ISMefo1

  • Family IS5
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
LN515531 ND Methanobacterium formicicum
Methanobacterium formicicum DSM1535
DNA section
IS Length : 1251 bp

Ends


IR Length : 18/21

IRL : GGGTCTTAGATTTTTCTTGTTGAAAAAAGGATTTTCCTTCTTGTTTTTTA
IRR : GGGTCTTAGTTTTTTCAAGTTTCTGAAAGCTTTTGCAGGGCTGTTTTGGT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TCCCCCTTTATTATTTCATTTATATATTTCATTATAACCGCAA0
ACAGGATAATAAATCTTTTATAAATCTTTATTTAAGGTAA0
ATAATCCTTAAAACTATTTATAAAACTATTAATTCACTAT0
GGTGTAACATAAAATTTATATAAAAATTTATATGTCTTTC0
GGGCCTATGTATTGGATTTATAAAAATAATATTTAGCAAA0
TCTAAAAATAAAGTTATTTATAAAAGTTATTAAATTAAAA0
CAATTAGCATAATATTTTTATAAATATTTTTCATGGCATA0
AAGATTTAATAATATTTTTATAAATATTTTTATTTATTTA0
TCTCAAGATAAAAATAATTATATATTGGATTAATTTTTAT0
AAATAATAAAAAATAGTTTATAAAAAATAGTTGAATCCCT0

DNA sequence

GGGTCTTAGATTTTTCTTGTTGAAAAAAGGATTTTCCTTCTTGTTTTTTATAGTTTATGAACTTATTGATAACTAGTTTCGTAAAATACAATTTAATTTT
AACTTTATAAGAATAATTGGGCTTCTAAACCGTTAAATTTAATAATCAATGCTTACATATATATTTTTGGTGAAAAAAATGAAGCATTGTTTAAATTACA
GTAAAGAAGACCCAAACTATATCTTGTTAGAGAAAATATTTAAAATTATCGGTTCTCGAAAATCAAGAACCATAATCGCTTCTAAAGGTGTTAAAAACAT
CAATATGATGATTTTATCCATCAAAATAACATTCACAGCTATATTTTTTAATACAACAATTGAATTCGTTGTTTCTGAGCTTAAAAGAGATAAAAAGTTG
CAGAAATTCTTCCAAATAAATGAAGTGCCCAGCGCACTTCAAATTTCAGAATTCATCTCACGATTCAAACCAGATACATACGTTAAAATCACAAACAGCA
TATTAATGCAAACTAAACCAATTAAAAAACGTGGAAACCGAACATTTATTGTTGATGCCACCCCTGTGGATTTAGATTACAATACCAAACGTAAACATCG
CTCAAAAAAATACCTAAAAAAACAAAATCTAAAATGGAGCTACGCATCCTCTTATGGATTCTACATAGGATTTAAAGCCACTATAGTCATAGAACACGAA
TCTGCAATGCCTGTTGCCATTTTAATCCATTCTGGGGCACCACACGACACAAAAATCTTCACTGAAATAATGGAAAACCTCCGTAAAAGACGAATAATCA
GAAAAGGAGACACTATAATTTTCGACAGAGGATATTACAAATACGAAAACTACCAAATCGGCATTTCCAAGTACAAAATTGTTCCTTTAATTTTTCCAAA
AGAAAAATTCAAACTACAAAAACTCAAAGATAAATTAACTTACCCATTACGCGTATTCAAAGATAAAAAGACAGAAAACAAATCTAAAAGACTATACAAA
ATATTAAAAAGGATATTAATCCAAAAAATACAAAATTGGAAACGATATAAACCTATAAGAGGAAAAATAGAGGATTTCTTCAAATTATGCAAATCAGGAT
TAAGCTTAAAAAAAATACACAAATATACACCAAAATCAGCTGAAAAAACCACCATATTAACTGTATTATTAGCAGGGCTCATCACAACACAAGGCTATAA
CACCAAAACAGCCCTGCAAAAGCTTTCAGAAACTTGAAAAAACTAAGACCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1059 bp352 aa1791237+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MKHCLNYSKEDPNYILLEKIFKIIGSRKSRTIIASKGVKNINMMILSIKITFTAIFFNTTIEFVVSELKRDKKLQKFFQINEVPSALQISEFISRFKPDT
YVKITNSILMQTKPIKKRGNRTFIVDATPVDLDYNTKRKHRSKKYLKKQNLKWSYASSYGFYIGFKATIVIEHESAMPVAILIHSGAPHDTKIFTEIMEN
LRKRRIIRKGDTIIFDRGYYKYENYQIGISKYKIVPLIFPKEKFKLQKLKDKLTYPLRVFKDKKTENKSKRLYKILKRILIQKIQNWKRYKPIRGKIEDF
FKLCKSGLSLKKIHKYTPKSAEKTTILTVLLAGLITTQGYNTKTALQKLSET

 

Blast result :
Comments
ISMefo1 is 76% aa similar to ISMru1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Wibberg,Daniel. (2014) Direct submission GenBank.