ISBeg3
- Family ISKra4
- Group ISKra4
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_ABBZ01001452 | ND | Beggiatoa sp. | Beggiatoa sp. PS |
DNA section
IS Length : 1662 bp
Ends
IR Length : 23/24
IRL : GGGTGCAGTCGTTTTAGGACGACGATAAAGCTATTAAAATCAATTTGTTA
IRR : GGGTGCAGTCGTTTTAAGACGACGGCACCAAATTTAGTGAGTTAATTTTC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
GGGTGCAGTCGTTTTAGGACGACGATAAAGCTATTAAAATCAATTTGTTATGTTTTATCAGTAGACTAAAATGGCTAATTAATATCAATTATTTATTTAA
TCAATGGTTTATTGTGGTACAATTTCAAACATGATAAACAAAAATTGTTTTACTTTTGCCGAAGACAAATTTCTTCAGATGATAGATTTTTTCAAAAGCA
ACGAAGCAAATAGCTTAAATTTAAGCGAAGCTGAAGAGTATCTTCAAGAAGATGGTAGAGAACTACTTAGAGAATTATTGGTTGGATATCTTGAGAAACG
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Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1518 bp | 505 aa | 104 | 1621 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MVYCGTISNMINKNCFTFAEDKFLQMIDFFKSNEANSLNLSEAEEYLQEDGRELLRELLVGYLEKRGVGDIGQSVTGADGLKRTHKRLRTKKIKTLFGEV
VINRIAYSGRGVASLFPLDGMLNLPDLDVSYTLQKHLVLEVIKTSFDESIESIKRWTGVSITKDQAKNIIIESANDFNKFYDFQFVKEKNEAKAQPLVIL
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SVLEN
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SVLEN
Blast result :
Comments
ISBeg3 is 64% aa similar to ISCasp2.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Mussmann,M., Hu,F.Z., Richter,M., de Beer,D., Preisler,A., Jorgensen,B.B., Huntemann,M., Glockner,F.O., Amann,R., Koopman,W.J.H., Janto,B., Hogg,J., Boissy,R., Lasken,R.S., Stoodley,P. and Ehrlich,G.D. (2007) Direct submission GenBank.
2] Mussmann,M., Hu,F.Z., Richter,M., de Beer,D., Preisler,A., Jorgensen,B.B., Huntemann,M., Glockner,F.O., Amann,R., Koopman,W.J.H., Janto,B., Hogg,J., Boissy,R., Lasken,R.S., Stoodley,P. and Ehrlich,G.D. (2007) Direct submission GenBank.