ISClsp5
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
FMGV01000009 | ND | Clostridium sp. | Clostridium sp. |
DNA section
IS Length : 1633 bp
Ends
IR Length : 24/28
IRL : GGCTCTGTTTTAGTATAGTGTTGATAATTGATTAAGATTTTAGATTTAGG
IRR : GGCTCTGTTTTAAAATAATGTTGACAATATATAGTAAGTTTAAAAGACCA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAATAAATTT | TAAAAATA | AATTAAAAGG | 8 |
DNA sequence
GGCTCTGTTTTAGTATAGTGTTGATAATTGATTAAGATTTTAGATTTAGGGTATAATATAAGTATAAACAGTTGCGGAGGTTTAATTATGGAGAATGTAT
CATATCTATTATCAGAAATTCAAAAATTATCTTTATATAAACAAAAGCAGATTTTATCTAAATTAGAGGAAAATATTATGTTAGGTTCTCAAGTTACCGA
AATAACAAAAGAAGTAAAAGAAATGAGATTTTCTAAGGGGAAAGTATGCCCTCATTGTAATTGTGAAGATATATCAAGAAATGGTAAGTATAATGATAAG
CAAAGATATATTTGTAAAGATTGTGGGAAAACATTTACCGATTTTACTAACTCTGCAACATATAAAAGTAAGAAACCTTTAGATAAATGGATGAAATATG
CCAAATGTATGTTAAGTGGCTACTCTATAAGAAAATGTGCTGAAATAGTTGAAATAAATATAGCAACAAGTTTCTTTTGGAGGCATAAAATACTAAACTG
TATAAGTACATTTCTTGGAGTAGGTTCTGTTGATGGTGTTGTTGAAGCAGATGAAGTTTTCTTTGCTTATTCATATAAGGGAACTAAACCAGCTAATATG
CCAAGACCATCTCGTAAAAGAGGTAAGCAAGTTAAAAAGCGTGGTATAAGCAATGAGCAAGTATGTGTAGCCACAGCTCTTGATAGACAAAGAAATTTAA
TTATAGAATTATTATGTACTGGAAGAATGACATCTGATGAATTAAAGAAACTTTATAATAATCGTATAGGGGAAGATTCTATTCTCTGTACTGATAGCCA
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TTAGTGCAGAAAAAGAATCTATCCAAATTAAAAGTTTTATGCTCCATAGCCATATACCTTATAGTTACACTAAAATAAAGGAATTTAAGAATAGAGTACC
AATTTTTGTTTAATGCGTTTCTTTTTATGGAATTATATACCGATATAGGTGTATAATAAAAATATACATTGTTACGCAATTGTATTTTTATACAAGTTAA
TTTATTATCAAAAAATTGTATAAAAAATAATTTGAGGGAGGAATCTATGGGATTTATAGATTTTTTATATTTTGGAGGTATAGGAATTATTTTTTGTATA
GTCCAGTTTTTAGTTTTACTTAAAATCAAAAAAAATTGGATTAAGTGGTTGCCTATAGCATTGACCATTTCTGGTTTATTATTTTGTTTGGTATTATATC
TTAATCTTTTTTGGACAAATTCATCAAGTGTAATTGCTGAAAATCAATATTTTTCTTTATTCCTTTTAAAGCCTATTAGTCTTTCATTCATAGGTTGTTT
ATTAGGATTCATTATTTATAAGTTATATAAGTTTTGTAAATAATATTAATCTATTACTAACTAAAGACCAGTGATTCAATCACTGGTCTTTTAAACTTAC
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TATATATTGTCAACATTATTTTAAAACAGAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1026 bp | 341 aa | 88 | 1113 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MENVSYLLSEIQKLSLYKQKQILSKLEENIMLGSQVTEITKEVKEMRFSKGKVCPHCNCEDISRNGKYNDKQRYICKDCGKTFTDFTNSATYKSKKPLDK
WMKYAKCMLSGYSIRKCAEIVEINIATSFFWRHKILNCISTFLGVGSVDGVVEADEVFFAYSYKGTKPANMPRPSRKRGKQVKKRGISNEQVCVATALDR
QRNLIIELLCTGRMTSDELKKLYNNRIGEDSILCTDSHKSYMQFAEDMELEHKRIKRGKHKEDIYHIQHINSLHSSLKRWMNRFNGVATKYLGNYMKWFK
WIDTFSAEKESIQIKSFMLHSHIPYSYTKIKEFKNRVPIFV
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WIDTFSAEKESIQIKSFMLHSHIPYSYTKIKEFKNRVPIFV
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
297 bp | 97 aa | 1247 | 1543 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MGFIDFLYFGGIGIIFCIVQFLVLLKIKKNWIKWLPIALTISGLLFCLVLYLNLFWTNSSSVIAENQYFSLFLLKPISLSFIGCLLGFIIYKLYKFC
Blast result :
Comments
ISClsp5 is 83% aa (transposase) similar to ISCac2.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Pathogen Informatics. WTSI, Pathogen Informatics, Wellcome Trust Sanger Institute, CB10 1SA, United Kingdom (2015) Direct GenBank submission.
2] Pathogen Informatics. WTSI, Pathogen Informatics, Wellcome Trust Sanger Institute, CB10 1SA, United Kingdom (2015) Direct GenBank submission.