ISVat2
- Family IS256
- Group IS1249
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AEDR01000016 | ND | Veillonella atypica | Veillonella atypica ACS-049-V-Sch6 |
DNA section
IS Length : 1260 bp
Ends
IR Length : 26
IRL : GGGTTATAGGACAAAACGTGTTGGTAAAAAGTCCCATAACCCTTGATTTT
IRR : GGGTTATAGGACAAAACGTGTTGGTACTTTAATCCCAATCATTGAAAGAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAGGGAGTAT | CTTGTTGA | TATCATAACA | 8 |
DNA sequence
GGGTTATAGGACAAAACGTGTTGGTAAAAAGTCCCATAACCCTTGATTTTACTGGCTTCAATAAGGTTATATCTTCTTAGAAAATCGTGTTCTAAGTGGA
GGGAATAATCATGCTGGTAAGATGTATAAATTGTGGATTTTCTTGTCAAAAATATGGTAAAACTAAAGCTGGATCACAACGATGGTATTGTAAGCAGTGT
AACATCACTTTTACACAAACTATTGATAATACTACTAAATGTTTTCATCGATTTCTAAATTGGTTATTTAGTAAAGAAACACAACAGGATATGCCTGGGC
AAGGCCGTACATTTCGTAGAAAGATAGCTGATTTTTGGCAAATATGGCCAATGCCTCCTAAAATTGAAAACTCGAGAGATGTGGTATTTGTTGATGGTAT
TTACTTAGCTAAAAAAGCTTGTGTTTTAATCTGTTATGATGGTGAACATGTATTAGGGTGGTATTTATGTAGGTCAGAACAATCGCGCTCATGGCAAGCT
CTTATGCAGCGAATAGCGACACCCATTGTAGTGGTTTCTGATGGTGGACCTGGCCTTAGAAAAGCATTAAAAAAAGTTTGGCGTACGGCCAAACTTCAAC
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AATGATAATTTAAGAGCTACGCATGAACGCTTATTAAAAGCCTATAACTCTCTGGTGGTATTAATTAATACAGAGACAATGTTTAGATATTTAGATGAAA
CATTGGTGTTGGATAAAGAATGTCCGAGGACTAATAACCCTATTGAAGGTGGAGTAAACGCACAACTCAGACGTTTATTGCGTTACCATCGAGGGATGTC
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ATGACAAATTATCTTTCAATGATTGGGATTAAAGTACCAACACGTTTTGTCCTATAACCC
GGGAATAATCATGCTGGTAAGATGTATAAATTGTGGATTTTCTTGTCAAAAATATGGTAAAACTAAAGCTGGATCACAACGATGGTATTGTAAGCAGTGT
AACATCACTTTTACACAAACTATTGATAATACTACTAAATGTTTTCATCGATTTCTAAATTGGTTATTTAGTAAAGAAACACAACAGGATATGCCTGGGC
AAGGCCGTACATTTCGTAGAAAGATAGCTGATTTTTGGCAAATATGGCCAATGCCTCCTAAAATTGAAAACTCGAGAGATGTGGTATTTGTTGATGGTAT
TTACTTAGCTAAAAAAGCTTGTGTTTTAATCTGTTATGATGGTGAACATGTATTAGGGTGGTATTTATGTAGGTCAGAACAATCGCGCTCATGGCAAGCT
CTTATGCAGCGAATAGCGACACCCATTGTAGTGGTTTCTGATGGTGGACCTGGCCTTAGAAAAGCATTAAAAAAAGTTTGGCGTACGGCCAAACTTCAAC
GTTGTATTGTTCATGCTGTATGGCAAGTACATCGCTACACTACTAGACGGCCTAAGACGTTAGCAGGCATTATGTTAAAAGATTTAGCAAGCGATTTATA
TAGTGTAAAAACACAGGAGGATGCACAAATATGGATTCAACGATTATTTAATTGGAGAGTAACTTTTAAAGAGTTTCTAAGTGAAATGACACGTGATAGT
AATGATAATTTAAGAGCTACGCATGAACGCTTATTAAAAGCCTATAACTCTCTGGTGGTATTAATTAATACAGAGACAATGTTTAGATATTTAGATGAAA
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ATGACAAATTATCTTTCAATGATTGGGATTAAAGTACCAACACGTTTTGTCCTATAACCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1122 bp | 373 aa | 111 | 1232 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLVRCINCGFSCQKYGKTKAGSQRWYCKQCNITFTQTIDNTTKCFHRFLNWLFSKETQQDMPGQGRTFRRKIADFWQIWPMPPKIENSRDVVFVDGIYLA
KKACVLICYDGEHVLGWYLCRSEQSRSWQALMQRIATPIVVVSDGGPGLRKALKKVWRTAKLQRCIVHAVWQVHRYTTRRPKTLAGIMLKDLASDLYSVK
TQEDAQIWIQRLFNWRVTFKEFLSEMTRDSNDNLRATHERLLKAYNSLVVLINTETMFRYLDETLVLDKECPRTNNPIEGGVNAQLRRLLRYHRGMSVEK
RIKAVFWWCYLHSPRPLSAKEILEVMPTDASISKIYRSMNERAQLQGIIPTWGDAISWGDLHNYDKLSFNDWD
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Blast result :
Comments
ISVat2 is 75% aa similar to ISVesp1.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Durkin,A.S., Madupu,R., Torralba,M., Gillis,M., Methe,B., Sutton,G. and Nelson,K.E. (2010) Direct submission GenBank.
2] Durkin,A.S., Madupu,R., Torralba,M., Gillis,M., Methe,B., Sutton,G. and Nelson,K.E. (2010) Direct submission GenBank.