ISLhe13
- Family ISLre2
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010080 | ND | Lactobacillus helveticus | Lactobacillus helveticus DPC 4571 |
DNA section
IS Length : 1599 bp
Ends
IR Length : 19/24
IRL : CTAAGTGTATAATTTTTTGCGGTAAGTTGAATAATTAATTAAAAAAGCTC
IRR : GTAAGTGTCAATATTTTTGCGGTAGGCTATTAACCACTAGTCTGACCTTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GATATTATAT | TAGGATGAAT | 0 | |
TATGCATGGA | CTAACCCAAT | 0 |
DNA sequence
CTAAGTGTATAATTTTTTGCGGTAAGTTGAATAATTAATTAAAAAAGCTCAAGTCCTTTGAATTTGGACTTGAGCTAAAACAAAAAGGCCAGTAGTCTGA
TGTTAAGAACAAAAAACACATTAGAAGCTGGTCTTTTATGGAATCTGTTATAACTGATATCGTGAAAATTATTAAGTCTGAAAATAATGTTATTGCTCGT
GAAAAGGCATTAATGTGCTACTTCTTTGATTTGATTAGAGAATTAATGAAATTAGCACTAGAAGAAGTTGATGCCGGCTTAGTTGAAGAAACTAAAAAGC
AAGGCTATCAGATTGAAAAGAAAAATAAGCGCTCAGTTGTGACTGCCTTTGGTGAGATTAGCTATTGGCGCAGAAGATATGCTTGTCCAGGCAAGAAGGC
CCAATACCCACTGGATAAGCTAATGGGTTATGCCAAATACAAGCGTTACAGTGTTTTGGCAGTAAAAGATGTTTTGCAAGTTAGTTCTGTGGCTACTTAC
CGCAATACTGCTTTAGCTGTTAATACTCTCTCCTGTTTCAATATTAGCCATAGTCAAGTTGGCAAGCTGAGTGTGCAAGCAGGCAAACAGATTAAAGCAC
AGCAGCAGTCTGAGGAAAGATACGATGGCATTACTCAAAAGAAAAAGGCGCCAGTGCTTTATCTTGAAGGCGATGGCGTTGTGATCAAGGGCACCAAGAA
GCGGCTAGAGTTTCATCGCTATCAAGTCTGCGAGGATATTATTAATTTAAGCAAGACGCGCAGAAAGAGAGTTCAGGCCAAAGAGTTTGTTTCTTTAAGC
CGCTTGGATGCTTTACAAGAAATTAAAGCTTATTTAGCCAATGCCTATGACTTAAGCAATACTTTAATCATCAGTAATGCCGATGGCGGTGCTGGCTATG
CCAAGAAAGACTTTGATGAAATAGTTGGCTATTGCAGGCAGCACGAACACTTCTTGGATGTCTTTCACTTGAATAAAAAGATCAAGGACCGTTTAGGCTT
TATGCCGGCTATGCAAAGCAAATTGATCAGTGCAGTTGAGTTCAAGTATGATCGCCACTTGACTGACGTAATTTTAGACACGATTGAAAGCAATCTTGTT
GATGAGCTGAATACGCCAGAAAATCATGAGAATTTAAGGCGCCTGCGCAGCTATCTTCATCGTCGCTGGGTTGATATTAAGCCATTCAAAATGCGTCATT
TGTCCGTAATTAAAGCAATTGGTTGCTGTGAAAGCAATCACCGCAAGTATACTTATTGCGTTAAAGGACAAGGAAAATACAGGTCAGAAGATGGTGCCGA
GGGTATTTTGCGTGTGCTGACTTGCATTAAAAACAAAGAGCTGGAATACTGGCTTAGCAGTGAGTTTGCAGGTGGGCAGCTCGATATTGGTGACCAGGAA
GAATTGAAAGGTGCAGTTCGTGCCAGCCTAAGAAAGACGCATGAAGCTCATCTGGGCATTCATCACGGCGCCATTGAAAGCTTAACAGCAGATCATAGCT
ATTTGGATGATTTCGGCAGAAAATTAAGTCAAATAAATATTTAAGAAATTAAGGTCAGACTAGTGGTTAATAGCCTACCGCAAAAATATTGACACTTAC
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ATTTGGATGATTTCGGCAGAAAATTAAGTCAAATAAATATTTAAGAAATTAAGGTCAGACTAGTGGTTAATAGCCTACCGCAAAAATATTGACACTTAC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1407 bp | 468 aa | 138 | 1544 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MESVITDIVKIIKSENNVIAREKALMCYFFDLIRELMKLALEEVDAGLVEETKKQGYQIEKKNKRSVVTAFGEISYWRRRYACPGKKAQYPLDKLMGYAK
YKRYSVLAVKDVLQVSSVATYRNTALAVNTLSCFNISHSQVGKLSVQAGKQIKAQQQSEERYDGITQKKKAPVLYLEGDGVVIKGTKKRLEFHRYQVCED
IINLSKTRRKRVQAKEFVSLSRLDALQEIKAYLANAYDLSNTLIISNADGGAGYAKKDFDEIVGYCRQHEHFLDVFHLNKKIKDRLGFMPAMQSKLISAV
EFKYDRHLTDVILDTIESNLVDELNTPENHENLRRLRSYLHRRWVDIKPFKMRHLSVIKAIGCCESNHRKYTYCVKGQGKYRSEDGAEGILRVLTCIKNK
ELEYWLSSEFAGGQLDIGDQEELKGAVRASLRKTHEAHLGIHHGAIESLTADHSYLDDFGRKLSQINI
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Blast result :
Comments
ISLhe13 is 96% aa similar to ISLhe10.
ISs of ISLre2 family preferentially insert in intergenic region, 15 to 17 bp upstream the -35 box of sigmaA promoters. [2][3][4]
ISs of ISLre2 family preferentially insert in intergenic region, 15 to 17 bp upstream the -35 box of sigmaA promoters. [2][3][4]
References