ISSsu9
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_012926 | ND | Streptococcus suis | Streptococcus suis BM407 |
DNA section
IS Length : 1796 bp
Ends
IR Length : 22/26
IRL : GGCTATGTTTTAAATCAATGTTGAAAATTGATATTTAACAGTAAAATAGG
IRR : GGCTATGTTTTAATATAGTGTTGAAATATAGCCTTATAAAAATTATAGGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TGATGATAATATAT | TTTTTCAA | AAATACAGTCAAAT | 8 |
DNA sequence
GGCTATGTTTTAAATCAATGTTGAAAATTGATATTTAACAGTAAAATAGGTTATAATATAGATAGAATAGTGTTTAGGAGGTAGAATTATGCCAAATGTA
AAGTCTATATTAAATGATATTGAAAAGTTACCATTACATCAGAAAGAACAGATACTATCAACTTTAGAAGAAATTCTTGTCTTAGGTTCACAAACAAGTC
AAGTAGAACAAGAAGTTAAAGAATTTAGATTTTCTAAGGGAAAAGTATGCCCCCTTTGTGGCTCTGAAACTATATCGAGAAATGGAAAGTATAATGGTAA
ACAAAGATATATCTGCAAATCTTGTAAGAAAACTTTTACGGACTTTACTAATTCTGCGACCTATAAAAGTAAGAAAACATTGGATAAGTGGCTTAAATAC
GCTAAGTGCATGATTAATGGCTACTCTATTAGGAAAAGTGCTAAAATTGTAGAAATTAACATAGCAACAAGTTTCTTTTGGAGACATAAAATTCTCGATT
GCATAAGCACATTTTTAGGTAAAGGATACGTTGATGGTGTTGTTGAAGCAGATGAAGTATTCTTTGCAGAAAGTTTTAAAGGTACAAAACCTTCTAACAT
GCCAAGACACTCTCGTAAAAGAGGGAAACAAGTTAAGAAAAGGGGTATCTCCAAGGAACAAGTTTGCATTGCTACTGCTATTGATAGGCAAGGTAATTTA
ATTATGGAATTAGCATGTAAAGGTAGAATTACATCTAATGAATTAGAAACATTATATGATGGACATATGGCAAATGGTTCTATACTTTGTACTGATAGTC
ATAAAAGTTATATTCAATTTGCAAATGATTTATCATTAGAACATAAACGTATAAAAAGAGGAAAACATAAAGAAGGATTATATCATATTCAACATATTAA
TGCTCTTCATAGCAATTTAAAGAAATGGATGAATAGGTTTAATGGTGTTGCAACAAAATATATCAACAACTATATTAAGTGGTTCAAATGGCTTCAAATA
TTTGATACAGATAAAGAGATAATAAAGGCTAAGAACTTTATGGTTCAAAGCAATGTAACCCATTCATATATCAAAATAAAAGATTTGAAAAATAGAGAGC
CAATGTATGTATAGCATGTGTGATATTTTGTAAATTATGTTATAATAAGCGTTGTTAAAAACTATAATCTAATGAACAATGGTAGTTTTTTACTAACTAA
TGAAAGGTGGATAGTTATGATTTCATTAATAGTTGCCGTAGCAAAAAATAATGTAATAGGAAACAATGGTGTTATACCATGGAAAATAAAGGGTGAACAA
AAAAGGTTTAAAGAATTAACGATAGGTAAAACAATAATCATGGGAAGAAAATCTTTTGAAGAAATAGGTAAGCCACTACCTAACAGAAAAACAATACTTA
TTTCAAATACGCAATGTATTGAATCAGAGAATTGTGCAACTGTAAAATCGCTTTCAGAAGCATTCGATTTAACAAAAGATGAAGACGAAGTATTTGTTGC
TGGTGGTGGACAGGTGTACAAGGAGTCATTTACCTATGCAGATAGAATATATATTACAGTTATAGATAAAATAATTGATGGCAATGTATATTTTCCAGAG
ATTTCTTCTGATGATTTTGTGAAATCCTATGAAGAGCGAATTGAGGGGGAAATACCATACACATATTATACGTATGAAAGAAGAAAATAAAAAATTATAT
TTAATGAACAATAGTCATCTATTGAGAATTATAGGTGGACAATCCCACCTATAATTTTTATAAGGCTATATTTCAACACTATATTAAAACATAGCC
AAGTCTATATTAAATGATATTGAAAAGTTACCATTACATCAGAAAGAACAGATACTATCAACTTTAGAAGAAATTCTTGTCTTAGGTTCACAAACAAGTC
AAGTAGAACAAGAAGTTAAAGAATTTAGATTTTCTAAGGGAAAAGTATGCCCCCTTTGTGGCTCTGAAACTATATCGAGAAATGGAAAGTATAATGGTAA
ACAAAGATATATCTGCAAATCTTGTAAGAAAACTTTTACGGACTTTACTAATTCTGCGACCTATAAAAGTAAGAAAACATTGGATAAGTGGCTTAAATAC
GCTAAGTGCATGATTAATGGCTACTCTATTAGGAAAAGTGCTAAAATTGTAGAAATTAACATAGCAACAAGTTTCTTTTGGAGACATAAAATTCTCGATT
GCATAAGCACATTTTTAGGTAAAGGATACGTTGATGGTGTTGTTGAAGCAGATGAAGTATTCTTTGCAGAAAGTTTTAAAGGTACAAAACCTTCTAACAT
GCCAAGACACTCTCGTAAAAGAGGGAAACAAGTTAAGAAAAGGGGTATCTCCAAGGAACAAGTTTGCATTGCTACTGCTATTGATAGGCAAGGTAATTTA
ATTATGGAATTAGCATGTAAAGGTAGAATTACATCTAATGAATTAGAAACATTATATGATGGACATATGGCAAATGGTTCTATACTTTGTACTGATAGTC
ATAAAAGTTATATTCAATTTGCAAATGATTTATCATTAGAACATAAACGTATAAAAAGAGGAAAACATAAAGAAGGATTATATCATATTCAACATATTAA
TGCTCTTCATAGCAATTTAAAGAAATGGATGAATAGGTTTAATGGTGTTGCAACAAAATATATCAACAACTATATTAAGTGGTTCAAATGGCTTCAAATA
TTTGATACAGATAAAGAGATAATAAAGGCTAAGAACTTTATGGTTCAAAGCAATGTAACCCATTCATATATCAAAATAAAAGATTTGAAAAATAGAGAGC
CAATGTATGTATAGCATGTGTGATATTTTGTAAATTATGTTATAATAAGCGTTGTTAAAAACTATAATCTAATGAACAATGGTAGTTTTTTACTAACTAA
TGAAAGGTGGATAGTTATGATTTCATTAATAGTTGCCGTAGCAAAAAATAATGTAATAGGAAACAATGGTGTTATACCATGGAAAATAAAGGGTGAACAA
AAAAGGTTTAAAGAATTAACGATAGGTAAAACAATAATCATGGGAAGAAAATCTTTTGAAGAAATAGGTAAGCCACTACCTAACAGAAAAACAATACTTA
TTTCAAATACGCAATGTATTGAATCAGAGAATTGTGCAACTGTAAAATCGCTTTCAGAAGCATTCGATTTAACAAAAGATGAAGACGAAGTATTTGTTGC
TGGTGGTGGACAGGTGTACAAGGAGTCATTTACCTATGCAGATAGAATATATATTACAGTTATAGATAAAATAATTGATGGCAATGTATATTTTCCAGAG
ATTTCTTCTGATGATTTTGTGAAATCCTATGAAGAGCGAATTGAGGGGGAAATACCATACACATATTATACGTATGAAAGAAGAAAATAAAAAATTATAT
TTAATGAACAATAGTCATCTATTGAGAATTATAGGTGGACAATCCCACCTATAATTTTTATAAGGCTATATTTCAACACTATATTAAAACATAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1026 bp | 341 aa | 89 | 1114 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPNVKSILNDIEKLPLHQKEQILSTLEEILVLGSQTSQVEQEVKEFRFSKGKVCPLCGSETISRNGKYNGKQRYICKSCKKTFTDFTNSATYKSKKTLDK
WLKYAKCMINGYSIRKSAKIVEINIATSFFWRHKILDCISTFLGKGYVDGVVEADEVFFAESFKGTKPSNMPRHSRKRGKQVKKRGISKEQVCIATAIDR
QGNLIMELACKGRITSNELETLYDGHMANGSILCTDSHKSYIQFANDLSLEHKRIKRGKHKEGLYHIQHINALHSNLKKWMNRFNGVATKYINNYIKWFK
WLQIFDTDKEIIKAKNFMVQSNVTHSYIKIKDLKNREPMYV
WLKYAKCMINGYSIRKSAKIVEINIATSFFWRHKILDCISTFLGKGYVDGVVEADEVFFAESFKGTKPSNMPRHSRKRGKQVKKRGISKEQVCIATAIDR
QGNLIMELACKGRITSNELETLYDGHMANGSILCTDSHKSYIQFANDLSLEHKRIKRGKHKEGLYHIQHINALHSNLKKWMNRFNGVATKYINNYIKWFK
WLQIFDTDKEIIKAKNFMVQSNVTHSYIKIKDLKNREPMYV
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
474 bp | 157 aa | 1217 | 1690 | + | No |
Annotation : Dihydrofolate reductaseDescription :
ORF sequence :
MISLIVAVAKNNVIGNNGVIPWKIKGEQKRFKELTIGKTIIMGRKSFEEIGKPLPNRKTILISNTQCIESENCATVKSLSEAFDLTKDEDEVFVAGGGQV
YKESFTYADRIYITVIDKIIDGNVYFPEISSDDFVKSYEERIEGEIPYTYYTYERRK
YKESFTYADRIYITVIDKIIDGNVYFPEISSDDFVKSYEERIEGEIPYTYYTYERRK
Blast result :
Comments
ISSsu9 is 94% aa (transposase) similar to ISCac2.
References
1] ISfinder submission (2017)
2] Holden,M.T., Hauser,H., Sanders,M., Ngo,T.H., Cherevach,I., Cronin,A., Goodhead,I., Mungall,K., Quail,M.A., Price,C., Rabbinowitsch,E., Sharp,S., Croucher,N.J., Chieu,T.B., Mai,N.T., Diep,T.S., Chinh,N.T., Kehoe,M., Leigh,J.A., Ward,P.N., Dowson,C.G., Whatmore,A.M., Chanter,N., Iversen,P., Gottschalk,M., Slater,J.D., Smith,H.E., Spratt,B.G., Xu,J., Ye,C., Bentley,S., Barrell,B.G., Schultsz,C., Maskell,D.J. and Parkhill,J. (2009) PLoS ONE 4 (7), E6072.
2] Holden,M.T., Hauser,H., Sanders,M., Ngo,T.H., Cherevach,I., Cronin,A., Goodhead,I., Mungall,K., Quail,M.A., Price,C., Rabbinowitsch,E., Sharp,S., Croucher,N.J., Chieu,T.B., Mai,N.T., Diep,T.S., Chinh,N.T., Kehoe,M., Leigh,J.A., Ward,P.N., Dowson,C.G., Whatmore,A.M., Chanter,N., Iversen,P., Gottschalk,M., Slater,J.D., Smith,H.E., Spratt,B.G., Xu,J., Ye,C., Bentley,S., Barrell,B.G., Schultsz,C., Maskell,D.J. and Parkhill,J. (2009) PLoS ONE 4 (7), E6072.