ISCca6
- Family IS1634
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Candidatus Cardinium | Candidatus Cardinium hertigii BtQ-VLC Cardinium endosymbiont cBtQ1 of Bemisia tabaci plasmid pCHV |
DNA section
IS Length : 1961 bp
Ends
IR Length : 17
IRL : CTCACATTCCGCACCAGTATTGTATTTTAGATTAGATTAAAATTTTGTAA
IRR : CTCACATTCCGCACCAGATAAAAATATTCTTCGCATGAAAAATGTTGAGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GACTTAATCA | TGAAACCCTA | 0 | |
TAAAGGTAAA | TTAGAAGTAT | 0 |
DNA sequence
CTCACATTCCGCACCAGTATTGTATTTTAGATTAGATTAAAATTTTGTAAGATATTAGGTTTAAACTTCTTTTGTTTATTTTAGGAGTATTTAGTAATGT
TACAAGAAGATCAAATTGTAGGGAGCTTAGTACTAGATCATTTAGGTATCATTTCCAGTGTAATAGATAAAATTGGCTTGATGTCAAAAATAGATGCACG
TCTTCCAGTCTCCCAAGAAAAAGGAGCTAAGCTAACTATGGGTGAGCGTGTATCTGCAATGATACTAAATGGCTTAGGCTTTATGGACGATCGTCTTTAT
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ATGCTATTTCAGATTATGGTCCCACTAATCTTTTTTCAGAAGTAGCTTTTGAGATTGGTACAGCATTTAACTTATTGGGTAAAACCGCCCGTTTAGATAC
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TGAAAAGTGTGTTATAGAAAATCCAGCTATCCATTGGCTTTCAAGGGTTCCTGGTAGTATTAACCAATCTAAAGTCTATCTACAAAAAAGTGACAAAGAT
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TAAACCTGATGGAGAAAAAGCACTTACTTTTATCAGTAAATCGATTAAATATCATGAATTGCTCATCACTCAAGTGAAAGAAATTACTAAATATAATGGC
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AACAGGGAAGATTTATTTTAGCTACCAATGAACTGGATAACAAAGTTTTAACAGATCATGACATATTACTAGAGTATAAAGATCAGTACAAAACAGAACA
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CTATGATATGGGTATCTCGTCTATTTTATGGTATTCATGAACTGCACCTGAAATTTAAAGGGTATATAAAAAAGTATGTAATTAACTTAAAGAAGGTAAC
TAAACAGATTATAAGCTATTTTGGACCAAAAGCCATGGCTATTTATGGATTAAAAACAAATGTGTAGTTTTTTAGGGGAGAAGTCTGTCCTTTTTGGAAA
AAAAGATAAAAATATTGGTTTACAATCAATAAATACAGTTGTTAAGTCATTATACAGCTTAACCAAATACAATAAAACATTCCAAAAATTACAAAAAAAG
AAAATAAATGAACTCAACATTTTTCATGCGAAGAATATTTTTATCTGGTGCGGAATGTGAG
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AAAATAAATGAACTCAACATTTTTCATGCGAAGAATATTTTTATCTGGTGCGGAATGTGAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1671 bp | 556 aa | 97 | 1767 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLQEDQIVGSLVLDHLGIISSVIDKIGLMSKIDARLPVSQEKGAKLTMGERVSAMILNGLGFMDDRLYMFPEFLSNKPVDKLFRPDVRSDMFNDHALGRC
LDAISDYGPTNLFSEVAFEIGTAFNLLGKTARLDTTTLTVFGEYDHPTLDSKSDNQTNEFKISHGYSKDGRPDLKQMVLNIATTGAKSFPIWMEAHKGNA
SDKIILQQSAKRMSAFCKQLKAAPAFLFVSDSAMYEKCVIENPAIHWLSRVPGSINQSKVYLQKSDKDITWQILENGYKISSFRQVYKGVDQRWLLVYSE
QSYNKEVATLERKIDNEYDSMRKVIDKFENQLFSCKPDGEKALTFISKSIKYHELLITQVKEITKYNGQGRPKQGAQPTIIGYNLSIEMVPNRSKIDLLK
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PTMIWVSRLFYGIHELHLKFKGYIKKYVINLKKVTKQIISYFGPKAMAIYGLKTNV
Blast result :
Comments
ISCca6 is 56% aa similar to ISMth2.
References
1] Santos-Garcia D, Rollat-Farnier PA, Beitia F, Zchori-Fein E, Vavre F, Mouton L, Moya A, Latorre A, Silva FJ. (2014) Genome Biol Evol. Apr 10
2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission
2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission