ISFsi1
- Family IS1380
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_015672 | ND | Flexistipes sinusarabici | Flexistipes sinusarabici DSM 4947 |
DNA section
IS Length : 1619 bp
Ends
IR Length : 20/27
IRL : CTTTAAGATTGCATTAGGAGTTGCAAGCCACCTTTAAGATGTTGTAGATT
IRR : CTTTAATTTTGCATTAGAAAATAACAAACTCCGATTTTGATATTTTTCCT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CCAGCTATCTCAAAC | AATTT | AATTGACTTTTAATG | 5 |
TTTGTCTCCAAAAAA | TATGT | AAGCCTTCTTGATTA | 5 |
TTACACAATTGAATG | TTTAA | AATTTGATTTGACCC | 5 |
AAAATTGTTGCTTTA | TCAAA | TTTCCAGCTTGACAT | 5 |
TATTGCTTTTTTACG | GTTAA | TACTGTCATTGCAGG | 5 |
ATGCTACACTCACAA | TTTTT | CTCTTCACATTTTTC | 5 |
AATATTAAGAATTTAT | GTTT | ACATTAAACTGTAAAA | 4 |
ATTCCTAAATTTTCC | AAAAA | TGGTTGACAATAAAG | 5 |
TTTCGTTAGTTTCTG | AAGGA | GGAGGCAATTGTTAT | 5 |
TTAAGAGGTTGCCAA | AATTA | GTAATCTCTTGAAAA | 5 |
AGACCTCATTATGAA | CTCCT | GTATTGACTTTCATA | 5 |
TTCACTATCTCCCCG | TTTCA | CTATTTCACCACCTC | 5 |
AACGACATAACGAAC | CTTGC | TTACTGCCTTGTTAT | 5 |
GTCTCCCAAGTATTT | AATCT | GGTTTTTTTTGACTT | 5 |
TGCAGAACTCCCGGC | ATATA | GATTGTCCGGCTCTC | 5 |
GTAATATTTTTTAAA | AATAT | TGACTGATTAACAAT | 5 |
ATTATCTGCACACGCTTTAC | CTATTACACCTTTATTTACC | 0 | |
AGTTCTTACTCCCGCATTTA | CTTTACAAAAAGCTTGACAA | 0 | |
TCATAGCAGGCTTTCAAATC | ATTTACTTCCACTTTGCATT | 0 | |
GCTCCTTTATCAAGAAAATA | TGATGTTGTCTTATTGCAAA | 0 | |
TTTTGCGGCTGAATTCTTTA | ATACCAAATTTTGTTGACAG | 0 | |
AGCTACAACAGAATATTCAA | GCAAAATTAAAGGTTGACAT | 0 | |
CTACTTCGATATTCTGATGT | AAAATAATTACACTTTATTT | 0 | |
CGATTGGCAGCTATGTAAAT | AAAAAATTATCACTTGTAAA | 0 | |
TATTGAAGATGAAGGGCGAG | TTTCAAAAAATGCTTGACTT | 0 | |
GAGAAACTAGATAACTATTT | TCCTGAGAGGAAATTGAGTG | 0 | |
CGAAAGCTTTTCTTCATAAT | AGCTATGAATTTATTGACAA | 0 |
DNA sequence
CTTTAAGATTGCATTAGGAGTTGCAAGCCACCTTTAAGATGTTGTAGATTAAGGTTTTAAGAAAACAAAAACCACAACCAAAAAGGTGACTTACAATGAG
CAAACTAAACTACAAATTAGAAAGAAGCAATGATAAAATTACCCCATTTGGTGGAATATCTTTGTTAATCCCACTGTTAGATAAGATGGGCATCCGAGAT
TTCCTTGATAAAGAACTTGATCATCCAGGCTCTAACAGAGGCAAACCGCCATCTTCTAAAATAATTCCTGTTATTCTATCGATGATATGCGGTGGCAGGA
GTTTCAGTGATATCGACAAACTTTCTTTTGATAAGGTTTTAAGCTATATCAGCGGTATTGAAGATATCCCGGATAGTTCCAGCATCAGTAGGTATTTTTC
AAAAACAGAAAGCATGTTGGATGAAGTAGCAGTTAATAAAACAATCAGCAAACTGGGCAGTCTCAACTATAAAATAGTGAAAGATGCTTTAAAAAGAGAA
AATTTATTTTCAGTTACTCTGGATCAGGACGCCACTTATGCAAAGGTGTATAAAAGGGATGCCAAGTATTGTTATAAGAAATTTAAAGCATACAGTTCTA
TGACGTGTTTTATAGGAGAGAGCGGTTATTGTATAGACGAGGAATTTCGGGAAGGCAATGTAAGTGCCCAGGTTGGCATACTTGAACAGCTTCAGAGAGT
CCATAAATATCTTGAATCTTGTGGTATAGAAGTATCCAATGTTCGTAATGATTCTGCCGGTTACCAATCTAAAGTATTGAATTACTGTTTTGATAACGAT
TTAACGTTTTTTATAGGAGGTGACCTTGATAGTTCAGTTCGTAAAGGAATAAATCATATACCATCTGATTCATGGAAAAGATATAGAAATAGGTATGGAG
ATGAAAGCGATAATGAGGAAATAGCAGAGTTTATTCACTGTATGGAAAACACTAAGGAGAGTTTCCGTATAATAGTTGTTCGTAAGAAAATTGAGTCAGA
CAACCCCACAGTTCCGGAGCTTCTTGGTGATAAATATGAATATCGTGTTATTGCAACTAATTCAAAACTGGATGCAGAAAAGGTGGTACATTTTTATAAT
TTGCGCGGTGTTTGTGAATACAATATAAAAGAAGCAAAGTATGGTTTTAATTTAAAAAGCTTTCCTTCGGGTAATCTTGCGGGTAACGGCTTATGGTTTA
AGACAGGAATACTGGCATATAATCTGATTATGTACCTCAAACGAATCATAATGGGAGGTGTCTATAAAAATAAAGAGATGGGTAGTATACGTTATCAGGT
CATATCTATAGCGGGGAAACTTGTGTCCCACGGCGGTAATAAACTGAAGTTGTGCTGCAGTGTGGATATGTTCAAAAAAATGGAACAGTGGAGGACAGAA
TGTTTAACGTTGTGACCTTTTTTCTTTACTTATGTTAACTTTGTGGACAATTCAGGCAATAGGCAGTATTGCTGTGTCTAAAAACGGTGTAAATGGAGAA
AATTTATGCTTTAGTAAAGTATGAATGAAGTAATATTTGGAAAATCTTTTCTTGTATTTTAAAAACAACAGGAAAAATATCAAAATCGGAGTTTGTTATT
TTCTAATGCAAAATTAAAG
CAAACTAAACTACAAATTAGAAAGAAGCAATGATAAAATTACCCCATTTGGTGGAATATCTTTGTTAATCCCACTGTTAGATAAGATGGGCATCCGAGAT
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TTCTAATGCAAAATTAAAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1320 bp | 439 aa | 96 | 1415 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSKLNYKLERSNDKITPFGGISLLIPLLDKMGIRDFLDKELDHPGSNRGKPPSSKIIPVILSMICGGRSFSDIDKLSFDKVLSYISGIEDIPDSSSISRY
FSKTESMLDEVAVNKTISKLGSLNYKIVKDALKRENLFSVTLDQDATYAKVYKRDAKYCYKKFKAYSSMTCFIGESGYCIDEEFREGNVSAQVGILEQLQ
RVHKYLESCGIEVSNVRNDSAGYQSKVLNYCFDNDLTFFIGGDLDSSVRKGINHIPSDSWKRYRNRYGDESDNEEIAEFIHCMENTKESFRIIVVRKKIE
SDNPTVPELLGDKYEYRVIATNSKLDAEKVVHFYNLRGVCEYNIKEAKYGFNLKSFPSGNLAGNGLWFKTGILAYNLIMYLKRIIMGGVYKNKEMGSIRY
QVISIAGKLVSHGGNKLKLCCSVDMFKKMEQWRTECLTL
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QVISIAGKLVSHGGNKLKLCCSVDMFKKMEQWRTECLTL
Blast result :
Comments
ISFsi1 is 52% aa similar to ISLsp3.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Lucas,S., Han,J., Lapidus,A., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Peters,L., Kyrpides,N., Mavromatis,K., Ivanova,N., Mikhailova,N.,
Chertkov,O., Detter,J.C., Tapia,R., Han,C., Land,M., Hauser,L., Markowitz,V., Cheng,J.-F., Hugenholtz,P., Woyke,T., Wu,D., Spring,S., Schroeder,M., Brambilla,E., Klenk,H.-P. and Eisen,J.A. (2011) Direct submission GenBank.
2] Lucas,S., Han,J., Lapidus,A., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Peters,L., Kyrpides,N., Mavromatis,K., Ivanova,N., Mikhailova,N.,
Chertkov,O., Detter,J.C., Tapia,R., Han,C., Land,M., Hauser,L., Markowitz,V., Cheng,J.-F., Hugenholtz,P., Woyke,T., Wu,D., Spring,S., Schroeder,M., Brambilla,E., Klenk,H.-P. and Eisen,J.A. (2011) Direct submission GenBank.