ISCbo10
- Family IS607
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_015417 | ND | Clostridium botulinum | Clostridium botulinum BKT015925 plasmid p1BKT015925 |
DNA section
IS Length : 2272 bp
Ends
IR Length : 38/49
IRL : GTTAACAATAATATTAAAGTTAATAAATATTGTTAAAAATTTTAATAAAA
IRR : GTTATAAATAATATAAATCTTATTAAAATTCATTATAAATTTTAATAAAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTAAAAAAATATA | CTAACCACAATAGAA | 0 |
DNA sequence
GTTAACAATAATATTAAAGTTAATAAATATTGTTAAAAATTTTAATAAAAAATGTTGTAATTCTAATATTTGTATGATATTATATAAATATGGAAGGAGG
AAGTCATATGAAATCAAAAGAAGTATTAGAATTACTACAAATTACAAGACCAACATTAACTAAGTATGTGAAAGAAGGCATTATAAAAACAATTACTTTG
CCAAATGGTCGCTATGACTATAATCAAGAAGATGTATTTAAACTTTTTAATAAAGGAGTAGAAAGAAAAACATATATCTATGCTCGAGTATCTACTCCCA
AACAAAAGAAGGATTTGGAAAATCAAGTACAATTATTAAAACAATTTTGCTTTTCTAATGGATGGATGATAAATAATGTATTTCAAGATGTAGCAAGTGG
AATTAGCTTTGATAAAAGAAAAGACTTTTTTAAAATGTTAGATGATATTATTCAAAATAAGGTAGAAAGAGTTGTAATCACCTATAAAGATAGATTGTCA
AGAGTAGGGTTTGAATTGTTCTACTATTTATTTAAAAAATATCATTGTGAAATAGTTGTAATGAGTGAGATTGGTTCTGAAAAACTAGACAGTCAAGAAG
TGTTTGAAGAAATAGTTAGTTTATTACATTGTTATAGCATGAAAATGTATTCTAAAAGAAAATGTAACAAAATTAAAGAAGTATTGCAAGAGGAAGATTA
AATTATAATTATATTAAAATAAGGAGGTGAAAAAGTTATGACAACGAAAAAAGATGATAATACTGTTCAGAGAGTTGAAAAACATATGATAAATCAAAAT
CATGAATTATATGAATTGTTAAATCATTATACTTTTTTATCTAAAAATCTATATAATTATGCTAATTATCAACTTAGACAAGTATTCATATTAACATCAA
AATTAAAAGAAGATGAAGAATTAACTACTGAACAACATGAGTACTTAAATAGTATTAATGCTAAAGTTAATGAGTTTAATGAACTTAGAAAAGTTAATTT
TGAAAAAGCCAAACAAAGAGCAATTAAACAAGGCAAAGAATTAAACAAGAAATTAAAATTAATAAATTACTTTAATGAAGATAATAAGTATTTAGGATAT
GATTTCTTAGAATTTTTACTTAAAGATGGTATAGATTATAAATCTCTTATGTCACAGGTATCTCAACAAACCTTAAAATTATTAGATAAGAATTGGATCA
GTTTTTTTGAAAGTATAAAAGATTGGTCTAAACATAAAGAAAAGTATAATGGAAGACCTAAATTACCTAAGTATAAGAAGAAAAATGGTAAAAATATTTT
AGTATTCACCAATCAAAATTGTAAACAAAAAAAAGGATATATTCAATTTCCTAAATGTTTTAATAAGTATGAATTGAAAACTAATATAAATGGTAATCTT
CAGCAAGTTAGAATATTGCCTAGAAATAAGCATTATGTTATTGAGGTAGTTTATAAAATAGAAAAGAAAGAAAAGTTAAATGACAATGGTAAATATATAA
GTATTGATATTGGTTTAGATAACTTTGCAACTGTTGTTAATAATATAGGATTAAAACCTATAATAATCAATGGTAAAGGTCTAAAATCAATAAACAAATA
CTATAACAAGAAATTAAGCTATTATAAAGAAATAGCTAAGAGAATGAATAATTTGGATTATACAAATAGAATGAACAGATTAACTATAAAAAGAAATAAT
AAAATAATAGACTTTGTTCATAAAGCTAGTAAAAAAGTAATAGATTATGCTTTAGCAAATAATATCAATACTATTATTGTAGGTAATAATAAGGATTGGA
AAAGAGAAAGCAATATGTCTAAAGTAGTTAATCAATCATTTGTAGGAATACCACATCAAGAATTTATAAATAAGCTAATTTATAAATGTGAAAATGTAGG
ATTAAATATAATTATAACTGAAGAATCTTATACAAGTGGAACTAGCTTTTTAGACAACGAATTACCTAATAAAGAAAACTATAATAAGAAGAGAAGAGTA
TATAGAGGATTATTTGTAAGCAACAATGGTGTTAAAATCAATGCTGATGTAAATGGAGCATATCAAATAATGAGAAAAGTACTCTCGAATGTGAAAGCTG
ACGAGATAGAGGGTGTAGGGTTACATCCAATTAGAGTAAATATAGCTTAATATGACTATGATATATTATTATTTTAATAATATTGATAATTATATAAGTT
ATATTGACTAATAAAAAATAATATTTATTAAAATTTATAATGAATTTTAATAAGATTTATATTATTTATAAC
AAGTCATATGAAATCAAAAGAAGTATTAGAATTACTACAAATTACAAGACCAACATTAACTAAGTATGTGAAAGAAGGCATTATAAAAACAATTACTTTG
CCAAATGGTCGCTATGACTATAATCAAGAAGATGTATTTAAACTTTTTAATAAAGGAGTAGAAAGAAAAACATATATCTATGCTCGAGTATCTACTCCCA
AACAAAAGAAGGATTTGGAAAATCAAGTACAATTATTAAAACAATTTTGCTTTTCTAATGGATGGATGATAAATAATGTATTTCAAGATGTAGCAAGTGG
AATTAGCTTTGATAAAAGAAAAGACTTTTTTAAAATGTTAGATGATATTATTCAAAATAAGGTAGAAAGAGTTGTAATCACCTATAAAGATAGATTGTCA
AGAGTAGGGTTTGAATTGTTCTACTATTTATTTAAAAAATATCATTGTGAAATAGTTGTAATGAGTGAGATTGGTTCTGAAAAACTAGACAGTCAAGAAG
TGTTTGAAGAAATAGTTAGTTTATTACATTGTTATAGCATGAAAATGTATTCTAAAAGAAAATGTAACAAAATTAAAGAAGTATTGCAAGAGGAAGATTA
AATTATAATTATATTAAAATAAGGAGGTGAAAAAGTTATGACAACGAAAAAAGATGATAATACTGTTCAGAGAGTTGAAAAACATATGATAAATCAAAAT
CATGAATTATATGAATTGTTAAATCATTATACTTTTTTATCTAAAAATCTATATAATTATGCTAATTATCAACTTAGACAAGTATTCATATTAACATCAA
AATTAAAAGAAGATGAAGAATTAACTACTGAACAACATGAGTACTTAAATAGTATTAATGCTAAAGTTAATGAGTTTAATGAACTTAGAAAAGTTAATTT
TGAAAAAGCCAAACAAAGAGCAATTAAACAAGGCAAAGAATTAAACAAGAAATTAAAATTAATAAATTACTTTAATGAAGATAATAAGTATTTAGGATAT
GATTTCTTAGAATTTTTACTTAAAGATGGTATAGATTATAAATCTCTTATGTCACAGGTATCTCAACAAACCTTAAAATTATTAGATAAGAATTGGATCA
GTTTTTTTGAAAGTATAAAAGATTGGTCTAAACATAAAGAAAAGTATAATGGAAGACCTAAATTACCTAAGTATAAGAAGAAAAATGGTAAAAATATTTT
AGTATTCACCAATCAAAATTGTAAACAAAAAAAAGGATATATTCAATTTCCTAAATGTTTTAATAAGTATGAATTGAAAACTAATATAAATGGTAATCTT
CAGCAAGTTAGAATATTGCCTAGAAATAAGCATTATGTTATTGAGGTAGTTTATAAAATAGAAAAGAAAGAAAAGTTAAATGACAATGGTAAATATATAA
GTATTGATATTGGTTTAGATAACTTTGCAACTGTTGTTAATAATATAGGATTAAAACCTATAATAATCAATGGTAAAGGTCTAAAATCAATAAACAAATA
CTATAACAAGAAATTAAGCTATTATAAAGAAATAGCTAAGAGAATGAATAATTTGGATTATACAAATAGAATGAACAGATTAACTATAAAAAGAAATAAT
AAAATAATAGACTTTGTTCATAAAGCTAGTAAAAAAGTAATAGATTATGCTTTAGCAAATAATATCAATACTATTATTGTAGGTAATAATAAGGATTGGA
AAAGAGAAAGCAATATGTCTAAAGTAGTTAATCAATCATTTGTAGGAATACCACATCAAGAATTTATAAATAAGCTAATTTATAAATGTGAAAATGTAGG
ATTAAATATAATTATAACTGAAGAATCTTATACAAGTGGAACTAGCTTTTTAGACAACGAATTACCTAATAAAGAAAACTATAATAAGAAGAGAAGAGTA
TATAGAGGATTATTTGTAAGCAACAATGGTGTTAAAATCAATGCTGATGTAAATGGAGCATATCAAATAATGAGAAAAGTACTCTCGAATGTGAAAGCTG
ACGAGATAGAGGGTGTAGGGTTACATCCAATTAGAGTAAATATAGCTTAATATGACTATGATATATTATTATTTTAATAATATTGATAATTATATAAGTT
ATATTGACTAATAAAAAATAATATTTATTAAAATTTATAATGAATTTTAATAAGATTTATATTATTTATAAC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
594 bp | 197 aa | 108 | 701 | + | No |
Chemistry : Serine
ORF sequence :
MKSKEVLELLQITRPTLTKYVKEGIIKTITLPNGRYDYNQEDVFKLFNKGVERKTYIYARVSTPKQKKDLENQVQLLKQFCFSNGWMINNVFQDVASGIS
FDKRKDFFKMLDDIIQNKVERVVITYKDRLSRVGFELFYYLFKKYHCEIVVMSEIGSEKLDSQEVFEEIVSLLHCYSMKMYSKRKCNKIKEVLQEED
FDKRKDFFKMLDDIIQNKVERVVITYKDRLSRVGFELFYYLFKKYHCEIVVMSEIGSEKLDSQEVFEEIVSLLHCYSMKMYSKRKCNKIKEVLQEED
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1413 bp | 470 aa | 738 | 2150 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MTTKKDDNTVQRVEKHMINQNHELYELLNHYTFLSKNLYNYANYQLRQVFILTSKLKEDEELTTEQHEYLNSINAKVNEFNELRKVNFEKAKQRAIKQGK
ELNKKLKLINYFNEDNKYLGYDFLEFLLKDGIDYKSLMSQVSQQTLKLLDKNWISFFESIKDWSKHKEKYNGRPKLPKYKKKNGKNILVFTNQNCKQKKG
YIQFPKCFNKYELKTNINGNLQQVRILPRNKHYVIEVVYKIEKKEKLNDNGKYISIDIGLDNFATVVNNIGLKPIIINGKGLKSINKYYNKKLSYYKEIA
KRMNNLDYTNRMNRLTIKRNNKIIDFVHKASKKVIDYALANNINTIIVGNNKDWKRESNMSKVVNQSFVGIPHQEFINKLIYKCENVGLNIIITEESYTS
GTSFLDNELPNKENYNKKRRVYRGLFVSNNGVKINADVNGAYQIMRKVLSNVKADEIEGVGLHPIRVNIA
ELNKKLKLINYFNEDNKYLGYDFLEFLLKDGIDYKSLMSQVSQQTLKLLDKNWISFFESIKDWSKHKEKYNGRPKLPKYKKKNGKNILVFTNQNCKQKKG
YIQFPKCFNKYELKTNINGNLQQVRILPRNKHYVIEVVYKIEKKEKLNDNGKYISIDIGLDNFATVVNNIGLKPIIINGKGLKSINKYYNKKLSYYKEIA
KRMNNLDYTNRMNRLTIKRNNKIIDFVHKASKKVIDYALANNINTIIVGNNKDWKRESNMSKVVNQSFVGIPHQEFINKLIYKCENVGLNIIITEESYTS
GTSFLDNELPNKENYNKKRRVYRGLFVSNNGVKINADVNGAYQIMRKVLSNVKADEIEGVGLHPIRVNIA
Blast result :
Comments
ISCbo10 is 81% (TnpA : the transposase) aa similar to ISTvo1 and 60% (TnpB) aa similar to ISBth14.
References
1] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185.