ISCca6

  • Family IS1634
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
ND Candidatus Cardinium
Candidatus Cardinium hertigii BtQ-VLC
Cardinium endosymbiont cBtQ1 of Bemisia tabaci plasmid pCHV
DNA section
IS Length : 1961 bp

Ends


IR Length : 17

IRL : CTCACATTCCGCACCAGTATTGTATTTTAGATTAGATTAAAATTTTGTAA
IRR : CTCACATTCCGCACCAGATAAAAATATTCTTCGCATGAAAAATGTTGAGT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
GACTTAATCATGAAACCCTA0
TAAAGGTAAATTAGAAGTAT0

DNA sequence

CTCACATTCCGCACCAGTATTGTATTTTAGATTAGATTAAAATTTTGTAAGATATTAGGTTTAAACTTCTTTTGTTTATTTTAGGAGTATTTAGTAATGT
TACAAGAAGATCAAATTGTAGGGAGCTTAGTACTAGATCATTTAGGTATCATTTCCAGTGTAATAGATAAAATTGGCTTGATGTCAAAAATAGATGCACG
TCTTCCAGTCTCCCAAGAAAAAGGAGCTAAGCTAACTATGGGTGAGCGTGTATCTGCAATGATACTAAATGGCTTAGGCTTTATGGACGATCGTCTTTAT
ATGTTCCCCGAATTCTTATCCAATAAACCAGTTGATAAGTTATTTCGACCTGATGTTAGATCAGATATGTTTAATGACCATGCTTTAGGTCGATGTTTAG
ATGCTATTTCAGATTATGGTCCCACTAATCTTTTTTCAGAAGTAGCTTTTGAGATTGGTACAGCATTTAACTTATTGGGTAAAACCGCCCGTTTAGATAC
AACTACCTTAACTGTTTTTGGAGAATATGACCATCCAACATTAGATTCAAAAAGTGATAATCAAACTAATGAATTTAAAATTAGCCATGGTTATTCCAAA
GATGGAAGGCCAGATTTAAAACAAATGGTGCTTAATATAGCTACTACAGGGGCAAAATCTTTTCCTATTTGGATGGAAGCCCACAAAGGGAACGCTTCTG
ATAAAATTATTTTACAACAATCAGCTAAACGGATGAGCGCATTTTGTAAACAACTCAAAGCAGCTCCTGCTTTTTTATTTGTATCAGATAGTGCTATGTA
TGAAAAGTGTGTTATAGAAAATCCAGCTATCCATTGGCTTTCAAGGGTTCCTGGTAGTATTAACCAATCTAAAGTCTATCTACAAAAAAGTGACAAAGAT
ATCACGTGGCAAATATTGGAGAACGGATACAAAATTAGCTCCTTTAGACAAGTATACAAGGGTGTAGACCAACGCTGGTTATTAGTATACTCAGAACAAT
CTTATAATAAAGAAGTAGCTACATTGGAGCGTAAGATTGATAATGAATACGATAGTATGCGTAAAGTTATTGATAAATTTGAAAATCAATTATTTTCATG
TAAACCTGATGGAGAAAAAGCACTTACTTTTATCAGTAAATCGATTAAATATCATGAATTGCTCATCACTCAAGTGAAAGAAATTACTAAATATAATGGC
CAAGGCAGGCCTAAGCAAGGTGCTCAACCTACCATCATAGGCTATAATTTGTCTATTGAAATGGTACCCAATAGATCCAAAATAGATCTATTAAAAGCCC
AACAGGGAAGATTTATTTTAGCTACCAATGAACTGGATAACAAAGTTTTAACAGATCATGACATATTACTAGAGTATAAAGATCAGTACAAAACAGAACA
AGGATTTAGGTTTATTAAAGGAAATGCATTTGAGGTATCTTCTGTTTTTCTAAAAAAAGCAAGTCGTATACAAGCCTTAATGATGGTTATGACGCTATGT
CTAATGGTCTACAGCTTTAGTGAGCTTTGGTTACATCAATCTTTGGTACAGCATAATGCTACTGTTCCTAATCAACTCAAGAAACCAACACAAAAGCCAA
CTATGATATGGGTATCTCGTCTATTTTATGGTATTCATGAACTGCACCTGAAATTTAAAGGGTATATAAAAAAGTATGTAATTAACTTAAAGAAGGTAAC
TAAACAGATTATAAGCTATTTTGGACCAAAAGCCATGGCTATTTATGGATTAAAAACAAATGTGTAGTTTTTTAGGGGAGAAGTCTGTCCTTTTTGGAAA
AAAAGATAAAAATATTGGTTTACAATCAATAAATACAGTTGTTAAGTCATTATACAGCTTAACCAAATACAATAAAACATTCCAAAAATTACAAAAAAAG
AAAATAAATGAACTCAACATTTTTCATGCGAAGAATATTTTTATCTGGTGCGGAATGTGAG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1671 bp556 aa971767+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MLQEDQIVGSLVLDHLGIISSVIDKIGLMSKIDARLPVSQEKGAKLTMGERVSAMILNGLGFMDDRLYMFPEFLSNKPVDKLFRPDVRSDMFNDHALGRC
LDAISDYGPTNLFSEVAFEIGTAFNLLGKTARLDTTTLTVFGEYDHPTLDSKSDNQTNEFKISHGYSKDGRPDLKQMVLNIATTGAKSFPIWMEAHKGNA
SDKIILQQSAKRMSAFCKQLKAAPAFLFVSDSAMYEKCVIENPAIHWLSRVPGSINQSKVYLQKSDKDITWQILENGYKISSFRQVYKGVDQRWLLVYSE
QSYNKEVATLERKIDNEYDSMRKVIDKFENQLFSCKPDGEKALTFISKSIKYHELLITQVKEITKYNGQGRPKQGAQPTIIGYNLSIEMVPNRSKIDLLK
AQQGRFILATNELDNKVLTDHDILLEYKDQYKTEQGFRFIKGNAFEVSSVFLKKASRIQALMMVMTLCLMVYSFSELWLHQSLVQHNATVPNQLKKPTQK
PTMIWVSRLFYGIHELHLKFKGYIKKYVINLKKVTKQIISYFGPKAMAIYGLKTNV

 

Blast result :
Comments
ISCca6 is 56% aa similar to ISMth2.
References
1] Santos-Garcia D, Rollat-Farnier PA, Beitia F, Zchori-Fein E, Vavre F, Mouton L, Moya A, Latorre A, Silva FJ. (2014) Genome Biol Evol. Apr 10

2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission