ISCig1
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP015577 | ND | Campylobacter iguaniorum | Campylobacter iguaniorum M11343 |
DNA section
IS Length : 3602 bp
Ends
IR Length : 23/27
IRL : GGCTCTGTTAAAATAAACTATTGAATTTTAATCTTTATTTGGCTAGAATA
IRR : GGCTCTGTTAAATATTCTATTGATTTGATAAAAAAATAAAAAAATGCTAC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GCTGCCTATTAGATTTT | AATCGCATTTAAGCTA | 0 |
DNA sequence
GGCTCTGTTAAAATAAACTATTGAATTTTAATCTTTATTTGGCTAGAATATCTACATTAAAAATAGCAATGAAAGATGGTAAAATGGCAACTTCCAACGT
AGAGCTTGAAATCGTAAAACAACTTTTTAGCACTCTAAGCGATGACGATAAAAAATCATTTTTAAAATCTATCAAATCAAAAAAACAGGAACAAAATTTT
ACTTTTACCAAAAAGATAAAAGAGTGTCCGCATTGTAAATCTACTCACTTTGTAAAAAATGGCAAGGTGCAAGGCAGACAAAGATTTATATGTATGGATT
GTTATAAAACATTTGCCCAAACAAATAATACCATCTTATATTGTGTCAAAAAAGACCTATCTGTATGGGAAAAATATATCCATTGTATGATTGAAAAATA
CTCACTTAGAAAAACTGCCCAAATTTGTGGGATCTCACTACCTACTGCTTTTGCTTGGCGACACAAAATTCTTGACGCACTACAAGAAATACAAGAGAAC
GTAAAACTTGACGGCATTATTGAAACCGATGAAACTTTTATGCCTATCTCGTATAAAGGTCATCACAAGGATTTTAATTTTCCACGTTCGGCAAAACATC
GCGGCACGACAAACACGAATCGTGGTTTATCAAAAGAGCTAGTTTGCATACCTTGTGCTGTAAATTTAAATGGCAAATCAGTAGCCAAAATAGCAAATCT
TGGTAAGCCAAATGTAAAGGCTTTAAATAGCGTTATCTTTGGCAAAGTAGAAAAAGAGAGCGTATTTGTAACCAATAGCCTACGCTCATATCTAAAACTC
TCAAACGAAATGAATCTAAATCATATAAGAATACCGCGAAATAAACACTCTAATGGAAGTTTTAATATCCAAGTCGTAAATAACTATCATAGCAGACTAA
AATCTATGCTAGTATATAATTTTAAAGGTGTATCTACAAAGTATCTTAATAACTATCTTGTCTATCATAATTTTGTAAATTTTGCAAAAGAGAGTAGAAA
AGATAAGGAGCAGATGCTACTTAATCATATACTAAATACAAACTGTCTAAGCCAAAGTATAAGCGTAGCAAATAGGCCTGCTGTGCCGTTATTGGTGGCG
TAGAGTTAAAAAATTTAAAGAGAAAAAATGAGTTCAAAGAAAAACAAAGACGTTTTAGAAAATATATTAAATGAAAATTTGCTAGGGCTTACAAAAAAGG
GGATTGTAAGTAGAATGCTGGAACAAGAAGTCGCAGGACAAAGAGTGTTTTATGTATGGCTTAAACAAAATGGCTATGATATAGACCCTGAAAGTATGGA
TAAAAATCAAAGCGATGGCATTGTTGGTAATACTATAATAGAGTGCAAACTTAATGAAAATGAGGGCGGTGGCATCAAAAAAGCCTACCAAGAACTATAT
GACACAATCCCTACAAGGCTTAAACAAAAGGGCGATAGAATACCATATTACCGCATTTATGTAGAGCTTCAAACATTTGAAGTAGAAGTTTATGATTGCT
ATTGCAATTTAGTTAAAAAATTTGATTGGTATAGAAACCCAAATGCTTTTAAAAAGTTTTTCAATAATAAAAAAGAAACATACGAATATGATTTAAGAGA
TTATGATGTGGATTTGGTGGAAGTTATTCAAAACATCTATAAGGTTTTTAATATAACCACAAAAATCGAGGCTTACGAGAAACTTGAAAAAGGCATAATT
GGTTGGTTTAAGCCGTTTGATTATAAAAATGCAGACATAAATCGTCTTATTCTTGACAATGATAAAATGAACGAAAAGTATGTGCAAAAAATGGAGGGTG
CATTTTTTACTCCACCACAATATGTAAAAATTTCAACTCAATATGTCCTAAATGCAATAAAGCAAAGCAAAAAAGACGGTTATGATGATTATGTAATTAT
TGATAGATGTGTGGGCGTTGGAAATTTACAAAGTCAGTTTGATGAAAATATCTACTCTCATATGATATTAGGCACTATAAACGAAGCAGAAGCCCTTACG
GCAAATATTCGCTTTATGGATATGGCACAAGTTGAAGTGCTAGATAGTTTATCTGAATACGGCGTAAAATTCTATCAAAAAGCAATAGAAAACTATAAGA
AAAAGAATAATGTTAAAAATCTTGCTGTAATTTTTCTTGAAAATCCACCATACGCACAAACAAACTCAAACAAAGACGGCGGAATTAAGTCTATTTATCA
AAAGACTTGGGTTCACACTCAAATGGATAGGGGCGGGGAGGACCTCGATGAGCAGTTCTGCTTTTCAGCCTTTAAATACTATGAACCTTACGCATACATA
CATTATGGACCAATAAAGATTTGGAAATCAAGAAACTTAATAAACAAAGAAGTAGCAGAGTGCTATCTATGCAATCGCAAATACTTTAATGCTAGTGAGA
GTGCAATTGCGTTGATTAGTTGGCGAAATACGGATAAATATTATGATGAGCTACATTTCAAAAATGATATAGATGACGATTTTGTTGTAAAAAAAGTTAA
AAAAACAATATCTGATTTGTTTAGTGATGACGGCAAAAAAAATAGTGTTTGTATGATTGAAGCTAGAAATTTTTCTTTTGCTTCGCCACGCTTAACGGGT
AGCATAAACTCAAATGGTAAGTATGGCACAAAGTGGGTAAGTGAGAAGAACCTACTTAAAGTCATTCCACTTTTTTGTGCGTGCAGAGATGAAGTAAGTG
AAAATGGCTACATAAGAGATAATTTTAAAGATTATCGCATAATAGACACAGTTTATAAAACTAGCGATGGTGGCACTGCGTATCAAAAAGATAAAGAGTT
TTTGCAAGATTGTCTGCTCTATGCTACTTGCACACACAAAAATGACTGCGATGATAACTCAATTTTTTGGAAAGTGGCAGATAGATTGCTTGATAAAAAA
CGAAAAGATAGCGAAATTTATAAAATTTATAAATGGCTTTGTGCTGAAACAAAGATAAATGGTATAAAAGGTATAGAAAAATACAAAAAGAACGAATATG
GAAAGCTTTGGCGAGAACATAATCTTTATCCTAAAATCGTTGATTTAAAAGCTAAACTTAGAGCATTACATTTAGAGAAAATCCGTCCAAAAATGCTTAA
ATATGAAATATTAAAGTAGCCAAAAGTGCCACTTACGGCACTTTTTTACACAAATAACTTATCAAAAACAAGCATAGAAAGGAAGATTATATGTCAAACA
TTGATTTTGCTGATATTCAGGCTATGTCAGAGAAAAATATTCAAGCAATCTTAGATTTTATAGTCTATCAAGGCTCTTTCGCACAAGCTCTCTCTAAATG
TATTCAATTTGACAAACAGCAAATAGTGTAACATAAATCACGAGTTGCCCGCTTAAATTTCAGATACAAAAAAGGTAAAATTTGGCAACGATTTTAGTTG
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TTGCCGAAAAGGACAGGGCTGAAAAATTAAATTTGATGAAACATAGCACAAAGTAGCATTTTTTTATTTTTTTATCAAATCAATAGAATATTTAACAGAG
CC
AGAGCTTGAAATCGTAAAACAACTTTTTAGCACTCTAAGCGATGACGATAAAAAATCATTTTTAAAATCTATCAAATCAAAAAAACAGGAACAAAATTTT
ACTTTTACCAAAAAGATAAAAGAGTGTCCGCATTGTAAATCTACTCACTTTGTAAAAAATGGCAAGGTGCAAGGCAGACAAAGATTTATATGTATGGATT
GTTATAAAACATTTGCCCAAACAAATAATACCATCTTATATTGTGTCAAAAAAGACCTATCTGTATGGGAAAAATATATCCATTGTATGATTGAAAAATA
CTCACTTAGAAAAACTGCCCAAATTTGTGGGATCTCACTACCTACTGCTTTTGCTTGGCGACACAAAATTCTTGACGCACTACAAGAAATACAAGAGAAC
GTAAAACTTGACGGCATTATTGAAACCGATGAAACTTTTATGCCTATCTCGTATAAAGGTCATCACAAGGATTTTAATTTTCCACGTTCGGCAAAACATC
GCGGCACGACAAACACGAATCGTGGTTTATCAAAAGAGCTAGTTTGCATACCTTGTGCTGTAAATTTAAATGGCAAATCAGTAGCCAAAATAGCAAATCT
TGGTAAGCCAAATGTAAAGGCTTTAAATAGCGTTATCTTTGGCAAAGTAGAAAAAGAGAGCGTATTTGTAACCAATAGCCTACGCTCATATCTAAAACTC
TCAAACGAAATGAATCTAAATCATATAAGAATACCGCGAAATAAACACTCTAATGGAAGTTTTAATATCCAAGTCGTAAATAACTATCATAGCAGACTAA
AATCTATGCTAGTATATAATTTTAAAGGTGTATCTACAAAGTATCTTAATAACTATCTTGTCTATCATAATTTTGTAAATTTTGCAAAAGAGAGTAGAAA
AGATAAGGAGCAGATGCTACTTAATCATATACTAAATACAAACTGTCTAAGCCAAAGTATAAGCGTAGCAAATAGGCCTGCTGTGCCGTTATTGGTGGCG
TAGAGTTAAAAAATTTAAAGAGAAAAAATGAGTTCAAAGAAAAACAAAGACGTTTTAGAAAATATATTAAATGAAAATTTGCTAGGGCTTACAAAAAAGG
GGATTGTAAGTAGAATGCTGGAACAAGAAGTCGCAGGACAAAGAGTGTTTTATGTATGGCTTAAACAAAATGGCTATGATATAGACCCTGAAAGTATGGA
TAAAAATCAAAGCGATGGCATTGTTGGTAATACTATAATAGAGTGCAAACTTAATGAAAATGAGGGCGGTGGCATCAAAAAAGCCTACCAAGAACTATAT
GACACAATCCCTACAAGGCTTAAACAAAAGGGCGATAGAATACCATATTACCGCATTTATGTAGAGCTTCAAACATTTGAAGTAGAAGTTTATGATTGCT
ATTGCAATTTAGTTAAAAAATTTGATTGGTATAGAAACCCAAATGCTTTTAAAAAGTTTTTCAATAATAAAAAAGAAACATACGAATATGATTTAAGAGA
TTATGATGTGGATTTGGTGGAAGTTATTCAAAACATCTATAAGGTTTTTAATATAACCACAAAAATCGAGGCTTACGAGAAACTTGAAAAAGGCATAATT
GGTTGGTTTAAGCCGTTTGATTATAAAAATGCAGACATAAATCGTCTTATTCTTGACAATGATAAAATGAACGAAAAGTATGTGCAAAAAATGGAGGGTG
CATTTTTTACTCCACCACAATATGTAAAAATTTCAACTCAATATGTCCTAAATGCAATAAAGCAAAGCAAAAAAGACGGTTATGATGATTATGTAATTAT
TGATAGATGTGTGGGCGTTGGAAATTTACAAAGTCAGTTTGATGAAAATATCTACTCTCATATGATATTAGGCACTATAAACGAAGCAGAAGCCCTTACG
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AAAAACAATATCTGATTTGTTTAGTGATGACGGCAAAAAAAATAGTGTTTGTATGATTGAAGCTAGAAATTTTTCTTTTGCTTCGCCACGCTTAACGGGT
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CGAAAAGATAGCGAAATTTATAAAATTTATAAATGGCTTTGTGCTGAAACAAAGATAAATGGTATAAAAGGTATAGAAAAATACAAAAAGAACGAATATG
GAAAGCTTTGGCGAGAACATAATCTTTATCCTAAAATCGTTGATTTAAAAGCTAAACTTAGAGCATTACATTTAGAGAAAATCCGTCCAAAAATGCTTAA
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TATTCAATTTGACAAACAGCAAATAGTGTAACATAAATCACGAGTTGCCCGCTTAAATTTCAGATACAAAAAAGGTAAAATTTGGCAACGATTTTAGTTG
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TTGCCGAAAAGGACAGGGCTGAAAAATTAAATTTGATGAAACATAGCACAAAGTAGCATTTTTTTATTTTTTTATCAAATCAATAGAATATTTAACAGAG
CC
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1020 bp | 339 aa | 84 | 1103 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MATSNVELEIVKQLFSTLSDDDKKSFLKSIKSKKQEQNFTFTKKIKECPHCKSTHFVKNGKVQGRQRFICMDCYKTFAQTNNTILYCVKKDLSVWEKYIH
CMIEKYSLRKTAQICGISLPTAFAWRHKILDALQEIQENVKLDGIIETDETFMPISYKGHHKDFNFPRSAKHRGTTNTNRGLSKELVCIPCAVNLNGKSV
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CMIEKYSLRKTAQICGISLPTAFAWRHKILDALQEIQENVKLDGIIETDETFMPISYKGHHKDFNFPRSAKHRGTTNTNRGLSKELVCIPCAVNLNGKSV
AKIANLGKPNVKALNSVIFGKVEKESVFVTNSLRSYLKLSNEMNLNHIRIPRNKHSNGSFNIQVVNNYHSRLKSMLVYNFKGVSTKYLNNYLVYHNFVNF
AKESRKDKEQMLLNHILNTNCLSQSISVANRPAVPLLVA
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1992 bp | 663 aa | 1128 | 3119 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MSSKKNKDVLENILNENLLGLTKKGIVSRMLEQEVAGQRVFYVWLKQNGYDIDPESMDKNQSDGIVGNTIIECKLNENEGGGIKKAYQELYDTIPTRLKQ
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KGDRIPYYRIYVELQTFEVEVYDCYCNLVKKFDWYRNPNAFKKFFNNKKETYEYDLRDYDVDLVEVIQNIYKVFNITTKIEAYEKLEKGIIGWFKPFDYK
NADINRLILDNDKMNEKYVQKMEGAFFTPPQYVKISTQYVLNAIKQSKKDGYDDYVIIDRCVGVGNLQSQFDENIYSHMILGTINEAEALTANIRFMDMA
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YKWLCAETKINGIKGIEKYKKNEYGKLWREHNLYPKIVDLKAKLRALHLEKIRPKMLKYEILK
Blast result :ORF 3
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
141 bp | 46 aa | 3191 | 3331 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MSNIDFADIQAMSEKNIQAILDFIVYQGSFAQALSKCIQFDKQQIV
Blast result :
Comments
ISCig1 is 66% (transposase) aa similar to ISCco2.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Miller,W.G., Yee,E., Huynh,S., Chapman,M.H. and Parker,C.T. (2016) Genome Announc 4 (3).
2] Miller,W.G., Yee,E., Huynh,S., Chapman,M.H. and Parker,C.T. (2016) Genome Announc 4 (3).