ISLdr1
- Family ISKra4
- Group ISKra4
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NZ_JH413808.1 | ND | Legionella drancourtii | Legionella drancourtii LLAP12 |
DNA section
IS Length : 3746 bp
Ends
IR Length : 20/22
IRL : GGGTGTGACCTCGCATTAATGTTTTCTGTCAAAATCACTAAGAGCGAGAT
IRR : GGGTATGACCTCGAATTAATGTAAAGTTTACTTTAAATAACTAGCAAATT
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| CAAAGCTTTT | GATCTGTC | TATCAAACTT | 8 |
DNA sequence
GGGTGTGACCTCGCATTAATGTTTTCTGTCAAAATCACTAAGAGCGAGATACGAGCCATTGCGCCACACCTGTTTATGTTATTTACATAACCATTTTGAA
CATGTATAATACATAAATTCATTGGCTAAGCTTTTATCCAGGAACCCCCATGCAAGACAAATCTGAAGTGACAATAGACATAGCTGGTTTACCCTCTGAA
ATGTGGAGTGAAGTCGTTAAACATTTACCAAAAGCTGGTTTATTCAATTTTTATCGAGCCTCAACAACGCATAAAGATTTATCTGCCTATGAGTTTAATA
GCCGTAAAGCGACACATACCTTTTTACGACATGTTGTATGCGGTGAGCATGAACAGGTTAAAGCCATGCTAGAGCAAGACATTGATTTGCTCTTTAAAAG
AGAGCAGGTAAGGGATTGCTCTGACCGAGTCTTTTTCGAAATTAGCGGCTTTGAATATGCACTTTGGGCCTTGGATAAACACATGTGGACGCTAATGCTT
GAGTGCATACCGCGAAATGAAAAGGGTAAAGAAGTTCTAGCGAGATTATCGACTCAATATAAGAAGCTTTGTGAAATGGGCGTTTCCTACAGCCTTCATG
AGAAACCAATCACTGAAACGCATTTTAATTTCGCAAATACCATCATTAAAGAGCTGCAAACGCAAGTGGATTCGATAAACGCGCCAGGGGATAAGAATTG
GGATGCCATTGATAAGCAGTGGCAAGAAGGTGTTGGTGGTGCGCAAAAACTACTGCCTATGCATGCTGTTGATGAGTACTGCTCTAATGAACCTTTTTAT
CCTGTACCTAAATTTACCTCACAACCAAAATCATCGAAACAATTCTATAATTGGACTACTGTAAAGGATGAAAATTGGTTTAGCGCTGATTCTAAGTTGG
CTATTGATTTTGCTATATATAAGGGCCGCCGGGGTGCGAGGGGGGCAGATGGAGTGGTCGAGGCGGGTGGCGATTTGGTTGCCTTAACGGCATTATGTGA
AGTAAGAACGAACGATTTTATCAATCTCAAATCAGAACTTGAAGAACAGATGACTTTGGATAATCGTCACCAAGTTTTTCAGATTTGACCGAGTTGGCCG
CATGTCGATGAAGAAGCTCGGCGGCGAATGCCGCCACATGCTCATCCCGGCATGAGTCCAAAAACCATAAAAGCAAGTCCTGGTATAACCAGTGTGCTGC
TGTTCTCACCCACCACATACACCATCGATGCAAGTAACTGATGATTCGCCGGGGAGAAACCCCATCTTTGACCATCCATTTAACTTGCTCGCGCGCTTTG
CGCAATGTTCTTGCATGAGGAACAATGTGTGTTTGCAAAAAAGGCTGCTCTTCGGGTTGCCAAATTGTCTCTACCCCCCCGATTTGGATGAGTTTTGCTC
TGTTTGTACCTTGTTAGAAACATTCAATGCAGCCTGTGTCGTTGTGGTGTTATCCAAAGGTCGTGTCTGTGGATATTGGATGCCTAAAAAATGAAAGCCC
TTATCAATTGAGCCAATACGTGTTTTTTTACCGGACAAGCCTAGACGCCTTTCTTGCAACACCTGCATCAGGCGCTGTTTACAGCGATTGAGGCTGCGCT
TGGTTTGGCACAGGATAAGAATATCATCCTGATACCGAAAATAAGCCACACCCATTTCATTGAATGCGTCATCGAGTGGTTTTAAATAAAGGGCACTAAA
AAATTGGGATAAAGGTCCCCGTAACGCAATGCCTGTATCCGGATTTTTATAACCTCTTGGCGTTTCAATTGGATTGACTATAATACGTTCCAACATCAAA
TTTAGTTTAGGATCATGGTAATGTGCCTGAATATCCTTGACTAATTGATGATGTGATATGGATTTGTAATAGGATTTAATATCGGCGCGAATAAGATATT
TTGGCTTTTTTTCTTCGAGAACCTTTCTCACTTCCTGTGTTGCATGCTTTACTCCACTCGGACCAAGAAGGTGATAACAATTAGGGTTCATGACAAAAGG
AAATGTGGGCTTTAATTGGTGCAGCAAAACATGTTGCAGAATACGGTCGGAAAGATGGAGTTGGTCAATCATTTCGTCTGGAAAATAACAACGCTTAAGG
AATCGTGGTGTATAACTGCCATCGATTAGGGCATGAATACCATTAACTAACCAATCATCCAATTCTCGTGCTAAAAAATGAATGTCGTGGTTATGATGGG
CATGATGTTTTTGTTTATGGATCTTGGCAAACAGTTTTTGGCCAATATCCAGCATTGAAGTCAGCTCCCAACGCTTCATACTTTGTTTTTATCCTTGTTC
AATTCAGGCGTTCATTTATCTGCTTTTATGCATGAAATAGCCAATAACTAACACTCTGAATCTTGACTGTCTAGTTAGGTATTATATCATCACCATTTTA
AAATGGATTTGTAGTAATTGATATGGCTAAAGTGATTGCTGTAAACAATGATGAAATAGTGTTGCAAGTACGAGTCAAACTTAATGGTTCCATGCTGAAT
ATGGAAGAGGCAATTCAAGCCGCTGTCAATGAAGTGGGTAGTCTTGCAACAACAGAGGCATTAAAGCGGTTTGATACAATTGGGGCTCCTATGCAAATAG
GCAATGTCCGGGTGACGAGCAAAGGAAAAGTCCAAAAATGTTATGAAACACCTTATGGTGCTATTCACCTGGAGCGTTATGTTTATCAAACCTCATCTGG
AGGAAAAACCTACTGTCCTTTGGATGAACGAGCACGAATTATCATCAGTTCAACGCCACGATTTGCTAAACAAGTTTCTAGCAAATACGCACAATTAAGT
GCACAAGAAGTCCTGGACGATTTTAAAACCAATCATGGCCGACCAGTAGCCCGTTCTTTTTTACAAAATATTGTGGATGTGGTTGGCTCAATTGCTCGAG
CTACGGAAACAGACTGGATGTTTGAAACGCCCAAACTCAATGACGTTGTTACCACTGTATCCGTAAGTCTTGATGGTACTTGTGTCCTCATGGTGAATGA
AGGTTGGCGAGAAGCTATGACAGGAACAATTACCTTATATAATAAGGTTGGAGAACGGTTGCATACTATTTATTTAGGGGCAGCGCCAGAATATGGCAAG
ACGAAATTTTTGGAGCGTCTTGAGCGAGAGGTTTACCGCATTAAATTGCAATACCCTAACGCAACTTATGTCGGTATTGCTGATGGTGCAAGAGTCAATT
GGGATTTTTTAGAACGGCATACCCAATATCAAGTTCTAGATTTTTTTCATGCAACCGAATATCTTGCAAAAGCCTCTCATGCCATGCACCCGGTAGATAC
GAAACAAAGAAAAATTTGGCTCGATTTAGCATGTCATCGATTAAAACATGAGCTTAATGCAGCCTCTGAATTGCTTAATGAAATGAGCAACATGCCACCC
AATAGGAAAAAAAAGGAGCTTGTGGACAAACTAAAAAGTGCAATTACCTATTTTAAAAACCAAAGACAACGTATGGATTACAACTTCTATCAGATAAAAA
ATTTGCCCATTGGCTCGGGAGTTACCGAAGCAGCTTGTAAGACTCTCATTAAACAGCGTCTTTGCCAGTCTGGAATGAAGTGGAAAAATCAGGGTATTTC
AATGGTGCTGCATTTAAGAGCATTGATATCAACCAAAGGTCGTTGGGAACAATTTTGGGATCGTATTAATCAAGCAGGATTAATTGGATTGGCGGAAATT
TGCTAGTTATTTAAAGTAAACTTTACATTAATTCGAGGTCATACCC
CATGTATAATACATAAATTCATTGGCTAAGCTTTTATCCAGGAACCCCCATGCAAGACAAATCTGAAGTGACAATAGACATAGCTGGTTTACCCTCTGAA
ATGTGGAGTGAAGTCGTTAAACATTTACCAAAAGCTGGTTTATTCAATTTTTATCGAGCCTCAACAACGCATAAAGATTTATCTGCCTATGAGTTTAATA
GCCGTAAAGCGACACATACCTTTTTACGACATGTTGTATGCGGTGAGCATGAACAGGTTAAAGCCATGCTAGAGCAAGACATTGATTTGCTCTTTAAAAG
AGAGCAGGTAAGGGATTGCTCTGACCGAGTCTTTTTCGAAATTAGCGGCTTTGAATATGCACTTTGGGCCTTGGATAAACACATGTGGACGCTAATGCTT
GAGTGCATACCGCGAAATGAAAAGGGTAAAGAAGTTCTAGCGAGATTATCGACTCAATATAAGAAGCTTTGTGAAATGGGCGTTTCCTACAGCCTTCATG
AGAAACCAATCACTGAAACGCATTTTAATTTCGCAAATACCATCATTAAAGAGCTGCAAACGCAAGTGGATTCGATAAACGCGCCAGGGGATAAGAATTG
GGATGCCATTGATAAGCAGTGGCAAGAAGGTGTTGGTGGTGCGCAAAAACTACTGCCTATGCATGCTGTTGATGAGTACTGCTCTAATGAACCTTTTTAT
CCTGTACCTAAATTTACCTCACAACCAAAATCATCGAAACAATTCTATAATTGGACTACTGTAAAGGATGAAAATTGGTTTAGCGCTGATTCTAAGTTGG
CTATTGATTTTGCTATATATAAGGGCCGCCGGGGTGCGAGGGGGGCAGATGGAGTGGTCGAGGCGGGTGGCGATTTGGTTGCCTTAACGGCATTATGTGA
AGTAAGAACGAACGATTTTATCAATCTCAAATCAGAACTTGAAGAACAGATGACTTTGGATAATCGTCACCAAGTTTTTCAGATTTGACCGAGTTGGCCG
CATGTCGATGAAGAAGCTCGGCGGCGAATGCCGCCACATGCTCATCCCGGCATGAGTCCAAAAACCATAAAAGCAAGTCCTGGTATAACCAGTGTGCTGC
TGTTCTCACCCACCACATACACCATCGATGCAAGTAACTGATGATTCGCCGGGGAGAAACCCCATCTTTGACCATCCATTTAACTTGCTCGCGCGCTTTG
CGCAATGTTCTTGCATGAGGAACAATGTGTGTTTGCAAAAAAGGCTGCTCTTCGGGTTGCCAAATTGTCTCTACCCCCCCGATTTGGATGAGTTTTGCTC
TGTTTGTACCTTGTTAGAAACATTCAATGCAGCCTGTGTCGTTGTGGTGTTATCCAAAGGTCGTGTCTGTGGATATTGGATGCCTAAAAAATGAAAGCCC
TTATCAATTGAGCCAATACGTGTTTTTTTACCGGACAAGCCTAGACGCCTTTCTTGCAACACCTGCATCAGGCGCTGTTTACAGCGATTGAGGCTGCGCT
TGGTTTGGCACAGGATAAGAATATCATCCTGATACCGAAAATAAGCCACACCCATTTCATTGAATGCGTCATCGAGTGGTTTTAAATAAAGGGCACTAAA
AAATTGGGATAAAGGTCCCCGTAACGCAATGCCTGTATCCGGATTTTTATAACCTCTTGGCGTTTCAATTGGATTGACTATAATACGTTCCAACATCAAA
TTTAGTTTAGGATCATGGTAATGTGCCTGAATATCCTTGACTAATTGATGATGTGATATGGATTTGTAATAGGATTTAATATCGGCGCGAATAAGATATT
TTGGCTTTTTTTCTTCGAGAACCTTTCTCACTTCCTGTGTTGCATGCTTTACTCCACTCGGACCAAGAAGGTGATAACAATTAGGGTTCATGACAAAAGG
AAATGTGGGCTTTAATTGGTGCAGCAAAACATGTTGCAGAATACGGTCGGAAAGATGGAGTTGGTCAATCATTTCGTCTGGAAAATAACAACGCTTAAGG
AATCGTGGTGTATAACTGCCATCGATTAGGGCATGAATACCATTAACTAACCAATCATCCAATTCTCGTGCTAAAAAATGAATGTCGTGGTTATGATGGG
CATGATGTTTTTGTTTATGGATCTTGGCAAACAGTTTTTGGCCAATATCCAGCATTGAAGTCAGCTCCCAACGCTTCATACTTTGTTTTTATCCTTGTTC
AATTCAGGCGTTCATTTATCTGCTTTTATGCATGAAATAGCCAATAACTAACACTCTGAATCTTGACTGTCTAGTTAGGTATTATATCATCACCATTTTA
AAATGGATTTGTAGTAATTGATATGGCTAAAGTGATTGCTGTAAACAATGATGAAATAGTGTTGCAAGTACGAGTCAAACTTAATGGTTCCATGCTGAAT
ATGGAAGAGGCAATTCAAGCCGCTGTCAATGAAGTGGGTAGTCTTGCAACAACAGAGGCATTAAAGCGGTTTGATACAATTGGGGCTCCTATGCAAATAG
GCAATGTCCGGGTGACGAGCAAAGGAAAAGTCCAAAAATGTTATGAAACACCTTATGGTGCTATTCACCTGGAGCGTTATGTTTATCAAACCTCATCTGG
AGGAAAAACCTACTGTCCTTTGGATGAACGAGCACGAATTATCATCAGTTCAACGCCACGATTTGCTAAACAAGTTTCTAGCAAATACGCACAATTAAGT
GCACAAGAAGTCCTGGACGATTTTAAAACCAATCATGGCCGACCAGTAGCCCGTTCTTTTTTACAAAATATTGTGGATGTGGTTGGCTCAATTGCTCGAG
CTACGGAAACAGACTGGATGTTTGAAACGCCCAAACTCAATGACGTTGTTACCACTGTATCCGTAAGTCTTGATGGTACTTGTGTCCTCATGGTGAATGA
AGGTTGGCGAGAAGCTATGACAGGAACAATTACCTTATATAATAAGGTTGGAGAACGGTTGCATACTATTTATTTAGGGGCAGCGCCAGAATATGGCAAG
ACGAAATTTTTGGAGCGTCTTGAGCGAGAGGTTTACCGCATTAAATTGCAATACCCTAACGCAACTTATGTCGGTATTGCTGATGGTGCAAGAGTCAATT
GGGATTTTTTAGAACGGCATACCCAATATCAAGTTCTAGATTTTTTTCATGCAACCGAATATCTTGCAAAAGCCTCTCATGCCATGCACCCGGTAGATAC
GAAACAAAGAAAAATTTGGCTCGATTTAGCATGTCATCGATTAAAACATGAGCTTAATGCAGCCTCTGAATTGCTTAATGAAATGAGCAACATGCCACCC
AATAGGAAAAAAAAGGAGCTTGTGGACAAACTAAAAAGTGCAATTACCTATTTTAAAAACCAAAGACAACGTATGGATTACAACTTCTATCAGATAAAAA
ATTTGCCCATTGGCTCGGGAGTTACCGAAGCAGCTTGTAAGACTCTCATTAAACAGCGTCTTTGCCAGTCTGGAATGAAGTGGAAAAATCAGGGTATTTC
AATGGTGCTGCATTTAAGAGCATTGATATCAACCAAAGGTCGTTGGGAACAATTTTGGGATCGTATTAATCAAGCAGGATTAATTGGATTGGCGGAAATT
TGCTAGTTATTTAAAGTAAACTTTACATTAATTCGAGGTCATACCC
Protein section
ORF number : 4
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 939 bp | 312 aa | 150 | 1088 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MQDKSEVTIDIAGLPSEMWSEVVKHLPKAGLFNFYRASTTHKDLSAYEFNSRKATHTFLRHVVCGEHEQVKAMLEQDIDLLFKREQVRDCSDRVFFEISG
FEYALWALDKHMWTLMLECIPRNEKGKEVLARLSTQYKKLCEMGVSYSLHEKPITETHFNFANTIIKELQTQVDSINAPGDKNWDAIDKQWQEGVGGAQK
LLPMHAVDEYCSNEPFYPVPKFTSQPKSSKQFYNWTTVKDENWFSADSKLAIDFAIYKGRRGARGADGVVEAGGDLVALTALCEVRTNDFINLKSELEEQ
MTLDNRHQVFQI
FEYALWALDKHMWTLMLECIPRNEKGKEVLARLSTQYKKLCEMGVSYSLHEKPITETHFNFANTIIKELQTQVDSINAPGDKNWDAIDKQWQEGVGGAQK
LLPMHAVDEYCSNEPFYPVPKFTSQPKSSKQFYNWTTVKDENWFSADSKLAIDFAIYKGRRGARGADGVVEAGGDLVALTALCEVRTNDFINLKSELEEQ
MTLDNRHQVFQI
Blast result :ORF 2
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 114 bp | 37 aa | 1128 | 1241 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MPPHAHPGMSPKTIKASPGITSVLLFSPTTYTIDASN
Blast result :ORF 3
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 909 bp | 302 aa | 2279 | 1371 | - | No |
Annotation : Reverse transcriptaseDescription :
ORF sequence :
MKRWELTSMLDIGQKLFAKIHKQKHHAHHNHDIHFLARELDDWLVNGIHALIDGSYTPRFLKRCYFPDEMIDQLHLSDRILQHVLLHQLKPTFPFVMNPN
CYHLLGPSGVKHATQEVRKVLEEKKPKYLIRADIKSYYKSISHHQLVKDIQAHYHDPKLNLMLERIIVNPIETPRGYKNPDTGIALRGPLSQFFSALYLK
PLDDAFNEMGVAYFRYQDDILILCQTKRSLNRCKQRLMQVLQERRLGLSGKKTRIGSIDKGFHFLGIQYPQTRPLDNTTTTQAALNVSNKVQTEQNSSKS
GG
CYHLLGPSGVKHATQEVRKVLEEKKPKYLIRADIKSYYKSISHHQLVKDIQAHYHDPKLNLMLERIIVNPIETPRGYKNPDTGIALRGPLSQFFSALYLK
PLDDAFNEMGVAYFRYQDDILILCQTKRSLNRCKQRLMQVLQERRLGLSGKKTRIGSIDKGFHFLGIQYPQTRPLDNTTTTQAALNVSNKVQTEQNSSKS
GG
Blast result :ORF 4
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1284 bp | 427 aa | 2423 | 3706 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MAKVIAVNNDEIVLQVRVKLNGSMLNMEEAIQAAVNEVGSLATTEALKRFDTIGAPMQIGNVRVTSKGKVQKCYETPYGAIHLERYVYQTSSGGKTYCPL
DERARIIISSTPRFAKQVSSKYAQLSAQEVLDDFKTNHGRPVARSFLQNIVDVVGSIARATETDWMFETPKLNDVVTTVSVSLDGTCVLMVNEGWREAMT
GTITLYNKVGERLHTIYLGAAPEYGKTKFLERLEREVYRIKLQYPNATYVGIADGARVNWDFLERHTQYQVLDFFHATEYLAKASHAMHPVDTKQRKIWL
DLACHRLKHELNAASELLNEMSNMPPNRKKKELVDKLKSAITYFKNQRQRMDYNFYQIKNLPIGSGVTEAACKTLIKQRLCQSGMKWKNQGISMVLHLRA
LISTKGRWEQFWDRINQAGLIGLAEIC
DERARIIISSTPRFAKQVSSKYAQLSAQEVLDDFKTNHGRPVARSFLQNIVDVVGSIARATETDWMFETPKLNDVVTTVSVSLDGTCVLMVNEGWREAMT
GTITLYNKVGERLHTIYLGAAPEYGKTKFLERLEREVYRIKLQYPNATYVGIADGARVNWDFLERHTQYQVLDFFHATEYLAKASHAMHPVDTKQRKIWL
DLACHRLKHELNAASELLNEMSNMPPNRKKKELVDKLKSAITYFKNQRQRMDYNFYQIKNLPIGSGVTEAACKTLIKQRLCQSGMKWKNQGISMVLHLRA
LISTKGRWEQFWDRINQAGLIGLAEIC
Blast result :
Comments
The transposase is the fourth ORF.
ORFA, ORFB and ORFC are passenger genes annotated respectively as hypothetical protein, hypothetical protein and reverse transcriptase.
ORFA, ORFB and ORFC are passenger genes annotated respectively as hypothetical protein, hypothetical protein and reverse transcriptase.
References