ISCca5

  • Family IS5
  • Group IS5
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
HG422566 Y Cardinium endosymbiont
Candidatus Cardinium hertigii BtQ-VLC
Cardinium endosymbiont cBtQ1 of Bemisia tabaci plasmid pCHV
DNA section
IS Length : 1553 bp

Ends


IR Length : 15

IRL : GTCGGCCCTGAAATACCATATAATTATTTGTTAATCAGCAAATAAATGGT
IRR : GTCGGCCCTGAAATATTATTTTTGAATAAATTTATTGAATGGATCTTTTT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTTTGTTTTTTAATTATCTTTAACAG6
TCTACAACCATACTTATTAAATTAAA6
AGAATATTAATAAATAAGTTGACCTA6
ATCTATATACTATTTATAATCAAATT6
GAATTACGAATAAGTAGAGTAAGGAA6
GAGTTCTGAGTAGTTAGAGTAGATGG6
GAATCTCCACTAGGTATGCAAAAAAC6
TTTTCAAATTTAATTAAAAAATGTGC6
TTAAGTAGCCTAAATAAATGCTTAAG6
AGTTTTTCTTTACTTAATTTGAATGT6
TTAAATGTATTATTTAAACGTTTCGT6
GCAACCTATCTAAATAGCCATC2
ATAGCCTAAATAAGTAGAGTGG2
CAAAGTAAAGTATTTATTTGTT2
ATTATTTAATTAAATAATCGTG2
AACATCTAAATAAGTAGAATCA2
TAGTATTAATTATTTAAAGCAT2
ATCATCTAAATATTTACAAAAC2
AATTATTTTCTAATTATTTTCTAATTATTTTCTAATTATTTTCTAATTATTTTCTAATTATTTTCTAATC50

DNA sequence

GTCGGCCCTGAAATACCATATAATTATTTGTTAATCAGCAAATAAATGGTTAAATTTATATATGGTTAATAACCAGTTTTTAGGTTGTTTTGTATAAAAA
GCTTGCAAAATAAGGATGAAATCTAAGAAAATAAATAATAGCCTTGAGCGTTTGTTTGAGCAACGCTTATCTAGTTTTCTCAACCCGAAACATCCATTAT
TCCAGTTATCTGATTCGATTCCTTTTCACTCCTTAGCATCAGATTTAGACCGCGGTTTTAGCTATGGACCTGGTCAACCTCCTTTGCCTATTCGTTTAAT
TATAGGTCTTCTCATTATCAGTCATATGTATAATATTTCTGATGAACAAGTAGTGGTTAGATGGGTAGAAAACCCTTATTGGCAATACTTTTGTGGATAT
GATTATTTTCAGTTTAAGATGCCTTGTAACCCCAGTTCATTGACCCGTTGGCGCCATAGATTAGGTCAAGAAGGTCTCAATAAGATTTTATCTATGACTA
TAGACTTAGCGCTAAAAAAAAAAGTACTGACCCGAAAAGAACTTGAAAAAGTTATAGCTGATACTACTGTAATGGAGAAAAATATCCGTTACCCAACTGA
CTCTTCTTTGCTTAATAAATCCAGAGAAAAATTGGTCAGTATAGCCAAGAAAACAGGTATTAAACTGCGTCAAACTTATCAGCGTTTAGGTCTATCTATC
AAACGTAAAGTTGATTGCTATGCTCATGCTAAACAGTATAAACGTTTATCTAAAGGCATTAAAACATTAAAAACCTATCTTGGTAGAGTAGTCAGAGATG
TAGAACGTTCTATACAATCCTCTGATGATCTAATACGGAATCAATTTACCAATCTACTATCTATAAGTAAAAAACTTATAAACCAATCAAAAAAAAGTAA
AGATAAAATTTATAGCATCCATGAACCATCCGTCTACTGTGTAAGTAAAGGTAAGTCTAAACATCCTTATGAGTTTGGTTGCAAGGTACAATTTACAGTA
ACGCATAAAAAAGGTTTAATTGTTTCAACAGAAGCAATACATCCTAATGCTTACGATGGCCATACTTTGCAGAAGAGTTTATTACAAGCCGAGCAATTAT
CTGGTACCAAAGTAAAGTATGCTTTTGTAGATAAAGCCTACCGGGGTAATAATATACCTGTTAGTGAATGTAATATATTTATAAGTGGTTCTAAAAGGGG
AATAACGCCTGCTCTAAAAAAAGCTATAAAAAGAAGATCTTCTATTGAACCGCATATTGGTCATATGAAATCCGATGGTAAATTATCTGTTAACTATTTG
AAAGGTATTCTAGGAGATAAACTTAACGTTATTTTATGTGCTATTGCTCATAACCTACGACTGATTACAAGAAAGTTATTCTTAACACACTCACAATCAC
ATAAATTAAAAACCTATATAATTAAAATTCTTAATCCAAAACCAGTTATACCTATATCTTGGGTAGGAAAAATAGAGCGCCTGCTAAACCATAAATATTG
TAAAAAAAGATCCATTCAATAAATTTATTCAAAAATAATATTTCAGGGCCGAC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1407 bp468 aa1161522+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MKSKKINNSLERLFEQRLSSFLNPKHPLFQLSDSIPFHSLASDLDRGFSYGPGQPPLPIRLIIGLLIISHMYNISDEQVVVRWVENPYWQYFCGYDYFQF
KMPCNPSSLTRWRHRLGQEGLNKILSMTIDLALKKKVLTRKELEKVIADTTVMEKNIRYPTDSSLLNKSREKLVSIAKKTGIKLRQTYQRLGLSIKRKVD
CYAHAKQYKRLSKGIKTLKTYLGRVVRDVERSIQSSDDLIRNQFTNLLSISKKLINQSKKSKDKIYSIHEPSVYCVSKGKSKHPYEFGCKVQFTVTHKKG
LIVSTEAIHPNAYDGHTLQKSLLQAEQLSGTKVKYAFVDKAYRGNNIPVSECNIFISGSKRGITPALKKAIKRRSSIEPHIGHMKSDGKLSVNYLKGILG
DKLNVILCAIAHNLRLITRKLFLTHSQSHKLKTYIIKILNPKPVIPISWVGKIERLLNHKYCKKRSIQ

 

Blast result :
Comments
ISCca5 is 66% aa similar to ISRso9.
References
1] Santos-Garcia D, Rollat-Farnier PA, Beitia F, Zchori-Fein E, Vavre F, Mouton L, Moya A, Latorre A, Silva FJ. (2014) Genome Biol Evol. Apr 10

2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission