ISLho3
- Family IS4
- Group ISPepr1
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| ND | Lactobacillus hokkaidonensis | Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260 |
DNA section
IS Length : 1562 bp
Ends
IR Length : 14
IRL : CTAAAGGTTGAAAGTTAATTATTCCTAATTAGCCCCGTTAATTCGGGGCT
IRR : CTAAAGGTTGAAAGCACAAAAAGAGCTGTCAGCTTAGGCGTGATAACGAA
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TAAGTTAATT | ACAGTAAA | CAATACAGGA | 8 |
| AAGTTTAACC | TTAATAA | TCAAAATCAG | 7 |
| GCATTAAAGA | ATACAA | TTAATACTAT | 6 |
DNA sequence
CTAAAGGTTGAAAGTTAATTATTCCTAATTAGCCCCGTTAATTCGGGGCTTTTTCGTATAAAAATAGACACGAATCACTCCATGTCGGTATAATTGAATT
ACCACAAAACAATATACGAAGGAGTTTTCGTGTCATGTCTACTATACAACATTCTGCTACTGATATTCACCTTGCAATGCAACATTTTACCAAATTGGTA
CACTTACCTGTCATTCTTCGACGGGCAAATATTCATAAGACTCGTGGAATTGGAGTCCCAATCCTGTTTGAATGGTTAATTACCACCATTTTTGCTCGTT
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TTTTCTTCACCGCGCATGTTTTTTGAGCTTTTGCAGCGCGGCCAATTTGGCATTGGCATGTTAAAACGCAGTAAAAAAGTATATTTTCGCTATCGTGGTC
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TTAAGGACTAAATTCGTTATCACGCCTAAGCTGACAGCTCTTTTTGTGCTTTCAACCTTTAG
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TTAAGGACTAAATTCGTTATCACGCCTAAGCTGACAGCTCTTTTTGTGCTTTCAACCTTTAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1356 bp | 451 aa | 135 | 1490 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSTIQHSATDIHLAMQHFTKLVHLPVILRRANIHKTRGIGVPILFEWLITTIFARYSISRAQRNPKFTKKTVRNCLNDSHTNWQKLVILLAIYLIQYVEH
FTDARRAQAFILDDSLFKREFSKKTELLSKVFDHDKQKFYRGFRGLTLGWSDGNTFLPVNFALMSSNNSKNRFNQLKHFDCRSLAAKRRFQAQRKMNDVA
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VVDALNWLMEQLSGLGEALGSAESIINEIFDHFMQTLPNNLIQLLDTTNRC
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Blast result :
Comments
ISLho3 is 64% aa similar to ISLre1.
3 copies were found in the chromosome of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260.
3 copies were found in the chromosome of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260.
References
1] Tanizawa Y, Tohono M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M (2014) Genome sequencing and comparative genomics of psychrotrophic Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260T (on preparation)