ISCaa14
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010830 | ND | Candidatus Amoebophilus | Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 |
DNA section
IS Length : 1256 bp
Ends
Left end : CCTATGTTTGTATAAATGTTGAGTAAGGAAAATCTAAAGAGTAAATTGATTGCAGAAGAAAAGGGTAAAGAGCAAAAATTAAGGCACACATTAGCTCATA
Right end : ACAAGCTCCTTAAACAGGCTTTTGCTATTGTAACAAATCAAACAGTCTACGATGAAAATTATGTGAGCAAACCTTGCTTTTGAACACAGTTCATATGTAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TAGCACACAT | ATTTGGTATT | 0 |
DNA sequence
CCTATGTTTGTATAAATGTTGAGTAAGGAAAATCTAAAGAGTAAATTGATTGCAGAAGAAAAGGGTAAAGAGCAAAAATTAAGGCACACATTAGCTCATA
AAGGCTGTTGCATATGCTAATTTCTTTACTCAACTGCAAAGACCTTGGACAGTTCATTAGGCTACTGAGCCTGCATGTAGGATTGATAAGGCTTGTGCAG
TTCCTTCTACCTTTTTAGGGTTAGTAGTAAAATTATATAAAATAATATAGCTATGCAAAGTTCAATAAATTATGTAGGGGTAGATATTTCTAAACCCTTC
TTTGATGTTGCTTTACCTAATGGCCAAGCATATACTTACTATAAGTTTGATAATAGACAAGATGGGTTTGAAGCTTTATTAAAAGTGCTTCCTCAAAACA
GTGTGGTAGTCATGGAAGCCTCTGGACCACCATACTATATGAAGTTAGCAGCTTATCTCACCCAGCAAGGGATAGGAGTGAGTGTTATTAACCCACTAGT
AATCCGCAGGTTTTGTCAGATGCGTATGTCAAGGGCAAAAACAGATAAAAAGGATGCAAAAATGATTGCCGAATATGGTCAGATGGAAAAGCCTGCCCTC
TGGCAGCCACCGCAGAAATATGTTGTAGCCTTACAGCAGATGCAAGCTTTACTGGACAATCTACATAAAGAACATACAGCACTCAGTAACCAGCATGAAG
GTTTTAGCAGCAGTGGTATGCTAGGTACAAAGCTAGAACAAATTATTGAACAAGAGCTCAAACATAAGCAAGAGCTCATTGATAAGCTTACTAAACAGAT
GGAAGAGCTGGCCAGAAAGCATTATGGTTCTATGTTAGCTGATTTAGAAACCATACCAGGATTAGGCAGAAAGACATCTATCCTGTTAATAGTACTGATC
GGAGGATTTAACCGCTTTAGTAATTATAGAAAACTGGGTTCTTATATAGAATTAAGCCCCCGGATATTTGAATCTGGAACAAGCGTAAAAGGCAAAGCAA
GGATAACTAAGATGGGTATGTCTCGAATAAGAGCGATGTTATATGTCTGTGCATGGAGTGCTAAACGTTACAACAAAGCATGCAGGGAGCTTTACCAACG
GTTACTTGCCAAAGGGAAAGCTAAAAAACAGGCGTTGATAGCTGTCGTTAACAAGCTCCTTAAACAGGCTTTTGCTATTGTAACAAATCAAACAGTCTAC
GATGAAAATTATGTGAGCAAACCTTGCTTTTGAACACAGTTCATATGTAA
AAGGCTGTTGCATATGCTAATTTCTTTACTCAACTGCAAAGACCTTGGACAGTTCATTAGGCTACTGAGCCTGCATGTAGGATTGATAAGGCTTGTGCAG
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GGATAACTAAGATGGGTATGTCTCGAATAAGAGCGATGTTATATGTCTGTGCATGGAGTGCTAAACGTTACAACAAAGCATGCAGGGAGCTTTACCAACG
GTTACTTGCCAAAGGGAAAGCTAAAAAACAGGCGTTGATAGCTGTCGTTAACAAGCTCCTTAAACAGGCTTTTGCTATTGTAACAAATCAAACAGTCTAC
GATGAAAATTATGTGAGCAAACCTTGCTTTTGAACACAGTTCATATGTAA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
981 bp | 326 aa | 253 | 1233 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MQSSINYVGVDISKPFFDVALPNGQAYTYYKFDNRQDGFEALLKVLPQNSVVVMEASGPPYYMKLAAYLTQQGIGVSVINPLVIRRFCQMRMSRAKTDKK
DAKMIAEYGQMEKPALWQPPQKYVVALQQMQALLDNLHKEHTALSNQHEGFSSSGMLGTKLEQIIEQELKHKQELIDKLTKQMEELARKHYGSMLADLET
IPGLGRKTSILLIVLIGGFNRFSNYRKLGSYIELSPRIFESGTSVKGKARITKMGMSRIRAMLYVCAWSAKRYNKACRELYQRLLAKGKAKKQALIAVVN
KLLKQAFAIVTNQTVYDENYVSKPCF
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Blast result :
Comments
ISCaa14 is present in two copies in the Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 genome.
ISCaa14 is 56% aa similar to ISOt5.
ISCaa14 is 56% aa similar to ISOt5.
References
1] Schmitz-Esser S, Tischler P, Arnold R, Montanaro J, Wagner M, Rattei T, Horn M. (2010) J Bacteriol., 192(4):1045-1057.