ISCbo9
- Family IS607
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_015417 | ND | Clostridium botulinum | Clostridium botulinum BKT015925 plasmid p1BKT015925 |
DNA section
IS Length : 1617 bp
Ends
IR Length : 30/31
IRL : TAAAACTTATAAGAAGTTATAAATATATAAAGTTAAAAACACTCAATTAA
IRR : TAAAACTTATAAAAAGTTATAAATATATAAATTCTATATGTGTTGTTCAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TATGTGAATA | TGCA | ACGGATAAGC | 4 |
DNA sequence
TAAAACTTATAAGAAGTTATAAATATATAAAGTTAAAAACACTCAATTAAGAGTGTTTAGACATAAAATCTTTTAAAATTGTAATTACTAAGTTATTGAA
AGAACGGTTTTGTTCTTTTGCAACTTGTTCTAGTTGTTTTTTTAAATCTTTTTCAATAGTTATTTGAGTTCTAGTCTTATCTTTACTAATAGTCAATATA
AATCACCTCAATGTTATTATGTTTCATAATAGCATATAAGATTGTAGTTGACAAGGTGTTAACACTATGTTATCATAAGGATATAATGAGTGAGGTGATA
AAAATGATAAAAGCAGTGAAAATTAGATTATTTCCAACCAAAGAACAAGAAGTATTGATGTTTAAATCCTGTGGTGTTGCTAGATTTACTTATAATTGGG
GACTTAATAGATGGAATGAAATTTATAAAAGTGGTGAAAAGCCTAATAAAATTAAAGTCAGAACCGAGTTTAATAATACTTTAAAAAAAGATGACAATTA
TAAATGGTTAAAAGAAGTAAGTGGTCAAGTAACAGCAAAATCCTTTGACGATTTAAAAGATGGATTTGATAGATTTTTTAAAGGATTATCAGGATATCCT
AAATTTAAGACTAAAAAGAAATCTAAAAAATCTTTTTATGTTAGATATGATTCTATCAAATTTAAAGATCATAAAGTTAATTTTGAGAAAATAGGTAAGG
TCAAATATAATACCAATTACAAAATACCTAATTTATCAAAATACAACAATCCAAGATGTCATTTTGACGGGAAGTATTGGTATTTAACATTAGGATTTGA
ACATAACGAAAATCAAGTTGGATTAAATAAGGATTTAAGTATTGGTATAGATTTAGGAGTTAAAGATTTTGCTGTTGTTAACTGCTTAGATAAACCTATA
AAAAACATTAATAAATCTGTTAAAATTAGAAAATTAAAAAAGAGATTAAAAAGACTACAAAGACAAGTAAGTAGAAAATACTTAATGAATAAGCAAAATA
ACAAATTTATTAAAACTAATAATATTATTAAATTAGAACATGAAATAAGACTTATTTATAGAAAACTTAATAATATTAGAAATAACCACATACATCAAAC
TACAAATAAAATAATAAAATTAAAGCCACACAGAGTGGTAATGGAAGACTTAAATATTCAAGGAATGATGAAAAACAAACATCTATCAAAAGCAATACAA
GAACAATGTTTTTATGAATTTATAAGACAAATGAAGTATAAATGTGAATGGAACAATATAAAATTCATACAAGTAGATAGATTTTATCCAAGTAGTAAAA
CTTGTTCATGTTGTGGCAATGTTAAGAAGGATTTAAAGTTATCTGATAGAGTTTATAAGTGTGATAAATGTGGTTTAGTTATTGATAGAGATTATAATGC
TAGTATTAATCTTAGTAATTATAAAATAGCATAATTGGTATAGAGAAATTATGCTATGTGTACCGTGCGTTGTACGGGAATTTAAGTCCTTGGAGAGTTA
TACCAAACTAGAGTAGAATAAGGAATTATTCAAAATAGAACTTTAAGAAGAGGAAAGTTGTTTAGTAATGAACAACACATATAGAATTTATATATTTATA
ACTTTTTATAAGTTTTA
AGAACGGTTTTGTTCTTTTGCAACTTGTTCTAGTTGTTTTTTTAAATCTTTTTCAATAGTTATTTGAGTTCTAGTCTTATCTTTACTAATAGTCAATATA
AATCACCTCAATGTTATTATGTTTCATAATAGCATATAAGATTGTAGTTGACAAGGTGTTAACACTATGTTATCATAAGGATATAATGAGTGAGGTGATA
AAAATGATAAAAGCAGTGAAAATTAGATTATTTCCAACCAAAGAACAAGAAGTATTGATGTTTAAATCCTGTGGTGTTGCTAGATTTACTTATAATTGGG
GACTTAATAGATGGAATGAAATTTATAAAAGTGGTGAAAAGCCTAATAAAATTAAAGTCAGAACCGAGTTTAATAATACTTTAAAAAAAGATGACAATTA
TAAATGGTTAAAAGAAGTAAGTGGTCAAGTAACAGCAAAATCCTTTGACGATTTAAAAGATGGATTTGATAGATTTTTTAAAGGATTATCAGGATATCCT
AAATTTAAGACTAAAAAGAAATCTAAAAAATCTTTTTATGTTAGATATGATTCTATCAAATTTAAAGATCATAAAGTTAATTTTGAGAAAATAGGTAAGG
TCAAATATAATACCAATTACAAAATACCTAATTTATCAAAATACAACAATCCAAGATGTCATTTTGACGGGAAGTATTGGTATTTAACATTAGGATTTGA
ACATAACGAAAATCAAGTTGGATTAAATAAGGATTTAAGTATTGGTATAGATTTAGGAGTTAAAGATTTTGCTGTTGTTAACTGCTTAGATAAACCTATA
AAAAACATTAATAAATCTGTTAAAATTAGAAAATTAAAAAAGAGATTAAAAAGACTACAAAGACAAGTAAGTAGAAAATACTTAATGAATAAGCAAAATA
ACAAATTTATTAAAACTAATAATATTATTAAATTAGAACATGAAATAAGACTTATTTATAGAAAACTTAATAATATTAGAAATAACCACATACATCAAAC
TACAAATAAAATAATAAAATTAAAGCCACACAGAGTGGTAATGGAAGACTTAAATATTCAAGGAATGATGAAAAACAAACATCTATCAAAAGCAATACAA
GAACAATGTTTTTATGAATTTATAAGACAAATGAAGTATAAATGTGAATGGAACAATATAAAATTCATACAAGTAGATAGATTTTATCCAAGTAGTAAAA
CTTGTTCATGTTGTGGCAATGTTAAGAAGGATTTAAAGTTATCTGATAGAGTTTATAAGTGTGATAAATGTGGTTTAGTTATTGATAGAGATTATAATGC
TAGTATTAATCTTAGTAATTATAAAATAGCATAATTGGTATAGAGAAATTATGCTATGTGTACCGTGCGTTGTACGGGAATTTAAGTCCTTGGAGAGTTA
TACCAAACTAGAGTAGAATAAGGAATTATTCAAAATAGAACTTTAAGAAGAGGAAAGTTGTTTAGTAATGAACAACACATATAGAATTTATATATTTATA
ACTTTTTATAAGTTTTA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1131 bp | 376 aa | 304 | 1434 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MIKAVKIRLFPTKEQEVLMFKSCGVARFTYNWGLNRWNEIYKSGEKPNKIKVRTEFNNTLKKDDNYKWLKEVSGQVTAKSFDDLKDGFDRFFKGLSGYPK
FKTKKKSKKSFYVRYDSIKFKDHKVNFEKIGKVKYNTNYKIPNLSKYNNPRCHFDGKYWYLTLGFEHNENQVGLNKDLSIGIDLGVKDFAVVNCLDKPIK
NINKSVKIRKLKKRLKRLQRQVSRKYLMNKQNNKFIKTNNIIKLEHEIRLIYRKLNNIRNNHIHQTTNKIIKLKPHRVVMEDLNIQGMMKNKHLSKAIQE
QCFYEFIRQMKYKCEWNNIKFIQVDRFYPSSKTCSCCGNVKKDLKLSDRVYKCDKCGLVIDRDYNASINLSNYKIA
FKTKKKSKKSFYVRYDSIKFKDHKVNFEKIGKVKYNTNYKIPNLSKYNNPRCHFDGKYWYLTLGFEHNENQVGLNKDLSIGIDLGVKDFAVVNCLDKPIK
NINKSVKIRKLKKRLKRLQRQVSRKYLMNKQNNKFIKTNNIIKLEHEIRLIYRKLNNIRNNHIHQTTNKIIKLKPHRVVMEDLNIQGMMKNKHLSKAIQE
QCFYEFIRQMKYKCEWNNIKFIQVDRFYPSSKTCSCCGNVKKDLKLSDRVYKCDKCGLVIDRDYNASINLSNYKIA
Blast result :
Comments
ISCbo9 is 72% (TnpB) aa similar to ISBth15.
References
1] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185.