ISCbo8

  • Family IS200/IS605
  • Group IS1341
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_015417 ND Clostridium
Clostridium botulinum type C 08-BKT015925 (p1BKT015925)
DNA section
IS Length : 1404 bp

Ends


Left end : TCGCCACGCACTCTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTGGCGATATATATTATTAAAAATCAATTAAAAATATAATTGATAATATATAGAATATATGTTAA II struct. : Yes
Right end : GAAGTAAGACGACTGTGGATATAGTAGGTAACGAGGTGGGCGAAGCAGTAAATCCTAAAGCAATGAGGGAAGCCTACGACTTTAGTCGTGGGAGGTTCAC II struct. : Yes

Insertion site


Left flankLE cleavage siteRight flankRE cleavage site
TATTTTTTATTGAAAAAGAGGAAAtcac

DNA sequence

TCGCCACGCACTCTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTGGCGATATATATTATTAAAAATCAATTAAAAATATAATTGATAATATATAGAATATATGTTAA
TATATAAATATAAAAGCGATTAAATAATTACAGGAGGTGAAATTGTCAATGTTAAAAGCATTTAAATATAGGATTTATCCTAACGACAGCCAAAAGATTC
AATTATCTAAAACATTTGGATGTGCAAGATTTATTTACAATTACTATTTAGCAAAGAAAATTGATTTATACAAAACAGACGGTAAATTTATATCTAAATA
TGATTGTAATTCACATTGTAATAAAGAATTAAAAAAATCAGAACAATTTAAATGGCTTAAAGATGTTGATAAATTTGCCTTGACTAATTCAATTTATAGT
TTAGATAGTGCATATAAAAAGTTTTTTAAAGAACATTCAGGATTTCCTAAGTTTAAGAGTAAGAAAATACATAATTATTCTTATACAACTAACTTTACAA
ATAATAATATACAAGCTGATTTTATGAATAATAAAATTAAGTTACCTAAATTAAAATGGATTAAATGCAAACTACATAGAAAATTTGAAGGTAAAATTAA
ATCTGCTACAATAAGTCAAGTGCCTAGTGGTAAATACTTTGTAAGCATATTAGTAGATGTAGAAAATATTCAATTACCTAAGAATAATAACCAAATCGCT
TTTGATTTAGGAATTAAAGAATTTTTAATAGATAGTAACAATAATCATATAGATAATCCAAAAACACTATACAAGTATGAACAAAAACTAACCAAATTGC
AAAGACAAATTGCTCATAAAGAAAAAGGTAGTCAAAATTGGATTAAGCAAAGAATTAAAATTGCTAGGTTACATGAGAAAATAACTAATATTAGAAAAGA
TTTTCTAAATAAATTATCATGTCAGATAACCAATGATTATGGAATAATTATTTCAGAAGATTTAAATATTAAAAATATGGTTAAAAATCATCATTTAGCA
AAATCAATAAGTGATGTGTCTTGGGGAGAATTCACAAGACAATTGGCTTATAAATCAGAATGGAAAGGTAGAATTTATCATAAAATTGATCCTTGGTTTG
CTAGTTCTCAACTATGTTCTAATTGTGGATATAAAAACAAAGAAGTAAGGAAATTATCTGTTAGAGAATGGATATGTTCAGAATGTGGAACCATTCATCA
AAGGGATGAAAATGCTAGTAAAAATATTCTTAAGCAAGGATTAAAAGAATTAGAATTACAAATTGCAATATAAAATTTAAATATAACTAGGGTAGGAACT
ATCCGAAGTAAGACGACTGTGGATATAGTAGGTAACGAGGTGGGCGAAGCAGTAAATCCTAAAGCAATGAGGGAAGCCTACGACTTTAGTCGTGGGAGGT
TCAC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1125 bp374 aa1491273+No
ORF function : Accessory Gene
AG : TnpB

ORF sequence :

MLKAFKYRIYPNDSQKIQLSKTFGCARFIYNYYLAKKIDLYKTDGKFISKYDCNSHCNKELKKSEQFKWLKDVDKFALTNSIYSLDSAYKKFFKEHSGFP
KFKSKKIHNYSYTTNFTNNNIQADFMNNKIKLPKLKWIKCKLHRKFEGKIKSATISQVPSGKYFVSILVDVENIQLPKNNNQIAFDLGIKEFLIDSNNNH
IDNPKTLYKYEQKLTKLQRQIAHKEKGSQNWIKQRIKIARLHEKITNIRKDFLNKLSCQITNDYGIIISEDLNIKNMVKNHHLAKSISDVSWGEFTRQLA
YKSEWKGRIYHKIDPWFASSQLCSNCGYKNKEVRKLSVREWICSECGTIHQRDENASKNILKQGLKELELQIAI

 

Blast result :
Comments
ISCbo8 is 69% (TnpB) aa similar to ISHaha8.
References
1] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185