ISCst1

  • Family ISLre2
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_020050 ND Cylindrospermum stagnale
Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.01
DNA section
IS Length : 2019 bp

Ends


IR Length : 25

IRL : GGGAGCAATGCGATTTTGTGAGGTGAGTCCAAACGGAGAGCGATTCCTAC
IRR : GGGAGCAATGCGATTTTGTGAGGTGGCAGCGATCGCTAATTTAAATACTG

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTATCAATAAGATTTAATTCTGCTTCCGT9

DNA sequence

GGGAGCAATGCGATTTTGTGAGGTGAGTCCAAACGGAGAGCGATTCCTACGGAGCGCTGAGTGCAGGGCACCCCGTTAGGGATACGCTATCGCTAATCTT
ATTCCTCAGTACATAAATATATTAAATACATATCAATTAGTATTAATACTAAAAAATCAGAATACCTGGCGATGGCTCCGCCCGTGGCAGGCATCGGTGT
GAAATCATGATTCAATATTAATAATAATCATCGTTATTGTATATTTTTCTTAGGCATAAAAAAAGGTATAATTCCCTTTTAGTAATAGTTTTGAAACAGG
GAATACATACCTTGATGGAAAAAAATATATATGCAATTTTAGATTTAACCAAATCCTTGGAAGATTTTAAAGAGAATATTGCGAAACTTTTAGAATTGAC
TGATGTCCAAGAATGGGATGGGCGAATTGTTAAAGAAAGAGAACAAAAAATTAGAGATGCTTCCCTTATTTTGGCGGGTCAATGTATCGCCTTATTTTTA
TATAATCTTTCTTCTTCTCAAGAAGCTCTTGATACAGCAATAAATCAAACCCAAGGCTGGTGGAACCCTAAAACTCATAGGCATGGGCTGAGAAAAAGAC
AAATATTAACGGTCGGAAATGTTTTAGTAACTTTAAACCTACCATATGTAGTAACAAGAACTGAGAAAAATGAGAAAAATAAATCCTCTGGTCAAGGCTT
CTGTCCATTTTTAAAATGGTTGGGGATGGAAGAAGGTTTAACACCATTAGTTTGGTCAACTATCACTCAATATGGTGCAATTTCTGGTTCATTTGAAGCT
GCCTGTACATTTCTAATCGGTTGGGGAATTAATGTAAGTTTAAAGCGTATTGAACGGCTCACATATAAGTTTGGTAAAATCGGAATCAACCTTCGTCAAT
CGAAAATATTGAATCGAAAAAGCGGAAATTTGCCCAGTGGTAATTTCCTTAAAGGACAGAGAGTTGTAATCGCGGCAGATGGTGGCAGAACAAAAATTAG
AATTAATAAAAAAGGAAGGAGAAATTCAAAAACAAACCGTCATGGCTTTACAGGCACATGGATTGAGCCAAAGTTACTAACAATTTATGTAGTTGATGAA
CAAGGTAAAAAAGTTAAAAATTCTGAAATTCCTATCACTAATGATGGAACATATAGTGACTATAAAGTATTTTTAGATATTTTAGAAATGCATCTGGTTA
GTTTGGGAATTAGCCAAGCAAAGCAAGTTTTATTAATCGCAGACGGAGCCGAATGGATCTGGATACATATTCCGACACTTCTAAAACGCTTGGGATGTCC
AACTGAAACTTATGAATTATTTGATTTTTATCATGTTACAGAACATTTACAAACTTTTGCAGATGTTGCTTTTAGTGATGATAAAGAACGTAAAGATTGG
TTTAATAAAGCACGAAAAACTTTAAAGCAAGGTAATGCTCTTACCTTAATGAAGCAGATGGATGAATTTATTTTAAAAACTACTGGAGAGCGTTGCAAAA
CTATGGTTTCTCAAAGAGATTACCTTTTACGTGCGTATCGTGAAGGACGTTTGAATTATGCCAAAATGTTAGAAAAAAAACTGCCAATTGGTAGTGGTGC
GATTGAGAGCTTAATTCGCCAAGTTGTTAATTTAAGGATGAAAGGTAATAGTAAATTTTGGTTAAAAGAAAATGCAGAAATTATATTACATCTACGCTGT
CAATGGATGGCTGGTAGTTGGAATAATTTTGGTGATTCAATTTTAACTTCTTTCATTAAACCAAAAACTGTTGGATGAATTTTATACTTGAGGCAGCTTC
TTGTCAAACTTTTTGTCACAAAAAATACTTTAATCTGTCATTATTTAATTAGACAATTTATTTAGATAAGAATCAAAATATTAACTATCATAGCTTTTGG
GTATATCTCCAAAGGATAAATTGTCGTAAAAACACTTGAATTTTTAGTGCTTTAATTTGCTTTTGGTCTCAGTATTTAAATTAGCGATCGCTGCCACCTC
ACAAAATCGCATTGCTCCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1464 bp487 aa3151778+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MEKNIYAILDLTKSLEDFKENIAKLLELTDVQEWDGRIVKEREQKIRDASLILAGQCIALFLYNLSSSQEALDTAINQTQGWWNPKTHRHGLRKRQILTV
GNVLVTLNLPYVVTRTEKNEKNKSSGQGFCPFLKWLGMEEGLTPLVWSTITQYGAISGSFEAACTFLIGWGINVSLKRIERLTYKFGKIGINLRQSKILN
RKSGNLPSGNFLKGQRVVIAADGGRTKIRINKKGRRNSKTNRHGFTGTWIEPKLLTIYVVDEQGKKVKNSEIPITNDGTYSDYKVFLDILEMHLVSLGIS
QAKQVLLIADGAEWIWIHIPTLLKRLGCPTETYELFDFYHVTEHLQTFADVAFSDDKERKDWFNKARKTLKQGNALTLMKQMDEFILKTTGERCKTMVSQ
RDYLLRAYREGRLNYAKMLEKKLPIGSGAIESLIRQVVNLRMKGNSKFWLKENAEIILHLRCQWMAGSWNNFGDSILTSFIKPKTVG

 

Blast result :
Comments
ISCst1 is 42% aa similar to ISLfe2.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Gugger,M., Coursin,T., Rippka,R., Tandeau De Marsac,N., Huntemann,M., Wei,C.-L., Han,J., Detter,J.C., Han,C., Tapia,R., Davenport,K., Daligault,H., Erkkila,T., Gu,W., Munk,A.C.C., Teshima,H., Xu,Y., Chain,P., Chen,A., Krypides,N., Mavromatis,K., Markowitz,V., Szeto,E., Ivanova,N., Mikhailova,N., Ovchinnikova,G., Pagani,I., Pati,A., Goodwin,L., Peters,L., Pitluck,S., Woyke,T. and Kerfeld,C. (2013) Direct submission GenBank.