ISCbo9

  • Family IS607
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_015417 ND Clostridium botulinum
Clostridium botulinum BKT015925 plasmid p1BKT015925
DNA section
IS Length : 1617 bp

Ends


IR Length : 30/31

IRL : TAAAACTTATAAGAAGTTATAAATATATAAAGTTAAAAACACTCAATTAA
IRR : TAAAACTTATAAAAAGTTATAAATATATAAATTCTATATGTGTTGTTCAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TATGTGAATATGCAACGGATAAGC4

DNA sequence

TAAAACTTATAAGAAGTTATAAATATATAAAGTTAAAAACACTCAATTAAGAGTGTTTAGACATAAAATCTTTTAAAATTGTAATTACTAAGTTATTGAA
AGAACGGTTTTGTTCTTTTGCAACTTGTTCTAGTTGTTTTTTTAAATCTTTTTCAATAGTTATTTGAGTTCTAGTCTTATCTTTACTAATAGTCAATATA
AATCACCTCAATGTTATTATGTTTCATAATAGCATATAAGATTGTAGTTGACAAGGTGTTAACACTATGTTATCATAAGGATATAATGAGTGAGGTGATA
AAAATGATAAAAGCAGTGAAAATTAGATTATTTCCAACCAAAGAACAAGAAGTATTGATGTTTAAATCCTGTGGTGTTGCTAGATTTACTTATAATTGGG
GACTTAATAGATGGAATGAAATTTATAAAAGTGGTGAAAAGCCTAATAAAATTAAAGTCAGAACCGAGTTTAATAATACTTTAAAAAAAGATGACAATTA
TAAATGGTTAAAAGAAGTAAGTGGTCAAGTAACAGCAAAATCCTTTGACGATTTAAAAGATGGATTTGATAGATTTTTTAAAGGATTATCAGGATATCCT
AAATTTAAGACTAAAAAGAAATCTAAAAAATCTTTTTATGTTAGATATGATTCTATCAAATTTAAAGATCATAAAGTTAATTTTGAGAAAATAGGTAAGG
TCAAATATAATACCAATTACAAAATACCTAATTTATCAAAATACAACAATCCAAGATGTCATTTTGACGGGAAGTATTGGTATTTAACATTAGGATTTGA
ACATAACGAAAATCAAGTTGGATTAAATAAGGATTTAAGTATTGGTATAGATTTAGGAGTTAAAGATTTTGCTGTTGTTAACTGCTTAGATAAACCTATA
AAAAACATTAATAAATCTGTTAAAATTAGAAAATTAAAAAAGAGATTAAAAAGACTACAAAGACAAGTAAGTAGAAAATACTTAATGAATAAGCAAAATA
ACAAATTTATTAAAACTAATAATATTATTAAATTAGAACATGAAATAAGACTTATTTATAGAAAACTTAATAATATTAGAAATAACCACATACATCAAAC
TACAAATAAAATAATAAAATTAAAGCCACACAGAGTGGTAATGGAAGACTTAAATATTCAAGGAATGATGAAAAACAAACATCTATCAAAAGCAATACAA
GAACAATGTTTTTATGAATTTATAAGACAAATGAAGTATAAATGTGAATGGAACAATATAAAATTCATACAAGTAGATAGATTTTATCCAAGTAGTAAAA
CTTGTTCATGTTGTGGCAATGTTAAGAAGGATTTAAAGTTATCTGATAGAGTTTATAAGTGTGATAAATGTGGTTTAGTTATTGATAGAGATTATAATGC
TAGTATTAATCTTAGTAATTATAAAATAGCATAATTGGTATAGAGAAATTATGCTATGTGTACCGTGCGTTGTACGGGAATTTAAGTCCTTGGAGAGTTA
TACCAAACTAGAGTAGAATAAGGAATTATTCAAAATAGAACTTTAAGAAGAGGAAAGTTGTTTAGTAATGAACAACACATATAGAATTTATATATTTATA
ACTTTTTATAAGTTTTA
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1131 bp376 aa3041434+No
ORF function : Accessory Gene
AG : TnpB

ORF sequence :

MIKAVKIRLFPTKEQEVLMFKSCGVARFTYNWGLNRWNEIYKSGEKPNKIKVRTEFNNTLKKDDNYKWLKEVSGQVTAKSFDDLKDGFDRFFKGLSGYPK
FKTKKKSKKSFYVRYDSIKFKDHKVNFEKIGKVKYNTNYKIPNLSKYNNPRCHFDGKYWYLTLGFEHNENQVGLNKDLSIGIDLGVKDFAVVNCLDKPIK
NINKSVKIRKLKKRLKRLQRQVSRKYLMNKQNNKFIKTNNIIKLEHEIRLIYRKLNNIRNNHIHQTTNKIIKLKPHRVVMEDLNIQGMMKNKHLSKAIQE
QCFYEFIRQMKYKCEWNNIKFIQVDRFYPSSKTCSCCGNVKKDLKLSDRVYKCDKCGLVIDRDYNASINLSNYKIA

 

Blast result :
Comments
ISCbo9 is 72% (TnpB) aa similar to ISBth15.
References
1] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185.