ISSpps1
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP014616 | ND | Sporosarcina psychrophila | Sporosarcina psychrophila DSM 6497 |
DNA section
IS Length : 2516 bp
Ends
IR Length : 22/26
IRL : GGCTATGTTAAAGTTAGTGGTTGATTTTGAATAAATTGTCCTCTTTTGTA
IRR : GGCTATGTTAAAGGGAAAGGTTGATTAATCTTAAAACGGAATGAAGAACA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTAAATTATTCCT | TTTTTATA | TTTAATTTTCTGCT | 8 |
DNA sequence
GGCTATGTTAAAGTTAGTGGTTGATTTTGAATAAATTGTCCTCTTTTGTAATATCCTGACTGTATATCTTACAAAAGGGGCAATTTAAATGACTTTAACA
AACATAATAAGTAATATTTCTTCTCTAAATGATAAGGACAAAGAATACATTTTACATTATCTAACTCGTCATTTCTCGCCCTCATCCTCACAACAAGGTG
CTTTAATTGGTGAATTGAGAGAAAGGAAGTTTTCACACGGTTTTCATTGCCGGCATTGTGGAAGTACATCAGTGGTTCGTTACGGGAAGCGAGACGGTCG
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AGTAGGGTCAATCATTAGTAAAACGTTATCACCAAAATAAGCAAAGCCTCCCACTCCATTCAGACTATACGTCGTCCACCCGTTTTCAGGATTAACTGGA
AATAGATAAATTGATGTATTTGAACCCGATGATAATAGCTCAGCTGATTCCAATATTGCTTCTTCAATCCATTGATTGATTTGTTCTTGTTTTTTAAGTA
GCTCATTTGTATTTTTTTTCAGTTGTTCTACTTGAGAAGTTGGTCTAAGAGGGTCATTCTTTGTTACTCCTAACTGTAAATAATGAAGAGAGGATTTATC
TTTAAATGGTTCCAAAACATGCTCTGTATAGATAGCATTTTTATCAAGTTCAGGTTTCTCACTAATTATTCTTGCGTATTCCAACACTTCATCAAAAAAT
GATATAATCTTAAATTCCTGTCCTTTATATGAAAAATAGTAAGTGGTTTCAATAGGAGTATTGTCATCATCCACTTTCTCATGTTCCTCTTCTTGTATTC
CTTTGTTTTGTTCTTTAACTTCTGTACAACCAGATATAAAAATAACCATTAACAACAAAATTGAAAAGTTTATCAAACGTCTCATTCTAATCCCCCATGT
CCTTTTTTAGATAGATGTAGAAAAGGAAGGTTTTTTTATTTATATACATGAAACTCTTCTTTCACTAAACCGCTTCGTTAGTGGCAATACTTTTATTCAC
AATCTTTAGATTTATTTTAACATAAATATCCAATTGAGGTTAAACATTTTTTAATTATGTGAAGTGTGTTCTTCATTCCGTTTTAAGATTAATCAACCTT
TCCCTTTAACATAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1023 bp | 340 aa | 89 | 1111 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MTLTNIISNISSLNDKDKEYILHYLTRHFSPSSSQQGALIGELRERKFSHGFHCRHCGSTSVVRYGKRDGRQRYKCKDCHKLSCDLTNSPMYRSKKAHKW
IPFIECMLNGQSLRETASQIGITHVTAFYWRHKVLSALAKESIGIFEGIVEVDETYFLESYKGRRVIPNRKPRKRGGSATKRGISNEQVCVLVARDRNKT
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FLDNRKMESDLSKKKQMLILASVHGTWETADKLRLRNFAF
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TLSKRVGSGRILMEQIDNALTSHFKNDTVLISDAHNSYKSYTSTNDVEHIIINASKKEYVKKGIYHLNNINNYHSRLKKWISRFNGVSTKYLQLYLVWFQ
FLDNRKMESDLSKKKQMLILASVHGTWETADKLRLRNFAF
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1016 bp | 338 aa | 2284 | 1269 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MRRLINFSILLLMVIFISGCTEVKEQNKGIQEEEHEKVDDDNTPIETTYYFSYKGQEFKIISFFDEVLEYARIISEKPELDKNAIYTEHVLEPFKDKSSL
HYLQLGVTKNDPLRPTSQVEQLKKNTNELLKKQEQINQWIEEAILESAELLSSGSNTSIYLFPVNPENGWTTYSLNGVGGFAYFGDNVLLMIDPTASKEV
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YQINESFIENNPDSSILEWTKTNAEEIVSKSKYKDKIF
HYLQLGVTKNDPLRPTSQVEQLKKNTNELLKKQEQINQWIEEAILESAELLSSGSNTSIYLFPVNPENGWTTYSLNGVGGFAYFGDNVLLMIDPTASKEV
IKYAMAHEYHHTVNMTLNGEQSVNSVLDSIITEGKADSFATTLYPEISPPWIQTLPEDVAARVLDELRINGNSTDYKIYNRFVYGYPAKDIPLWSNYKIG
YQINESFIENNPDSSILEWTKTNAEEIVSKSKYKDKIF
Blast result :
Comments
ISSpps1 is 67% (transposase) aa similar to ISBwe1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Yan,W. (2016) Direct GenBank submission.
2] Yan,W. (2016) Direct GenBank submission.