ISFw3
- Family IS481
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Francisella sp. | Francisella sp. W12-1067 |
DNA section
IS Length : 1179 bp
Ends
IR Length : 21/26
IRL : TGTAATAGCTTTGACTTAATCTGACATTGTGTATAAAATAAGATGTCAAA
IRR : TGTAGTAGCTCAAACTTGATCTGACAGTCACCAATTAATTTGAGACTGAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CAAATTTTGT | TAGAATA | TGTATAGTAA | 7 |
CAAAATCTAT | GTTAGA | GTTGCCTTTT | 6 |
DNA sequence
TGTAATAGCTTTGACTTAATCTGACATTGTGTATAAAATAAGATGTCAAATTAAGGAAGAATAAAATGAATGCATCTCAAAAGATAATCAAACCCAAATT
AGGTCTGTTAGAATTAGCAAAACAATTAGGTAATGTCAAGCAAGCTTGTAAAGTGATGGGTTACTCAAGAGACAGCTACTATCGCTTTAAAGAGTTATAC
GATAATGGTGGAGAATTAGCTTTACAAGAAATATCCCGTAAGAAGCCATTAGAGAAAAATAGAGTTGAGGCACATATTGAGCAAGCAGTAGTTAATATGG
CTTATGAATATCCGGCGTATGGACAACATAGAGTATCAAATGAATTAGCAAAGCAAGGAATATTAGTCTCAGGAAGTGGAGTTAGATCTATTTGGCTTAG
ACATGACTTAGAGAATTTTAAGAAGCGATTAACAGCACTAGAGACCAAAGTAGCTCAAGATGGCTTTATACTTACAGAAGCTCAATTACAAGCTTTAGAA
AAAGAAAAAGCTAAAAAGGTTGCTACTGGTGAGATTGAAACGCATCATCCAGGTTACTTAGGATCTCAAGATAGCTATGTAGGGTATATAAAAGGTATAG
GTAAGATATATCAACAGACATTTGTAGATACGTATACTAGAGTAGGATTTGCTAAGTTATATACAGAAAAAAATGCAATAGTAGCTGCTGATATGCTTAA
TGATAAGGTATTACCATTCTTTGAGGAACATGGAATAGATCTATTAAGAGTATTAACAGATAGAGGCACGGAATATTGTGGAAAGCTGGAGAATCATTCC
TACCAGATGTACTTAAGCATAGAAGACATTGACCATACTAAAACAAAAGCTAACTCCCCTCAAACTAATGGTATCTGTGAAAGATTTCATAAAACTATGA
AAAATGAATGTTATGAGACAATGTTTAGAAAAAAGGTTTATTCAACGATTGAGGAGATTCAGCAAGATGTTGATATATGGCTGGATTATTACAATAACGA
TAGACCACATTCTGGTAAGCACTGTTATGGAAAAACGCCTATGAAAACTTTTATTGACTCAAAACCTTTGGCAAAAGAGAAAAATTTAGGTAATATGTTT
GATAAATCTGACACTAGTTTAGAAATAAATTCAGTCTCAAATTAATTGGTGACTGTCAGATCAAGTTTGAGCTACTACA
AGGTCTGTTAGAATTAGCAAAACAATTAGGTAATGTCAAGCAAGCTTGTAAAGTGATGGGTTACTCAAGAGACAGCTACTATCGCTTTAAAGAGTTATAC
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GTAAGATATATCAACAGACATTTGTAGATACGTATACTAGAGTAGGATTTGCTAAGTTATATACAGAAAAAAATGCAATAGTAGCTGCTGATATGCTTAA
TGATAAGGTATTACCATTCTTTGAGGAACATGGAATAGATCTATTAAGAGTATTAACAGATAGAGGCACGGAATATTGTGGAAAGCTGGAGAATCATTCC
TACCAGATGTACTTAAGCATAGAAGACATTGACCATACTAAAACAAAAGCTAACTCCCCTCAAACTAATGGTATCTGTGAAAGATTTCATAAAACTATGA
AAAATGAATGTTATGAGACAATGTTTAGAAAAAAGGTTTATTCAACGATTGAGGAGATTCAGCAAGATGTTGATATATGGCTGGATTATTACAATAACGA
TAGACCACATTCTGGTAAGCACTGTTATGGAAAAACGCCTATGAAAACTTTTATTGACTCAAAACCTTTGGCAAAAGAGAAAAATTTAGGTAATATGTTT
GATAAATCTGACACTAGTTTAGAAATAAATTCAGTCTCAAATTAATTGGTGACTGTCAGATCAAGTTTGAGCTACTACA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1080 bp | 359 aa | 66 | 1145 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNASQKIIKPKLGLLELAKQLGNVKQACKVMGYSRDSYYRFKELYDNGGELALQEISRKKPLEKNRVEAHIEQAVVNMAYEYPAYGQHRVSNELAKQGIL
VSGSGVRSIWLRHDLENFKKRLTALETKVAQDGFILTEAQLQALEKEKAKKVATGEIETHHPGYLGSQDSYVGYIKGIGKIYQQTFVDTYTRVGFAKLYT
EKNAIVAADMLNDKVLPFFEEHGIDLLRVLTDRGTEYCGKLENHSYQMYLSIEDIDHTKTKANSPQTNGICERFHKTMKNECYETMFRKKVYSTIEEIQQ
DVDIWLDYYNNDRPHSGKHCYGKTPMKTFIDSKPLAKEKNLGNMFDKSDTSLEINSVSN
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Blast result :
Comments
ISFw3 is 83% aa similar to ISCaa12.
References
1] Heuner K. (2014) Direct submission
2] Rydzewski K, Schulz T, Brzuszkiewicz E, Holland G, Luck C, Fleischer J, Grunow R, Heuner K. (2014) BMC Microbiol. Jun 25;14(1):169.
2] Rydzewski K, Schulz T, Brzuszkiewicz E, Holland G, Luck C, Fleischer J, Grunow R, Heuner K. (2014) BMC Microbiol. Jun 25;14(1):169.