTTGAAGTTAAATTTGACATCGAG
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TTAAGCAAATTAATGATAAGATTAAAGAAATTAGAAAGGAACACGGCTGTCAAGTGATAGTTAATGGATTAATGCAAAGTTTGAAATATTACTTACGGCT
TTTATCAAATACCGACCTATTTATAGAAAGATATGCCAAAAATTTACAAAAGCACCCTGAAATAAATAGCGAACATAAAGTTTCTTGGAACAATATTGTG
AATAATATGTTTTAATTTTAAGAATTTGGCTTACACTTTTGGAATGTTTTTAGATTTGTTATCAATGAAATATTTTAACAGAGCC
AAATCATCAAGCAACTTTTCAACTCACTCTCTGATACTGATAAAAAGACTTTAATAAAATCATTAAAAAGTGGCAATAAATCTAAAACAGCACCTAAATT
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AGGGGCGAGCCTGCTACTAGGCGTGGTTTAAGTAAAGAGCAGGTCTGTGTAACTTGTTGCGTGAATTTAGATGGCTTATCTATCTCAAAGATTTCAAATT
TAGGTAAGCCAAAACTTAAAGACTTAGAAAAGGTTTTAAGTGGTAAAATCAATCAAGATAGTGTATTTGTAACTGATAGTTTTAGAGCCTATTTAAAACT
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GCGATAAAGAGAGAATATTGTTAAACCATATCATCAGCACGGATTGTATAAGCAAATCAATAGATATTGCTAATAGACCAGCAATACCAGTGGCGGCGTA
ACAATGAGAGAGTTTAAATTTATAGATTTATTCGCTGGTATTGGTGGCTTTAGGCTCGCCTTAGAGAGTTTAGGGGCGAAATGTGTTTTTAGTGCTGAAA
TTGACCCACACGCTATACAAACATATAAGGAAAATTTTAACGATGACCCTACGTGTGATATAACTAAACTTGACCCAAAAAGGATACCTGATTTTGATAT
TTTATGTGCTGGTTTTCCTTGTCAGGCATTTTCAATTTCAGGGAAACAAAAAGGCTTTTCGGACACAACAAGGGGGACTTTATTCTTTGATATATGCAGG
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AAGAGCAAACAATACGAAAGAATAGGCAATAGCATTTGTGTCCCTATGATAAAAGAGGTAGCTAGTGAGATGATAAAGCAATTTTTTATAGATGATATTA
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GCAAATCCTTAATGATGTAGAAGTAAATGGAGCAAACCCACTTGAATATTTACTTGCACTTTTTAATCTAAGCATAAAAGCAAAAAAAGATAGGGCTGTA
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TTTATCAAATACCGACCTATTTATAGAAAGATATGCCAAAAATTTACAAAAGCACCCTGAAATAAATAGCGAACATAAAGTTTCTTGGAACAATATTGTG
AATAATATGTTTTAATTTTAAGAATTTGGCTTACACTTTTGGAATGTTTTTAGATTTGTTATCAATGAAATATTTTAACAGAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1017 bp | 338 aa | 85 | 1101 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKQELEIIKQLFNSLSDTDKKTLIKSLKSGNKSKTAPKFSIIKEIKECPHCKSSKFVKNGTSRGTRRFLCRECGKSFTTTNNTIFANGKKDLSVWQKYIH
CMIEKYPLRKTAEICGVSLPTAFAWRHKILDTLQEMQEQVKLDGVVEADETFVPLSFKGHHKSFNLPRLAKHRGEPATRRGLSKEQVCVTCCVNLDGLSI
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AKDSRSDKERILLNHIISTDCISKSIDIANRPAIPVAA
CMIEKYPLRKTAEICGVSLPTAFAWRHKILDTLQEMQEQVKLDGVVEADETFVPLSFKGHHKSFNLPRLAKHRGEPATRRGLSKEQVCVTCCVNLDGLSI
SKISNLGKPKLKDLEKVLSGKINQDSVFVTDSFRAYLKLSNDMELNHIRIPRNKYSNGAFNIQVINSYHSRLKAMLTYNFKGVSTKYLNNYLVYHNFVNF
AKDSRSDKERILLNHIISTDCISKSIDIANRPAIPVAA
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
2112 bp | 703 aa | 1104 | 3215 | + | No |
Annotation : DNA-cytosine methyltransferaseDescription :
ORF sequence :
MREFKFIDLFAGIGGFRLALESLGAKCVFSAEIDPHAIQTYKENFNDDPTCDITKLDPKRIPDFDILCAGFPCQAFSISGKQKGFSDTTRGTLFFDICRI
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NMF
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NMF
Blast result :
Comments
ISCco3 is 64% (transposase) aa similar to ISCCo2.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Richards,V.P., Lefebure,T., Pavinski Bitar,P.D. and Stanhope,M.J. (2013) Infect. Genet. Evol. 14, 200-213.
2] Richards,V.P., Lefebure,T., Pavinski Bitar,P.D. and Stanhope,M.J. (2013) Infect. Genet. Evol. 14, 200-213.