ISThar1

  • Family IS5
  • Group IS903
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP012850 ND Thaumarchaeota archaeon
Thaumarchaeota archaeon MY3
DNA section
IS Length : 997 bp

Ends


IR Length : 15/18

IRL : TGCTTTGTCGCCTAACTCAACATATTTAGCTGGAATGAACAGATTGATTA
IRR : TGCTTTGTTGCATAATTCCTTATTCTCCGGTTATCATCATGATCATCATG

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
GATGATTGTAATTAACTTTCATTAATGGA9
TGATGATTGTAATTAACTTTCATTAATGGAA9
GGAATATTGAAGGAATCTTCCCATTATTCTCC8
TAGAATCTATAATATGAAGTCATAAAAAATG9
GATCTATTGTAGTTTAATGCTAAATAAAAAA9
CTCAATAGGTGGATCTTATCTTTATTTTGTA9
AAAAAATTTTATTACAAGACTAATTTAATAC9
ATGAAATTATGATTGTAGGTCTATAACATAA9
TTGAGTTTGTATTATTATGATAAAAATATTC9
TATAATGATTTTATTATATGCATTAAATATT9
GTTGTTTTTTGGGTTGTATTCAATAAAAAATG8
CTAAAATAAGAATTGCCAAATAAAGAATAAGA8
AGAGTATTATGGTTTTTATAGTTTTATGGACA8
TATTTTTTTATTAAGATTTAGGTTTATCTCAG8
ATAATAAAGCAATTACCAAACATAAAATTAC9
TTGATTTTTATGTTCTAATCTCCTGCGCGAC9
CATCATAATCCTTAATTCAGCACAAAATTCAA8
AAAAAATCTAACCAAACATAAAGTAATAATTA8
GATCTATTAGTGTTCGATTGATGATTCCTGA9
ATTTTGTCAGCATAATGAAATACATATTTCAA8
AATAAAATATTTATTTCAATAATAAATTTTC9
TTCAACTCAACATTTTACATGGTAAAAGTTGA8
AGAATATAATATTTAACAACAACAAATTTTG9
GATCCTCATAGACTACATACCTTAAAAAAATA8
TTGTTTTTCATAATTATATCGGTAAATTCCTC8
TTAACGTTTATGAAAATTCTAGATCATTCTAA8
TAATATTTTCGGATCCAATCTAATCATATGG9
TCAACTTTTTAGATATTACATAATCAATTAC9
ATAATTATCAAGTTTTAAAGAACAAAATAAA9
ATATGTCTGTAATTAAAAACTGATCATTGC9
CATGTTCATAGCATATGAATTCCCATACAAC9
ACTCATGAATG TAGATGATCTAATGAGAC TATTTTTTAAT0
CAGTCTTGTAA TAATGAGACTAGATGATC CTAATTCTAGA0

DNA sequence

TGCTTTGTCGCCTAACTCAACATATTTAGCTGGAATGAACAGATTGATTATTTGTGATAGACTGGCCCTCTTACAATCGCTCATTAGTTCAACGCGGTGA
GATCCTCTTCTCGTATGATTTCCTTGATGGTTGGGGTTCAGAGATAGAGAATATGAATATAAACAAAAAGGGTAAACCATTTGTATTTCCAGATTCTTTC
ATCTTGGCCATTGGTTACATTCGCTATTTATTTCACCTACCATACAGACAAACCCAAGGTATAATTAAGGCCACAGGAAAAAGGTTACCTGCTAATCCAC
CAAGTTATGGTCACATCTGTAAACGAATCAACAAGCTAAACATCGATATTAAAAGAGACAAGATGGATGACGATGATGACCTAATAATATCAGTAGACAG
TACAGGTATCAAGATTACTAACAGAGGTCAGTGGATGGATGAGAAATGGAATACACAAAATAGAAAAGGATATCTCAAGATCCACGTTGCTGTAGACATA
AAGACCAGGAAAATCATTGCTTTGGAAGTGACAGATGAGAAGGTACATGATGGGAAAATGCTAAAGAAACTAGTCAATCATGTTTTGGATTCGAGAGAAC
CAAACACTGTAAAGATAAAATCGGTACTAGCTGATGGAGCCTATGATTCAAATCCAAACTTTGTGTATCTTGAGGACAAAAAGATCAATCCAGGTATAAA
GGTAAGAAGGAACTCTATTGTTTCTCCTAAAAACAATAGGTTAAGGAACAACGAAGTAAAGTTACAAGCAAAGGATCTGTTGAAATGGAAGACAAAAAGA
AAATACGGACAGAGATGGATATCTGAAACTGTGTTCTCAGCTATAAAGAGAATGTTTGGTGAATACACATCAGCAAACAGGTTTCAAAACATGGTAAAGG
AGATCATGATAAAAGTATCATTGTATAACATTTTTAGAAGAATATAACATGATGATCATGATGATAACCGGAGAATAAGGAATTATGCAACAAAGCA
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
894 bp297 aa54947+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MIDWPSYNRSLVQRGEILFSYDFLDGWGSEIENMNINKKGKPFVFPDSFILAIGYIRYLFHLPYRQTQGIIKATGKRLPANPPSYGHICKRINKLNIDIK
RDKMDDDDDLIISVDSTGIKITNRGQWMDEKWNTQNRKGYLKIHVAVDIKTRKIIALEVTDEKVHDGKMLKKLVNHVLDSREPNTVKIKSVLADGAYDSN
PNFVYLEDKKINPGIKVRRNSIVSPKNNRLRNNEVKLQAKDLLKWKTKRKYGQRWISETVFSAIKRMFGEYTSANRFQNMVKEIMIKVSLYNIFRRI

 

Blast result :
Comments
ISThar1 is 63% aa similar to ISArve1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Jung,M.-Y. and Rhee,S.-K. (2015) Direct submission.