ISPana1
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
FNDY01000003 | ND | Paenibacillus naphthalenovorans | Paenibacillus naphthalenovorans PR-N1 |
DNA section
IS Length : 2006 bp
Ends
IR Length : 23/29
IRL : GGCTCTGTTAAAGGTACATGTTGATATTTGATACCTGCCCAAATCTTTAT
IRR : GGCTCTGTTATATTTCAATGTTGATAATTATATCAAAATAAAGGAAACCC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TCATTTTTGT | AAAACAAA | AAGAAGCCAA | 8 |
DNA sequence
GGCTCTGTTAAAGGTACATGTTGATATTTGATACCTGCCCAAATCTTTATATAATTAACATAGGAACAAGTATTCGGGGGGGTTATAGGTGAGCAAAGCG
TTTAGAAACTTGTTAAAATATATCGACAAATTACCACACACCCAAAAAGAGCAAGTCTATCAATGGGTTAAACGCTATGTCGAGCCTTCTTCCTCTGCTG
GTGGTCGTTTAATCAATGAAATAAGAGAAACTCGCTTCAAGGAAGGATTTGAATGTCCTCATTGTTCATCAGAACACGTTGTTCGGTTCGGAAAATATAA
TGGTCGACAACGGTATCGCTGTAAATGTTGTGGCAAAACCTTCACTGACACAACCAATACCGTCTTGTACCGTACCCGAAAAGGCAACGAATGGATTACA
TTTGTTGATTGTATGTTCAAAGGATATTCCCTGCGAAAATCGGCTGAAGTCGTAGGAGTTACTTGGGTTACACTTTTTTATTGGAGACACAAACTGTTAA
ACGCCTTGAAACAAATGGATTTTGACCATTTTGAAGGTATCGTTGAAATTGACGAGACCTATTTCCTGTACTCTCAAAAGGGGCAACGTGGCATTACTGA
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TCCAAAGTTGCTTGTATGGGTCGGGTTGTGAAAACTAAGGTTGATAATATGATTGGTTCTAAACTAACTTCTGATAATGTACTCGTTACTGATGCTTGGA
TAGCTTACAAAACCTATGCAAAAGAAAAAGGTTTAGAGCATTACCGAATTAAATCAAATGACGGTAAGCACGTTATTAAAGGCTTGTATCACATCCAGAA
TGTAAATGGTCTCCATTCTCGTATGAAACAATGGATAGACCGCTTTAAAGGTGTGGCTACAAAGTATCTTGACAACTACCTTGCGTGGTTCTTGTTTGTA
GATAGTCGTAGTAACGAAAGCACTAATCAGCATATTAAAGAATTTCTATTAACATCATTTGTTTATGAAATGACTGACACTTATGACAGTTTGAGGCTAT
CAAAATTCAATGTGTAATCCTTATTCAATTAACGAAGCGGATTTGCTCAACAAGAAGTCACAATAGGAATGTTCTCCTGCTGTAAAATATAATTAGACGT
ATTAATGTTCCAGAAAATAAAACAAAAATCAGAGGATTAATATCCATTAGCAGATAAATGTGAATAATGATGATTTATATTTGGGAGGGTATAAATGAAA
GACTTCTTGAATGAAATTCGAAGACCAATAAATATATCGCTATCAAGAAAATTTTTATATTTGACTTTAATATTTATCGCAGGGATTATTTTAGGCATAA
TTTCAAAGTTACTTGATGAAACCGCCAGTAATTTATTACCATATTTTCTTGAAACGTTGGATTTAAGGAACTTCTTTTCTCGTATGGGGGTTTGGATTTT
CCTTGCGGTGCTAATATCTGTGTATTGCAAATCACCTATTAGGTCTGCTATAAATGTTTTTTTGTTTTTTGTAGGCATGGTAGGTAGCTATTATCTTTAT
ACTATTTTGATAGCTGGTTTTTTTCCTAAATCATATATGATGATTTGGATTATCATGACTATTATCTCGCCATTTTTGGCTTTTGTATGTTGGTATGCAA
AAGGGAAAGGTATAATTGCTATTTCTATTTCATCTATAATAATTATGTTTATTTCAAGACAGACTTTTGCATTTGGGTTTTGGTATTTTGATATTTTAAA
CACTTTGGAATTGTTGCTCTGGATAGCCACGATTTTTGTTTTATATCAGTCTCCAAAACAGATAAGCAAAGTGACTACCATAGGATTGCTTCTTTACTTT
GTAACTGCTCAAACAAATTTATTCTGGGGAATGTTGTAGGAACCCCTAATGCCTTGGGGTTTCCTTTATTTTGATATAATTATCAACATTGAAATATAAC
AGAGCC
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GTAACTGCTCAAACAAATTTATTCTGGGGAATGTTGTAGGAACCCCTAATGCCTTGGGGTTTCCTTTATTTTGATATAATTATCAACATTGAAATATAAC
AGAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1029 bp | 342 aa | 89 | 1117 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSKAFRNLLKYIDKLPHTQKEQVYQWVKRYVEPSSSAGGRLINEIRETRFKEGFECPHCSSEHVVRFGKYNGRQRYRCKCCGKTFTDTTNTVLYRTRKGN
EWITFVDCMFKGYSLRKSAEVVGVTWVTLFYWRHKLLNALKQMDFDHFEGIVEIDETYFLYSQKGQRGITDRKPRKRGGKSKHRGISHEQVCVLVARDRT
KATVSKVACMGRVVKTKVDNMIGSKLTSDNVLVTDAWIAYKTYAKEKGLEHYRIKSNDGKHVIKGLYHIQNVNGLHSRMKQWIDRFKGVATKYLDNYLAW
FLFVDSRSNESTNQHIKEFLLTSFVYEMTDTYDSLRLSKFNV
EWITFVDCMFKGYSLRKSAEVVGVTWVTLFYWRHKLLNALKQMDFDHFEGIVEIDETYFLYSQKGQRGITDRKPRKRGGKSKHRGISHEQVCVLVARDRT
KATVSKVACMGRVVKTKVDNMIGSKLTSDNVLVTDAWIAYKTYAKEKGLEHYRIKSNDGKHVIKGLYHIQNVNGLHSRMKQWIDRFKGVATKYLDNYLAW
FLFVDSRSNESTNQHIKEFLLTSFVYEMTDTYDSLRLSKFNV
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
645 bp | 214 aa | 1295 | 1939 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MKDFLNEIRRPINISLSRKFLYLTLIFIAGIILGIISKLLDETASNLLPYFLETLDLRNFFSRMGVWIFLAVLISVYCKSPIRSAINVFLFFVGMVGSYY
LYTILIAGFFPKSYMMIWIIMTIISPFLAFVCWYAKGKGIIAISISSIIIMFISRQTFAFGFWYFDILNTLELLLWIATIFVLYQSPKQISKVTTIGLLL
YFVTAQTNLFWGML
LYTILIAGFFPKSYMMIWIIMTIISPFLAFVCWYAKGKGIIAISISSIIIMFISRQTFAFGFWYFDILNTLELLLWIATIFVLYQSPKQISKVTTIGLLL
YFVTAQTNLFWGML
Blast result :
Comments
ISPana1 is 96% aa (transposase) similar to ISBwe1.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Varghese,N. and Submissions,S. (2016) Direct GenBank submission.
2] Varghese,N. and Submissions,S. (2016) Direct GenBank submission.