ISFbr1
- Family IS1595
- Group ISSod11
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| FQ859183 | ND | Flavobacterium branchiophilum | Flavobacterium branchiophilum FL-15 |
DNA section
IS Length : 961 bp
Ends
IR Length : 21/24
IRL : TAGAGTTATCCATTTAAATACTTATATTTGTAATAACTAAAACAATAGGC
IRR : TAGAGTTATCCGTTTAGGTACTTACTATAATCTCACTATATTTAAGGGGT
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| AATTGGTTTAA | TTATTTTA | TTAGAGTTAC | 8 |
| TTTATTTTTAT | TAATTAAT | TTAATTTTAA | 8 |
| AAATTACAAAA | TAAAAATA | ATTAATGAGA | 8 |
| TAGTAGCAATA | TAAATTTA | TTAGGAAAAT | 8 |
DNA sequence
TAGAGTTATCCATTTAAATACTTATATTTGTAATAACTAAAACAATAGGCTATGGAACAATTCTTAGGTCAAGGAATAATAGAGTATTTTGATAAATTCA
AAACAGATTTAGATTGTCTAGAATATCTAGCAGATCGGAAATGGTCAAACGGTTATAAGTGTGTAAAATGTGGCAATAGTAAATATACTGTTAGAAAAGC
AAATTTTGCAAGAGACTGTAATAACTGTCATCACATCGAAAGTCCATCGGCTAACACTATGTTCCATAAAGTTAAATTTGGTATGAGAAAAGCTTTTACA
ATCGTTTTTGAAATGAGTGCAACCACAAAAGGTATTTCTTCAAATCAGATGGCAAAGCGATTAAATATAAGGCAATCTACGGCTTGGTTGTTTATGAGTA
AGGTTAGAAAAGCAATGAAAAGTAGCGAGTGTTATCCCATTAAAGGTACTGCAATCGTTGATGAATTCGTTTTTGGTGGTAAAGAAACACTCAAGCAAGG
AAGAAGTACAGATAGTAAGAAAAAGAAAATTGTGGCTGCAGTTGAAATAGATAAAAACGGTGGTGTAAAAAGAGCCTATTTTAAGCTAATAAATGATTAT
TCTTCGGTATCACTAGAAAAAATATTTGATGCACATATATCCACTGAGGCAAAAATAATAACTGATGAATGGACAGGATACAAACCATTAAAAGAGATGT
ATGATATAACCCAAATTAAGAGTAATAGTTCTGATTTTTTTGAGATAAATACAATTATACATCAAGTTAAGGCTTGGTTAAGAAGCACTTTCTCATGGAT
GCATGAAGAACATATTGAAAAATATTTGGACGAGTACAGCTACAGATTAAATAGATCAAATAGCAAACAAACTATATTTGATAACTTAATTAAAAGGATG
GTAATTACTAAACCCCTTAAATATAGTGAGATTATAGTAAGTACCTAAACGGATAACTCTA
AAACAGATTTAGATTGTCTAGAATATCTAGCAGATCGGAAATGGTCAAACGGTTATAAGTGTGTAAAATGTGGCAATAGTAAATATACTGTTAGAAAAGC
AAATTTTGCAAGAGACTGTAATAACTGTCATCACATCGAAAGTCCATCGGCTAACACTATGTTCCATAAAGTTAAATTTGGTATGAGAAAAGCTTTTACA
ATCGTTTTTGAAATGAGTGCAACCACAAAAGGTATTTCTTCAAATCAGATGGCAAAGCGATTAAATATAAGGCAATCTACGGCTTGGTTGTTTATGAGTA
AGGTTAGAAAAGCAATGAAAAGTAGCGAGTGTTATCCCATTAAAGGTACTGCAATCGTTGATGAATTCGTTTTTGGTGGTAAAGAAACACTCAAGCAAGG
AAGAAGTACAGATAGTAAGAAAAAGAAAATTGTGGCTGCAGTTGAAATAGATAAAAACGGTGGTGTAAAAAGAGCCTATTTTAAGCTAATAAATGATTAT
TCTTCGGTATCACTAGAAAAAATATTTGATGCACATATATCCACTGAGGCAAAAATAATAACTGATGAATGGACAGGATACAAACCATTAAAAGAGATGT
ATGATATAACCCAAATTAAGAGTAATAGTTCTGATTTTTTTGAGATAAATACAATTATACATCAAGTTAAGGCTTGGTTAAGAAGCACTTTCTCATGGAT
GCATGAAGAACATATTGAAAAATATTTGGACGAGTACAGCTACAGATTAAATAGATCAAATAGCAAACAAACTATATTTGATAACTTAATTAAAAGGATG
GTAATTACTAAACCCCTTAAATATAGTGAGATTATAGTAAGTACCTAAACGGATAACTCTA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 897 bp | 298 aa | 52 | 948 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MEQFLGQGIIEYFDKFKTDLDCLEYLADRKWSNGYKCVKCGNSKYTVRKANFARDCNNCHHIESPSANTMFHKVKFGMRKAFTIVFEMSATTKGISSNQM
AKRLNIRQSTAWLFMSKVRKAMKSSECYPIKGTAIVDEFVFGGKETLKQGRSTDSKKKKIVAAVEIDKNGGVKRAYFKLINDYSSVSLEKIFDAHISTEA
KIITDEWTGYKPLKEMYDITQIKSNSSDFFEINTIIHQVKAWLRSTFSWMHEEHIEKYLDEYSYRLNRSNSKQTIFDNLIKRMVITKPLKYSEIIVST
AKRLNIRQSTAWLFMSKVRKAMKSSECYPIKGTAIVDEFVFGGKETLKQGRSTDSKKKKIVAAVEIDKNGGVKRAYFKLINDYSSVSLEKIFDAHISTEA
KIITDEWTGYKPLKEMYDITQIKSNSSDFFEINTIIHQVKAWLRSTFSWMHEEHIEKYLDEYSYRLNRSNSKQTIFDNLIKRMVITKPLKYSEIIVST
Blast result :
Comments
ISFbr1 is 69% aa similar to ISPgo1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Touchon,M., Barbier,P., Bernardet,J.F., Loux,V., Vacherie,B., Barbe,V., Rocha,E.P. and Duchaud,E. (2011) Appl. Environ. Microbiol. 77 (21), 7656-7662.
2] Touchon,M., Barbier,P., Bernardet,J.F., Loux,V., Vacherie,B., Barbe,V., Rocha,E.P. and Duchaud,E. (2011) Appl. Environ. Microbiol. 77 (21), 7656-7662.