ISChh1
- Family IS607
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP015575 | ND | Campylobacter hyointestinalis | Campylobacter hyointestinalis subsp. hyointestinalis LMG 9260 Campylobacter jejuni strain OXC7381 |
DNA section
IS Length : 2060 bp
Ends
IR Length : 0
IRL : CTTATAACTGCTAAGTAAATTATAAAAAAATCTATAAAATTATATAAATA
IRR : GTTCCTACAAACCTATAAAATCCTATAAAAAGATATAAAACTCTATAAAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GATATGCTTAGCTGGGA | GGG | CTTTATGTCAGTATGAAAGA | 3 |
DNA sequence
CTTATAACTGCTAAGTAAATTATAAAAAAATCTATAAAATTATATAAATATTTTATAGATTTTACTTGACTTATTTTTTAAAATTTGCTAAAATAGTCCT
ATGAATAAATTATTATCAATCGGTCAAGCTAGTAAAGCTCTTGGTGTTACTATCCAAACTCTTAGAAATTGGGATAAAAAAGGCTTATTAAAACCTGATG
ATATGACTAAGGGTGGAGAGCGTAGGTATAAGCTAGAAACATTAAAAGCTATAAATAAAAACCTAGTTTTTAATAAAGATAGCTTAAAAACTATTGCTTA
TGCTCGTGTTTCTAGCCACGACCAAAAAGATGATTTAATAAGGCAAGTTCAAGTCTTAGAGCTATATTGTTCTAAACAAGGCTTTAATTATGAAGTTATA
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TTACTATTTCTCAAAGTGCTGATAAATTCTTTGTTTCTTTTAGTATGCAAATTAGTAAAGATGAGTATCTAAAAACTCATAATAAAGCTAAAAATAATAA
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ATGATAAAAAGAGCTAGACAGCTAAGCAAAAAGCAACACGCAAAAACCAAGCAAGAAGCATTACAAGGCATTAAAAAATCTAGCAATTATCTAAAAGCAA
GTATTAAGCTAAATAAATTGCATCGTAAAATAGCAAATATAAGAAGTGATTTTTTACACAAGCTTACTTCTAGCTTGGTAGCAAATGCTAAATATTTTTG
CTTAGAGGATTTAAATGTAAAAGGGATGATGAGTAATCATAGACTTGCTAAATCTATAAGCGATGTAAGTTTTTATGAGTTTAAAAGGCAACTAGAATAT
AAATCTAGCTACAACGATAAAGAAATCTATCAAGTAGATAGATTTTATCCTAGTTCTAAATTATGCTCTAATTGTGGAACTATAAAAGAAAATTTAGCTC
TAAAAGATAGAGTTTATATTTGCGATGAATGTGAAATTAGCATTGATAGAGACTACAATGCTAGTCTTAATTTGCTTTCACAATTAAAGCAAAAAATAGG
CAAAGTTCTTGCCGAATTTACGCCTGCGGACTTGACAGCTCTGTTAAATGATTTAGCAATAAATCAAATAGCAACTAGCAAGGTTGAAACAGGAATACAA
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CAAAAATCCTATTTATAGAGTTTTATATCTTTTTATAGGATTTTATAGGTTTGTAGGAAC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
639 bp | 212 aa | 101 | 739 | + | No |
Chemistry : Serine
ORF sequence :
MNKLLSIGQASKALGVTIQTLRNWDKKGLLKPDDMTKGGERRYKLETLKAINKNLVFNKDSLKTIAYARVSSHDQKDDLIRQVQVLELYCSKQGFNYEVI
QDLGSGMNYYKKGLTKLLNQILDGKVKRLVLTHKDRLLRFGAELVFAICEAKEVEVIIINKGEESVKFEEELAKDVLEIITVFSARLYGSRSKKNKKLLD
EMQEVVVENVSK
QDLGSGMNYYKKGLTKLLNQILDGKVKRLVLTHKDRLLRFGAELVFAICEAKEVEVIIINKGEESVKFEEELAKDVLEIITVFSARLYGSRSKKNKKLLD
EMQEVVVENVSK
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1293 bp | 430 aa | 726 | 2018 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MSANNNELISISHKIELKPNNKAKTHFKKAFGCARLAYNWGLAKWQEYYKQGIKVTHLDLKKEFNAIKKEQFPFVYEVSKYATQQPFLNLNLAFQKFFRD
LKQGKVSYPKFKKKKDNFGSYYIGGDQAIIKDEKYLKVPNLGLVKMKEKLRFNGKINSFTISQSADKFFVSFSMQISKDEYLKTHNKAKNNNLALGIDVG
LKSFLSLSNGLEIKAPKPLAKFNRLMIKRARQLSKKQHAKTKQEALQGIKKSSNYLKASIKLNKLHRKIANIRSDFLHKLTSSLVANAKYFCLEDLNVKG
MMSNHRLAKSISDVSFYEFKRQLEYKSSYNDKEIYQVDRFYPSSKLCSNCGTIKENLALKDRVYICDECEISIDRDYNASLNLLSQLKQKIGKVLAEFTP
ADLTALLNDLAINQIATSKVETGIQQKSYL
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ADLTALLNDLAINQIATSKVETGIQQKSYL
Blast result :
Comments
ISChh1 is 97% (ORFA : the transposase) and 85% (TnpB) aa similar to ISCef1.
References
1] ISfinder submission
2] Brunos Lopes (2016) Direct submission
3] Miller,W. and Yee,E. (2016) Direct submission GenBank.
2] Brunos Lopes (2016) Direct submission
3] Miller,W. and Yee,E. (2016) Direct submission GenBank.