ISCbo10

  • Family IS607
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_015417 ND Clostridium botulinum
Clostridium botulinum BKT015925 plasmid p1BKT015925
DNA section
IS Length : 2272 bp

Ends


IR Length : 38/49

IRL : GTTAACAATAATATTAAAGTTAATAAATATTGTTAAAAATTTTAATAAAA
IRR : GTTATAAATAATATAAATCTTATTAAAATTCATTATAAATTTTAATAAAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTAAAAAAATATACTAACCACAATAGAA0

DNA sequence

GTTAACAATAATATTAAAGTTAATAAATATTGTTAAAAATTTTAATAAAAAATGTTGTAATTCTAATATTTGTATGATATTATATAAATATGGAAGGAGG
AAGTCATATGAAATCAAAAGAAGTATTAGAATTACTACAAATTACAAGACCAACATTAACTAAGTATGTGAAAGAAGGCATTATAAAAACAATTACTTTG
CCAAATGGTCGCTATGACTATAATCAAGAAGATGTATTTAAACTTTTTAATAAAGGAGTAGAAAGAAAAACATATATCTATGCTCGAGTATCTACTCCCA
AACAAAAGAAGGATTTGGAAAATCAAGTACAATTATTAAAACAATTTTGCTTTTCTAATGGATGGATGATAAATAATGTATTTCAAGATGTAGCAAGTGG
AATTAGCTTTGATAAAAGAAAAGACTTTTTTAAAATGTTAGATGATATTATTCAAAATAAGGTAGAAAGAGTTGTAATCACCTATAAAGATAGATTGTCA
AGAGTAGGGTTTGAATTGTTCTACTATTTATTTAAAAAATATCATTGTGAAATAGTTGTAATGAGTGAGATTGGTTCTGAAAAACTAGACAGTCAAGAAG
TGTTTGAAGAAATAGTTAGTTTATTACATTGTTATAGCATGAAAATGTATTCTAAAAGAAAATGTAACAAAATTAAAGAAGTATTGCAAGAGGAAGATTA
AATTATAATTATATTAAAATAAGGAGGTGAAAAAGTTATGACAACGAAAAAAGATGATAATACTGTTCAGAGAGTTGAAAAACATATGATAAATCAAAAT
CATGAATTATATGAATTGTTAAATCATTATACTTTTTTATCTAAAAATCTATATAATTATGCTAATTATCAACTTAGACAAGTATTCATATTAACATCAA
AATTAAAAGAAGATGAAGAATTAACTACTGAACAACATGAGTACTTAAATAGTATTAATGCTAAAGTTAATGAGTTTAATGAACTTAGAAAAGTTAATTT
TGAAAAAGCCAAACAAAGAGCAATTAAACAAGGCAAAGAATTAAACAAGAAATTAAAATTAATAAATTACTTTAATGAAGATAATAAGTATTTAGGATAT
GATTTCTTAGAATTTTTACTTAAAGATGGTATAGATTATAAATCTCTTATGTCACAGGTATCTCAACAAACCTTAAAATTATTAGATAAGAATTGGATCA
GTTTTTTTGAAAGTATAAAAGATTGGTCTAAACATAAAGAAAAGTATAATGGAAGACCTAAATTACCTAAGTATAAGAAGAAAAATGGTAAAAATATTTT
AGTATTCACCAATCAAAATTGTAAACAAAAAAAAGGATATATTCAATTTCCTAAATGTTTTAATAAGTATGAATTGAAAACTAATATAAATGGTAATCTT
CAGCAAGTTAGAATATTGCCTAGAAATAAGCATTATGTTATTGAGGTAGTTTATAAAATAGAAAAGAAAGAAAAGTTAAATGACAATGGTAAATATATAA
GTATTGATATTGGTTTAGATAACTTTGCAACTGTTGTTAATAATATAGGATTAAAACCTATAATAATCAATGGTAAAGGTCTAAAATCAATAAACAAATA
CTATAACAAGAAATTAAGCTATTATAAAGAAATAGCTAAGAGAATGAATAATTTGGATTATACAAATAGAATGAACAGATTAACTATAAAAAGAAATAAT
AAAATAATAGACTTTGTTCATAAAGCTAGTAAAAAAGTAATAGATTATGCTTTAGCAAATAATATCAATACTATTATTGTAGGTAATAATAAGGATTGGA
AAAGAGAAAGCAATATGTCTAAAGTAGTTAATCAATCATTTGTAGGAATACCACATCAAGAATTTATAAATAAGCTAATTTATAAATGTGAAAATGTAGG
ATTAAATATAATTATAACTGAAGAATCTTATACAAGTGGAACTAGCTTTTTAGACAACGAATTACCTAATAAAGAAAACTATAATAAGAAGAGAAGAGTA
TATAGAGGATTATTTGTAAGCAACAATGGTGTTAAAATCAATGCTGATGTAAATGGAGCATATCAAATAATGAGAAAAGTACTCTCGAATGTGAAAGCTG
ACGAGATAGAGGGTGTAGGGTTACATCCAATTAGAGTAAATATAGCTTAATATGACTATGATATATTATTATTTTAATAATATTGATAATTATATAAGTT
ATATTGACTAATAAAAAATAATATTTATTAAAATTTATAATGAATTTTAATAAGATTTATATTATTTATAAC
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
594 bp197 aa108701+No
ORF function : Transposase
Chemistry : Serine

ORF sequence :

MKSKEVLELLQITRPTLTKYVKEGIIKTITLPNGRYDYNQEDVFKLFNKGVERKTYIYARVSTPKQKKDLENQVQLLKQFCFSNGWMINNVFQDVASGIS
FDKRKDFFKMLDDIIQNKVERVVITYKDRLSRVGFELFYYLFKKYHCEIVVMSEIGSEKLDSQEVFEEIVSLLHCYSMKMYSKRKCNKIKEVLQEED

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1413 bp470 aa7382150+No
ORF function : Accessory Gene
AG : TnpB

ORF sequence :

MTTKKDDNTVQRVEKHMINQNHELYELLNHYTFLSKNLYNYANYQLRQVFILTSKLKEDEELTTEQHEYLNSINAKVNEFNELRKVNFEKAKQRAIKQGK
ELNKKLKLINYFNEDNKYLGYDFLEFLLKDGIDYKSLMSQVSQQTLKLLDKNWISFFESIKDWSKHKEKYNGRPKLPKYKKKNGKNILVFTNQNCKQKKG
YIQFPKCFNKYELKTNINGNLQQVRILPRNKHYVIEVVYKIEKKEKLNDNGKYISIDIGLDNFATVVNNIGLKPIIINGKGLKSINKYYNKKLSYYKEIA
KRMNNLDYTNRMNRLTIKRNNKIIDFVHKASKKVIDYALANNINTIIVGNNKDWKRESNMSKVVNQSFVGIPHQEFINKLIYKCENVGLNIIITEESYTS
GTSFLDNELPNKENYNKKRRVYRGLFVSNNGVKINADVNGAYQIMRKVLSNVKADEIEGVGLHPIRVNIA

 

Blast result :
Comments
ISCbo10 is 81% (TnpA : the transposase) aa similar to ISTvo1 and 60% (TnpB) aa similar to ISBth14.
References
1] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185.