ISSpps1

  • Family IS1595
  • Group ISPna2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP014616 ND Sporosarcina psychrophila
Sporosarcina psychrophila DSM 6497
DNA section
IS Length : 2516 bp

Ends


IR Length : 22/26

IRL : GGCTATGTTAAAGTTAGTGGTTGATTTTGAATAAATTGTCCTCTTTTGTA
IRR : GGCTATGTTAAAGGGAAAGGTTGATTAATCTTAAAACGGAATGAAGAACA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTTAAATTATTCCTTTTTTATATTTAATTTTCTGCT8

DNA sequence

GGCTATGTTAAAGTTAGTGGTTGATTTTGAATAAATTGTCCTCTTTTGTAATATCCTGACTGTATATCTTACAAAAGGGGCAATTTAAATGACTTTAACA
AACATAATAAGTAATATTTCTTCTCTAAATGATAAGGACAAAGAATACATTTTACATTATCTAACTCGTCATTTCTCGCCCTCATCCTCACAACAAGGTG
CTTTAATTGGTGAATTGAGAGAAAGGAAGTTTTCACACGGTTTTCATTGCCGGCATTGTGGAAGTACATCAGTGGTTCGTTACGGGAAGCGAGACGGTCG
CCAACGTTATAAGTGCAAAGACTGTCATAAATTAAGTTGTGATTTAACCAATTCCCCTATGTATCGTTCGAAAAAGGCACACAAATGGATTCCATTTATT
GAATGTATGTTGAATGGTCAATCACTTCGTGAAACAGCTTCTCAAATTGGCATCACTCATGTAACTGCTTTTTACTGGAGGCATAAAGTGTTGTCTGCTC
TTGCAAAAGAAAGTATCGGTATATTTGAAGGAATAGTAGAGGTAGATGAAACATACTTCTTAGAAAGTTATAAAGGACGAAGAGTTATTCCGAATCGCAA
ACCAAGAAAACGTGGCGGTTCTGCTACCAAAAGAGGTATTTCTAATGAACAAGTCTGTGTATTAGTAGCTAGAGACCGAAACAAAACAACCCTTTCAAAA
CGAGTCGGTTCAGGTAGAATTCTAATGGAACAAATTGATAACGCCCTTACATCGCATTTTAAGAATGATACGGTGCTTATTTCCGATGCTCACAATTCTT
ACAAATCTTACACATCTACTAACGATGTGGAACACATCATCATAAACGCTAGTAAGAAAGAATATGTAAAGAAGGGCATATACCACCTCAATAATATTAA
TAATTACCATTCCCGTTTAAAGAAATGGATAAGTCGCTTCAATGGTGTTTCTACGAAGTATTTACAACTGTATTTAGTGTGGTTTCAATTCCTCGACAAT
AGAAAAATGGAAAGTGATTTGAGCAAGAAAAAGCAAATGCTTATCTTGGCAAGTGTTCATGGAACTTGGGAAACCGCAGATAAGTTGAGACTGAGAAACT
TTGCATTCTAAATGGAATGATAAAGCACATAAAAAAGAGCCTGAAAAATATATCCAAACTCTCGGTATTTTGGTGTCTGTTTTTTTGCTAAAGCCTCGAC
AGTTGAATCAGGATTGTTAATCCATATAGTAAAAATTATCATATCAATGATTTGGCTTCGGATTTTTATTAAAATATTTTATCTTTATATTTACTTTTAC
TGACTATTTCCTCTGCATTCGTTTTTGTCCATTCCAATATTGAACTATCTGGGTTGTTTTCAATGAAGCTTTCATTGATTTGATAACCTATTTTGTAATT
CGACCATAGTGGAATATCTTTAGCTGGGTAACCATAAACAAACCGATTGTAAATTTTATAATCAGTAGAATTACCATTTATACGTAATTCATCTAAAACC
CTAGCTGCTACATCCTCTGGTAGAGTTTGTATCCACGGAGGACTTATCTCAGGATAGAGAGTAGTAGCAAAAGAATCTGCTTTCCCTTCTGTAATTATTG
AATCTAATACGCTATTTACACTTTGTTCGCCGTTTAAAGTCATATTGACGGTATGGTGATATTCGTGAGCCATGGCATATTTAATAACTTCTTTTGATGC
AGTAGGGTCAATCATTAGTAAAACGTTATCACCAAAATAAGCAAAGCCTCCCACTCCATTCAGACTATACGTCGTCCACCCGTTTTCAGGATTAACTGGA
AATAGATAAATTGATGTATTTGAACCCGATGATAATAGCTCAGCTGATTCCAATATTGCTTCTTCAATCCATTGATTGATTTGTTCTTGTTTTTTAAGTA
GCTCATTTGTATTTTTTTTCAGTTGTTCTACTTGAGAAGTTGGTCTAAGAGGGTCATTCTTTGTTACTCCTAACTGTAAATAATGAAGAGAGGATTTATC
TTTAAATGGTTCCAAAACATGCTCTGTATAGATAGCATTTTTATCAAGTTCAGGTTTCTCACTAATTATTCTTGCGTATTCCAACACTTCATCAAAAAAT
GATATAATCTTAAATTCCTGTCCTTTATATGAAAAATAGTAAGTGGTTTCAATAGGAGTATTGTCATCATCCACTTTCTCATGTTCCTCTTCTTGTATTC
CTTTGTTTTGTTCTTTAACTTCTGTACAACCAGATATAAAAATAACCATTAACAACAAAATTGAAAAGTTTATCAAACGTCTCATTCTAATCCCCCATGT
CCTTTTTTAGATAGATGTAGAAAAGGAAGGTTTTTTTATTTATATACATGAAACTCTTCTTTCACTAAACCGCTTCGTTAGTGGCAATACTTTTATTCAC
AATCTTTAGATTTATTTTAACATAAATATCCAATTGAGGTTAAACATTTTTTAATTATGTGAAGTGTGTTCTTCATTCCGTTTTAAGATTAATCAACCTT
TCCCTTTAACATAGCC
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1023 bp340 aa891111+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MTLTNIISNISSLNDKDKEYILHYLTRHFSPSSSQQGALIGELRERKFSHGFHCRHCGSTSVVRYGKRDGRQRYKCKDCHKLSCDLTNSPMYRSKKAHKW
IPFIECMLNGQSLRETASQIGITHVTAFYWRHKVLSALAKESIGIFEGIVEVDETYFLESYKGRRVIPNRKPRKRGGSATKRGISNEQVCVLVARDRNKT
TLSKRVGSGRILMEQIDNALTSHFKNDTVLISDAHNSYKSYTSTNDVEHIIINASKKEYVKKGIYHLNNINNYHSRLKKWISRFNGVSTKYLQLYLVWFQ
FLDNRKMESDLSKKKQMLILASVHGTWETADKLRLRNFAF

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1016 bp338 aa22841269+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MRRLINFSILLLMVIFISGCTEVKEQNKGIQEEEHEKVDDDNTPIETTYYFSYKGQEFKIISFFDEVLEYARIISEKPELDKNAIYTEHVLEPFKDKSSL
HYLQLGVTKNDPLRPTSQVEQLKKNTNELLKKQEQINQWIEEAILESAELLSSGSNTSIYLFPVNPENGWTTYSLNGVGGFAYFGDNVLLMIDPTASKEV
IKYAMAHEYHHTVNMTLNGEQSVNSVLDSIITEGKADSFATTLYPEISPPWIQTLPEDVAARVLDELRINGNSTDYKIYNRFVYGYPAKDIPLWSNYKIG
YQINESFIENNPDSSILEWTKTNAEEIVSKSKYKDKIF

 

Blast result :
Comments
ISSpps1 is 67% (transposase) aa similar to ISBwe1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Yan,W. (2016) Direct GenBank submission.