ISCca8
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Candidatus Cardinium | Candidatus Cardinium hertigii BtQ-VLC
Cardinium endosymbiont cBtQ1 of Bemisia tabaci plasmid pCHV |
DNA section
IS Length : 836 bp
Ends
IR Length : 15
IRL : GGTTCTGTCGCATCTGTGTAAAAAAAGGATTAAATTTAGGTTTTAGTTTA
IRR : GGCTCTGTCGCATCTATATTTAATTTTTCTTAGCTTTCCTCCTTGTCTTC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GAAAAAATCG | TCAAAAATGC | 0 |
DNA sequence
GGTTCTGTCGCATCTGTGTAAAAAAAGGATTAAATTTAGGTTTTAGTTTAAAACTTTAGTTTCTATGTTTACTATTACGCGCGGATTACTGCCATATTTT
AAAGGATTTTGTTCTTCACCTGAGTTAATCTTGCTATTTGTGTACATGAAATGTCGATTTTCTTTAAGCTATAGAGATCTGGAAGAGATGATGCATATTA
GATGCGCAAAGATTGATCGCTCTACTTTACAAAGATGGGTTATTAAGTTTGTTCCGCTCATAGATAAAGAAGTAAGAAAAAAGAAAAACGCTAAGTTAGT
AGTAGTTGGAGAATGGATGAAAACTTATGTAAAGTTAAATGGTAAGTGGATCTATTTATATAGAGCAGTAGATCGTTATGGAGATACGGTTGACTTTTTT
CTAAGTGAACGTAGAGACAATTCTTCAGCTATTTCTTTTTTTAGTAAGGTTATCACCGATAATAATATTCCATATAAAATAGTAGTTGATAAAAGTGGTA
GTAATAAGGGTGCTCTTGATGCTTTAAACACAGAATTAGATCAAGAGCATAAGATTCAAATATTTCAAAATAAATACTTGAATAATAGAGTCGAACAAGA
TCATAGGTTTATCAAAAAACGGATAAAACCCATGCTAGGGTTTAAGAGTTTCCATTCTGCTGTTATTACTATAAAAAGGATAGAAAACATTAGAATAATT
CAAAAGGGACAAATAATCGGATCTAAAAAACAGGTATCTACTTTTGATAACTTTTCTAAACTTATGGCCGCATAATATCCAAAATTGAAGACAAGGAGGA
AAGCTAAGAAAAATTAAATATAGATGCGACAGAGCC
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CAAAAGGGACAAATAATCGGATCTAAAAAACAGGTATCTACTTTTGATAACTTTTCTAAACTTATGGCCGCATAATATCCAAAATTGAAGACAAGGAGGA
AAGCTAAGAAAAATTAAATATAGATGCGACAGAGCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
711 bp | 236 aa | 65 | 775 | + | No |
Description :
ORF sequence :
MFTITRGLLPYFKGFCSSPELILLFVYMKCRFSLSYRDLEEMMHIRCAKIDRSTLQRWVIKFVPLIDKEVRKKKNAKLVVVGEWMKTYVKLNGKWIYLYR
AVDRYGDTVDFFLSERRDNSSAISFFSKVITDNNIPYKIVVDKSGSNKGALDALNTELDQEHKIQIFQNKYLNNRVEQDHRFIKKRIKPMLGFKSFHSAV
ITIKRIENIRIIQKGQIIGSKKQVSTFDNFSKLMAA
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ITIKRIENIRIIQKGQIIGSKKQVSTFDNFSKLMAA
Blast result :
Comments
ISCca8 is 88% aa similar to ISCca2.
References
1] Santos-Garcia D, Rollat-Farnier PA, Beitia F, Zchori-Fein E, Vavre F, Mouton L, Moya A, Latorre A, Silva FJ. (2014) Genome Biol Evol. Apr 10
2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission
2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission