ISCbo8
- Family IS200/IS605
- Group IS1341
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_015417 | ND | Clostridium | Clostridium botulinum type C 08-BKT015925 (p1BKT015925) |
DNA section
IS Length : 1404 bp
Ends
Left end : TCGCCACGCACTCTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTGGCGATATATATTATTAAAAATCAATTAAAAATATAATTGATAATATATAGAATATATGTTAA II struct. : Yes
Right end : GAAGTAAGACGACTGTGGATATAGTAGGTAACGAGGTGGGCGAAGCAGTAAATCCTAAAGCAATGAGGGAAGCCTACGACTTTAGTCGTGGGAGGTTCAC II struct. : Yes
Insertion site
Left flank | LE cleavage site | Right flank | RE cleavage site |
---|---|---|---|
TATTTTTTAT | TGAA | AAAGAGGAAA | tcac |
DNA sequence
TCGCCACGCACTCTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTGGCGATATATATTATTAAAAATCAATTAAAAATATAATTGATAATATATAGAATATATGTTAA
TATATAAATATAAAAGCGATTAAATAATTACAGGAGGTGAAATTGTCAATGTTAAAAGCATTTAAATATAGGATTTATCCTAACGACAGCCAAAAGATTC
AATTATCTAAAACATTTGGATGTGCAAGATTTATTTACAATTACTATTTAGCAAAGAAAATTGATTTATACAAAACAGACGGTAAATTTATATCTAAATA
TGATTGTAATTCACATTGTAATAAAGAATTAAAAAAATCAGAACAATTTAAATGGCTTAAAGATGTTGATAAATTTGCCTTGACTAATTCAATTTATAGT
TTAGATAGTGCATATAAAAAGTTTTTTAAAGAACATTCAGGATTTCCTAAGTTTAAGAGTAAGAAAATACATAATTATTCTTATACAACTAACTTTACAA
ATAATAATATACAAGCTGATTTTATGAATAATAAAATTAAGTTACCTAAATTAAAATGGATTAAATGCAAACTACATAGAAAATTTGAAGGTAAAATTAA
ATCTGCTACAATAAGTCAAGTGCCTAGTGGTAAATACTTTGTAAGCATATTAGTAGATGTAGAAAATATTCAATTACCTAAGAATAATAACCAAATCGCT
TTTGATTTAGGAATTAAAGAATTTTTAATAGATAGTAACAATAATCATATAGATAATCCAAAAACACTATACAAGTATGAACAAAAACTAACCAAATTGC
AAAGACAAATTGCTCATAAAGAAAAAGGTAGTCAAAATTGGATTAAGCAAAGAATTAAAATTGCTAGGTTACATGAGAAAATAACTAATATTAGAAAAGA
TTTTCTAAATAAATTATCATGTCAGATAACCAATGATTATGGAATAATTATTTCAGAAGATTTAAATATTAAAAATATGGTTAAAAATCATCATTTAGCA
AAATCAATAAGTGATGTGTCTTGGGGAGAATTCACAAGACAATTGGCTTATAAATCAGAATGGAAAGGTAGAATTTATCATAAAATTGATCCTTGGTTTG
CTAGTTCTCAACTATGTTCTAATTGTGGATATAAAAACAAAGAAGTAAGGAAATTATCTGTTAGAGAATGGATATGTTCAGAATGTGGAACCATTCATCA
AAGGGATGAAAATGCTAGTAAAAATATTCTTAAGCAAGGATTAAAAGAATTAGAATTACAAATTGCAATATAAAATTTAAATATAACTAGGGTAGGAACT
ATCCGAAGTAAGACGACTGTGGATATAGTAGGTAACGAGGTGGGCGAAGCAGTAAATCCTAAAGCAATGAGGGAAGCCTACGACTTTAGTCGTGGGAGGT
TCAC
TATATAAATATAAAAGCGATTAAATAATTACAGGAGGTGAAATTGTCAATGTTAAAAGCATTTAAATATAGGATTTATCCTAACGACAGCCAAAAGATTC
AATTATCTAAAACATTTGGATGTGCAAGATTTATTTACAATTACTATTTAGCAAAGAAAATTGATTTATACAAAACAGACGGTAAATTTATATCTAAATA
TGATTGTAATTCACATTGTAATAAAGAATTAAAAAAATCAGAACAATTTAAATGGCTTAAAGATGTTGATAAATTTGCCTTGACTAATTCAATTTATAGT
TTAGATAGTGCATATAAAAAGTTTTTTAAAGAACATTCAGGATTTCCTAAGTTTAAGAGTAAGAAAATACATAATTATTCTTATACAACTAACTTTACAA
ATAATAATATACAAGCTGATTTTATGAATAATAAAATTAAGTTACCTAAATTAAAATGGATTAAATGCAAACTACATAGAAAATTTGAAGGTAAAATTAA
ATCTGCTACAATAAGTCAAGTGCCTAGTGGTAAATACTTTGTAAGCATATTAGTAGATGTAGAAAATATTCAATTACCTAAGAATAATAACCAAATCGCT
TTTGATTTAGGAATTAAAGAATTTTTAATAGATAGTAACAATAATCATATAGATAATCCAAAAACACTATACAAGTATGAACAAAAACTAACCAAATTGC
AAAGACAAATTGCTCATAAAGAAAAAGGTAGTCAAAATTGGATTAAGCAAAGAATTAAAATTGCTAGGTTACATGAGAAAATAACTAATATTAGAAAAGA
TTTTCTAAATAAATTATCATGTCAGATAACCAATGATTATGGAATAATTATTTCAGAAGATTTAAATATTAAAAATATGGTTAAAAATCATCATTTAGCA
AAATCAATAAGTGATGTGTCTTGGGGAGAATTCACAAGACAATTGGCTTATAAATCAGAATGGAAAGGTAGAATTTATCATAAAATTGATCCTTGGTTTG
CTAGTTCTCAACTATGTTCTAATTGTGGATATAAAAACAAAGAAGTAAGGAAATTATCTGTTAGAGAATGGATATGTTCAGAATGTGGAACCATTCATCA
AAGGGATGAAAATGCTAGTAAAAATATTCTTAAGCAAGGATTAAAAGAATTAGAATTACAAATTGCAATATAAAATTTAAATATAACTAGGGTAGGAACT
ATCCGAAGTAAGACGACTGTGGATATAGTAGGTAACGAGGTGGGCGAAGCAGTAAATCCTAAAGCAATGAGGGAAGCCTACGACTTTAGTCGTGGGAGGT
TCAC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1125 bp | 374 aa | 149 | 1273 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MLKAFKYRIYPNDSQKIQLSKTFGCARFIYNYYLAKKIDLYKTDGKFISKYDCNSHCNKELKKSEQFKWLKDVDKFALTNSIYSLDSAYKKFFKEHSGFP
KFKSKKIHNYSYTTNFTNNNIQADFMNNKIKLPKLKWIKCKLHRKFEGKIKSATISQVPSGKYFVSILVDVENIQLPKNNNQIAFDLGIKEFLIDSNNNH
IDNPKTLYKYEQKLTKLQRQIAHKEKGSQNWIKQRIKIARLHEKITNIRKDFLNKLSCQITNDYGIIISEDLNIKNMVKNHHLAKSISDVSWGEFTRQLA
YKSEWKGRIYHKIDPWFASSQLCSNCGYKNKEVRKLSVREWICSECGTIHQRDENASKNILKQGLKELELQIAI
KFKSKKIHNYSYTTNFTNNNIQADFMNNKIKLPKLKWIKCKLHRKFEGKIKSATISQVPSGKYFVSILVDVENIQLPKNNNQIAFDLGIKEFLIDSNNNH
IDNPKTLYKYEQKLTKLQRQIAHKEKGSQNWIKQRIKIARLHEKITNIRKDFLNKLSCQITNDYGIIISEDLNIKNMVKNHHLAKSISDVSWGEFTRQLA
YKSEWKGRIYHKIDPWFASSQLCSNCGYKNKEVRKLSVREWICSECGTIHQRDENASKNILKQGLKELELQIAI
Blast result :
Comments
ISCbo8 is 69% (TnpB) aa similar to ISHaha8.
References
1] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185