ISCca5
- Family IS5
- Group IS5
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
HG422566 | Y | Cardinium endosymbiont | Candidatus Cardinium hertigii BtQ-VLC Cardinium endosymbiont cBtQ1 of Bemisia tabaci plasmid pCHV |
DNA section
IS Length : 1553 bp
Ends
IR Length : 15
IRL : GTCGGCCCTGAAATACCATATAATTATTTGTTAATCAGCAAATAAATGGT
IRR : GTCGGCCCTGAAATATTATTTTTGAATAAATTTATTGAATGGATCTTTTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTTGTTTTT | TAATTA | TCTTTAACAG | 6 |
TCTACAACCA | TACTTA | TTAAATTAAA | 6 |
AGAATATTAA | TAAATA | AGTTGACCTA | 6 |
ATCTATATAC | TATTTA | TAATCAAATT | 6 |
GAATTACGAA | TAAGTA | GAGTAAGGAA | 6 |
GAGTTCTGAG | TAGTTA | GAGTAGATGG | 6 |
GAATCTCCAC | TAGGTA | TGCAAAAAAC | 6 |
TTTTCAAATT | TAATTA | AAAAATGTGC | 6 |
TTAAGTAGCC | TAAATA | AATGCTTAAG | 6 |
AGTTTTTCTT | TACTTA | ATTTGAATGT | 6 |
TTAAATGTAT | TATTTA | AACGTTTCGT | 6 |
GCAACCTATC | TA | AATAGCCATC | 2 |
ATAGCCTAAA | TA | AGTAGAGTGG | 2 |
CAAAGTAAAG | TA | TTTATTTGTT | 2 |
ATTATTTAAT | TA | AATAATCGTG | 2 |
AACATCTAAA | TA | AGTAGAATCA | 2 |
TAGTATTAAT | TA | TTTAAAGCAT | 2 |
ATCATCTAAA | TA | TTTACAAAAC | 2 |
AATTATTTTC | TAATTATTTTCTAATTATTTTCTAATTATTTTCTAATTATTTTCTAATTA | TTTTCTAATC | 50 |
DNA sequence
GTCGGCCCTGAAATACCATATAATTATTTGTTAATCAGCAAATAAATGGTTAAATTTATATATGGTTAATAACCAGTTTTTAGGTTGTTTTGTATAAAAA
GCTTGCAAAATAAGGATGAAATCTAAGAAAATAAATAATAGCCTTGAGCGTTTGTTTGAGCAACGCTTATCTAGTTTTCTCAACCCGAAACATCCATTAT
TCCAGTTATCTGATTCGATTCCTTTTCACTCCTTAGCATCAGATTTAGACCGCGGTTTTAGCTATGGACCTGGTCAACCTCCTTTGCCTATTCGTTTAAT
TATAGGTCTTCTCATTATCAGTCATATGTATAATATTTCTGATGAACAAGTAGTGGTTAGATGGGTAGAAAACCCTTATTGGCAATACTTTTGTGGATAT
GATTATTTTCAGTTTAAGATGCCTTGTAACCCCAGTTCATTGACCCGTTGGCGCCATAGATTAGGTCAAGAAGGTCTCAATAAGATTTTATCTATGACTA
TAGACTTAGCGCTAAAAAAAAAAGTACTGACCCGAAAAGAACTTGAAAAAGTTATAGCTGATACTACTGTAATGGAGAAAAATATCCGTTACCCAACTGA
CTCTTCTTTGCTTAATAAATCCAGAGAAAAATTGGTCAGTATAGCCAAGAAAACAGGTATTAAACTGCGTCAAACTTATCAGCGTTTAGGTCTATCTATC
AAACGTAAAGTTGATTGCTATGCTCATGCTAAACAGTATAAACGTTTATCTAAAGGCATTAAAACATTAAAAACCTATCTTGGTAGAGTAGTCAGAGATG
TAGAACGTTCTATACAATCCTCTGATGATCTAATACGGAATCAATTTACCAATCTACTATCTATAAGTAAAAAACTTATAAACCAATCAAAAAAAAGTAA
AGATAAAATTTATAGCATCCATGAACCATCCGTCTACTGTGTAAGTAAAGGTAAGTCTAAACATCCTTATGAGTTTGGTTGCAAGGTACAATTTACAGTA
ACGCATAAAAAAGGTTTAATTGTTTCAACAGAAGCAATACATCCTAATGCTTACGATGGCCATACTTTGCAGAAGAGTTTATTACAAGCCGAGCAATTAT
CTGGTACCAAAGTAAAGTATGCTTTTGTAGATAAAGCCTACCGGGGTAATAATATACCTGTTAGTGAATGTAATATATTTATAAGTGGTTCTAAAAGGGG
AATAACGCCTGCTCTAAAAAAAGCTATAAAAAGAAGATCTTCTATTGAACCGCATATTGGTCATATGAAATCCGATGGTAAATTATCTGTTAACTATTTG
AAAGGTATTCTAGGAGATAAACTTAACGTTATTTTATGTGCTATTGCTCATAACCTACGACTGATTACAAGAAAGTTATTCTTAACACACTCACAATCAC
ATAAATTAAAAACCTATATAATTAAAATTCTTAATCCAAAACCAGTTATACCTATATCTTGGGTAGGAAAAATAGAGCGCCTGCTAAACCATAAATATTG
TAAAAAAAGATCCATTCAATAAATTTATTCAAAAATAATATTTCAGGGCCGAC
GCTTGCAAAATAAGGATGAAATCTAAGAAAATAAATAATAGCCTTGAGCGTTTGTTTGAGCAACGCTTATCTAGTTTTCTCAACCCGAAACATCCATTAT
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TAAAAAAAGATCCATTCAATAAATTTATTCAAAAATAATATTTCAGGGCCGAC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1407 bp | 468 aa | 116 | 1522 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKSKKINNSLERLFEQRLSSFLNPKHPLFQLSDSIPFHSLASDLDRGFSYGPGQPPLPIRLIIGLLIISHMYNISDEQVVVRWVENPYWQYFCGYDYFQF
KMPCNPSSLTRWRHRLGQEGLNKILSMTIDLALKKKVLTRKELEKVIADTTVMEKNIRYPTDSSLLNKSREKLVSIAKKTGIKLRQTYQRLGLSIKRKVD
CYAHAKQYKRLSKGIKTLKTYLGRVVRDVERSIQSSDDLIRNQFTNLLSISKKLINQSKKSKDKIYSIHEPSVYCVSKGKSKHPYEFGCKVQFTVTHKKG
LIVSTEAIHPNAYDGHTLQKSLLQAEQLSGTKVKYAFVDKAYRGNNIPVSECNIFISGSKRGITPALKKAIKRRSSIEPHIGHMKSDGKLSVNYLKGILG
DKLNVILCAIAHNLRLITRKLFLTHSQSHKLKTYIIKILNPKPVIPISWVGKIERLLNHKYCKKRSIQ
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DKLNVILCAIAHNLRLITRKLFLTHSQSHKLKTYIIKILNPKPVIPISWVGKIERLLNHKYCKKRSIQ
Blast result :
Comments
ISCca5 is 66% aa similar to ISRso9.
References
1] Santos-Garcia D, Rollat-Farnier PA, Beitia F, Zchori-Fein E, Vavre F, Mouton L, Moya A, Latorre A, Silva FJ. (2014) Genome Biol Evol. Apr 10
2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission
2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission