ISCst1
- Family ISLre2
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_020050 | ND | Cylindrospermum stagnale | Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.01 |
DNA section
IS Length : 2019 bp
Ends
IR Length : 25
IRL : GGGAGCAATGCGATTTTGTGAGGTGAGTCCAAACGGAGAGCGATTCCTAC
IRR : GGGAGCAATGCGATTTTGTGAGGTGGCAGCGATCGCTAATTTAAATACTG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTATCAATAA | GATTTAATT | CTGCTTCCGT | 9 |
DNA sequence
GGGAGCAATGCGATTTTGTGAGGTGAGTCCAAACGGAGAGCGATTCCTACGGAGCGCTGAGTGCAGGGCACCCCGTTAGGGATACGCTATCGCTAATCTT
ATTCCTCAGTACATAAATATATTAAATACATATCAATTAGTATTAATACTAAAAAATCAGAATACCTGGCGATGGCTCCGCCCGTGGCAGGCATCGGTGT
GAAATCATGATTCAATATTAATAATAATCATCGTTATTGTATATTTTTCTTAGGCATAAAAAAAGGTATAATTCCCTTTTAGTAATAGTTTTGAAACAGG
GAATACATACCTTGATGGAAAAAAATATATATGCAATTTTAGATTTAACCAAATCCTTGGAAGATTTTAAAGAGAATATTGCGAAACTTTTAGAATTGAC
TGATGTCCAAGAATGGGATGGGCGAATTGTTAAAGAAAGAGAACAAAAAATTAGAGATGCTTCCCTTATTTTGGCGGGTCAATGTATCGCCTTATTTTTA
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CTGTCCATTTTTAAAATGGTTGGGGATGGAAGAAGGTTTAACACCATTAGTTTGGTCAACTATCACTCAATATGGTGCAATTTCTGGTTCATTTGAAGCT
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GTTTGGGAATTAGCCAAGCAAAGCAAGTTTTATTAATCGCAGACGGAGCCGAATGGATCTGGATACATATTCCGACACTTCTAAAACGCTTGGGATGTCC
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TTTAATAAAGCACGAAAAACTTTAAAGCAAGGTAATGCTCTTACCTTAATGAAGCAGATGGATGAATTTATTTTAAAAACTACTGGAGAGCGTTGCAAAA
CTATGGTTTCTCAAAGAGATTACCTTTTACGTGCGTATCGTGAAGGACGTTTGAATTATGCCAAAATGTTAGAAAAAAAACTGCCAATTGGTAGTGGTGC
GATTGAGAGCTTAATTCGCCAAGTTGTTAATTTAAGGATGAAAGGTAATAGTAAATTTTGGTTAAAAGAAAATGCAGAAATTATATTACATCTACGCTGT
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TTGTCAAACTTTTTGTCACAAAAAATACTTTAATCTGTCATTATTTAATTAGACAATTTATTTAGATAAGAATCAAAATATTAACTATCATAGCTTTTGG
GTATATCTCCAAAGGATAAATTGTCGTAAAAACACTTGAATTTTTAGTGCTTTAATTTGCTTTTGGTCTCAGTATTTAAATTAGCGATCGCTGCCACCTC
ACAAAATCGCATTGCTCCC
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GTATATCTCCAAAGGATAAATTGTCGTAAAAACACTTGAATTTTTAGTGCTTTAATTTGCTTTTGGTCTCAGTATTTAAATTAGCGATCGCTGCCACCTC
ACAAAATCGCATTGCTCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1464 bp | 487 aa | 315 | 1778 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MEKNIYAILDLTKSLEDFKENIAKLLELTDVQEWDGRIVKEREQKIRDASLILAGQCIALFLYNLSSSQEALDTAINQTQGWWNPKTHRHGLRKRQILTV
GNVLVTLNLPYVVTRTEKNEKNKSSGQGFCPFLKWLGMEEGLTPLVWSTITQYGAISGSFEAACTFLIGWGINVSLKRIERLTYKFGKIGINLRQSKILN
RKSGNLPSGNFLKGQRVVIAADGGRTKIRINKKGRRNSKTNRHGFTGTWIEPKLLTIYVVDEQGKKVKNSEIPITNDGTYSDYKVFLDILEMHLVSLGIS
QAKQVLLIADGAEWIWIHIPTLLKRLGCPTETYELFDFYHVTEHLQTFADVAFSDDKERKDWFNKARKTLKQGNALTLMKQMDEFILKTTGERCKTMVSQ
RDYLLRAYREGRLNYAKMLEKKLPIGSGAIESLIRQVVNLRMKGNSKFWLKENAEIILHLRCQWMAGSWNNFGDSILTSFIKPKTVG
GNVLVTLNLPYVVTRTEKNEKNKSSGQGFCPFLKWLGMEEGLTPLVWSTITQYGAISGSFEAACTFLIGWGINVSLKRIERLTYKFGKIGINLRQSKILN
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RDYLLRAYREGRLNYAKMLEKKLPIGSGAIESLIRQVVNLRMKGNSKFWLKENAEIILHLRCQWMAGSWNNFGDSILTSFIKPKTVG
Blast result :
Comments
ISCst1 is 42% aa similar to ISLfe2.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Gugger,M., Coursin,T., Rippka,R., Tandeau De Marsac,N., Huntemann,M., Wei,C.-L., Han,J., Detter,J.C., Han,C., Tapia,R., Davenport,K., Daligault,H., Erkkila,T., Gu,W., Munk,A.C.C., Teshima,H., Xu,Y., Chain,P., Chen,A., Krypides,N., Mavromatis,K., Markowitz,V., Szeto,E., Ivanova,N., Mikhailova,N., Ovchinnikova,G., Pagani,I., Pati,A., Goodwin,L., Peters,L., Pitluck,S., Woyke,T. and Kerfeld,C. (2013) Direct submission GenBank.
2] Gugger,M., Coursin,T., Rippka,R., Tandeau De Marsac,N., Huntemann,M., Wei,C.-L., Han,J., Detter,J.C., Han,C., Tapia,R., Davenport,K., Daligault,H., Erkkila,T., Gu,W., Munk,A.C.C., Teshima,H., Xu,Y., Chain,P., Chen,A., Krypides,N., Mavromatis,K., Markowitz,V., Szeto,E., Ivanova,N., Mikhailova,N., Ovchinnikova,G., Pagani,I., Pati,A., Goodwin,L., Peters,L., Pitluck,S., Woyke,T. and Kerfeld,C. (2013) Direct submission GenBank.