ISMyr1

  • Family IS1595
  • Group ISSod11
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP010327 ND Myroides sp.
Myroides sp. A21
DNA section
IS Length : 956 bp

Ends


IR Length : 19/24

IRL : TTGAGTTATTAAATTAACTTCCGTATTTTAGTGTCTTAAAATCAATAGTA
IRR : TTGAGTTATCTGTTTAGCTTCCGTTAATCATATTTAAAGAAGTTGGTTTT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
GTTGTTTTCTGAATCAATTAATATAACTAGACCTTG8

DNA sequence

TTGAGTTATTAAATTAACTTCCGTATTTTAGTGTCTTAAAATCAATAGTATGGAAATTTTTAAGGGTCAAAACCTTCTGAACTTAGTAAAAGAACTACCA
GATGACGAATCTTGTAAAGCTTATTTAAGCAAAATAAAGTGGTCAAATGGTTTTACATGTGTAAAATGTGGTCACCAAAAAGGTTGTTTAAAAACTAATC
ATTCATACTATTGTTATAATTGTGAACATGTTGAGAGTTCAACGGCTAATACCCTATTTCACAAAGTCAAATTTGGTTTGCAAAAAGCATTTATGATTGT
GTTTGAAATGACAACTTCTACAAAAAGTATCTCAAGTATTCAAATGGGTAAGCGTTATGGTATAAGCCAACCAACAGCATGGGGATTTATGCATAAAGTA
CGTATAGCTATGCAAAGTAGTGAACAGTATCCTATGACTGAAACAGTTCATGTAGATGAGTTTGTTGTGGGAGGATATGAACAAGGTAAACCAGGGAGAA
GTTATGATAGCAAAAAGACTAAAGCTGTGATAGCTGTGGAATTAAATACTCAAAGCAAAGTAAAAAGAGCCTACGTTAAGTGTATTGATGATTACTCAGC
TAAGTCATTAACTACTATATTCGAACAACATATTTCACAAGATGCTAATGTAGTTACAGATAAATGGAGAGGGTACAATCCTTTGAAAAAGAAATATAAT
ATTACTCAAAAAGAAAGTGATAAAGGAGCTAATTTTAAAGAATTACATGTAATAATTCACCAACTCAAGTCATGGATTAGGACAGTACCTTCACATATCC
ATAAGAAATATATCCAAGCTTACTTTAATGAATTCGTATATAGGTTAAATAGATCCTTATTTAAGGAAACAATTTTTCATAACACAATTGTTAAGATGGT
TAAGGCAAAACCAACTTCTTTAAATATGATTAACGGAAGCTAAACAGATAACTCAA
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
890 bp297 aa54943+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MEIFKGQNLLNLVKELPDDESCKAYLSKIKWSNGFTCVKCGHQKGCLKTNHSYYCYNCEHVESSTANTLFHKVKFGLQKAFMIVFEMTTSTKSISSIQMG
KRYGISQPTAWGFMHKVRIAMQSSEQYPMTETVHVDEFVVGGYEQGKPGRSYDSKKTKAVIAVELNTQSKVKRAYVKCIDDYSAKSLTTIFEQHISQDAN
VVTDKWRGYNPLKKKYNITQKESDKGANFKELHVIIHQLKSWIRTVPSHIHKKYIQAYFNEFVYRLNRSLFKETIFHNTIVKMVKAKPTSLNMINGS

 

Blast result :
Comments
ISMyr1 is 82% aa similar to ISGal1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Burghartz,M., Bunk,B., Sproer,C., Voget,S., Daniel,R., Overmann,J. and Jahn,M. (2015) Genome Announc 3 (2).