ISBsp8
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
LVVJ01000045 | ND | Bacillus sp. | Bacillus sp. GZT |
DNA section
IS Length : 1761 bp
Ends
IR Length : 22/27
IRL : GGCTCTGTTAAAAAAGATTGTTGATAATGACTAACACCTGAAAATTTTGG
IRR : GGCTCTGTTAAAGTAAATTATTGGTAAACGATATCTAAAAACCACCCAAG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAGATATTTCT | TTTCGTTA | AAATGCGGAAAT | 8 |
DNA sequence
GGCTCTGTTAAAAAAGATTGTTGATAATGACTAACACCTGAAAATTTTGGTTATACTATATTTATATAAACCAATTGGGAGTGTGTTTGTAATAATGAAA
GCCTTTCGTAATTTACTAAATCACATTAATAAAATCGATTCTCGTCAGCAAGAGCAATTATTTTGGACATTGAAAAATAAACTCTTTCCAATTGTTCAAT
CGGGTTCTCTTGTGAAAGAAATGAGAGAAACTCGTTTTGCCGAAGGATTCGTTTGTCCACATTGCACAAGTCAATTTGTCGTCCGATTTGGTAAATATAG
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ATGCACTAAAAGAAATCGAGATTGAAGGGTTTGAAGGTATCGTTGAAGTGGACGAGACCTATTTCCTGTACTCTGAAAAGGGAAAGAAAGGTATCGTTGG
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TGTGAACGGTTATCACGCTCGTTTAAGTCATTGGATTGACCGATTTAAAGGTGTGGCGACAAAATACCTTGATAACTATTTGATATGGTTTCAATTTCTT
GAAATGAAGGGGTTTGACGCAACAACAGCGAATATAAAAGAAGTGTTTGTGAGTATGAGTTTGTGTGAACAACACATGACGAATGAACAAATTCGTCTCT
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CTTGAATACTCTAGTGGTAATTATTCTTATCGAGATATTTATTATGGTTCAGCTTTTTTTATCGGACAAGAAACAGTAGAGTTTGAGAATCGTCCAATTT
GGTCAATGGTCTATTCAGGTGGTGTCACCATTCCAAACGCAGATTGGGATATCATGGGTCCAATTTATAGCTTCCTTCGCCAAGCATTAAGGTTAGTTGA
TACAAATTCTATCTATCGTGGTCCAAATTATTACGAGTCAGGTACATATATTTTCAAGAATGAGTATGAAGGAACTCTTGATTGTTTTCACGGTAAAGAA
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GCCTTTCGTAATTTACTAAATCACATTAATAAAATCGATTCTCGTCAGCAAGAGCAATTATTTTGGACATTGAAAAATAAACTCTTTCCAATTGTTCAAT
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CTTGAATACTCTAGTGGTAATTATTCTTATCGAGATATTTATTATGGTTCAGCTTTTTTTATCGGACAAGAAACAGTAGAGTTTGAGAATCGTCCAATTT
GGTCAATGGTCTATTCAGGTGGTGTCACCATTCCAAACGCAGATTGGGATATCATGGGTCCAATTTATAGCTTCCTTCGCCAAGCATTAAGGTTAGTTGA
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CCACCTAATAGCTTGGGTGGTTTTTAGATATCGTTTACCAATAATTTACTTTAACAGAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1023 bp | 341 aa | 95 | 1117 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MMKAFRNLLNHINKIDSRQQEQLFWTLKNKLFPIVQSGSLVKEMRETRFAEGFVCPHCTSQFVVRFGKYRGRQRYRCKACCKTFNDLTNTPMHGTRYPKF
WAEFIKLMFEGLSLRKCEQILGIKWVTLFYWRHKILNALKEIEIEGFEGIVEVDETYFLYSEKGKKGIVGRKARKRGGVSKYRGISREQVCILVARDRNK
QTVSKVTCMGRIVKLKVEETIGHLLDVDTILCTDAWRAYMTYAKEKGLEHYRINTSKTGHVIKGIYHIQNVNGYHARLSHWIDRFKGVATKYLDNYLIWF
QFLEMKGFDATTANIKEVFVSMSLCEQHMTNEQIRLSPLTI
WAEFIKLMFEGLSLRKCEQILGIKWVTLFYWRHKILNALKEIEIEGFEGIVEVDETYFLYSEKGKKGIVGRKARKRGGVSKYRGISREQVCILVARDRNK
QTVSKVTCMGRIVKLKVEETIGHLLDVDTILCTDAWRAYMTYAKEKGLEHYRINTSKTGHVIKGIYHIQNVNGYHARLSHWIDRFKGVATKYLDNYLIWF
QFLEMKGFDATTANIKEVFVSMSLCEQHMTNEQIRLSPLTI
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
477 bp | 158 aa | 1187 | 1663 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MSMNHELLAKFLVEAKRKTYASQGDDASVQPLLNGSKQLEYSSGNYSYRDIYYGSAFFIGQETVEFENRPIWSMVYSGGVTIPNADWDIMGPIYSFLRQA
LRLVDTNSIYRGPNYYESGTYIFKNEYEGTLDCFHGKEIILIGDEKVYELRYNGGIVR
LRLVDTNSIYRGPNYYESGTYIFKNEYEGTLDCFHGKEIILIGDEKVYELRYNGGIVR
Blast result :
Comments
ISBsp8 is 74% aa similar to ISBko1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Liang,Z., Li,G., An,T. and Das,R. (2016) Direct GenBank submission.
2] Liang,Z., Li,G., An,T. and Das,R. (2016) Direct GenBank submission.