ISNspu1
- Family ISLre2
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NZ_AAVW01000047 | ND | Nodularia spumigena | Nodularia spumigena CCY9414 |
DNA section
IS Length : 1933 bp
Ends
IR Length : 29/32
IRL : GGGAGCAACGCGATTTTGTGAGGTCGGGGGGAAAACAAGCGATCGCTAAA
IRR : GGGAGCAACGCGATTTTGTGAGGTTGGTGCGATCGCTAATAAATAAATTT
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TAGAAAGGCA | GTTTTAAGC | TGTCTTTCTT | 9 |
DNA sequence
GGGAGCAACGCGATTTTGTGAGGTCGGGGGGAAAACAAGCGATCGCTAAAAACTATATTTTAGTATATTTAACATATTTATACAATTAAAGCAGTAATAA
CACTGGAGTAAATTCCTGTTTCCATTCGAGGAGATAAATAGGACTCGTTTTTTGGGCAAAAAAAGGTAGGATTCCCAAATAGTAAAGGTTTTGATATCTG
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ATCGCACCAACCTCACAAAATCGCGTTGCTCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1464 bp | 487 aa | 229 | 1692 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKNSIYSSFDLNKSLGQFQEKVTKLLELTNISEWDGRVFKEREEKIRESALVLAGECTALLLHKLSKSEEFLDKAMQETQGWWQTNTQKHGCKKRQILTI
GNVEVSLKLPYVVERSTQPKKNQKILNEGFCPFLRYLGMSEGLTPGVFSKIAQYGAIAGSFEAARTTLIDWGINISLKRIEWLTYYFGKIGINLRQSKIN
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Blast result :
Comments
ISNspu1 is 43% aa similar to ISDesp4.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Stal,L., Ferriera,S., Johnson,J., Kravitz,S., Halpern,A., Remington,K., Beeson,K., Tran,B., Rogers,Y.-H., Friedman,R. and Venter,J.C. (2006) Direct submission GenBank.
2] Stal,L., Ferriera,S., Johnson,J., Kravitz,S., Halpern,A., Remington,K., Beeson,K., Tran,B., Rogers,Y.-H., Friedman,R. and Venter,J.C. (2006) Direct submission GenBank.