ISParac1
- Family IS5
- Group IS903
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP008941 | ND | Paracaedibacter acanthamoebae | Paracaedibacter acanthamoebae PRA3 Candidatus Paracaedibacter acanthamoebae PRA3 |
DNA section
IS Length : 1101 bp
Ends
IR Length : 17
IRL : GGCGTTGTTGCGTAAATAGAAAAGGTTGTCAATAAAAGGTAAATGGAAGT
IRR : GGCGTTGTTGCGTAAATGGGAAGCAAGAACAAACTCTCCCTTTTTCCCAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CACACAGCTTGACTAATAAT | CTTTTTAGCAGCAGCGTCG | 0 | |
GCTCGCCATTTATAGAACGT | GCTAAGCTTAAATCCTTAC | 0 | |
ATTCAATATCAATGCCTACT | TCTTTGACCAGGTTAGTAA | 0 | |
AGAAGCGATTTATCAATCTC | ACAAATCTCTTTACCATTC | 0 |
DNA sequence
GGCGTTGTTGCGTAAATAGAAAAGGTTGTCAATAAAAGGTAAATGGAAGTATCTTTTTTAAAATAAAAAGGATGACCTATGCCTTATAAAGAACGCATTA
GGCGCTCAGGCGCTATTCATAAACGTCAAAAGCACTATCGCCTACAGAATTGGCCAGACTATAATCAAGCTTTAATAAACAGAGGAGATCTCACTTTATG
GCTTTGTGAGGATCTTCACCATAACTGGTACGCGCAAAAATCCCCTATTCCTAAAAAAGGGCGGCCCCTTCATTATTCTGATCATGCCATTACACTCATG
CTAACATTAAGGCTCATCTTTAAACAAAAACTTAGGCAAACTCAAGGGGTGGTCAAGTCATTGTTTCACCTCCTTGGCCTTCAATTGGATGTTCCTAACT
ACACGAGACTATCACGCCGCGGAACTGTTCCTTTAATCACACGCCACTTAGAAAAAATGGATGAACCGGGTCATCTTGTCATTGATAGTACAGGTATTAA
AGTATTTGGAGAAAGTGAGTGGCTTGAAACAAAATATGGCAAACAGTACAAACGCAAAGTCTGGCGTAAGCTTCACCTTGGCATTAACAGCAAGGGATTC
ATTGTTTCTCGGATAATGACAAGTCATTTAACAGATGATCGATCCTGCTTAGACGCTCACCTTAAGCAGGCTGATGTAACAAAAGTAAAAGAGCTTATTG
CTGATGCGGGCTACGATGGTCAAAATGTTTACAGCCAACTGGCATCAGTCAACATTAAACCCATTATTCCTCCAGCTCGAGGATCTCCTTCACTGTCAAA
AGAGCACTGCTCTGTTAGACAAAAGGGTATTAATTACATTGATAAAAAGGGACTATACGCCTGGCAAACAAAAAATGATTATGGCAGGAGAACAAAAGTA
GAAAATACGATATACCGCTATAAAGAGATGATCGGTCGTAAGCTTAATGCCAGGCTATGGGATAACCAAGATGCCGAATTACATCTTGGGTGTTTCATTT
TGAACACTTTTACTAATCTTGGCATGCCGGAATCAGTTAAAATCTAATAATTTTGGGAAAAAGGGAGAGTTTGTTCTTGCTTCCCATTTACGCAACAACG
CC
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GCTTTGTGAGGATCTTCACCATAACTGGTACGCGCAAAAATCCCCTATTCCTAAAAAAGGGCGGCCCCTTCATTATTCTGATCATGCCATTACACTCATG
CTAACATTAAGGCTCATCTTTAAACAAAAACTTAGGCAAACTCAAGGGGTGGTCAAGTCATTGTTTCACCTCCTTGGCCTTCAATTGGATGTTCCTAACT
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AGTATTTGGAGAAAGTGAGTGGCTTGAAACAAAATATGGCAAACAGTACAAACGCAAAGTCTGGCGTAAGCTTCACCTTGGCATTAACAGCAAGGGATTC
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CC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
969 bp | 322 aa | 79 | 1047 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPYKERIRRSGAIHKRQKHYRLQNWPDYNQALINRGDLTLWLCEDLHHNWYAQKSPIPKKGRPLHYSDHAITLMLTLRLIFKQKLRQTQGVVKSLFHLLG
LQLDVPNYTRLSRRGTVPLITRHLEKMDEPGHLVIDSTGIKVFGESEWLETKYGKQYKRKVWRKLHLGINSKGFIVSRIMTSHLTDDRSCLDAHLKQADV
TKVKELIADAGYDGQNVYSQLASVNIKPIIPPARGSPSLSKEHCSVRQKGINYIDKKGLYAWQTKNDYGRRTKVENTIYRYKEMIGRKLNARLWDNQDAE
LHLGCFILNTFTNLGMPESVKI
LQLDVPNYTRLSRRGTVPLITRHLEKMDEPGHLVIDSTGIKVFGESEWLETKYGKQYKRKVWRKLHLGINSKGFIVSRIMTSHLTDDRSCLDAHLKQADV
TKVKELIADAGYDGQNVYSQLASVNIKPIIPPARGSPSLSKEHCSVRQKGINYIDKKGLYAWQTKNDYGRRTKVENTIYRYKEMIGRKLNARLWDNQDAE
LHLGCFILNTFTNLGMPESVKI
Blast result :
Comments
ISParac1 is 55% aa similar to ISAli17.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Wang,Z. and Wu,M. (2014) Direct submission GenBank.
2] Wang,Z. and Wu,M. (2014) Direct submission GenBank.