ISFsi1

  • Family IS1380
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_015672 ND Flexistipes sinusarabici
Flexistipes sinusarabici DSM 4947
DNA section
IS Length : 1619 bp

Ends


IR Length : 20/27

IRL : CTTTAAGATTGCATTAGGAGTTGCAAGCCACCTTTAAGATGTTGTAGATT
IRR : CTTTAATTTTGCATTAGAAAATAACAAACTCCGATTTTGATATTTTTCCT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
CCAGCTATCTCAAACAATTTAATTGACTTTTAATG5
TTTGTCTCCAAAAAATATGTAAGCCTTCTTGATTA5
TTACACAATTGAATGTTTAAAATTTGATTTGACCC5
AAAATTGTTGCTTTATCAAATTTCCAGCTTGACAT5
TATTGCTTTTTTACGGTTAATACTGTCATTGCAGG5
ATGCTACACTCACAATTTTTCTCTTCACATTTTTC5
AATATTAAGAATTTATGTTTACATTAAACTGTAAAA4
ATTCCTAAATTTTCCAAAAATGGTTGACAATAAAG5
TTTCGTTAGTTTCTGAAGGAGGAGGCAATTGTTAT5
TTAAGAGGTTGCCAAAATTAGTAATCTCTTGAAAA5
AGACCTCATTATGAACTCCTGTATTGACTTTCATA5
TTCACTATCTCCCCGTTTCACTATTTCACCACCTC5
AACGACATAACGAACCTTGCTTACTGCCTTGTTAT5
GTCTCCCAAGTATTTAATCTGGTTTTTTTTGACTT5
TGCAGAACTCCCGGCATATAGATTGTCCGGCTCTC5
GTAATATTTTTTAAAAATATTGACTGATTAACAAT5
ATTATCTGCACACGCTTTACCTATTACACCTTTATTTACC0
AGTTCTTACTCCCGCATTTACTTTACAAAAAGCTTGACAA0
TCATAGCAGGCTTTCAAATCATTTACTTCCACTTTGCATT0
GCTCCTTTATCAAGAAAATATGATGTTGTCTTATTGCAAA0
TTTTGCGGCTGAATTCTTTAATACCAAATTTTGTTGACAG0
AGCTACAACAGAATATTCAAGCAAAATTAAAGGTTGACAT0
CTACTTCGATATTCTGATGTAAAATAATTACACTTTATTT0
CGATTGGCAGCTATGTAAATAAAAAATTATCACTTGTAAA0
TATTGAAGATGAAGGGCGAGTTTCAAAAAATGCTTGACTT0
GAGAAACTAGATAACTATTTTCCTGAGAGGAAATTGAGTG0
CGAAAGCTTTTCTTCATAATAGCTATGAATTTATTGACAA0

DNA sequence

CTTTAAGATTGCATTAGGAGTTGCAAGCCACCTTTAAGATGTTGTAGATTAAGGTTTTAAGAAAACAAAAACCACAACCAAAAAGGTGACTTACAATGAG
CAAACTAAACTACAAATTAGAAAGAAGCAATGATAAAATTACCCCATTTGGTGGAATATCTTTGTTAATCCCACTGTTAGATAAGATGGGCATCCGAGAT
TTCCTTGATAAAGAACTTGATCATCCAGGCTCTAACAGAGGCAAACCGCCATCTTCTAAAATAATTCCTGTTATTCTATCGATGATATGCGGTGGCAGGA
GTTTCAGTGATATCGACAAACTTTCTTTTGATAAGGTTTTAAGCTATATCAGCGGTATTGAAGATATCCCGGATAGTTCCAGCATCAGTAGGTATTTTTC
AAAAACAGAAAGCATGTTGGATGAAGTAGCAGTTAATAAAACAATCAGCAAACTGGGCAGTCTCAACTATAAAATAGTGAAAGATGCTTTAAAAAGAGAA
AATTTATTTTCAGTTACTCTGGATCAGGACGCCACTTATGCAAAGGTGTATAAAAGGGATGCCAAGTATTGTTATAAGAAATTTAAAGCATACAGTTCTA
TGACGTGTTTTATAGGAGAGAGCGGTTATTGTATAGACGAGGAATTTCGGGAAGGCAATGTAAGTGCCCAGGTTGGCATACTTGAACAGCTTCAGAGAGT
CCATAAATATCTTGAATCTTGTGGTATAGAAGTATCCAATGTTCGTAATGATTCTGCCGGTTACCAATCTAAAGTATTGAATTACTGTTTTGATAACGAT
TTAACGTTTTTTATAGGAGGTGACCTTGATAGTTCAGTTCGTAAAGGAATAAATCATATACCATCTGATTCATGGAAAAGATATAGAAATAGGTATGGAG
ATGAAAGCGATAATGAGGAAATAGCAGAGTTTATTCACTGTATGGAAAACACTAAGGAGAGTTTCCGTATAATAGTTGTTCGTAAGAAAATTGAGTCAGA
CAACCCCACAGTTCCGGAGCTTCTTGGTGATAAATATGAATATCGTGTTATTGCAACTAATTCAAAACTGGATGCAGAAAAGGTGGTACATTTTTATAAT
TTGCGCGGTGTTTGTGAATACAATATAAAAGAAGCAAAGTATGGTTTTAATTTAAAAAGCTTTCCTTCGGGTAATCTTGCGGGTAACGGCTTATGGTTTA
AGACAGGAATACTGGCATATAATCTGATTATGTACCTCAAACGAATCATAATGGGAGGTGTCTATAAAAATAAAGAGATGGGTAGTATACGTTATCAGGT
CATATCTATAGCGGGGAAACTTGTGTCCCACGGCGGTAATAAACTGAAGTTGTGCTGCAGTGTGGATATGTTCAAAAAAATGGAACAGTGGAGGACAGAA
TGTTTAACGTTGTGACCTTTTTTCTTTACTTATGTTAACTTTGTGGACAATTCAGGCAATAGGCAGTATTGCTGTGTCTAAAAACGGTGTAAATGGAGAA
AATTTATGCTTTAGTAAAGTATGAATGAAGTAATATTTGGAAAATCTTTTCTTGTATTTTAAAAACAACAGGAAAAATATCAAAATCGGAGTTTGTTATT
TTCTAATGCAAAATTAAAG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1320 bp439 aa961415+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MSKLNYKLERSNDKITPFGGISLLIPLLDKMGIRDFLDKELDHPGSNRGKPPSSKIIPVILSMICGGRSFSDIDKLSFDKVLSYISGIEDIPDSSSISRY
FSKTESMLDEVAVNKTISKLGSLNYKIVKDALKRENLFSVTLDQDATYAKVYKRDAKYCYKKFKAYSSMTCFIGESGYCIDEEFREGNVSAQVGILEQLQ
RVHKYLESCGIEVSNVRNDSAGYQSKVLNYCFDNDLTFFIGGDLDSSVRKGINHIPSDSWKRYRNRYGDESDNEEIAEFIHCMENTKESFRIIVVRKKIE
SDNPTVPELLGDKYEYRVIATNSKLDAEKVVHFYNLRGVCEYNIKEAKYGFNLKSFPSGNLAGNGLWFKTGILAYNLIMYLKRIIMGGVYKNKEMGSIRY
QVISIAGKLVSHGGNKLKLCCSVDMFKKMEQWRTECLTL

 

Blast result :
Comments
ISFsi1 is 52% aa similar to ISLsp3.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Lucas,S., Han,J., Lapidus,A., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Peters,L., Kyrpides,N., Mavromatis,K., Ivanova,N., Mikhailova,N.,
Chertkov,O., Detter,J.C., Tapia,R., Han,C., Land,M., Hauser,L., Markowitz,V., Cheng,J.-F., Hugenholtz,P., Woyke,T., Wu,D., Spring,S., Schroeder,M., Brambilla,E., Klenk,H.-P. and Eisen,J.A. (2011) Direct submission GenBank.